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利用Pearson相关系数定量分析生物亲缘关系 被引量：100
1
作者 张宇镭 党琰 贺平安 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2005年第33期79-82,99,共5页
论文主要利用计算语言学中使用的统计学方法定量分析生物物种的亲缘关系。以包含生物体遗传信息的核酸序列为研究对象,采用计算语言学的思想和方法,将每一个生物体的核酸序列看作一篇很长的自然语言文本,抽取核酸序列的双核苷酸频率分... 论文主要利用计算语言学中使用的统计学方法定量分析生物物种的亲缘关系。以包含生物体遗传信息的核酸序列为研究对象,采用计算语言学的思想和方法,将每一个生物体的核酸序列看作一篇很长的自然语言文本,抽取核酸序列的双核苷酸频率分布特征向量,用以表征其数字特征。而后采用PearsonCorrelationCoefficient(Pearson相关系数)定量分析其亲缘关系的远近程度。将119个细菌的全基因组核酸序列进行两两比对,对所得的7021个r值进行分析,得出的结论是:亲缘关系越相近的物种,其Pearson相关系数越大。取定0.985作为“属”的分界阈值时,得到召回率为75.824%,准确率为73.404%。论文对定量分析生物学核酸序列的相似性和对生物亲缘关系远近的建模有重要的实际意义。 展开更多
关键词 Pearson相关系数 核酸序列 自然语言文本
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浙江和河北发生的一种水稻、小麦、玉米矮缩病是水稻黑条矮缩病毒引起的(英文) 被引量：85
2
作者 张恒木 雷娟利 +4 位作者 陈剑平 吕永平 陈声祥 薛庆中 M.J.Adams 《中国病毒学》 CSCD 2001年第3期246-251,共6页
以浙江省的水稻黑条矮缩病和河北省的玉米粗缩病的病毒分离物为材料 ,对我国南北方两种病毒分离物进行了比较研究。两种病毒分离物的粒子大小形态相似 ,且在血清学上密切相关 ;二者的介体、寄主相同 ,并引起相同的症状。提纯两种病毒分... 以浙江省的水稻黑条矮缩病和河北省的玉米粗缩病的病毒分离物为材料 ,对我国南北方两种病毒分离物进行了比较研究。两种病毒分离物的粒子大小形态相似 ,且在血清学上密切相关 ;二者的介体、寄主相同 ,并引起相同的症状。提纯两种病毒分离物的基因组片段凝胶电泳显示它们相应的基因组片段之间大小极其相似。根据水稻黑条矮缩病毒 (Riceblackstreakeddwarfvirus) ,RBSDV的S7和S8设计引物 ,利用RT PCR技术 ,在两种病毒分离物中均可特异扩增到预期大小的片段。序列测定比较分析表明 :它们的同源性达 97.0 %～ 98.9% ,与日本RBSDV的同源性 (92 .2 %～ 95 .5 % )高于与意大利MRDV的同源性 (76 .6 %～ 88.4% )。从而认为我国南方的水稻黑条矮缩病和北方和玉米粗缩病都是同一种病毒———RBSDV引起的 ,也就是说我国北方的玉米粗缩病病原实际上是水稻黑条矮缩病毒 ,而不是玉米粗缩病毒。 展开更多
关键词 水稻黑条矮缩病毒 玉米粗缩病毒 核苷酸序列
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中国人丙型肝炎病毒基因组的一级结构及其变异 被引量：73
3
作者 毕胜利 白宪鹤 +4 位作者 丛勉尔 田厚文 孙得贵 H.S.Margolis 刘崇柏 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 1993年第2期114-127,共14页
自河北省固安县和上海市的两份急性丙型肝炎病人血清分离丙型肝炎病毒RNA,纯化后经反转录和聚合酶链反应(PCR)获得覆盖病毒基因组全长的cDNA片段。通过对河北株丙型肝炎病毒基因全部cDNA序列的分析,以及对上海株丙型肝炎病毒部分重要区... 自河北省固安县和上海市的两份急性丙型肝炎病人血清分离丙型肝炎病毒RNA,纯化后经反转录和聚合酶链反应(PCR)获得覆盖病毒基因组全长的cDNA片段。通过对河北株丙型肝炎病毒基因全部cDNA序列的分析,以及对上海株丙型肝炎病毒部分重要区域cDNA序列的分析,确定了中国人丙型肝炎病毒基因cDNA的一级结构和变异趋势。实验结果表明,中国人丙型肝炎病毒的基因结构同日本与美国研究人员最初分离的丙型肝炎病毒基因结构相似。