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rDNA-ITS序列分析在真菌鉴定中的应用 被引量:137
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作者 燕勇 李卫平 +3 位作者 高雯洁 沈志英 王恒辉 陈黎霞 《中国卫生检验杂志》 CAS 2008年第10期1958-1961,共4页
目的:通过对3株真菌的rDNA-ITS序列进行分析,以探讨、说明基于核糖体RNA基因(即rDNA)内转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)的多态性的序列分析(rDNA-ITS序列分析)在真菌鉴定中的应用。方法:通过PCR扩增与测序的方法测得待检... 目的:通过对3株真菌的rDNA-ITS序列进行分析,以探讨、说明基于核糖体RNA基因(即rDNA)内转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)的多态性的序列分析(rDNA-ITS序列分析)在真菌鉴定中的应用。方法:通过PCR扩增与测序的方法测得待检真菌菌株的rDNA-ITS序列,从GENBANK获取相似序列,使用BLAST和DNAMAN工具对rDNA-ITS序列进行比对分析。结果:1号真菌菌株与Xylariales sp.LM40(属炭角菌目)同源性高,但尚不能鉴定到具体的属、种;2号真菌菌株可鉴定到种,为草酸青霉Penicillium oxalicum;3号真菌菌株可鉴定到种内组水平,为近平滑假丝酵母III组(最新命名为Candida metapsilosis)。结论:相对于传统的真菌形态学鉴定方法,rDNA-ITS序列分析用于真菌鉴定更客观、省时、简便、快速,但目前也存在一定的应用限制(受基因库的完善程度、高度同源性序列的多少以及具体物种ITS区的可变程度等影响)并不能鉴定出所有真菌,宜与传统的形态学鉴定方法相结合用于真菌鉴定。 展开更多
关键词 RDNA 内转录间隔区(ITS) pcr 测序 真菌 鉴定
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栉孔扇贝16S rRNA基因片段序列的多态性研究 被引量:40
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作者 刘亚军 喻子牛 +3 位作者 姜艳艳 张留所 孔晓瑜 宋林生 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期477-483,共7页
采用PCR技术扩增了栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)线粒体DNA的 1 6SrRNA基因片段 ,PCR产物经T载体连接之后进行了克隆、测序 ,得到 634bp的核苷酸序列 ;分析了该片段的大连、烟台、青岛、朝鲜 4个自然群体 31个个体的核苷酸序列多态性 ,共... 采用PCR技术扩增了栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)线粒体DNA的 1 6SrRNA基因片段 ,PCR产物经T载体连接之后进行了克隆、测序 ,得到 634bp的核苷酸序列 ;分析了该片段的大连、烟台、青岛、朝鲜 4个自然群体 31个个体的核苷酸序列多态性 ,共检测到 2 6个多态性核苷酸位点、1 8种单倍型。结果表明 ,4个群体中以朝鲜群体遗传多样性最高 ,其次为烟台、青岛群体 ,大连群体最低 ; 展开更多
关键词 栉孔扇贝 线粒体DNA 16SRRNA基因 DNA序列测定 pcr技术 克隆 核苷酸序列 多态性
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我国云南德宏地区HIV感染者HIV毒株膜蛋白基因的序列测定和分析 被引量:52
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作者 邵一鸣 赵全壁 +6 位作者 王斌 陈筝 苏玲 曾毅 赵尚德 张家鹏 段一娟 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 1994年第4期291-299,共9页
1990年和1993年,从云南瑞丽县感染HIV的静脉注射毒品者中采血,分离白细胞,用PCR方法扩增HIV1膜蛋白基因(env)并克隆。核苷酸序列分析由手工和ABI公司DNA序列分析仪进行。将云南瑞丽HIV毒株的env... 1990年和1993年,从云南瑞丽县感染HIV的静脉注射毒品者中采血,分离白细胞,用PCR方法扩增HIV1膜蛋白基因(env)并克隆。核苷酸序列分析由手工和ABI公司DNA序列分析仪进行。将云南瑞丽HIV毒株的envV3-V5区序列与国际各亚型同源序列作比较,90年和93年HIV毒株与B亚型的同源性均为最高。这表明云南瑞丽流行的HIV毒株属国际B亚型。经分析发现,在90年的10个毒株的序列中,有8个是典型的B亚型序列,即V3环顶端的四肽是GPGR,占80%;而在93年的毒株中,该型序列只见于21个样品中的12个,比例下降到57%。与此同时,V3环顶端四肽为GPGQ的B亚型中的泰国基因型序列,则由90年的10%(1/10)上升到93年的29%(6/21)。进一步分析编码GPGR最末一个精氨酸密码子发现,CGA与AGA比例由90年的1:7上升到93年的5:7。由于CGA比AGA更接近编码谷氨酰胺(Q)密码子CAA,这种以GPGQ为特征的泰国基因型B亚型毒株,在该地区还可能进一步增高。这些数据提示,当地流行的HIV毒株V3环顶端的四肽在过去几年中由GPGR向GPGQ漂移,其原因尚不清楚。 展开更多
