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基因芯片技术检测环境中常见致病菌的初步研究 被引量:24
1
作者 靳连群 李君文 +2 位作者 王升启 晁福寰 王新为 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期74-78,共5页
目的 为了快速、准确地检测环境中存在的致病菌 ,建立一种采用基因芯片技术对环境中常见致病菌检测和鉴定的实验方法。方法 采用合成后点样的方法把自行设计合成的一系列寡核苷酸探针固定在经过醛基化修饰的显微镜载玻片上 ,制成用于... 目的 为了快速、准确地检测环境中存在的致病菌 ,建立一种采用基因芯片技术对环境中常见致病菌检测和鉴定的实验方法。方法 采用合成后点样的方法把自行设计合成的一系列寡核苷酸探针固定在经过醛基化修饰的显微镜载玻片上 ,制成用于致病菌检测的基因芯片。结果 在相同的条件下 ,扩增了涉及 12个菌属的 15 1株细菌的 16SrDNA基因片段并与基因芯片杂交 ,经Scan Array 30 0 0芯片阅读仪扫描得到特异性的杂交图 ,归纳这些杂交图 ,得到一套属 (种 )特异的典型杂交图谱。待检的样品菌与基因芯片进行杂交 ,得到的杂交结果与典型图谱比对即可判断出样品的种类。用这样的方法对从实际样品中分离的细菌进行检测 ,准确率达到了 96 .2 % (2 5 2 6 )。结论 该项技术的建立为今后更大规模的检测研究奠定了基础 ,可以推广应用于感染性疾病诊断、环境监测、食品卫生监督、商品检验检疫等领域。 展开更多
关键词 基因芯片技术 检测环境 致病菌 核苷酸微阵列 分离菌株 杂交检测
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聚类分析在自身免疫病基因表达谱研究中的初步应用 被引量:22
2
作者 韩光明 陈顺乐 +1 位作者 沈南 王元 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第8期473-475,T001,共4页
目的 探讨聚类分析方法在自身免疫病基因表达谱研究中的应用价值。方法 从正常对照及自身免疫病患者外周血提取总RNA ,逆转录合成单链、双链cDNA后 ,体外转录合成生物素标记的cRNA与基因芯片进行杂交 ,再经抗原抗体反应和标记荧光染料... 目的 探讨聚类分析方法在自身免疫病基因表达谱研究中的应用价值。方法 从正常对照及自身免疫病患者外周血提取总RNA ,逆转录合成单链、双链cDNA后 ,体外转录合成生物素标记的cRNA与基因芯片进行杂交 ,再经抗原抗体反应和标记荧光染料Cy3标记后 ,用基因芯片扫描仪进行图像扫描。经QuantArray分析软件将扫描的图像信息转化为数据。然后 ,进一步将标准化的数据用GeneSpring分析软件进行试验样本和基因的聚类分析。 结果  10例系统红斑狼疮 (SLE)、1例多发性肌炎 (PM )和 1例类风湿关节炎 (RA)患者与 1名正常对照外周血细胞的基因表达谱是不同的 ,患者之间的表达谱因临床表现的异质性 ,其表达谱也有差别 ,但SLE的聚类可与PM、RA相区分 ,同一SLE患者 ,2次采血所得的表达谱具有极强的相似性。基因聚类分析显示 ,具有相似功能的基因具有相似表达模式 ,据此可发现许多已知基因的免疫功能。结论 聚类分析方法能根据基因表达谱 ,将基因进行功能分类 ,故可将自身免疫病的样本进行疾病分类。因此 。 展开更多
关键词 聚类分析 自身免疫病 基因表达谱 研究 临床应用
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苏云金芽孢杆菌cry基因芯片检测方法的研究 被引量:10
3
作者 刘旭光 宋福平 +3 位作者 文思远 王升启 黄大昉 张杰 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第7期987-992,共6页
建立了一种不经PCR扩增而直接应用寡核苷酸芯片从苏云金芽孢杆菌总DNA中检测cry基因的方法。对探针长度、浓度、总DNA含量、标记方法以及灵敏度等条件进行了研究。结果表明,用高浓度Klenow酶随机标记高浓度的总DNA与寡核苷酸探针(40~50... 建立了一种不经PCR扩增而直接应用寡核苷酸芯片从苏云金芽孢杆菌总DNA中检测cry基因的方法。对探针长度、浓度、总DNA含量、标记方法以及灵敏度等条件进行了研究。结果表明,用高浓度Klenow酶随机标记高浓度的总DNA与寡核苷酸探针(40~50mer、40μmol·L-1)杂交可用于检测Bt菌株中含有的cry基因;不同长度探针之间对杂交信号的影响存在显著性差异(P<0.01),而不同浓度的探针之间没有显著性差异。此方法的其它条件为杂交温度42℃、时间3h;检测的样品总DNA的灵敏度约为2.5μg;标记产物杂交用量(0.625~20μg)的对数值与信号值的对数值之间存在明显的线性关系(r2=0.985~0.989)。 展开更多
关键词 苏云金芽孢杆菌 CRY基因 基因芯片 检测方法 杀虫晶体蛋白 生物防治
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小鼠细胞因子相关基因表达检测寡核苷酸芯片的制备及分析 被引量:15
4
作者 黄坚 陈苏红 +5 位作者 佟丽 管伟 丁雨 梁好 李五举 王升启 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期501-504,I003,共5页