以中国河北株与日本HCV-J株比较,病毒基因有771个核苷酸不同,两者同源性为91.8％;氨基酸残基有174个不同,其同源性为94.3％。与美国HCV-1株相比,中国河北株有2011个棱苷酸发生变化,同源性为78.6％;氨基酸残基有458个发生变化,同源性为84.9％。河北与上海两株比较的结果发现,各区域变异程度大小不同,以E2基因区最高,NS3—NS4,NS5高度保守。总体水平上分析,我国的两株丙型肝炎病毒基因虽有变异,但总变异率很低,并且变异主要发生在结构基因区域。而与国外丙型肝炎病毒相比,变异则贯穿于全基因。表明中国丙型肝炎病毒基因组在核苷酸水平上有一定的共同特征。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒 聚合酶链反应 结构
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猪流行性腹泻病毒中国地方流行株LJB/03M基因的克隆与序列分析 被引量：38
4
作者 范京惠 郎景华 +2 位作者 吴凌 张海峰 李一经 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2005年第7期7-9,共3页
从黑龙江某猪场疑似猪流行性腹泻猪的粪便中提取总RNA,采用RT-RCR方法扩增,首次获得中国地方流行株PEDVM全基因序列,将其克隆到pMD18-T载体中进行测序,克隆的M基因核苷酸序列由681个核苷酸组成,含有一个完整的开放阅读框架,编码226个氨... 从黑龙江某猪场疑似猪流行性腹泻猪的粪便中提取总RNA,采用RT-RCR方法扩增,首次获得中国地方流行株PEDVM全基因序列,将其克隆到pMD18-T载体中进行测序,克隆的M基因核苷酸序列由681个核苷酸组成,含有一个完整的开放阅读框架,编码226个氨基酸。与国外已发表的其他毒株进行基因进化分析,GenBank中的6株PEDV形成的基因进化树具有3个分支。其中分离株LJB/03形成一个独立的分支,说明LJB/03的M基因序列与其他毒株相比,发生了一定的变异。 展开更多
关键词 流行性腹泻病毒 M基因 克隆 序列测定
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魁蚶核糖体DNA基因转录间隔区的序列特征 被引量：28
5
作者 陈琳琳 孔晓瑜 +2 位作者 周立石 陈丽梅 喻子牛 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期104-108,共5页
以相应引物PCR扩增魁蚶(Scapharcabroughtonii)的核糖体转录间隔子ITS 1和ITS 2片段,测序后得到长度分别为461bp和533bp的核苷酸序列(含引物)。其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为21 91%、24 73%、28 20%和25 16%(ITS 1),27 02%、25 52%... 以相应引物PCR扩增魁蚶(Scapharcabroughtonii)的核糖体转录间隔子ITS 1和ITS 2片段,测序后得到长度分别为461bp和533bp的核苷酸序列(含引物)。其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为21 91%、24 73%、28 20%和25 16%(ITS 1),27 02%、25 52%、25 52%和21 95%(ITS 2)。将这2个片段与其他双壳贝类的相应片段进行比较,发现ITS 1和ITS 2引物在贝类中具有良好的通用性。比较几种贝类的ITS 1片段发现有1～100bp长度不等、弥散状态的插入/缺失;对5种蚶科贝类的ITS 2相应片段进行比较,发现中间有75bp的保守区域,与本研究在魁蚶ITS 2群体序列研究中观察到的情况相同。 展开更多
关键词 魁蚶 核苷酸序列 ITS-1 ITS-2
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栉孔扇贝核糖体DNA转录间隔子序列研究及其潜在应用(英文) 被引量：18
6
作者 喻子牛 孔晓瑜 +2 位作者 庄志猛 刘亚军 宋林生 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2001年第1期6-9,共4页