关键词 艾滋病毒 感染 毒株 膜蛋白基因 序列测定
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人类SR蛋白超家族新成员——SFRS12(SRrp508)的基因克隆和特性分析 被引量:43
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作者 张德礼 孙晓静 +2 位作者 凌伦奖 陈润生 马大龙 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第5期377-383,共7页
采用生物信息学方法克隆出全长 3811bp的人类RC5 0 8cDNA片段 ,经核酸和蛋白质分析为人类新基因 (Gen Bank登记号 :AF4 5 90 94 ) ,利用RT PCR方法从人类胰脏组织中扩增出包含编码 5 0 8个氨基酸残基最大开放读码框架 (ORF)的 16 80bpc... 采用生物信息学方法克隆出全长 3811bp的人类RC5 0 8cDNA片段 ,经核酸和蛋白质分析为人类新基因 (Gen Bank登记号 :AF4 5 90 94 ) ,利用RT PCR方法从人类胰脏组织中扩增出包含编码 5 0 8个氨基酸残基最大开放读码框架 (ORF)的 16 80bpcDNA片段 ,经核酸测序证明与电子克隆结果完全一致。该基因具有启动子和TATA box,ORF前同一相位有多个终子码 ,后有加尾信号 ,显示为客观存在基因。该基因含有 12个外显子 (96~ 2 0 93bp)和 11个内含子 (14 0~ 5 15 3bp) ,定位于人类 5号染色体 5q11.2~q12 .1,无任何连锁基因存在。该基因ORF 342~ 186 8(15 2 7)横跨10个外显子 ,所编码 5 0 8氨基酸蛋白的全长序列与大鼠丝氨酸 精氨酸二肽富含性 (SR)剪切调控蛋白 86 (SRrp86 )高度同源 ,在核酸和蛋白水平的同源性分别为 84 %和 86 % ,与其他已知蛋白无论在核酸水平还是在氨基酸水平几乎均无整体的同源性。结果表明 ,所克隆的 5 0 8氨基酸蛋白才是大鼠SRrp86的人类同源物 ,从而修正了Barnard(2 0 0 0 )所指出的人类同源物为人类精氨酸富含性核蛋白 5 4 (p5 4 )这一论断 ,并提示它是日益增长的SR蛋白超家族的又一个新成员。该基因组织表达谱广泛 ,有可能具有转录因子活性 ,暂命名为SR相关剪切调控蛋白 5 0 8(SRrp5 0 展开更多
关键词 人类SR蛋白超家族 SRrp508 基因克隆 特性分析
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MBR中微生物群落结构的演变与分析 被引量:37
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作者 张斌 孙宝盛 +1 位作者 季民 赵祖国 《环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期2192-2199,共8页
为了揭示膜-生物反应器中微生物群落结构多样性的演变过程,通过细胞裂解法直接提取不同时期污泥中的基因组DNA,利用基于16S rDNA的PCR-DGGE技术获得了微生物群落的DNA特征指纹图谱,并对条带进行了统计分析和切胶测序,使用序列数据进行... 为了揭示膜-生物反应器中微生物群落结构多样性的演变过程,通过细胞裂解法直接提取不同时期污泥中的基因组DNA,利用基于16S rDNA的PCR-DGGE技术获得了微生物群落的DNA特征指纹图谱,并对条带进行了统计分析和切胶测序,使用序列数据进行了同源性分析并建立了系统发育树.DGGE分析表明,在反应器运行前17d内污泥中微生物群落结构变化很大,与接种污泥的相似性系数下降到了29.2%,从而说明MBR中处理工艺和进水水质的改变导致微生物群落结构多样性降低.在试验过程中,Pseudomonas和Aeromonas hydrophila等种群一直保持着较为稳定的优势地位,也有原始种群如Bacillus sp.的消亡和以Enterococcus faecalis、Comamonassp.、Fusobacteriumsp.等为代表的次级种群的强化和演变.UPGMA聚类分析将DGGE图谱区分为3大类群并对应于各自的运行时期.测序结果表明,MBR中微生物菌群间进化距离较大,其中Proteobacteria纲和Bacillus属细菌较多.在反应器运行后期演变为优势地位的菌群(如Comamonassp.)加剧了膜污染物的产生和积累. 展开更多
