目的:PDCD5(programmed cell death 5)在多种肿瘤组织和细胞中表达降低,但是在胃癌组织未见系统研究,本文基于数据挖掘分析PDCD5表达对胃癌预后的影响。方法:利用Oncomine数据库挖掘PDCD5在胃癌组织中的表达情况。利用Kaplan-Meier Plot...目的:PDCD5(programmed cell death 5)在多种肿瘤组织和细胞中表达降低,但是在胃癌组织未见系统研究,本文基于数据挖掘分析PDCD5表达对胃癌预后的影响。方法:利用Oncomine数据库挖掘PDCD5在胃癌组织中的表达情况。利用Kaplan-Meier Plotter进行胃癌患者生存周期分析。结果:相比正常胃组织,PDCD5基因在弥漫型胃癌组织和混合型胃癌组织中呈低表达,而肠型胃癌组织未见明显变化。PDCD5高表达能够延长弥漫型胃癌、混合型胃癌和肠型胃癌患者的生存时间。结论:大样本数据挖掘能迅速准确地获取胃癌组织中PDCD5表达的相关信息,为深入研究奠定基础。展开更多
背景与目的 肺癌是全球最常见的恶性肿瘤,大多数患者初次诊断时已发生转移,因此寻找肺癌新的诊断标志物并探索其在肺癌发生中的作用具有重要价值。基于生物信息数据探讨分析肺癌中GINS1基因与肺癌预后的相关性具有重要意义。方法 检索On...背景与目的 肺癌是全球最常见的恶性肿瘤,大多数患者初次诊断时已发生转移,因此寻找肺癌新的诊断标志物并探索其在肺癌发生中的作用具有重要价值。基于生物信息数据探讨分析肺癌中GINS1基因与肺癌预后的相关性具有重要意义。方法 检索Oncomine、EGPIA、TCGA、Human protein atlas等基因数据库,分析GINS1基因在肺癌中的表达差异。应用蛋白质免疫印记法检测肺癌及癌旁组织中GINS1蛋白的表达水平,应用Kaplan-Meier进行患者生存分析,并利用String-DB数据库分析GINS1蛋白相互作用网络。结果 对Oncomine、GEPIA和The Human Protein Atlas数据库中肺癌与癌旁组织蛋白表达数据进行差异性分析,发现GINS1蛋白在肺癌组织中显著高表达,特别以肺腺癌、肺鳞癌中表达明显增加;通过生存分析发现高表达GINS1肺腺癌患者生存期明显低于低表达者,高表达患者预后更差;利用String-DB数据库发现与GINS1蛋白关联最为密切的为GINS蛋白家族(GINS2、GINS3、GINS4),其次为CDC45、MCM蛋白家族(MCM2、MCM3、MCM4、MCM5、MCM6、MCM7),富集分析发现互作蛋白主要参与DNA复制和细胞周期。结论GINS1基因在肺癌组织中显著高表达,与患者预后相关,其有可能成为肺癌诊断及药物治疗的新靶点。展开更多
目的探讨肝癌中ENAH(Enabled homolog)基因表达及与肿瘤细胞运动的关系。方法通过生物信息学技术,检索Oncomine、TCGA、Human Protein Atlas等肿瘤基因数据库,分析ENAH在肝癌中的差异表达,分析ENAH与肝纤维化的关系,免疫组化观察ENAH在...目的探讨肝癌中ENAH(Enabled homolog)基因表达及与肿瘤细胞运动的关系。方法通过生物信息学技术,检索Oncomine、TCGA、Human Protein Atlas等肿瘤基因数据库,分析ENAH在肝癌中的差异表达,分析ENAH与肝纤维化的关系,免疫组化观察ENAH在肝癌组织中的表达差异,String-DB数据库分析ENAH蛋白相互作用网络。Targetscan预测ENAH的调控miRNA,并通过Transwell、划痕实验、Western blotting实验分析miR-497-5p及ENAH对肝癌细胞运动的影响。结果Oncomine数据库进行肝癌与正常肝的ENAH差异分析,发现ENAH蛋白在肝癌中呈显著高表达;在Human Protein Atlas数据库进行肝癌组织的免疫组化观察,同样证实肝癌组织中ENAH蛋白呈明显深染;Oncomine数据库进一步分析发现,ENAH的过表达与肝纤维化呈明显相关性,纤维化肝组织中ENAH表达明显升高。String-DB数据库分析与ENAH共表达的蛋白,其中VASP、ABL1、ROBO1、VCL、CTNND1/CTNNA1/CTNNB1、ROCK1、CDC42、CDH1关联最为紧密。在肝癌细胞HepG2中,miR-497-5p能够下调ENAH的表达,并抑制HepG2细胞的EMT、运动。结论ENAH在肝癌中呈现高表达,与肝纤维化相关,且参与调控肝癌细胞的运动,其有可能成为肝癌诊断及治疗的新靶点。展开更多