以相应引物PCR扩增栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)核基因组的核糖体DNA两个转录间隔子 (ITS - 1和ITS - 2 ) ,PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序 ,分别得到了 340bp和 510bp的碱基序列 ,序列大小非常适合遗传变异及分子系统学研究。其A、T... 以相应引物PCR扩增栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)核基因组的核糖体DNA两个转录间隔子 (ITS - 1和ITS - 2 ) ,PCR产物经T载体连接后进行克隆、测序 ,分别得到了 340bp和 510bp的碱基序列 ,序列大小非常适合遗传变异及分子系统学研究。其A、T、G、C含量在ITS - 1分别为 32 .0 6 % ,2 0 .59% ,2 2 .35%和2 5.0 0 % ,在ITS - 2分别为 30 .0 0 % ,2 1.37% 2 4 .12 %和 2 4 .51%。这两个变异性较大的序列在扇贝种群中应用潜力很大 ,可广泛用于种内群体间遗传变异研究、种质鉴别及系统学研究。 展开更多
关键词 栉孔扇贝 ITS-1 ITS-2 基因序列 核糖体DNA 转录间隔子
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美国白蛾核型多角体病毒几丁质酶基因核苷酸序列研究 被引量：14
7
作者 贡成良 小林淳 +2 位作者 宫岛成寿 金伟 吴祥甫 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第3期260-269,共10页
美国白蛾核型多角体病毒（ Ｈｃ Ｎ Ｐ Ｖ） 编码的几丁质酶 Ａ（ Ｃｈｉｔｉｎａｓｅ Ａ， Ｃｈｉ Ａ） 基因定位在 Ｈｉｎｄ Ⅲ－ ３５ｋｂ 片段上。 Ｄ Ｎ Ａ 测序表明，半胱氨酸蛋白酶（ Ｃ Ｐ） 基因的５＇上游反向存在 Ｃ... 美国白蛾核型多角体病毒（ Ｈｃ Ｎ Ｐ Ｖ） 编码的几丁质酶 Ａ（ Ｃｈｉｔｉｎａｓｅ Ａ， Ｃｈｉ Ａ） 基因定位在 Ｈｉｎｄ Ⅲ－ ３５ｋｂ 片段上。 Ｄ Ｎ Ａ 测序表明，半胱氨酸蛋白酶（ Ｃ Ｐ） 基因的５＇上游反向存在 Ｃｈｉ Ａ基因， Ｃｈｉ Ａ 基因的 Ｏ Ｒ Ｆ 为１ ６６２ 个核苷酸，编码５５３ 个氨基酸，５＇、３＇非编码区分别具有 Ｔ Ａ Ａ Ｇ 基序和 Ａ Ａ Ｔ Ａ Ａ Ａｐｏｌｙ（ Ａ＋ ） 信号序列。同源性分析表明， Ｈｃ Ｎ Ｐ Ｖ 的 Ｃｈｉ Ａ 与苜蓿丫纹夜蛾核型多角体病毒、家蚕核型多角体病毒的 Ｃｈｉ Ａ ，在 Ｄ Ｎ Ａ 水平上的同源性分别为７５３ ％ 、７５７ ％ ，在氨基酸水平上的同源性分别为７５０ ％ 、７８７ ％ ，与来自灵菌的 Ｃｈｉ Ａ 比较，一致性氨基酸达５１ ％ ，推测杆状病毒几丁质酶基因与细菌几丁质酶基因可能具有共同的祖先。 展开更多
关键词 美国白蛾核型多角体病毒 几丁质酶 核苷酸序列
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中国棉铃虫单粒包埋核型多角体病毒多角体蛋白基因的序列分析 被引量：15
8
作者 陈新文 胡志红 +4 位作者 JustM.Vlak(DepartmentofVirology WageningenAgriculturalVniversity Binnenhaven11 7609PDWageningen TheNetherlands) 《中国病毒学》 CSCD 1997年第4期346-353,共8页
以AcMNPV的多角体蛋白基因为探针，定位了中国棉铃虫单粒包理核型多角体病毒（HaSNPV）的多用体蛋白基因。序列测定表明，HaSNPV的多角体蛋白基因编码区为738个核苷酸，编码246个氨基酸，预计蛋白质分子量为29kDa。同源性分析表明，HaS... 以AcMNPV的多角体蛋白基因为探针，定位了中国棉铃虫单粒包理核型多角体病毒（HaSNPV）的多用体蛋白基因。序列测定表明，HaSNPV的多角体蛋白基因编码区为738个核苷酸，编码246个氨基酸，预计蛋白质分子量为29kDa。同源性分析表明，HaSNPV与美洲棉铃虫单粒包理核型多角体病毒（HzSNPV）具有最高的同源性，在整个阅读框架中只有4个碱基的差异，其中第179位碱基的变化导致唯一的氨基酸变化，这种变化并未导致其二级结构的改变。此外，两种病毒该基因的启动子结构也完全一样。HaSNPV与其它的SNPV和MNPV的同源性明显要低。结果预示HaSNPV与HzSNPV可能为同种病毒的不同变种。 展开更多
关键词 棉铃虫病毒 核型多角体病毒 多角体蛋白 基因
