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PDE4B专一性抑制剂选择性的起源
1
作者
王永强
王小宁
+2 位作者
赵新筠
陈喜
湛昌国
《中南民族大学学报（自然科学版）》
CAS
2024年第5期577-584,共8页
采用分子动力学模拟和结合自由能计算研究了PDE4B抑制剂选择性的起源.首先,探索了模拟时间、溶质介电常数、配体的电荷方案和结合自由能的计算方法对结合自由能预测值准确度的影响,确定最佳模拟条件为:模拟时间40~50 ns,溶质介电常数ε...
采用分子动力学模拟和结合自由能计算研究了PDE4B抑制剂选择性的起源.首先,探索了模拟时间、溶质介电常数、配体的电荷方案和结合自由能的计算方法对结合自由能预测值准确度的影响,确定最佳模拟条件为:模拟时间40~50 ns,溶质介电常数ε=2,采用MM/GBSA方法以及RESP配体电荷计算方案.接着,通过能量分解分析了抑制剂A33与PDE4B/PDE4D的相互作用,发现PDE4B酶上的Ile410、Gln443、Phe446和Phe506对抑制剂的选择性识别贡献较大.最后,通过位点突变方法探索了PDE4B的CR3螺旋上的Leu502残基对A33选择性所起的作用.当前的工作为设计高活性、高选择性的PDE4B抑制剂提供了有价值的结构与活性关系信息.
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关键词
磷酸二酯酶
4
b
抑制剂
分子动力学模拟
结合自由能计算
能量分解
pde
4
b
/
pde
4
D
选择性
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职称材料
题名
PDE4B专一性抑制剂选择性的起源
1
作者
王永强
王小宁
赵新筠
陈喜
湛昌国
机构
中南民族大学化学与材料科学学院
肯塔基大学药学院
出处
《中南民族大学学报（自然科学版）》
CAS
2024年第5期577-584,共8页
基金
国家自然科学基金资助项目(21273089)。
文摘
采用分子动力学模拟和结合自由能计算研究了PDE4B抑制剂选择性的起源.首先,探索了模拟时间、溶质介电常数、配体的电荷方案和结合自由能的计算方法对结合自由能预测值准确度的影响,确定最佳模拟条件为:模拟时间40~50 ns,溶质介电常数ε=2,采用MM/GBSA方法以及RESP配体电荷计算方案.接着,通过能量分解分析了抑制剂A33与PDE4B/PDE4D的相互作用,发现PDE4B酶上的Ile410、Gln443、Phe446和Phe506对抑制剂的选择性识别贡献较大.最后,通过位点突变方法探索了PDE4B的CR3螺旋上的Leu502残基对A33选择性所起的作用.当前的工作为设计高活性、高选择性的PDE4B抑制剂提供了有价值的结构与活性关系信息.
关键词
磷酸二酯酶
4
b
抑制剂
分子动力学模拟
结合自由能计算
能量分解
pde
4
b
/
pde
4
D
选择性
Keywords
phosphodiesterase
4
b
inhi
b
itors
molecular dynamics simulation
b
inding free energy calculation
energy decomposition
pde
4
b
/
pde
4
D selectivity
分类号
O641.1 [理学—物理化学]
R914.2 [理学—化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
PDE4B专一性抑制剂选择性的起源
王永强
王小宁
赵新筠
陈喜
湛昌国
《中南民族大学学报（自然科学版）》
CAS
2024
0
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参考文献
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