目的:基于生物信息数据挖掘阐明G蛋白偶联受体C家族5A基因(G protein-coupled receptor familyC, m e m b e r5, g r o u pA, G P R C 5 A)在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:检索O n c o m i n e,TCGA,HumanProteinAtlas等基因数据库,...目的:基于生物信息数据挖掘阐明G蛋白偶联受体C家族5A基因(G protein-coupled receptor familyC, m e m b e r5, g r o u pA, G P R C 5 A)在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:检索O n c o m i n e,TCGA,HumanProteinAtlas等基因数据库,分析GPRC5A在胰腺癌中的表达差异,并分析其在不同肿瘤中的表达。采用Western印迹技术在武汉大学人民医院小样本队列中验证GPRC5A在胰腺癌及癌旁组织中的蛋白表达水平,采用Kaplan-Meier进行患者生存分析,并对GPRC5A与靶向药物敏感性关系进行分析。结果:对Oncomine数据库中有差异表达的295项研究数据进行差异性分析,发现胰腺癌组织GPRC5A基因的表达明显高于正常胰腺组织。对GPRC5A在不同肿瘤组织中表达的4184项研究进行荟萃分析,发现GPRC5A在胰腺癌组织中显著表达增高。通过生存分析发现高表达GPRC5A胰腺癌患者生存期明显低于低表达者,高表达患者预后更差。此外,GPRC5A表达与靶向药物厄洛替尼的药物敏感性有一定关联。结论:GPRC5A在胰腺癌组织中呈现高表达,与患者预后显著相关,其有可能成为胰腺癌诊断及药物治疗的新靶点。展开更多
目的TMEM164是TMEM家族的一员,实验基于肿瘤基因组图谱(TCGA)和Oncomine数据库评估了TMEM164在肝细胞癌中表达及临床意义。方法从GDC Data Portal网站(https://portal.gdc.cancer.gov/)下载424例HCC的RNA表达谱和临床病理参数资料。其...目的TMEM164是TMEM家族的一员,实验基于肿瘤基因组图谱(TCGA)和Oncomine数据库评估了TMEM164在肝细胞癌中表达及临床意义。方法从GDC Data Portal网站(https://portal.gdc.cancer.gov/)下载424例HCC的RNA表达谱和临床病理参数资料。其中肝细胞癌(HCC)组织374例,癌旁正常组织50例。借助Oncomine数据库进一步扩大样本量,验证TCGA数据库分析结果是否正确。采用Kaplan-Meier曲线和Cox回归分析TMEM164表达与患者预后的相关性,并进行基因集富集分析(GSEA),探讨其潜在作用机制。结果TMEM164在HCC组织中表达量显著高于癌旁正常组织(P<0.001);TMEM164表达水平与HCC患者的Stage分期和T分期均显著相关(P<0.05);生存分析显示TMEM164高表达患者总生存率显著低于低表达患者(P<0.01);单因素及多因素Cox回归分析结果表明TMEM164高表达可能作为HCC患者预后的独立指标。GSEA表明TMEM164可能通过调控mTOR、ERBB等通路进而调控细胞周期、凋亡、自噬及RNA降解等参与HCC的进程,此外TMEM164还可能作用于与免疫相关的信号通路。结论TMEM164在肝细胞癌中高表达,与患者预后不良相关,可能成为HCC患者的预后标志物及潜在治疗靶点。展开更多
文摘目的:PDCD5(programmed cell death 5)在多种肿瘤组织和细胞中表达降低,但是在胃癌组织未见系统研究,本文基于数据挖掘分析PDCD5表达对胃癌预后的影响。方法:利用Oncomine数据库挖掘PDCD5在胃癌组织中的表达情况。利用Kaplan-Meier Plotter进行胃癌患者生存周期分析。结果:相比正常胃组织,PDCD5基因在弥漫型胃癌组织和混合型胃癌组织中呈低表达,而肠型胃癌组织未见明显变化。PDCD5高表达能够延长弥漫型胃癌、混合型胃癌和肠型胃癌患者的生存时间。结论:大样本数据挖掘能迅速准确地获取胃癌组织中PDCD5表达的相关信息,为深入研究奠定基础。
文摘背景与目的 肺癌是全球最常见的恶性肿瘤,大多数患者初次诊断时已发生转移,因此寻找肺癌新的诊断标志物并探索其在肺癌发生中的作用具有重要价值。基于生物信息数据探讨分析肺癌中GINS1基因与肺癌预后的相关性具有重要意义。方法 检索Oncomine、EGPIA、TCGA、Human protein atlas等基因数据库,分析GINS1基因在肺癌中的表达差异。应用蛋白质免疫印记法检测肺癌及癌旁组织中GINS1蛋白的表达水平,应用Kaplan-Meier进行患者生存分析,并利用String-DB数据库分析GINS1蛋白相互作用网络。结果 对Oncomine、GEPIA和The Human Protein Atlas数据库中肺癌与癌旁组织蛋白表达数据进行差异性分析,发现GINS1蛋白在肺癌组织中显著高表达,特别以肺腺癌、肺鳞癌中表达明显增加;通过生存分析发现高表达GINS1肺腺癌患者生存期明显低于低表达者,高表达患者预后更差;利用String-DB数据库发现与GINS1蛋白关联最为密切的为GINS蛋白家族(GINS2、GINS3、GINS4),其次为CDC45、MCM蛋白家族(MCM2、MCM3、MCM4、MCM5、MCM6、MCM7),富集分析发现互作蛋白主要参与DNA复制和细胞周期。结论GINS1基因在肺癌组织中显著高表达,与患者预后相关,其有可能成为肺癌诊断及药物治疗的新靶点。