A new method for the preparation of oligonucleotide microarray for gene expression detection was found. The key techniques and standards of quality controlling for preparation of oligonucleotide microarray was explore... A new method for the preparation of oligonucleotide microarray for gene expression detection was found. The key techniques and standards of quality controlling for preparation of oligonucleotide microarray was explored using gene of human 23kD highly protein and Luciferase and mouse cytokine-associated genes. By the using of a software system MProbe, oligonucleotide probes were designed and BLAST. All the probes have a very high specificity, i.e. except target sequence, the similarity between the probe and non-target sequences is less than 70% and the hairpin structure are not exist in all probes.All the probes have the same length 40. GC contents in all probes are in a narrow scope (from 45% to 55%). All the probes are modified with amino at 5′ or 3′ terminal. The satisfied images with good sensativity and very high specificity were obtained by the using of the methods above and also using of positive and negative controls and some internal controls(house keeping gene) to quantitate and balance expression of genes. High specificity, good sensativity and stablity have been verified by three continuous experiments using the oligonucleotide microarray to study gene expression profile of normal mouse breast grand tissue .The oligonucleotide microarray for expression detection prepared using our method have high specificity, good sensativity and stablity et al . It may be a more advanced method for analysis of gene expression profile. 展开更多
关键词 小鼠 细胞因子 相关基因表达检测 寡核苷酸芯片 制备 基因表达谱
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用寡核苷酸芯片研究血虚小鼠造血相关细胞因子基因表达谱 被引量:13
5
作者 佟丽 陈苏红 +3 位作者 马增春 黄坚 丁雨 王升启 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2003年第7期625-629,共5页
目的 应用细胞因子寡核苷酸表达谱芯片检测血虚小鼠不同脏器组织内造血相关细胞因子差异表达情况 ,寻找差异表达基因 ,为血虚证治疗药物机制研究及治疗药物筛选奠定基础。方法 采用 5 .5 Gy6 0 Co- γ射线照射Balb/c小鼠 ,制备血虚模... 目的 应用细胞因子寡核苷酸表达谱芯片检测血虚小鼠不同脏器组织内造血相关细胞因子差异表达情况 ,寻找差异表达基因 ,为血虚证治疗药物机制研究及治疗药物筛选奠定基础。方法 采用 5 .5 Gy6 0 Co- γ射线照射Balb/c小鼠 ,制备血虚模型。在不同时间点提取正常和血虚小鼠不同组织总 RNA,反转录成不同荧光标记的c DNA探针 ,与表达谱芯片进行杂交 ,对扫描数据进行分析获得血虚小鼠造血相关细胞因子基因的差异表达情况。结果 在各组织中共发现 2 1个差异表达的基因。这些基因的功能大致分为 3类 :促细胞生长或增殖 ,免疫调节 ,诱导血细胞形成或促造血祖细胞形成集落。结论 照射后上述细胞因子基因的下调 ,使机体的造血功能下降 ,造成血虚 ,证明细胞因子间形成造血调节网络 ,整体调节机体造血。这与中医的全局理论是一致的。实验证明应用芯片技术 ,从分子水平研究血虚形成的机制是可行的 。 展开更多
