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HLA-B位点等位基因丢失一个家系的遗传学分析
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作者 何柳媚 全湛柔 +1 位作者 钟艳平 邹红岩 《中华医学遗传学杂志》 CSCD 2024年第1期47-51,共5页
目的探讨1个家系的HLA-B基因的碱基缺失情况。方法选取2022年4月就诊于广西柳州市人民医院的1例急性髓系白血病女性患者、丈夫和女儿作为研究对象,应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)及PCR-直接测序法(PCR-SBT)对该家系进行人类... 目的探讨1个家系的HLA-B基因的碱基缺失情况。方法选取2022年4月就诊于广西柳州市人民医院的1例急性髓系白血病女性患者、丈夫和女儿作为研究对象,应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)及PCR-直接测序法(PCR-SBT)对该家系进行人类白细胞抗原(HLA)常规检测。应用二代测序技术(NGS)对HLA-B基因序列进行确认。结果患者及其女儿HLA-B位点的PCR-SBT和PCR-SSOP结果不一致,PCR-SSOP结果分别为HLA-B*35:01,40:02和HLA-B*35:01,40:01,PCR-SBT结果则均提示与最接近的HLA-B*35:01在第4外显子处有错配。NGS结果显示患者及其女儿HLA-B*35:01第5内含子处有1段9 bp的碱基序列缺失。患者丈夫结果为HLA-B*40:01,58:01,无异常。结论该家系HLA-B基因第5内含子处的变异位于SBT检测的引物结合区,影响了PCR-SBT分型结果的准确性。 展开更多
关键词 HLA-B基因 碱基缺失 pcr-序列特异性寡核苷酸探针 pcr-直接测序法 二代测序
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运用二代测序技术确认PCR-SSOP法检出的HLA罕见等位基因
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作者 钟显信 巫望达 +1 位作者 全湛柔 高素青 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期203-208,共6页
目的:确认PCR-序列特异性寡核苷酸探针(SSOP)法检出的4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常和3例模棱两可结果样本的HLA真实基因型。方法:对HLA高分辨组织配型血样采用PCR-SSOP法检出的4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常和3例模棱两可... 目的:确认PCR-序列特异性寡核苷酸探针(SSOP)法检出的4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常和3例模棱两可结果样本的HLA真实基因型。方法:对HLA高分辨组织配型血样采用PCR-SSOP法检出的4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常和3例模棱两可结果进一步采用PCR-直接测序分型(SBT)技术和二代测序(NGS)技术复检确认。结果:采用PCR-SSOP方法检出4例磁珠探针HLA基因分型结果格局异常的样本,加做SBT及NGS两种方法复检后结果显示,样本1的HLA-A分型结果与已知基因型不完全匹配,NGS分析显示,该等位基因与同源性最接近的等位基因A*31:01:02:01在第2外显子154位G>A变异,导致28位编码氨基酸由缬氨酸变为蛋氨酸(p.Val28Met),样本2的HLA-C结果为C*03:119, 06:02,样本3的HLA-C结果为C*03:03, 07:137,样本4的HLA-B结果为B*55:02,55:12。采用PCR-SSOP方法检出3例模棱两可结果样本,加做SBT及NGS两种方法复检后结果显示,样本5的HLA-B结果为B*15:58, 38:02,样本6的HLA-DRB1结果为DRB1*04:05, 14:101,样本7的HLA-DQB1结果为DQB1*03:34,05:02。其中等位基因C*03:119、C*07:137和DRB1*14:101均未收录于中国造血干细胞捐献者资料库的常见及确认等位基因(CWD)表2.4版本。结论:PCR-SSOP法磁珠探针HLA基因分型结果格局异常提示可能为HLA罕见等位基因或新等位基因,需要测序验证。 展开更多
关键词 HLA 等位基因 pcr-序列特异性寡核苷酸探针 pcr-直接测序分型 二代测序
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单个碱基变异致HLA-DQB1*03新等位基因的鉴定 被引量:1
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作者 全湛柔 邹红岩 +2 位作者 钟艳平 陈浩 邓志辉 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2021年第3期282-285,共4页
目的确认1例HLA-DQB1新等位基因的序列,分析新等位基因的遗传学特征。方法应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针分型技术(sequence-specific oligonucleotide probe,SSOP)及PCR-直接测序分型法(sequence-based typing,SBT)对1个白血病家系进... 目的确认1例HLA-DQB1新等位基因的序列,分析新等位基因的遗传学特征。方法应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针分型技术(sequence-specific oligonucleotide probe,SSOP)及PCR-直接测序分型法(sequence-based typing,SBT)对1个白血病家系进行HLA常规检测,发现患者母亲及哥哥HLA-DQB1序列组合无完全匹配的基因型。应用二代测序(next generation sequencing,NGS)技术对该基因进行确认。结果PCR-SBT提示患者母亲及哥哥HLA-DQB1序列组合与已知基因型不完全匹配。NGS分析显示,与同源性最高的等位基因DQB1*03:02相比,该等位基因在第2外显子c.233T>G变异,导致46位编码氨基酸由缬氨酸变为甘氨酸(p.Val46Gly)。家系调查显示患者哥哥HLA-DQB1新等位基因来源于母亲。新等位基因序列已递交给GenBank数据库(MK729743)。结论应用NGS鉴定了1个HLA-DQB1新等位基因,该等位基因被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DQB1*03:362。 展开更多
关键词 HLA-DQB1 新等位基因 pcr-序列特异性寡核苷酸探针 pcr-直接测序分型 二代测序
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