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基于NUMA延迟发送的时变图弱连通分量求解
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作者 梁锐杰 程永利 《计算机系统应用》 2023年第3期322-329,共8页
时变图连通分量已经被广泛应用到不同场景,如交通路网建设、推荐系统的信息推送等.然而当前多数连通分量求解方法忽视了NUMA体系结构对计算效率产生的影响,即过高的远程内存访问延迟导致低下的算法执行效率.本文针对时变图的弱连通分量... 时变图连通分量已经被广泛应用到不同场景,如交通路网建设、推荐系统的信息推送等.然而当前多数连通分量求解方法忽视了NUMA体系结构对计算效率产生的影响,即过高的远程内存访问延迟导致低下的算法执行效率.本文针对时变图的弱连通分量求解问题,提出一种基于NUMA延迟发送的时变图弱连通分量求解方法,它通过合理的数据内存布局,合理控制NUMA节点间的信息交换次数,最大限度减少远程内存访问数量,显著提高了算法执行效率.实验结果表明,该方法的性能明显优于当前流行的图处理系统Ligra和Polymer提供的方法. 展开更多
关键词 弱连通分量 numa 延迟发送 时变图 图计算
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面向众核处理器的阴阳K-means算法优化
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作者 周天阳 王庆林 +4 位作者 李荣春 梅松竹 尹尚飞 郝若晨 刘杰 《国防科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第1期93-102,共10页
传统阴阳K-means算法处理大规模聚类问题时计算开销十分昂贵。针对典型众核处理器的体系结构特征,提出了一种阴阳K-means算法高效并行加速实现。该实现基于一种新内存数据布局,采用众核处理器中的向量单元来加速阴阳K-means中的距离计算... 传统阴阳K-means算法处理大规模聚类问题时计算开销十分昂贵。针对典型众核处理器的体系结构特征,提出了一种阴阳K-means算法高效并行加速实现。该实现基于一种新内存数据布局,采用众核处理器中的向量单元来加速阴阳K-means中的距离计算,并面向非一致内存访问(non-unified memory access, NUMA)特性进行了针对性的访存优化。与阴阳K-means算法的开源多线程实现相比,该实现在ARMv8和x86众核平台上分别获得了最高约5.6与8.7的加速比。因此上述优化方法在众核处理器上成功实现了对阴阳K-means算法的加速。 展开更多
关键词 K-MEANS 非一致内存访问 向量化 众核处理器 性能优化
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Linux内核参数对Spark负载性能影响的研究 被引量:3
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作者 王利 王晶 +2 位作者 张伟功 邱柯妮 陆克中 《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2017年第7期1219-1226,共8页
关于Spark性能的研究目前正在成为热点,但调优策略多位于应用层,而不是系统层。操作系统作为硬件之上的第一层软件,对硬件性能发挥起着根本作用。Linux内核提供了丰富的参数作为优化性能的接口,但实际中,这些参数的作用并没有得到充分... 关于Spark性能的研究目前正在成为热点,但调优策略多位于应用层,而不是系统层。操作系统作为硬件之上的第一层软件,对硬件性能发挥起着根本作用。Linux内核提供了丰富的参数作为优化性能的接口,但实际中,这些参数的作用并没有得到充分发挥。人们更多是采用系统默认值,而不是根据具体环境进行调整。然而本文实验发现,系统默认值并不一定是最好的选择,有时甚至是最坏的。定义了"影响比"这一概念,并基于此概念提出了一种通过分析内核函数的执行情况来认识参数对Spark应用影响的方法。针对Spark内存计算的特点,从大页、NUMA这两个与使用内存紧密相关的方面分析了相关内核参数对几种典型Spark负载的性能影响,并由此得出一些结论。希望本文的分析和结论可以为Spark平台合理设置内核参数提供一些参考。 展开更多
关键词 大数据 SPARK LINUX 大页 numa
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Aware conflict detection of non-uniform memory access system and prevention for transactional memory 被引量:3
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作者 王睿伯 卢凯 卢锡城 《Journal of Central South University》 SCIE EI CAS 2012年第8期2266-2271,共6页