文摘目的探讨肝癌中ENAH(Enabled homolog)基因表达及与肿瘤细胞运动的关系。方法通过生物信息学技术,检索Oncomine、TCGA、Human Protein Atlas等肿瘤基因数据库,分析ENAH在肝癌中的差异表达,分析ENAH与肝纤维化的关系,免疫组化观察ENAH在肝癌组织中的表达差异,String-DB数据库分析ENAH蛋白相互作用网络。Targetscan预测ENAH的调控miRNA,并通过Transwell、划痕实验、Western blotting实验分析miR-497-5p及ENAH对肝癌细胞运动的影响。结果Oncomine数据库进行肝癌与正常肝的ENAH差异分析,发现ENAH蛋白在肝癌中呈显著高表达;在Human Protein Atlas数据库进行肝癌组织的免疫组化观察,同样证实肝癌组织中ENAH蛋白呈明显深染;Oncomine数据库进一步分析发现,ENAH的过表达与肝纤维化呈明显相关性,纤维化肝组织中ENAH表达明显升高。String-DB数据库分析与ENAH共表达的蛋白,其中VASP、ABL1、ROBO1、VCL、CTNND1/CTNNA1/CTNNB1、ROCK1、CDC42、CDH1关联最为紧密。在肝癌细胞HepG2中,miR-497-5p能够下调ENAH的表达,并抑制HepG2细胞的EMT、运动。结论ENAH在肝癌中呈现高表达,与肝纤维化相关,且参与调控肝癌细胞的运动,其有可能成为肝癌诊断及治疗的新靶点。
文摘目的:基于生物信息数据挖掘阐明G蛋白偶联受体C家族5A基因(G protein-coupled receptor familyC, m e m b e r5, g r o u pA, G P R C 5 A)在胰腺癌中的表达及临床意义。方法:检索O n c o m i n e,TCGA,HumanProteinAtlas等基因数据库,分析GPRC5A在胰腺癌中的表达差异,并分析其在不同肿瘤中的表达。采用Western印迹技术在武汉大学人民医院小样本队列中验证GPRC5A在胰腺癌及癌旁组织中的蛋白表达水平,采用Kaplan-Meier进行患者生存分析,并对GPRC5A与靶向药物敏感性关系进行分析。结果:对Oncomine数据库中有差异表达的295项研究数据进行差异性分析,发现胰腺癌组织GPRC5A基因的表达明显高于正常胰腺组织。对GPRC5A在不同肿瘤组织中表达的4184项研究进行荟萃分析,发现GPRC5A在胰腺癌组织中显著表达增高。通过生存分析发现高表达GPRC5A胰腺癌患者生存期明显低于低表达者,高表达患者预后更差。此外,GPRC5A表达与靶向药物厄洛替尼的药物敏感性有一定关联。结论:GPRC5A在胰腺癌组织中呈现高表达,与患者预后显著相关,其有可能成为胰腺癌诊断及药物治疗的新靶点。
文摘目的TMEM164是TMEM家族的一员,实验基于肿瘤基因组图谱(TCGA)和Oncomine数据库评估了TMEM164在肝细胞癌中表达及临床意义。方法从GDC Data Portal网站(https://portal.gdc.cancer.gov/)下载424例HCC的RNA表达谱和临床病理参数资料。其中肝细胞癌(HCC)组织374例,癌旁正常组织50例。借助Oncomine数据库进一步扩大样本量,验证TCGA数据库分析结果是否正确。采用Kaplan-Meier曲线和Cox回归分析TMEM164表达与患者预后的相关性,并进行基因集富集分析(GSEA),探讨其潜在作用机制。结果TMEM164在HCC组织中表达量显著高于癌旁正常组织(P<0.001);TMEM164表达水平与HCC患者的Stage分期和T分期均显著相关(P<0.05);生存分析显示TMEM164高表达患者总生存率显著低于低表达患者(P<0.01);单因素及多因素Cox回归分析结果表明TMEM164高表达可能作为HCC患者预后的独立指标。GSEA表明TMEM164可能通过调控mTOR、ERBB等通路进而调控细胞周期、凋亡、自噬及RNA降解等参与HCC的进程,此外TMEM164还可能作用于与免疫相关的信号通路。结论TMEM164在肝细胞癌中高表达,与患者预后不良相关,可能成为HCC患者的预后标志物及潜在治疗靶点。