关键词 膜-生物反应器 微生物多样性 pcr-DGGE 克隆测序
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鲤属鱼类mtDNA控制区(D-环区)序列的变异性分析 被引量:27
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作者 郑冰蓉 张亚平 +2 位作者 肖蘅 蓝家湖 昝瑞光 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期289-294,共6页
采用PCR-测序技术对我国鲤属7个种、亚种和2个品种共62个个体(其中鲤的样品包括采自长江、黄河、松花江三个水系的共4个种群),进行了mtDNA控制区(D-环区)始自3’端共459bp碱基的序列测定,发现其D-环区3’端至中央保守区之间不似其他鱼... 采用PCR-测序技术对我国鲤属7个种、亚种和2个品种共62个个体(其中鲤的样品包括采自长江、黄河、松花江三个水系的共4个种群),进行了mtDNA控制区(D-环区)始自3’端共459bp碱基的序列测定,发现其D-环区3’端至中央保守区之间不似其他鱼类和哺乳类是一个单一的高变区,而是在其内部还插有一段长约110bp的保守区,这很可能是鲤属鱼类mtDNA D-环区自身的一个特点。 展开更多
关键词 鲤属 鱼类 MTDNA控制区 D-环区 变异性 线粒体 序列分析
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大豆Kunitz型胰蛋白酶抑制剂基因的克隆及其转基因烟草抗虫性初探 被引量:19
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作者 高越峰 朱祯 +2 位作者 朱玉 肖桂芳 李向辉 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 1997年第9期5-9,共5页
从未成熟的大豆子叶中提取总RNA,利用RT-PCR方法扩增出大豆Kunitz型胰蛋白酶抑制剂基因单一目的片段,克隆到pBluescriptKS(+)SmaI位点上。序列分析表明,该基因与报导的序列高度同源:其核苷酸序列及推论的编码氨基酸序列的同源... 从未成熟的大豆子叶中提取总RNA,利用RT-PCR方法扩增出大豆Kunitz型胰蛋白酶抑制剂基因单一目的片段,克隆到pBluescriptKS(+)SmaI位点上。序列分析表明,该基因与报导的序列高度同源:其核苷酸序列及推论的编码氨基酸序列的同源率分别为99.5%和98.2%。由此,构建了大豆Kunitz型胰蛋白酶抑制剂基因的植物高效表达载体pBinSKTI。并采用农杆菌介导的叶盘法转化了烟草,获得的转基因烟草再生植株经抗虫测试表明:与对照烟草相比,具有明显的抗棉铃虫能力。 展开更多
关键词 大豆胰蛋白酶 抑制剂 抗虫基因 转基因烟草
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菌落PCR在大规模基因组测序中的应用 被引量:25
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作者 唐晔盛 李英 +4 位作者 朱静洁 胡欣 林志新 韩斌 洪国藩 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第2期316-318,共3页
一种利用菌落直接PCR扩增DNA并用于测序的实验方法 .通过对引物的设计和菌液浓度控制 ,使PCR反应后的内容物对测序干扰减到最小 .与传统的测序过程比较 ,它省去了抽提模板DNA一步 ,节省了大量时间和实验成本 .另外此方法可对BAC亚克隆... 一种利用菌落直接PCR扩增DNA并用于测序的实验方法 .通过对引物的设计和菌液浓度控制 ,使PCR反应后的内容物对测序干扰减到最小 .与传统的测序过程比较 ,它省去了抽提模板DNA一步 ,节省了大量时间和实验成本 .另外此方法可对BAC亚克隆库构建时由连接转化过程中导致的假阳性起筛选和鉴定作用 .采用该法成功测定了籼稻 (Oryzasativaindica)广陆矮 4号的L3173号BACDNA全长序列 (约 10 0kb) ,GenBank登录号 :AL5 12 5 42 . 展开更多
关键词 菌落pcr 大规模基因组测序 应用 水稻基因组 测序
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PCR-SSCP-DNA sequencing method in detecting PTEN gene mutation and its signifi cance in human gastric cancer 被引量:26