Most transactional memory (TM) research focused on multi-core processors, and others investigated at the clusters, leaving the area of non-uniform memory access (NUMA) system unexplored. The existing TM implementation... Most transactional memory (TM) research focused on multi-core processors, and others investigated at the clusters, leaving the area of non-uniform memory access (NUMA) system unexplored. The existing TM implementations made significant performance degradation on NUMA system because they ignored the slower remote memory access. To solve this problem, a latency-based conflict detection and a forecasting-based conflict prevention method were proposed. Using these techniques, the NUMA aware TM system was presented. By reducing the remote memory access and the abort rate of transaction, the experiment results show that the NUMA aware strategies present good practical TM performance on NUMA system. 展开更多
关键词 transactional memory non-uniform memory access numa conflict detection conflict prevention
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数据仓库的可扩展性研究与设计 被引量:2
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作者 秦学勇 刘栋 《计算机技术与发展》 2009年第5期65-67,71,共4页
随着海量异构的数据不断进入数据仓库和系统用户的大量增加,在数据质量、可用性和查询等方面的因素将严重影响数据仓库的性能,所以数据仓库必须设计成可扩展的体系结构。文中采用可扩展的软件并行和硬件并行相结合的方法进行数据仓库的... 随着海量异构的数据不断进入数据仓库和系统用户的大量增加,在数据质量、可用性和查询等方面的因素将严重影响数据仓库的性能,所以数据仓库必须设计成可扩展的体系结构。文中采用可扩展的软件并行和硬件并行相结合的方法进行数据仓库的性能扩展,在数据仓库初建时采用SMP结构,当数据仓库增长到一定的时候采用高速缓存相关的非一致性内存访问结构,并且较好地利用I/O并行性,取得较好效果。使得当大量异构数据涌入可扩展数据仓库中时系统性能不会下降,很好地满足决策支持。 展开更多
关键词 可扩展性 数据仓库 并行 numa
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面向多处理器虚拟机的动态NUMA方法 被引量:2
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作者 施继成 陈海波 臧斌宇 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2015年第4期677-682,共6页
NUMA内存技术在增加了计算机系统内存带宽的同时,其跨节点访存延迟高的特点也增加了虚拟化平台的内存管理难度.现有的多核虚拟机NUMA优化方法大多为静态方法,即无需动态调节虚拟机状态.这些方法大都限制了虚拟化监控器调度虚拟CPU的灵活... NUMA内存技术在增加了计算机系统内存带宽的同时,其跨节点访存延迟高的特点也增加了虚拟化平台的内存管理难度.现有的多核虚拟机NUMA优化方法大多为静态方法,即无需动态调节虚拟机状态.这些方法大都限制了虚拟化监控器调度虚拟CPU的灵活性,降低了虚拟化平台负载均衡的能力,而影响虚拟机的运行效率.针对该问题,提出动态NUMA方法——在告知虚拟机NUMA拓扑结构的情况下,该方法通过调节虚拟机内操作系统NUMA相关数据结构方法,达到配合虚拟机监控器任务调度器的目的,实现虚拟机运行效率的提升.相较于静态方法,本文提出调节虚拟机NUMA数据结构,以适应虚拟机监控器调度器的动态方法.此方法提高了虚拟CPU的调度灵活性,提高了虚拟化平台负载均衡的能力,从而保证了多处理器虚拟机的运行效率. 展开更多
关键词 虚拟机监控器 多处理器 虚拟化 numa
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多处理机系统线程环境 被引量:2
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作者 杨沙洲 杨学军 《计算机工程与科学》 CSCD 2005年第5期94-96,100,共4页
高性能和易用性是多处理机系统发展中存在的一对矛盾,线程环境是解决这对矛盾的重要途径。本文从介绍多处理机发展历程入手,描述了线程环境的发展变化过程,列举出线程环境研究中的两个主要方向:线程模型选择和不同体系结构下线程环境的... 高性能和易用性是多处理机系统发展中存在的一对矛盾,线程环境是解决这对矛盾的重要途径。本文从介绍多处理机发展历程入手,描述了线程环境的发展变化过程,列举出线程环境研究中的两个主要方向:线程模型选择和不同体系结构下线程环境的优化。通过对两个方向上的研究动态的分析,本文预计基于NIMA的局部性开发将成为线程环境研究的热点。 展开更多