关键词 细胞因子 寡核苷酸芯片 基因表达谱 血虚
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基因芯片技术鉴定出血性大肠杆菌O157∶H7和霍乱弧菌O139 被引量:12
6
作者 徐晓静 文思远 +3 位作者 陈苏红 马学恩 王华 王升启 《军事医学科学院院刊》 CSCD 北大核心 2006年第2期122-126,130,共6页
目的:建立一种同时快速检测肠出血性大肠杆菌(EHEC)O157∶H7和霍乱弧菌O139的基因芯片,并验证该芯片的特异性和敏感性。方法:选择EHEC O157∶H7的产志贺样毒素基因stx1、stx2和β-葡糖醛酸糖苷酶基因(u idA);霍乱弧菌O139的肠毒素A亚单... 目的:建立一种同时快速检测肠出血性大肠杆菌(EHEC)O157∶H7和霍乱弧菌O139的基因芯片,并验证该芯片的特异性和敏感性。方法:选择EHEC O157∶H7的产志贺样毒素基因stx1、stx2和β-葡糖醛酸糖苷酶基因(u idA);霍乱弧菌O139的肠毒素A亚单位(ctxA)、毒力协调菌毛A亚单位(tcpA)、糖基转移酶(glycosotransferaseLPSgt)基因序列分别设计引物和探针,反向引物用荧光素Cy3标记,探针在3′端氨基修饰。在优化的PCR和杂交反应条件下,分别进行三重PCR扩增,产物混合后与芯片进行杂交,产生特异性荧光信号,进一步筛选探针。随后将筛选出的探针制备芯片用于检测临床样本。结果:PCR产物在相应探针处均产生特异性杂交信号,临床样本检测结果表明,此芯片比常规细菌学检测方法灵敏。结论:所研制的同时定性检测EHEC O157∶H7和霍乱弧菌O139的基因芯片是特异、灵敏而且快速的,为这两种肠道致病菌感染的快速诊断提供了新的方法。 展开更多
关键词 基因芯片 多重PCR 大肠杆菌O157:H7 霍乱弧菌O139
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四物汤化学成分组合对人骨髓基质细胞系HFCL细胞增殖及造血相关基因表达的影响 被引量:10
7
作者 李鹰飞 佟丽 +1 位作者 梁乾德 王升启 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期386-389,共4页
目的 观察四物汤及其化学成分组合对人骨髓基质细胞系HFCL细胞增殖及造血相关基因表达谱的影响,探讨其促HFCL 细胞增殖的可能机制。方法 MTT法测定四物汤化学成分组合对体外HFCL 细胞增殖的影响;运用流式细胞术分析细胞周期的变化;制... 目的 观察四物汤及其化学成分组合对人骨髓基质细胞系HFCL细胞增殖及造血相关基因表达谱的影响,探讨其促HFCL 细胞增殖的可能机制。方法 MTT法测定四物汤化学成分组合对体外HFCL 细胞增殖的影响;运用流式细胞术分析细胞周期的变化;制备人造血相关细胞因子寡核苷酸芯片并检测四物汤及其化学成分组合所致的造血相关细胞因子基因差异表达情况。结果 四物汤化学成分组合增强HFCL细胞的能量代谢,促进HFCL 细胞增殖;四物汤化学成分组合组处于G0 / G1 期的细胞显著少于空白组;增殖指数(PI)则显著大于空白组;IL2 - Rα、NF-κB、TPO基因表达上调。结论 四物汤化学成分组合可通过上调IL2 - Rα、NF-κB、TPO基因表达而促进HFCL 细胞增殖。 展开更多
关键词 四物汤化学成分组合 细胞增殖 造血相关基因表达谱 寡核苷酸芯片
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用基因芯片技术测定健康人群P4502C9基因多态性 被引量:10
8
作者 陈騉 王睿 +2 位作者 文思远 李健 王升启 《中国临床药理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期176-179,共4页
目的探讨基因芯片技术在P4502C9基因分型中应用的可行性,研究中国人群P4502C9基因多态性。方法用基因芯片技术测定169例中国健康志愿者P4502C9基因分型,并用直接测序法对结果进行验证。结果169例中国健康志愿者中,共发现9名P4502C91/3... 目的探讨基因芯片技术在P4502C9基因分型中应用的可行性,研究中国人群P4502C9基因多态性。方法用基因芯片技术测定169例中国健康志愿者P4502C9基因分型,并用直接测序法对结果进行验证。结果169例中国健康志愿者中,共发现9名P4502C91/3基因型,P4502C93/3基因型1名,无P4502C92,P4502C94和P4502C95变异。结论基因芯片法适用于中国健康人群P4502C9基因分型研究,健康人群P4502C93等位基因频率为0.03。 展开更多
关键词 P450 2C9 基因多态性 基因芯片
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应用寡核苷酸芯片技术检测IGF-Ⅱ基因SNP方法的建立及其在运动能力相关基因研究中的应用 被引量:8
9
作者 何子红 常芸 王升启 《中国运动医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期116-121,共6页
