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濒危植物太行菊与长裂太行菊的ITS序列分析 被引量：7
1
作者 王祎玲 张翠琴 +1 位作者 林丽丽 袁丽环 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期86-94,共9页
对太行菊属(Opisthopappus)的太行菊(O.taihangensis)和长裂太行菊(O.longilobus)13个种群的核糖体DNA ITS进行测序,分析不同种、不同种群间的ITS序列差异。结果表明:排序后的ITS序列总长度为682 bp,含有15个简约信息位点;根据ITS序列... 对太行菊属(Opisthopappus)的太行菊(O.taihangensis)和长裂太行菊(O.longilobus)13个种群的核糖体DNA ITS进行测序,分析不同种、不同种群间的ITS序列差异。结果表明:排序后的ITS序列总长度为682 bp,含有15个简约信息位点;根据ITS序列差异共确定出18种单倍型,太行菊和长裂太行菊种群均表现出高的单倍型多样性和核苷酸多样性;两个种均有独有的单倍型,又有共有单倍型;聚类分析表明18种单倍型形成明显两支,Hn1和Hn8分别位于两支的中心为祖先单倍型。ITS序列将太行菊和长裂太行菊13个种群聚类成一个单源支系,但长裂太行菊中两个种群(林虑山LLS和石板岩SBY)与太行菊种群聚为一支,显示出两种之间存在着基因交流或杂交。在进化过程中,长裂太行菊可能经历了长距离侵殖,太行菊在太行山隆升之前经历了种群的扩张,随着太行山的隆升逐渐形成现今的分布格局。 展开更多
关键词 太行菊 长裂太行菊 核糖体DNA ITS
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崖壁植物太行菊与长裂太行菊全基因组大小及特征分析 被引量：1
2
作者 王祎玲 臧恩 +5 位作者 张昊 刘志霞 兰亚飞 何珊 郝伟丽 曹艳玲 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期1582-1589,共8页
太行菊(Opisthopappus taihangensis)、长裂太行菊(O.longilobus),为太行山特有多年生崖壁草本植物,菊科(Compositae)重要野生资源,具有较高的经济与生态价值。为确定适合两物种的全基因组测序策略,该研究利用流式细胞法和高通量测序技... 太行菊(Opisthopappus taihangensis)、长裂太行菊(O.longilobus),为太行山特有多年生崖壁草本植物,菊科(Compositae)重要野生资源,具有较高的经济与生态价值。为确定适合两物种的全基因组测序策略,该研究利用流式细胞法和高通量测序技术,分析两物种基因组大小、杂合率、重复序列及GC含量等信息。结果表明:(1)流式细胞法估算太行菊基因组大小约为2.1 Gb,长裂太行菊基因组大小约为2.4 Gb。(2)高通量测序修正后太行菊基因组大小为3.13 Gb,重复序列比例为84.35%,杂合度为0.99%,GC含量为36.56%;长裂太行菊基因组为3.18 Gb,重复序列比例为83.83%,杂合度为1.17%,GC含量为36.62%。(3)初步组装后GC含量分布及平均深度存在异常,出现分层现象,可能是两物种基因组杂合率较高所致。综上结果表明,太行菊、长裂太行菊均属于高重复、高杂合、大基因组的复杂基因组,建议使用Illumina+PacBio测序组装策略,进行全基因组测序分析。 展开更多
关键词 太行菊 长裂太行菊 基因组调查 基因组大小 高通量测序
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