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结核分枝杆菌PE_PGRS29蛋白结构与功能的生物信息学分析
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作者 吴珊 周海金 徐广贤 《家畜生态学报》 北大核心 2022年第12期23-31,68,共10页
为了运用生物信息学方法对结核分枝杆菌Rv1468c基因编码蛋白PE_PGRS29的结构和功能进行预测分析,Rv1468c基因相关信息从Genbank数据库中提取;运用ProtParam、Protscale、NetPhos、TMHMM、SOPMA、SWISS-MODEL等在线软件预测分析PE_PGRS2... 为了运用生物信息学方法对结核分枝杆菌Rv1468c基因编码蛋白PE_PGRS29的结构和功能进行预测分析,Rv1468c基因相关信息从Genbank数据库中提取;运用ProtParam、Protscale、NetPhos、TMHMM、SOPMA、SWISS-MODEL等在线软件预测分析PE_PGRS29蛋白的理化性质、亲疏水性、磷酸化位点、跨膜螺旋结构和二级结构并对其进行三级结构建模,PE_PGRS29蛋白的B细胞以及T细胞抗原表位使用BLAST、ABCpred和SYFPEITHI软件进行预测,PE_PGRS29蛋白的相互作用蛋白用STRING数据库进行分析,使用MEGA-X软件对PE_PGRS29蛋白构建进化树。结果表明:PE_PGRS29蛋白含有370个氨基酸,分子式为C1375H2111N431O465S3,原子总数4385,消光系数为9970,280 nm处的吸光度为0.309;平均疏水性为0.199,为亲水性蛋白,第331位氨基酸亲水性得分最高为-1.533,第51位氨基酸疏水性得分最高为2.378。该蛋白性质稳定,α-螺旋(Hh)、β-转角(Tt)、β-折叠(Ee)和无规则卷曲(Cc)在该蛋白质二级结构中分别占21.89%、10.54%、21.89%和45.68%。综上所述,生物信息学分析PE_PGRS29蛋白为结核分枝杆菌表面稳定亲水性蛋白,与结核分枝杆菌的泛素化介导异种自噬清除密切相关。该蛋白含有多个T、B细胞抗原表位,可作为结核治疗的潜在分子靶点。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 自噬 pe_pgrs29蛋白 生物信息学分析
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