目的 :杰出运动能力受控于基因与环境的相互作用 ,由多基因控制。寡核苷酸芯片技术是近年出现的一类基因结构分析技术 ,此项技术出现使基因突变检测更加程序化和规模化。本研究选取与运动能力有关的胰岛素生长因子Ⅱ (IGF -Ⅱ )基因为... 目的 :杰出运动能力受控于基因与环境的相互作用 ,由多基因控制。寡核苷酸芯片技术是近年出现的一类基因结构分析技术 ,此项技术出现使基因突变检测更加程序化和规模化。本研究选取与运动能力有关的胰岛素生长因子Ⅱ (IGF -Ⅱ )基因为该方法学及其应用研究的突破点 ,尝试把DNA芯片技术引入体育科研。方法 :寡核苷酸芯片技术。结果 :(1)IGF -Ⅱ基因SNP的分析中 ,基因组DNA采用 1∶2 0的套式扩增 ,杂交液中加氯化四甲氨 ,杂交温度 4 2℃ ,杂交时间 6 0min效果最好 ;(2 )国家自行车队的 6名队员基因型相同。结果表明 :(1)PCR产物可以直接用于检测突变 ,不对称PCR产物杂交阳性点信号更强 ;(2 )由碱基组成计算的Tm值与其实际的Tm值有一定的差距 ,会影响杂交温度 ;(3)有效的DNA载波片的处理效果直接影响杂交结果 ,是芯片制备中关键环节之一 ;(4)IGF -Ⅱ是研究运动能力相关基因的一个很好的候选基因。 展开更多
关键词 寡核苷酸芯片 胰岛素样生长因子-Ⅱ基因 单核苷酸基因多态性 运动能力 基因研究
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环境微生物群落功能研究的新方法和新策略 被引量:8
10
作者 魏力 杨成运 李友国 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第9期4424-4429,共6页
微生物群落在驱动生物地球化学循环中扮演着重要角色,传统的研究方法可对微生物群落进行遗传结构的解析,但不能有效地与功能研究耦联。概述了近年发展起来的基于核酸和蛋白质水平的分子生物学新方法——环境mRNA和rRNA同时荧光原位杂交(... 微生物群落在驱动生物地球化学循环中扮演着重要角色,传统的研究方法可对微生物群落进行遗传结构的解析,但不能有效地与功能研究耦联。概述了近年发展起来的基于核酸和蛋白质水平的分子生物学新方法——环境mRNA和rRNA同时荧光原位杂交(FISH)、寡核苷酸微阵列技术(Oligonucleotide Microarray)、稳定性同位素联合宏基因组学(SIP-enabled Metagenomics)和环境蛋白质组学(Metaproteomics)在环境微生物群落功能研究中的应用,并且对其发展趋势进行了分析和展望。 展开更多
关键词 微生物群落功能 荧光原位杂交 寡核苷酸微阵列 SIP宏-基因组学 环境蛋白质组学
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猪流感病毒基因芯片检测技术的研究 被引量:11
11
作者 杨林 马世春 +3 位作者 苏增华 尤华 李守军 廖明 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2008年第7期3-5,共3页
根据猪流感病毒(SIV)的M基因序列设计了1对特异性引物M1/M2,扩增出大小为229 bp的目的片段。针对这个基因片段,再设计合成4条寡核苷酸探针,其中反向引物的5′端用荧光素Cy3标记。以荧光标记不对称PCR技术为基础,通过将单链PCR产物与芯... 根据猪流感病毒(SIV)的M基因序列设计了1对特异性引物M1/M2,扩增出大小为229 bp的目的片段。针对这个基因片段,再设计合成4条寡核苷酸探针,其中反向引物的5′端用荧光素Cy3标记。以荧光标记不对称PCR技术为基础,通过将单链PCR产物与芯片杂交实现对SIV的检测,建立SIV的基因芯片检测方法。利用该方法对39份猪组织样品进行检测,与RT-PCR检测方法相比,本方法具有良好的特异性和敏感性。试验结果表明,用该方法快速检测组织中SIV是可行的,对该病的快速诊断和分子流行病学调查具有重要意义。 展开更多
关键词 猪流感病毒 基因芯片 检测
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顺铂诱导肺腺癌A549细胞线粒体基因组及凋亡相关基因的差异表达 被引量:8
12
作者 孙恒文 胡义德 +2 位作者 钱频 孙玉兰 钱桂生 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第12期1049-1051,共3页
目的 探讨顺铂诱导肺腺癌A5 4 9细胞线粒体基因组及核凋亡相关基因的差异表达情况。方法 实验组A5 4 9细胞给予0 5 μg/ml顺铂作用 2 0h,同时设立空白对照组 ,用人线粒体基因组寡核苷酸芯片检测 2 6个靶基因的差异表达。用流式细胞... 目的 探讨顺铂诱导肺腺癌A5 4 9细胞线粒体基因组及核凋亡相关基因的差异表达情况。方法 实验组A5 4 9细胞给予0 5 μg/ml顺铂作用 2 0h,同时设立空白对照组 ,用人线粒体基因组寡核苷酸芯片检测 2 6个靶基因的差异表达。用流式细胞技术分析细胞凋亡比例。结果 实验组A5 4 9细胞的细胞色素氧化酶亚单位Ⅰ(CoxⅠ)、12SrRNA以及半胱氨酸转运RNA(tRNA Cys)、天冬酰胺转运RNA(tRNA Asn)基因表达显著上调 ,促凋亡基因bax和另外 3个编码多肽基因、4个tRNA基因表达也有一定程度上调。实验组A5 4 9细胞凋亡率为 8 5 %± 0 78% ,显著高于对照组的 1 3%± 0 5 6 % (n=5 ,P <0 0 5 )。结论 顺铂诱导能使残存的A5 4 9细胞mtDNA编码的部分基因表达增强 ,并可能通过对bax基因表达的上调促进细胞凋亡。 展开更多