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作者 Chuan-Yong Guo Xuan-Fu Xu Jian-Ye Wu Shu-Fang Liu 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2008年第24期3804-3811,共8页
AIM: To discuss the possible effect of PTEN gene mutations on occurrence and development of gastric cancer. METHODS: Fifty-three gastric cancer specimens were selected to probe PTEN gene mutations in genome of gastric... AIM: To discuss the possible effect of PTEN gene mutations on occurrence and development of gastric cancer. METHODS: Fifty-three gastric cancer specimens were selected to probe PTEN gene mutations in genome of gastric cancer and paracancerous tissues using PCR-SSCP-DNA sequencing method based on microdissection and to observe the protein expression by immunohistochemistry technique. RESULTS: PCR-SSCP-DNA sequencing indicated that 4 kinds of mutation sites were found in 5 of 53 gastric cancer specimens. One kind of mutation was found in exons. AA-TCC mutation was located at 40bp upstream of 3’ lateral exon 7 (115946 AA-TCC). Such mutations led to terminator formation in the 297th codon of the PTEN gene. The other 3 kinds of mutation were found in introns,including a G-C point mutation at 91 bp upstream of 5’ lateral exon 5(90896 G-C),a T-G point mutation at 24 bp upstream of 5’ lateral exon 5 (90963 T-G),and a single base A mutation at 7 bp upstream of 5’ lateral exon 5 (90980 A del). The PTEN protein expression in gastric cancer and paracancerous tissues detected using immunohistochemistry technique indicated that the total positive rate of PTEN protein expression was 66% in gastric cancer tissue,which was significantly lower than that (100%) in paracancerous tissues (P < 0.005). CONCLUSION: PTEN gene mutation and expression may play an important role in the occurrence and development of gastric cancer. 展开更多
关键词 Gastric cancer PTEN gene pcr-SSCP DNA sequencing MUTATION
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16S/18S/ITS扩增子高通量测序引物的生物信息学评估和改进 被引量:27
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作者 吴悦妮 冯凯 +3 位作者 厉舒祯 王朱珺 张照婧 邓晔 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期2897-2912,共16页