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河套蜜瓜ACC合成酶cDNA片段的克隆和序列分析 被引量：9
9
作者 尹俊 哈斯阿古拉 方天祺 《生物技术》 CAS CSCD 1997年第3期10-13,共4页
1-氨基环丙烷-1-羧酸（ACC）合成酶是高等植物中乙烯生物合成的关键酶。以成熟河套蜜瓜（CucumismeloL．cvHetau）果实的RNA为模板，经反转录和PCR扩增得到预期大小的DNA片段，插入到pUC19的SmaⅠ位点后转化E.coliJM109，筛选出重组子pH... 1-氨基环丙烷-1-羧酸（ACC）合成酶是高等植物中乙烯生物合成的关键酶。以成熟河套蜜瓜（CucumismeloL．cvHetau）果实的RNA为模板，经反转录和PCR扩增得到预期大小的DNA片段，插入到pUC19的SmaⅠ位点后转化E.coliJM109，筛选出重组子pHMAS1。序列分析表明获得了长627bp的ACC合成酶cDNA片段。与已报道的ACC合成酶基因相应序列比较有很高的同源性． 展开更多
关键词 河套蜜瓜 ACC合成酶 CDNA 克隆 序列分析
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我国分离的甲病毒YN87448毒株全部结构区基因核苷酸的序列测定及分析 被引量：18
10
作者 周国林 梁国栋 +6 位作者 李蕾 付士红 李福胜 金奇 张海林 黄文丽 侯云德 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第3期205-211,共7页
Ｙ Ｎ８７４４８ 毒株１９８６ 年分离自云南傣族５２ 岁女发热病人的血液标本，曾用血清学方法鉴定为披膜病毒科甲病毒属。用我们创立的单引物差异 Ｒ Ｔ－ Ｐ Ｃ Ｒ 方法及简并引物 Ｒ Ｔ－ Ｐ Ｃ Ｒ 法均已证明：该病毒为甲病毒属... Ｙ Ｎ８７４４８ 毒株１９８６ 年分离自云南傣族５２ 岁女发热病人的血液标本，曾用血清学方法鉴定为披膜病毒科甲病毒属。用我们创立的单引物差异 Ｒ Ｔ－ Ｐ Ｃ Ｒ 方法及简并引物 Ｒ Ｔ－ Ｐ Ｃ Ｒ 法均已证明：该病毒为甲病毒属的辛德毕斯样病毒（ Ｓｉｎｄｂｉｓ － ｌｉｋｅ ｖｉｒｕｓ） 。本研究从甲病毒属的病毒基因序列的共同保守区，设计４ 对引物。用 Ｒ Ｔ－ Ｐ Ｃ Ｒ 方法扩增，再将扩增片段分别连结克隆到ｐ Ｇ Ｅ Ｍ－ Ｔ 载体。通过对４ 个克隆的测序完成了对 Ｙ Ｎ８７４４８ 毒株的全部结构区基因序列的测定，结果表明：（１） Ｙ Ｎ８７４４８ 病毒的全部结构区基因序列长度为４ ０５９ 个核苷酸（ 不包括多聚腺苷酸尾） ；（２） Ｙ Ｎ８７４４８ 病毒的全部结构区基因与辛德毕斯病毒家族中毒力最强的、唯一能致成年小鼠１００ ％ 死亡的、南非分离的辛德毕斯样病毒 Ｓ Ａ Ａ Ｒ８６ 株相应基因的核苷酸序列同源性为９９ ％ ，但 Ｙ Ｎ８７４４８ 毒株不致成年小鼠死亡；（３） 二者基因结构上有一点大的差异是， Ｙ Ｎ８７４４８ 病毒位于基因组８ ６４１ｂｐ 处的结构区基因 Ｅ２ 和 Ｅ３ 之间多出３ 个核苷酸（ Ａ Ａ Ａ） ；（４） 与其它甲属病毒的进化树比较来看? 展开更多
关键词 辛德毕斯样病毒 克隆 RT-PCR 核苷酸 序列
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中国狂犬病毒疫苗株(3aG株)糖蛋白cDNA的核苷酸序列测定和分析 被引量：12
11
作者 白宪鹤 古漓 +1 位作者 王树声 Georger M.Bear 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 1993年第2期128-135,共8页
本文报告了中国狂犬病毒疫苗株(3aG株)糖蛋白cDNA的核苷酸序列及其推导的氨基酸序列。完整的糖蛋白基因从起始密码ATG到终止密码TGA共有1575个核苷酸残基,编码524个氨基酸残基的多肽链。4种核苷酸的组成分别为:A占27％,T占26％,C占22％,... 本文报告了中国狂犬病毒疫苗株(3aG株)糖蛋白cDNA的核苷酸序列及其推导的氨基酸序列。完整的糖蛋白基因从起始密码ATG到终止密码TGA共有1575个核苷酸残基,编码524个氨基酸残基的多肽链。4种核苷酸的组成分别为:A占27％,T占26％,C占22％,G占25％。SaG株的糖蛋白全基因的核苷酸序列与巴斯德株(PV株)和国际标准攻击毒株(CVS株)的糖蛋白基因序列的同源性分别为91.17％和89.44％。其氨基酸推导序列与PV株和CVS株的相比,同源性分别为89.89％和86.83％。3aG株有3个N-糖基化位点,分别位于第37、247和319位的氨基酸残基上。糖蛋白膜外区部分特征抗原位点的比较显示,3aG株、PV株及CVS株有高度同源性。 展开更多