关键词 肺肿瘤 顺铂 DNA 线粒体 细胞凋亡 寡核苷酸芯片
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高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒Nsp2缺失变异株与经典美洲型毒株基因芯片鉴别方法的建立 被引量:8
13
作者 郭焕成 席进 +1 位作者 李江南 涂长春 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2010年第11期1254-1259,共6页
目的建立高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)Nsp2缺失变异株与经典美洲型毒株基因芯片鉴别方法。方法根据高致病性PRRSV Nsp2缺失变异株与经典美洲型毒株(非缺失株)的核苷酸序... 目的建立高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)Nsp2缺失变异株与经典美洲型毒株基因芯片鉴别方法。方法根据高致病性PRRSV Nsp2缺失变异株与经典美洲型毒株(非缺失株)的核苷酸序列,设计扩增美洲型PRRSV保守序列和包含基因缺失区域的Nsp2基因片段的二重PCR引物,并设计长度为31~35nt的美洲型毒株通用寡核苷酸探针和非缺失株相对于变异株Nsp2基因缺失区域的探针,建立寡核苷酸芯片方法。检测该方法的特异性和灵敏度,并进行初步应用。结果通过杂交模式可清楚地区分经典毒株与缺失毒株;芯片探针与猪瘟病毒(Clas-sical swine fever virus,CSFV)、猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type2,PCV2)、猪伪狂犬病病毒(Pseudorabies virus,PRV)样品无非特异性杂交;芯片法与常规PCR法的灵敏度相近;对12份疑似高致病性PRRS猪病料的检测结果与常规PCR法一致。结论建立的芯片方法能够准确鉴别高致病性PRRSV Nsp2缺失变异株,可用于高致病性PRRSV的临床诊断和流行病学调查。 展开更多
关键词 高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒 经典美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒 Nsp2缺失变异株 寡核苷酸芯片 诊断 鉴别
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DNA microarray synthesis by using PDMS molecular stamps (Ⅲ)——Optimization for the reaction conditions 被引量:5
14
作者 XIAO Pengfeng, LU Zuhong, LIU Zhengchun, HE Quanguo & HE NongyueKey Laboratory for Molecular and Biomolecular Electronics of Ministry of Education, Southeast University, Nanjing 210096, China 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2002年第13期1073-1076,共4页
Optimization for the technological processes of fabricating oligonucleotide microarray by the molecular stamping method is studied in this note. Three factors that affect the pressing coupling reactions of the nucleos... Optimization for the technological processes of fabricating oligonucleotide microarray by the molecular stamping method is studied in this note. Three factors that affect the pressing coupling reactions of the nucleosides are focused on: the stability of the chemical activities of the reaction solutions, the contamination of the remain of the reactive nucleotides among the different spots on the chip, and the influence of the capping reaction on the hybridization result. The experiments show that the acetonitrile solution of tetrazole and nucleoside monomer could maintain sufficient reactive