【背景】在过去的十几年里,基于核糖体RNA基因的扩增子测序技术被广泛用于各种生态系统中微生物群落的多样性检测。扩增子测序的使用极大地促进了土壤、水体、空气等环境中微生物生态的相关研究。【目的】随着高通量测序技术的不断发展... 【背景】在过去的十几年里,基于核糖体RNA基因的扩增子测序技术被广泛用于各种生态系统中微生物群落的多样性检测。扩增子测序的使用极大地促进了土壤、水体、空气等环境中微生物生态的相关研究。【目的】随着高通量测序技术的不断发展和参考数据库的不断更新,针对不同的环境样本的引物选择和改进仍然需要更深入的校验。【方法】本文收集了目前在微生物群落研究中被广泛采用的标记基因扩增通用引物,包括16S rRNA基因扩增常用的8对通用引物和2对古菌引物、9对真菌转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)基因扩增引物,以及18S rRNA基因扩增的4对真核微生物通用引物和1对真菌特异性引物。这些引物中包括了地球微生物组计划(Earth Microbiome Project,EMP)推荐的2对16S rRNA基因扩增引物、1对ITS1基因扩增引物和1对18S rRNA基因扩增引物。采用最近更新的标准数据库对这些引物进行了覆盖度和特异性评价。【结果】EMP推荐的引物依然具有较高的覆盖度,而其他引物在覆盖度及对特定环境或类群的特异性上也各有特点。此外,最近有研究对这些通用引物进行了一些改进,而我们也发现,一个碱基的变化都可能会导致评价结果或扩增产物发生明显变化,简并碱基的引入既可以覆盖更多的物种,但同时也会在一定程度上降低关注物种的特异性。【结论】研究结果为微生态研究中标记基因的引物选择提供了一个广泛的指导,但在关注具体科学问题时,引物的选择仍需数据指导与实验尝试。 展开更多
关键词 扩增子测序 16S rRNA基因 ITS基因 18S rRNA基因 pcr扩增 引物 引物覆盖度 引物特异性 扩增产物片段长度
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产ESBLs肠杆菌科细菌对氨基糖苷类抗生素耐药机制研究 被引量:23
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作者 段建春 吕晓菊 +5 位作者 赵燕 冯萍 俞汝佳 宗志勇 高燕渝 熊亚莉 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第9期555-558,共4页
目的研究产超广谱β-内酰胺酶(ex tended spectrum beta-lactam ases,ESBL s)肠杆菌科细菌对氨基糖苷类抗生素的耐药分子机制。方法采用PCR方法对耐氨基糖苷类抗生素的产ESBL s菌株进行氨基糖苷类耐药机制研究,并同时对钝化酶基因DNA测... 目的研究产超广谱β-内酰胺酶(ex tended spectrum beta-lactam ases,ESBL s)肠杆菌科细菌对氨基糖苷类抗生素的耐药分子机制。方法采用PCR方法对耐氨基糖苷类抗生素的产ESBL s菌株进行氨基糖苷类耐药机制研究,并同时对钝化酶基因DNA测序,进行网上基因相似性检索。结果20株耐氨基糖苷类的产ESBL s肠杆菌科细菌中存在氨基糖苷钝化酶基因,分别有aac(3)-I、aac(3)-II、aac(6′)-I、aac(6′)-II、ant(2")-I和aph(3)′-V I,以aac(3)-I、aac(3)-II和aac(6′)-I为主。部分菌株同时可含有多种钝化酶基因。DNA测序分析结果与国外报道已知相应氨基糖苷钝化酶DNA测序结果一致。结论产ESBL s肠杆菌科细菌中普遍存在氨基糖苷钝化酶,四川大学华西医院分离得到的氨基糖苷类耐药的产ESBL s肠杆菌科细菌的钝化酶基因型主要是aac(6′)-I、aac(3)-II、aac(3)-I和ant(2")-I。 展开更多
关键词 肠杆菌科细菌 超广谱Β-内酰胺酶 氨基糖苷类钝化酶 pcr 序列测定
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PBMC中HBV cccDNA与HBV宫内感染关系的研究 被引量:21
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作者 冯永亮 王素萍 +2 位作者 史晓红 王效军 李铁钢 《现代预防医学》 CAS 北大核心 2005年第3期192-194,共3页
目的 :对外周血单个核细胞 (peripheralbloodmononuclearcells,PBMC)中乙型肝炎病毒 (HBV)共价闭合环状DNA (covalentlyclosedcircularDNA ,cccDNA)进行扩增 ,并对其产物直接测序鉴定 ,以证实PBMC为HBV肝外复制的场所 ,从而进一步证实P... 目的 :对外周血单个核细胞 (peripheralbloodmononuclearcells,PBMC)中乙型肝炎病毒 (HBV)共价闭合环状DNA (covalentlyclosedcircularDNA ,cccDNA)进行扩增 ,并对其产物直接测序鉴定 ,以证实PBMC为HBV肝外复制的场所 ,从而进一步证实PBMC感染为乙型肝炎宫内感染的途径之一。方法 :选择性PCR扩增PBMC中HBVcccDNA ,并对 1例阳性产物直接测序鉴定 ,测序结果与GeneBank中已知序列进行同源性比较。结果 :HBsAg阳性孕妇PBMCHBVcccDNA的检出率为 9 .93% ,新生儿PBMCHBVcccDNA的检出率为 4 . 5 8% ,PBMCHBVcccDNA与公布的已知序列的同源性为 10 0 %。结论 :PBMC为HBV肝外复制的场所 ,PBMC感染很可能是乙肝宫内感染的传播机制之一。 展开更多