关键词 狂犬病毒 糖蛋白 基因 核苷酸序列
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人癌细胞线粒体DNA控制区序列特征分析 被引量：14
12
作者 胡义德 钱桂生 +2 位作者 李淑平 陈维中 毛宝龄 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 1999年第4期1-5,共5页
为了探讨癌细胞 ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 控制区序列的变化特征， 采用 Ｐ Ｃ Ｒ 产物限制性片段长度多态性（ Ｐ Ｃ Ｒ－ Ｒ Ｆ Ｌ Ｐ） 分析与直接测序相结合的方法， 对比分析６ 株人癌细胞系、６ 例癌患者及４ 例健康成人白细胞ｍｔ Ｄ Ｎ ... 为了探讨癌细胞 ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 控制区序列的变化特征， 采用 Ｐ Ｃ Ｒ 产物限制性片段长度多态性（ Ｐ Ｃ Ｒ－ Ｒ Ｆ Ｌ Ｐ） 分析与直接测序相结合的方法， 对比分析６ 株人癌细胞系、６ 例癌患者及４ 例健康成人白细胞ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 控制区序列。发现第１６５１９ 位 Ｔ→ Ｃ、１６ ５３４ 位 Ａ→ Ｇ、４６ 位 Ｔ→ Ｇ 和４９ 位 Ａ→ Ｃ 突变，在癌细胞系和癌患者白细胞ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 中分别占５０ ％ （３／６） 和３３３ ％ （２／６） ， 健康成人白细胞ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 中未见此类型突变； 第１６ ２７８ 位 Ｃ→ Ｔ 突变， 在癌细胞系 ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 中占５０ ％ （３／６） ， 显著高于正常人群ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 中此位点的多态性变异。表明癌细胞和癌患者白细胞 ｍｔ Ｄ Ｎ Ａ 重链复制起点及其 相邻 Ｄ 环区的特征性突变可能与细胞癌变／ 或癌的易感性有关。 展开更多
关键词 人癌细胞系 线粒体DNA 控制区 核苷酸序列 突变
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棉铃虫核型多角体病毒几丁质酶基因及杆状病毒几丁质酶基因的分子进化 被引量：10
13
作者 张传溪 林欣大 吴峻 《昆虫学报》 CSCD 北大核心 2000年第3期233-241,共9页
用PCR方法扩增了棉铃虫Helicoverpaarmigera单粒包埋型核型多角体病毒 (HaSNPV)几丁质酶基因 ,测定了基因编码区的核苷酸全序列。基因编码区全长 1713bp,可编码 570个氨基酸残基组成的多肽 ,预计分子量为 6 3 6kD。将所推导的HaSNPV几... 用PCR方法扩增了棉铃虫Helicoverpaarmigera单粒包埋型核型多角体病毒 (HaSNPV)几丁质酶基因 ,测定了基因编码区的核苷酸全序列。基因编码区全长 1713bp,可编码 570个氨基酸残基组成的多肽 ,预计分子量为 6 3 6kD。将所推导的HaSNPV几丁质酶氨基酸序列与其它已知杆状病毒几丁质酶氨基酸序列进行联配比较 ,结果表明HaSNPV与谷实夜蛾H .zea单粒包埋型核型多角体病毒 (HzSNPV)的氨基酸序列非常相似 ,同源性高达 90 7% ,与苜蓿丫纹夜蛾Autographacalifornica多粒包埋型核型多角体病毒 (AcMNPV)、家蚕Bombyxmori核型多角体病毒 (BmNPV)、美国白蛾Hyphantriacunea核型多角体病毒 (HcNPV)、舞毒蛾Lymantriadispar多粒包埋型核型多角体病毒 (LdMNPV)、黄杉毒蛾Orgyiapseudotsugata多粒包埋型核型多角体病毒 (OpMNPV)和云杉卷叶蛾Choristoneurafumiferana核型多角体病毒 (CfMNPV)氨基酸序列同源性分别为 6 4 4 %、 6 4 9%、 6 4 2 %、 6 2 9%、 6 6 2 %和 6 1 5%。根据氨基酸序列用PC\GENE程序绘制已知杆状病毒几丁质酶的分子系统树 ,并与杆状病毒中最为保守的多角体蛋白基因系统树作了比较 ,结果表明几丁质酶基因和多角体蛋白基因的进化速率是不尽相同的。 展开更多