activity for more than 10 h. An effective method has been used and proved to eliminate the residual reactive nucleosides on chip with small molecules containing hydroxylgroup. Finally, the capping step-a regular step in theconventional DNA chemical synthesis can be neglected in our on-chip DNA synthetic process, which would not affect its hybridization results. 展开更多
关键词 oligonucleotide microarray MOLECULAR STAMPING method DNA chemical synthesis.
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日本血吸虫慢性感染致CD_4^+ T细胞凋亡的分子基础 被引量:7
15
作者 季旻珺 苏川 +3 位作者 朱翔 李春玲 张兆松 吴观陵 《中国人兽共患病杂志》 CSCD 北大核心 2004年第5期401-405,共5页
目的 立足于全基因水平考察日本血吸虫慢性感染小鼠CD+4T细胞的凋亡相关基因的变化。方法 采用三色流式细胞术结合高密度寡核苷酸芯片 (Affemetrix芯片 ) ,对日本血吸虫感染 13周的小鼠脾脏中的CD+4T细胞进行凋亡观察及基因转录分析 ... 目的 立足于全基因水平考察日本血吸虫慢性感染小鼠CD+4T细胞的凋亡相关基因的变化。方法 采用三色流式细胞术结合高密度寡核苷酸芯片 (Affemetrix芯片 ) ,对日本血吸虫感染 13周的小鼠脾脏中的CD+4T细胞进行凋亡观察及基因转录分析 ,获得凋亡相关基因的表达图谱。结果 日本血吸虫慢性感染小鼠CD+4T细胞的凋亡率均明显高于正常小鼠 (P <0 0 1) ;感染小鼠的CD+4T细胞中有 2 5个凋亡相关基因与正常小鼠相比有显著性差异 ,包括凋亡促进基因—生长抑制和DNA损伤 -GADD家族和肿瘤坏死因子α诱导蛋白 3,凋亡抑制基因—IAP等。结论 日本血吸虫慢性感染小鼠CD+4T细胞的凋亡可能是导致宿主免疫下调的原因之一。凋亡通路中存在复杂的凋亡促进基因和抑制基因的相互作用 ,其中肿瘤坏死因子α诱导蛋白 3可能是日本血吸虫感染诱导CD+4T细胞凋亡的特征性因子。 展开更多
关键词 日本血吸虫 CD^+4T细胞 流式细胞术 高密度寡核苷酸芯片 凋亡
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16SrDNA寡核苷酸芯片鉴定致病菌的初步研究 被引量:6
16
作者 郑桂丽 翟俊辉 +3 位作者 唐学玺 王津 郭兆彪 杨瑞馥 《军事医学科学院院刊》 CSCD 北大核心 2005年第1期13-17,29,共6页
 目的:建立一种基于 16SrDNA寡核苷酸芯片的检测和鉴定常见致病菌的技术。方法:以 16SrDNA为靶标,针对待检细菌设计合成一系列寡核苷酸探针,制备寡核苷酸芯片。细菌DNA经通用引物扩增标记后,与芯片杂交,对杂交图谱进行分析归纳,得到一...  目的:建立一种基于 16SrDNA寡核苷酸芯片的检测和鉴定常见致病菌的技术。方法:以 16SrDNA为靶标,针对待检细菌设计合成一系列寡核苷酸探针,制备寡核苷酸芯片。细菌DNA经通用引物扩增标记后,与芯片杂交,对杂交图谱进行分析归纳,得到一套种和属特异的检测模式。结果:以本室保存的 33株菌 (包括 7个属 15个种)进行初步检验,结果表明,种水平上的鉴定准确率为 78. 79%, 21. 21%可鉴定到属的水平。结论:该研究建立的 16SrDNA寡核苷酸芯片技术可以稳定、特异地实现细菌的高通量鉴定,为进一步检测研究奠定了基础。 展开更多
关键词 寡核苷酸芯片 致病菌 鉴定 16S RDNA
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Design and application of 60mer oligonucleotide microarray in SARS coronavirus detection 被引量:7
17
作者 SHIRong MAWenli +6 位作者 WUQinghua ZHANGBao SONGYanbin GUOQiuye XIAOWeiwei WANGYan ZHENGWenling 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2003年第2期1165-1169,共5页
