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题名结直肠癌中O-型糖基化相关差异基因的筛选及分析
被引量：2
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作者
姚健楠
高天博
段凌
刘健
蒋玉良
安广宇
葛洋
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机构
首都医科大学附属北京朝阳医院肿瘤科
首都医科大学附属北京朝阳医院医学研究中心
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出处
《首都医科大学学报》
CAS
北大核心
2020年第3期403-410,共8页
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基金
国家自然科学基金(81802738)
北京市自然科学基金(7202051)
+1 种基金
北京市属医院科研培育计划(PX2020016)
北京市附属医院科研培养计划(PX2017017)。
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文摘
目的通过鉴定得出正常和异常O-型糖基化结肠癌细胞之间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),即O-型糖基化相关差异基因,并探讨其促进肿瘤发生发展的潜在机制。方法运用单色标记表达谱芯片技术对经Cosmc表达质粒或其空白对照质粒稳定转染的LS174T Tn(+)细胞进行检测,采用RNA杂交获得基因表达谱数据,通过Wegstalt平台的基因通路富集(gene set enrichment analysis, GESA)方法行GO基因本体(gene ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)肿瘤相关通路分析,R语言行热图聚类分析,STRING在线软件对蛋白网络进行差异及整合分析。结果通过分析获得了1 474个符合条件的DEGs,其中有502个基因上调,972个基因下调;GO分析显示DEGs主要参与细胞外基质组织及生长因子活性相关的生物学过程;KEGG分析DEGs主要富集在磷脂酰肌醇-3激酶(phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)、转化生长因子-β(transforming growth factor-β, TGF-β)和Wnt等经典信号通路上。结论本研究首次着眼于结肠癌细胞中由O-型糖基化引起的转录组学变化,有助于揭示O-型糖基化修饰的结直肠癌分子特征,并为科学研究和临床治疗提供新的方向。
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关键词
结直肠癌
o-型糖基化
基因表达谱
差异表达基因
Cosmc
生物信息学
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Keywords
colorectal cancer
o-glycosylation
gene expression profile
differentially expressed genes
Cosmc
bioinformatics
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分类号
R735.3
[医药卫生—肿瘤]
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