关键词 HANPV 几丁质酶基因 核苷酸序列 杆状病毒
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北京地区流行性出血热SEO型汉坦病毒基因差异的研究 被引量：15
14
作者 张秀春 周绍莲 +3 位作者 王华 胡经畬 关增智 刘海林 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2000年第5期349-351,共3页
目的　揭示北京地区啮齿类动物所携带的流行性出血热 (EHF)汉坦病毒的基因型、毒株差异 ,追溯其传染来源。方法　本研究应用逆转录 聚合酶链反应 (RT PCR)扩增技术及核苷酸序列测定方法对免疫荧光抗原阳性的标本进行研究分析。结果　对 ... 目的　揭示北京地区啮齿类动物所携带的流行性出血热 (EHF)汉坦病毒的基因型、毒株差异 ,追溯其传染来源。方法　本研究应用逆转录 聚合酶链反应 (RT PCR)扩增技术及核苷酸序列测定方法对免疫荧光抗原阳性的标本进行研究分析。结果　对 5个阳性标本的 30 0bp部分M基因组片段序列分析表明均为SEO型汉坦病毒 ;毒株核苷酸序列比较表明 :与其他SEO型毒株同源性均达 94%以上 ,而与其他HNT型毒株同源性均低于 72 % ;毒株序列所构建的系统发生树显示 ,北京地区SEO型汉坦病毒可能至少存在 4个不同的进化分支和两个不同的汉坦病毒亚型。结论　北京地区流行性出血热流行的主要毒株是SEO型汉坦病毒 ,毒株间存在着一定的基因差异 ,其传染来源有待深入研究。 展开更多
关键词 核苷酸序列 RT-PCR 流行性出血热 SEO型汉坦病菌
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我国分离的盖塔病毒衣壳蛋白基因和3′非翻译区分子特征研究 被引量：14
15
作者 翟友刚 王焕琴 +1 位作者 付士红 梁国栋 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期270-275,共6页
对我国海南省和河北省分离到的3株盖塔病毒（GETV）（M1、HB0215-3和HB0234）进行衣壳蛋白基因和3′UTR区序列测定,并分析比较该病毒的分子生物学遗传特征。首先应用逆转录聚合酶链反应扩增出病毒衣壳蛋白基因和3′UTR片段,纯化后连接... 对我国海南省和河北省分离到的3株盖塔病毒（GETV）（M1、HB0215-3和HB0234）进行衣壳蛋白基因和3′UTR区序列测定,并分析比较该病毒的分子生物学遗传特征。首先应用逆转录聚合酶链反应扩增出病毒衣壳蛋白基因和3′UTR片段,纯化后连接到载体中进行测序,然后用Clastal X和DNASTAR软件对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,用MEGA软件绘制系统发生树。3株病毒衣壳蛋白基因分别由801、804和804个核苷酸组成,分别编码267、268和268个氨基酸,3株病毒之间核苷酸和氨基酸序列同源性为97.6%-100%和97.8%-100%,与其他GETV分离株核苷酸同源性在95.4%-99.6%之间。3株病毒3′UTR分别由411、401和401个核苷酸组成,发现中国株存在10个（45-54位）核苷酸缺失和2个（64位、148位）特有的核苷酸位点。进化分析表明盖塔病毒之间的进化关系与分离年代相关,中国境内流行的盖塔病毒是相对独立的一个类群。 展开更多
关键词 盖塔病毒 衣壳蛋白基因 3′非翻译区 核苷酸序列 系统发生树
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引发脑膜脑炎流行的柯萨奇B_5病毒的序列分析 被引量：15
16
作者 陈立 赵月萍 +4 位作者 张礼璧 朱晖 祝双利 马明英 王建军 《中国计划免疫》 2003年第2期94-97,共4页