The 60mer oligonucleotide microarray was designed and applied to detecting of SARS (severe acute respiratory syndrome) coronavirus. Thirty 60mer specific oligos were designed to cover the whole genome of the first sub... The 60mer oligonucleotide microarray was designed and applied to detecting of SARS (severe acute respiratory syndrome) coronavirus. Thirty 60mer specific oligos were designed to cover the whole genome of the first submitted coronavirus strain, according to the sequence of TOR2 (GENEBANK Accession: AY274119). These primers were synthesized and printed into a microarray with 12×12 spots. RNAs were extracted from the throat swab and gargling fluid of SARS patients and reverse-transcripted into the double strand cDNAs. The cDNAs were prepared as restricted cDNA fragments by the restriction display (RD) technique and labeled by PCR with the Cy5-universal primer. The labeled samples were then applied to the oligo microarray for hybridization. The diagnostic capability of the microarray was evaluated after the washing and scanning steps. The scanning result showed that samples of SARS patients were hybridized with multiple SARS probes on the microarray, and there is no signal on the negative and blank controls. These results indicate that the genome of SARS coronavirus can be detected in parallel by the 60mer oligonucleotide microarray, which can improve the positive ratio of the diagnosis. The oligo microarray can also be used for monitoring the behavior of the virus genes in different stages of the disease status. 展开更多
关键词 寡核苷酸微队列 SARS 冠状病毒 检测 RD技术 荧光标记 分子杂交
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应用微阵列芯片检测与2型糖尿病相关的单核苷酸多态性 被引量:5
18
作者 陈琰 刘桂锋 +2 位作者 刘霞 张桂珍 王振新 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2013年第5期1078-1083,共6页
基于三维(3D)寡核苷酸微阵列芯片的荧光检测法,研制了一种用于筛选能检测2型糖尿病的特定寡核苷酸探针.使用第4代(G4)聚(酰胺-胺)(PAMAM)树枝状大分子修饰的载玻片为基底,以氨基修饰的寡核苷酸为固定探针构建3D寡核苷酸微阵列芯片.采用... 基于三维(3D)寡核苷酸微阵列芯片的荧光检测法,研制了一种用于筛选能检测2型糖尿病的特定寡核苷酸探针.使用第4代(G4)聚(酰胺-胺)(PAMAM)树枝状大分子修饰的载玻片为基底,以氨基修饰的寡核苷酸为固定探针构建3D寡核苷酸微阵列芯片.采用荧光化合物Cy5修饰的寡核苷酸为检测探针获得荧光信号.以2型糖尿病易感基因TCF7L2的rs7903146位点为研究对象,通过对含有16种(8对)寡核苷酸的寡核苷酸文库的筛选,获得了1对能用于2型糖尿病检测的寡核苷酸探针.通过单核苷酸多态性和等位基因分析证明,该寡核苷酸探针对靶标寡核苷酸检测具有高特异性,并能准确检测低至2%的等位基因频率. 展开更多
关键词 寡核苷酸微阵列 2型糖尿病 等位基因频率 核苷酸探针
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Design and application of 60mer oligonucleotide microarray in SARS coronavirus detection 被引量:4
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作者 SHI Rong MA Wenli +6 位作者 WU Qinghua ZHANG Bao SONG Yanbin GUO Qiuye XIAO Weiwei WANG Yan ZHENG Wenling 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2003年第12期1165-1169,共4页