关键词 PBMC HBV DNA 宫内感染 肝外 检出率 直接测序 序列 产物 pcr扩增
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中国汉族人群中Dia抗原和Dib抗原的分子遗传分析 被引量:25
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作者 杨宝成 苏宇清 +3 位作者 喻琼 魏天莉 李大成 梁延连 《法医学杂志》 CAS CSCD 2007年第4期283-285,共3页
目的研究中国汉族人群Diego血型系统中Dia和Dib抗原表达的分子遗传背景。方法采用血型血清学方法对2990例非血缘关系的捐血者进行Diego血型鉴定,从中随机选择20例表现型为Di(a-b+)的样本,以及筛选到的所有Di(a+b-)稀有血型样本,采用PCR-... 目的研究中国汉族人群Diego血型系统中Dia和Dib抗原表达的分子遗传背景。方法采用血型血清学方法对2990例非血缘关系的捐血者进行Diego血型鉴定,从中随机选择20例表现型为Di(a-b+)的样本,以及筛选到的所有Di(a+b-)稀有血型样本,采用PCR-SSP、DNA直接测序方法分析Diego血型基因的分子遗传背景。结果2990例捐血者中,发现Di(a+b-)表现型2例,Di(a+b+)167例,Di(a-b+)2821例。随机选择的20例表现型为Di(a-b+)的DNA样本,经PCR-SSP法检测的基因型为DI2DI2,对DI基因第19外显子直接测序,2561位上碱基为C。2例稀有血型Di(a+b-)的DNA序列在19外显子2561位上碱基为T,基因型为DI1DI1。结论中国汉族人群Dia和Dib抗原表达的分子遗传基础是DI基因第19外显子2561位上碱基T-C的置换,引起第854位氨基酸的改变。 展开更多
关键词 中国汉族人群 Diego血型 pcr-SSP技术 直接测序
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中国人MBLc DNA的克隆与序列分析 被引量:17
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作者 陈政良 朱锡华 谢佩蓉 《免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 1999年第2期83-86,共4页
从中国汉族人胎肝组织提取总RNA,以RT-PCR方法获取了编码含信号顺序的全长甘露聚糖结合凝集素(MBL)肽链的cDNA片段,将其与pGEM-T载体连接,转化大肠杆菌TG1,建立了MBL的cDNA克隆。序列分析表明:... 从中国汉族人胎肝组织提取总RNA,以RT-PCR方法获取了编码含信号顺序的全长甘露聚糖结合凝集素(MBL)肽链的cDNA片段,将其与pGEM-T载体连接,转化大肠杆菌TG1,建立了MBL的cDNA克隆。序列分析表明:与文献报道的人MBLcDNA序列比较,差异颇大,但与GenBank中的人MBLmRNA比较,仅2个位置的核苷酸不同;其编码产物是20个残基的信号顺序和228个残基的成熟MBL多肽。 展开更多
关键词 甘露聚糖 结合凝集素 MBL CDNA 克隆 序列分析
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地表覆盖对渭北旱作苹果园土壤细菌群落结构及多样性的影响 被引量:23
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作者 陈月星 温晓霞 +3 位作者 孙瑜琳 张俊丽 林晓丽 廖允成 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期892-904,共13页
【目的】以渭北旱作苹果园4种覆盖模式为研究对象,探索了不同覆盖措施对土壤细菌群落结构及多样性的影响。【方法】应用变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术结合克隆和测序的方法,分析和比较了不同地表覆盖措施及苹果生育期土壤细菌的群落... 【目的】以渭北旱作苹果园4种覆盖模式为研究对象,探索了不同覆盖措施对土壤细菌群落结构及多样性的影响。【方法】应用变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术结合克隆和测序的方法,分析和比较了不同地表覆盖措施及苹果生育期土壤细菌的群落结构及组成。【结果】不同覆盖模式下土壤细菌群落结构和多样性存在显著差异,细菌优势种群及其数量受覆盖措施和苹果生育期的共同影响:幼果期和膨大期,生草覆盖和秸秆覆盖显著提高了土壤细菌多样性和丰富度,地膜覆盖细菌多样性和丰富度较对照有所提高但未达到显著水平;成熟期对照的细菌多样性达到峰值(2.78)且与其他处理差异显著,这可能是因为土壤中r-策略生存的细菌在该时期得到迅速生长和繁殖的缘故。