安徽省明光市 2 0 0 1年 6～ 7月发生了一起无菌性脑膜脑炎流行 ,从病人脑脊液和粪便标本中分离到 17株柯萨奇 (Coxsackie ,Cox .)B5病毒 ,血清学实验证明所分离的病毒为此次无菌性脑膜脑炎流行的病因。对其中的 2株病毒 (MG/ 18/ 2 0 ... 安徽省明光市 2 0 0 1年 6～ 7月发生了一起无菌性脑膜脑炎流行 ,从病人脑脊液和粪便标本中分离到 17株柯萨奇 (Coxsackie ,Cox .)B5病毒 ,血清学实验证明所分离的病毒为此次无菌性脑膜脑炎流行的病因。对其中的 2株病毒 (MG/ 18/ 2 0 0 1和MG/ 39/ 2 0 0 1)测定了VP1区全基因核酸序列并做了比较分析。结果显示 :所测 2株病毒VP1区核苷酸长度均为 849bp ,两毒株之间仅有 1个核苷酸不同。这两株病毒与从 (GenBank)检索到的Cox B5病毒的核苷酸同源性约为 82 %,氨基酸序列亦有改变。从进化树上看 ,这两株病毒同在一个小分支上 ,与它们亲缘关系最近的是从一疑似脊髓灰质炎的儿童分离到的AF114383 -Cox B5病毒 ,而与从手足口病患者分离到的X6 770 6-Cox B5病毒相对较远。表明此次脑膜脑炎的病因病毒与同是侵犯中枢神经系统的Cox B5的原型株 -AF114383 -Cox B5病毒亲缘关系最近 ,但核苷酸已经发生了 >18%的变异 ,可以认为其是Cox B5新亚型病毒。 展开更多
关键词 脑膜脑炎 柯萨奇B5病毒 序列分析 流行病学
原文传递
中国广西狂犬病毒野毒株（CGX89－1株）糖蛋白基因核酸序列测定和分析 被引量：12
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作者 白宪鹤 古漓 王树声 《中华微生物学和免疫学杂志》 CSCD 北大核心 1994年第1期10-15,共6页
本文报告了中国广西狂犬病毒野毒株（ＣＧＸ８９－１株）糖蛋白基因ｃＤＮＡ的核苷酸序列及其推导的氨基酸序列。ＣＧＸ８９－１株的糖蛋白基因从起始密码ＡＴＧ到终止密码ＴＡＡ共有１５７５个核苷酸残基，可编码形成５２４个氨基酸残... 本文报告了中国广西狂犬病毒野毒株（ＣＧＸ８９－１株）糖蛋白基因ｃＤＮＡ的核苷酸序列及其推导的氨基酸序列。ＣＧＸ８９－１株的糖蛋白基因从起始密码ＡＴＧ到终止密码ＴＡＡ共有１５７５个核苷酸残基，可编码形成５２４个氨基酸残基的多肽链，经修饰后形成具有５０５个氨基酸残基构成的狂犬病毒糖蛋白。ＣＧＸ８９－１株的糖蛋白基因和核苷酸组成分别为：Ａ占２７．１１％，Ｔ占２６．２９％，Ｃ占２１．９７％和Ｇ占２４．６３％。核苷酸序列和巴斯德株（ＰＶ株），国际标准攻击毒株（ＣＶＳ株），中国狂犬病毒疫苗株（３ａＧ株）相比，同源性分别为８４．１％，８３．１％和８４．５％。其推导的氨基酸序列和ＰＶ株、ＣＶＳ株和３ａＧ株相比其同源性分别为９２．４％，８９．７％和８９．５％。ＣＧＸ８９－１株也具有３个Ｎ－糖基化位点，分别位于第３７位、１５７位和３１９位的氨基酸残基上。糖蛋白的膜外区部分重要抗原位点和ＰＶ株、ＣＶＳ株及３ａＧ株具有较高的一致性。 展开更多
关键词 狂犬病毒 糖蛋白基因 核苷酸序列
原文传递
苏铁在种子植物进化中的位置——分子生物学的证据 被引量：14
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作者 屈良鹄 余小强 +1 位作者 施苏华 张宏达 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 1991年第1期72-76,共5页
用大分子rRNA快速测序法测定了苏铁(Cycas revoluta Thunb.)、水松[Glyptos-trobus pensilis(Staunt.)Koch]和南方红豆杉[Taxus mairei(Lemee et Levl)S.Y.Hu]三种裸子植物Ls-rRNA5′端区108个核苷酸的序列。用这些数据构建的rRNA系统... 用大分子rRNA快速测序法测定了苏铁(Cycas revoluta Thunb.)、水松[Glyptos-trobus pensilis(Staunt.)Koch]和南方红豆杉[Taxus mairei(Lemee et Levl)S.Y.Hu]三种裸子植物Ls-rRNA5′端区108个核苷酸的序列。用这些数据构建的rRNA系统树揭示了苏铁与水松和南方红豆杉构成一个关系密切的姐妹群,而所分析的被子植物都为另一自然类群。另以绿藻作为种子植物群外参照物种,表明苏铁这一位置并不是由于一个特异的进化速度所造成的。这一结果支持了苏铁与松杉类为一自然群类,它们的分歧发生在裸子植物与被子植物分歧之后的假说。 展开更多
关键词 苏铁 种子植物 植物进化 裸子植物
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PRVLA株gD基因的序列测定及其重复高变区的发现 被引量：10