The 60mer oligonucleotide microarray was designed and applied to detecting of SARS (severe acute res-piratory syndrome) coronavirus. Thirty 60mer specific oligos were designed to cover the whole genome of the first su... The 60mer oligonucleotide microarray was designed and applied to detecting of SARS (severe acute res-piratory syndrome) coronavirus. Thirty 60mer specific oligos were designed to cover the whole genome of the first submit-ted coronavirus strain, according to the sequence of TOR2 (GENEBANK Accession: AY274119). These primers were synthesized and printed into a microarray with 12×12 spots. RNAs were extracted from the throat swab and gargling fluid of SARS patients and reverse-transcripted into the double strand cDNAs. The cDNAs were prepared as re-stricted cDNA fragments by the restriction display (RD) technique and labeled by PCR with the Cy5-universal primer. The labeled samples were then applied to the oligo microar-ray for hybridization. The diagnostic capability of the mi-croarray was evaluated after the washing and scanning steps. The scanning result showed that samples of SARS patients were hybridized with multiple SARS probes on the microar-ray, and there is no signal on the negative and blank controls. These results indicate that the genome of SARS coronavirus can be detected in parallel by the 60mer oligonucleotide mi-croarray, which can improve the positive ratio of the diagno-sis. The oligo microarray can also be used for monitoring the behavior of the virus genes in different stages of the disease status. 展开更多
关键词 SARS CORONAVIRUS oligonucleotide microarray RD tech-nique fluorescent LABELING molecular hybridization.
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幽门螺杆菌基因分型及耐药检测寡核苷酸芯片的制备及鉴定 被引量:6
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作者 郭树彬 刘军波 +1 位作者 陈琳洁 王升启 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期98-102,I0012,共6页
目的探讨应用寡核苷酸芯片简单快速检测幽门螺杆菌(HP)感染并对其致病性相关的基因型及耐药性同时进行检测的方法,并进行鉴定。方法根据Hp的致病性将其分为cagA+和cagA-两种基因型,通过检测23SrRNA基因是否发生点突变判断其对克拉霉素... 目的探讨应用寡核苷酸芯片简单快速检测幽门螺杆菌(HP)感染并对其致病性相关的基因型及耐药性同时进行检测的方法,并进行鉴定。方法根据Hp的致病性将其分为cagA+和cagA-两种基因型,通过检测23SrRNA基因是否发生点突变判断其对克拉霉素的耐药性。应用寡核苷酸芯片技术对临床标本的Hp进行基因分型和耐药性检测,并制备相应的寡核苷酸芯片。通过构建的野生型模板和突变模板证实制备的寡核苷酸芯片的准确性。结果制备的寡核苷酸芯片可准确地将Hp分为cagA+和cagA-两种基因型,并能够通过检测23SrRNA基因中4种常见的、与克拉霉素耐药性密切相关的点突变,判断幽门螺杆菌对克拉霉素的耐药性。结论应用寡核苷酸芯片可快速检测Hp感染并同时对其致病性相关的基因型及耐药性进行检测。 展开更多
关键词 寡核苷酸芯片 幽门螺杆菌 CAGA 23S RRNA
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