聚类分析和除趋势对应分析结果显示,细菌群落结构差异与苹果生育期相关,同时受覆盖措施影响,其中生草覆盖与秸秆覆盖土壤样品多聚为一簇,而地膜覆盖与对照相似度较高,说明生草和秸秆覆盖处理土壤细菌群落结构变化比较显著。代表性序列(共22条)测序分析显示,果园土壤细菌的优势菌群为Proteobacteria(10条)和Bacteroidetes(5条),另外Acidobacteria、Firmicutes、Actinobacteria等也被检测出。其中有些条带只在特定时期某个处理中表现出优势,如Fusobacterium sp.只在幼果期秸秆覆盖处理出现,有些条带则为各处理共有只是亮度有所不同,如Flavobacterium sp.,然而这些共有或者特异性条带所代表的细菌类群在土壤中的生态功能及其生理生化特征有待进一步明确。【结论】植物地表覆盖(生草/秸秆)能够显著改变土壤细菌群落结构,提高土壤细菌多样性和丰富度,具有土壤优化效应,而地膜覆盖在本研究中与对照无显著差异。 展开更多
关键词 果园 地表覆盖 土壤细菌 pcr-DGGE 克隆测序
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PCR直接测序法分析结核分枝杆菌katG基因突变 被引量:20
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作者 吴雪琼 钟敏 +4 位作者 张俊仙 俞伟 张军芝 庄玉辉 贾树林 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2000年第1期9-11,共3页
为了了解我国结核分枝杆菌耐异烟肼 (INH)分离株katG基因突变情况 ,研究其临床意义。本研究通过聚合酶链反应 (PCR)、PCR 单链构象多态性 (SSCP)和PCR直接测序法 (directsequencing ,DS)分析 92株结核分枝杆菌临床分离株的katG基因。以H... 为了了解我国结核分枝杆菌耐异烟肼 (INH)分离株katG基因突变情况 ,研究其临床意义。本研究通过聚合酶链反应 (PCR)、PCR 单链构象多态性 (SSCP)和PCR直接测序法 (directsequencing ,DS)分析 92株结核分枝杆菌临床分离株的katG基因。以H37Rv标准株为对照 ,2 3株药物敏感株中 ,2 1株katG基因SSCP分析正常 ,2株异常。 36株耐非INH药物的分离株中 ,2 0株katG基因SSCP正常 ,16株异常。 33株耐INH分离株中 ,高度耐INH的 17株 ,其中 4株为katG基因缺失 ,5株katGSSCP异常 ,8株正常 ;低度耐INH的 16株 ,其中 13株KatG基因SSCP异常 ,3株正常。上述所有katGSSCP异常的分离株DS分析均为 315位密码子突变 ,除 1株为AGC→AAC突变外 ,其余均为AGC→ACC突变。结果表明katG基因突变是结核分枝杆菌耐INH产生的主要分子机制 ,其最常见的 315位密码子突变可引起结核分枝杆菌轻度或中度耐INH。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 DNA序列分析 耐药性 pcr
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高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究 被引量:21
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作者 夏梦雷 杨帆 +3 位作者 陆锴 王頔 郑宇 王敏 《中国酿造》 CAS 北大核心 2021年第5期1-7,共7页
传统发酵食品风味独特,营养丰富,历史悠久,生产方式多采用自然接种,部分食品的生产工艺已有数千年的历史,其最终质量与发酵过程中存在的多种微生物密切相关。研究表明,运用现代分子生物学技术,可从基因水平上揭示微生物的多样性和群落... 传统发酵食品风味独特,营养丰富,历史悠久,生产方式多采用自然接种,部分食品的生产工艺已有数千年的历史,其最终质量与发酵过程中存在的多种微生物密切相关。研究表明,运用现代分子生物学技术,可从基因水平上揭示微生物的多样性和群落结构的动态变化,系统阐明其发酵机理。该文综述高通量测序技术在传统发酵食品微生物群落中的应用研究,对聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)、实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-FQPCR)、宏基因组、宏转录组测序等研究方法的原理、操作方法及其研究成果进行了总结,并对各分析技术优缺点进行了比较,旨在为传统发酵食品的微生物群落研究提供参考。 展开更多
关键词 高通量测序技术 传统发酵食品 微生物群落 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳 实时荧光定量聚合酶链式反应 宏基因组测序技术 宏转录组测序技术