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作者 范伟兴 魏荣 +2 位作者 张雪莲 陈溥言 赵宏坤 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期350-352,共3页
对猪伪狂犬病病毒鲁 A株 (PRV L A株 ) g D基因进行了克隆和序列测定 ,结果表明 :在测序的 14 5 3bp的 DNA序列中包括着 1个 12 0 3bp的 ORF(即 g D基因 ) ,它编码 4 0 0个氨基酸组成的多肽 ;在整个 g D基因的 ORF内 PRVL A株与 PRV Ea... 对猪伪狂犬病病毒鲁 A株 (PRV L A株 ) g D基因进行了克隆和序列测定 ,结果表明 :在测序的 14 5 3bp的 DNA序列中包括着 1个 12 0 3bp的 ORF(即 g D基因 ) ,它编码 4 0 0个氨基酸组成的多肽 ;在整个 g D基因的 ORF内 PRVL A株与 PRV Ea株、Hubei株、Rice株、NIA- 3株、Kaplan株的 g D基因比较 ,核苷酸的同源性分别为 98.3%、98.3%、98.0 %、98.1%、98.6 % ,氨基酸的同源性分别为 97.8%、97.8%、97.5 %、98.1%、98.6 % ;发现 PRV L A株 g D基因与Ea株、Hubei株、Rice株、NIA- 3株、Kaplan株的 g D基因均在 80 2～ 837nt处有 1个 C(A) GGCCC的重复高变区 ,其对应的是 g D2 6 7～ 2 79位氨基酸残基 Arg- Pro的重复高变区。正是该重复高变区的碱基缺失或插入使得 PRV g D的ORF在 1194～ 12 15 nt间变化 ,g D前体的氨基酸残基为 398～ 4 0 4个。 展开更多
关键词 猪伪狂犬病病毒 PRV LA株 GD基因 序列测定 重复高变区 伪狂犬病 同源性
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我国西藏小反刍兽疫病毒China／Tib／Gej／07-30核衣壳蛋白基因和基因组启动子区的分子特征分析 被引量：15
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作者 包静月 王志亮 +9 位作者 李林 赵文姬 索朗次仁 李金明 王英丽 吴晓东 刘春菊 刘雨田 于小静 杨咏梅 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期464-471,共8页
首次对我国西藏小反刍兽疫病毒China/Tib/Gej/07-30的核衣壳蛋白(N)基因和基因组启动子(GP)区进行序列测定和分子生物学特征分析。首先应用逆转录聚合酶链式反应从发病山羊病料中扩增出小反刍兽疫病毒N基因片段,用cDNA3′末端快速扩增... 首次对我国西藏小反刍兽疫病毒China/Tib/Gej/07-30的核衣壳蛋白(N)基因和基因组启动子(GP)区进行序列测定和分子生物学特征分析。首先应用逆转录聚合酶链式反应从发病山羊病料中扩增出小反刍兽疫病毒N基因片段,用cDNA3′末端快速扩增方法获得基因组启动子区片段,对聚合酶链式反应产物进行直接测序,然后对测定的核苷酸和推测的氨基酸序列进行比较分析,绘制系统发生树。我国西藏小反刍兽疫病毒China/Tib/Gej/07-30的N基因由1689个核苷酸组成,编码525个氨基酸,与India/Jhansi/03等6个已知N基因全序列的PPRV毒株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为91.7～97.6和94.9～98.5。小反刍兽疫病毒China/Tib/Gej/07-30N蛋白与磷蛋白作用的结构序列之一为495LFRLQAM501保守序列,N蛋白281-289位氨基酸含有一个T细胞表位,为281YPALGLHEF289保守序列。小反刍兽疫病毒China/Tib/Gej/07-30的GP区由107个核苷酸组成,与Tur-key2000等5株其他PPRV毒株同源性为91.8～98.2。N基因核苷酸序列和相应的氨基酸序列系统进化分析表明小反刍兽疫病毒China/Tib/Gej/07-30与亚洲国家分离株关系最近。 展开更多
关键词 小反刍兽疫病毒 核衣壳蛋白 基因组启动子区 核苷酸序列
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