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2019新型冠状病毒的核酸检测 被引量:22
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作者 张永卓 王晶 +4 位作者 傅博强 黄翔 董莲华 牛春艳 杨佳怡 《计量学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期393-398,共6页
2019冠状病毒病(COVID-19)疫情已成为国际关注的突发公共卫生事件。为应对突发病毒疫情事件,加快病毒检测并提高检测准确性变得非常重要。中华人民共和国国家卫生健康委员会《新型冠状病毒肺炎诊疗方案》规定了核酸检测和基因测序作为... 2019冠状病毒病(COVID-19)疫情已成为国际关注的突发公共卫生事件。为应对突发病毒疫情事件,加快病毒检测并提高检测准确性变得非常重要。中华人民共和国国家卫生健康委员会《新型冠状病毒肺炎诊疗方案》规定了核酸检测和基因测序作为确诊病例的方法,检测结果是对潜伏期人群、疑似病例人群和隔离期人群的新型冠状病毒(2019-nCoV/SARS-CoV-2)进行确诊的重要依据。对实时荧光RT-PCR检测、数字PCR检测及基因测序方法进行了综述,并对后续监控和生物安全测量(生物计量)标准体系的建立进行了展望。 展开更多
关键词 计量学 新型冠状病毒 核酸检测 实时荧光逆转录-聚合酶链反应 数字聚合酶链反应 基因测序
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苹果锈果类病毒新疆分离物的克隆和序列分析 被引量:20
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作者 赵英 牛建新 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期896-898,共3页
利用自行设计的方法分离提取总RNA,通过一对特异引物,扩增出苹果锈果类病毒的全长片段,该片段通过回收、克隆和测序,结果发现该片段全长330bp,与已发表的NC_001340同源性为99.7%,仅在第126有一个碱基差异。由此证明该片段是苹果锈果类... 利用自行设计的方法分离提取总RNA,通过一对特异引物,扩增出苹果锈果类病毒的全长片段,该片段通过回收、克隆和测序,结果发现该片段全长330bp,与已发表的NC_001340同源性为99.7%,仅在第126有一个碱基差异。由此证明该片段是苹果锈果类病毒的全长序列,进一步证明该反应体系能很好地用于苹果锈果类病毒的RT-PCR检测,为快速鉴定类病毒奠定了良好基础。 展开更多
关键词 苹果锈果类病毒 RT—pcr 基因组 测序
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不同品种猪HSL基因 5′-UTR和外显子Ⅰ片段的克隆测序及多态性分析 被引量:16
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作者 雷明刚 吴珍芳 +3 位作者 邓昌彦 戴丽荷 张振波 熊远著 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第4期354-359,共6页
激素敏感脂肪酶(Hormone sensitivelipase,HSL)是负责分解脂肪组织中甘油三酯释放游离脂肪酸的关键和限速酶,也是影响动物脂肪沉积的关键酶。将HSL基因作为影响猪脂肪代谢和沉积相关性状的候选基因,对不同品种猪HSL基因 5′ UTR和外显... 激素敏感脂肪酶(Hormone sensitivelipase,HSL)是负责分解脂肪组织中甘油三酯释放游离脂肪酸的关键和限速酶,也是影响动物脂肪沉积的关键酶。将HSL基因作为影响猪脂肪代谢和沉积相关性状的候选基因,对不同品种猪HSL基因 5′ UTR和外显子Ⅰ片段进行了克隆测序并开展多态性与性状间的关系研究。序列比较发现,在测定的HSL基因靠近起始密码子(ATG)的 419bp中,杜洛克、梅山猪、大白猪和清平猪序列完全一致,与长白猪序列比较,在-13 ^-12bp位置存在GC→CG的碱基变异;梅山猪(3个体)、通城猪(3个体 )、长白猪 (3个体 )、大白猪(3个体)HSL基因外显子Ⅰ的 442bp位置有G→A碱基间的变异,G→A的转换改变了限制性内切酶BsaHⅠ酶识别位点,且导致了编码氨基酸Val→Ile的替换。经PCR RFLP分析,HSL基因外显子ⅠBsaHⅠ位点多态性有AA、AG和GG 3种基因型。“大白×梅山”F2 代资源家系猪BsaHⅠ位点不同基因型个体背膘厚、肌内脂肪等性状协方差统计分析发现,AG基因型和GG基因型在眼肌面积上存在显著差异。 展开更多
关键词 激素敏感脂肪酶 pcr—RFLP 克隆测序
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