关键词 多处理机系统 线程环境 微处理器 线程模型 计算机系统 程序设计
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NuMA核型阳性患者的临床特征分析
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作者 申甫英 魏彬 罗敏 《国际检验医学杂志》 CAS 2023年第S02期113-117,共5页
目的分析抗有丝分裂体(NuMA)核型阳性患者的临床特征,为医生对该类患者临床诊治提供参考依据。方法纳入2019年5月至2020年12月于四川大学华西医院行抗核抗体(ANA)检测的患者为研究对象,收集并分析其中NuMA型阳性患者的临床诊疗及实验室... 目的分析抗有丝分裂体(NuMA)核型阳性患者的临床特征,为医生对该类患者临床诊治提供参考依据。方法纳入2019年5月至2020年12月于四川大学华西医院行抗核抗体(ANA)检测的患者为研究对象,收集并分析其中NuMA型阳性患者的临床诊疗及实验室检测特点。结果114215例筛查ANA的患者中,ANA阴性75475例(66.08%),ANA阳性38740例(33.92%),滴度1∶100的NuMA型174例(54.55%),其中NuMA1有166例(52.04%),NuMA2有8例(2.51%);滴度大于等于1∶320的NuMA型145例(45.45%),其中NuMA1有133例(41.69%),NuMA2有12例(3.76%)NuMA阳性率为0.28%(319/114215)。NuMA核型阳性可出现在全身各系统的疾病中,其中(NuMA≥320)排名前三位的为自身免疫性疾病43.45%(63/145)、呼吸系统疾病15.17%(22/145)、肾脏病5.51%(8/145)。结论NuMA型是一种少见的荧光核型,流行率低,疾病分布范围广,主要分布在自身免疫性疾病,可作为自身免疫性疾病的潜在提示指标;也可为其他疾病提供参考依据。 展开更多
关键词 自身抗体 抗有丝分裂体 流行率 实验室检查
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NEMA NU2-2018标准与现行国家标准GB/T18988.1-2013的主要差异 被引量:3
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作者 付国涛 王培臣 +1 位作者 焦春营 刘迪 《医疗装备》 2022年第4期24-27,共4页
国内现行的正电子发射断层成像装置(PET)行业标准为GB/T 18988.1-2013《放射性核素成像设备性能和试验规则第1部分:正电子发射断层成像装置》,其附录部分主要引用美国电气制造商协会(NEMA)发布的NEMA NU2-2007标准,而目前国际上采用的PE... 国内现行的正电子发射断层成像装置(PET)行业标准为GB/T 18988.1-2013《放射性核素成像设备性能和试验规则第1部分:正电子发射断层成像装置》,其附录部分主要引用美国电气制造商协会(NEMA)发布的NEMA NU2-2007标准,而目前国际上采用的PET行业标准为最新版NEMA标准,即NEMA NU2-2018标准。该研究对比了NEMA NU2-2018标准与现行国家标准GB/T 18988.1-2013之间的主要差异,探讨标准条款的变化对设备性能测试可能产生的影响,为新版国家标准的制修订提供参考。 展开更多
关键词 numa NU2-2018 正电子断层成像装置 性能测试
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植物细胞核基质(Nuclear Matrix)的形态结构及其NuMA蛋白成分的研究 被引量:1
10
作者 汪健 孙英丽 翟中和 《实验生物学报》 CSCD 1997年第4期417-429,共13页
应用细胞选择性抽提并结合DGD包埋去包埋剂电镜技术对植物细胞核基质的形态结构进行了观察。结果显示胡萝卜悬浮培养细胞、银杏花粉细胞和精子细胞的细胞核内存在一个非染色质性的纤维蛋白网络体系。免疫荧光染色结果说明植物细胞核基... 应用细胞选择性抽提并结合DGD包埋去包埋剂电镜技术对植物细胞核基质的形态结构进行了观察。结果显示胡萝卜悬浮培养细胞、银杏花粉细胞和精子细胞的细胞核内存在一个非染色质性的纤维蛋白网络体系。免疫荧光染色结果说明植物细胞核基质中含有与动物NuMA多抗交叉反应的多肽。免疫印迹反应显示胡萝卜悬浮培养细胞核基质蛋白与NuMA蛋白多抗的阳性反应条带为74KD和76 KD;银杏花粉细胞只有78 KD一条阳性带。以动物核基质NuMA蛋白保守杆状区的cDNA片段作为探针,与白菜子叶总DNA进行Southern杂交的结果表明植物细胞基因组中含有动物NuMA蛋白cDNA的同源序列。 展开更多
关键词 植物细胞 核基质 numa 蛋白
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面向NUMA集群的代数多重网格算法优化 被引量:1
11
作者 顾坚 刘伟 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2014年第6期113-118,共6页
代数多重网格(AMG)是众多数值模拟应用的核心算法,在基于多核的NUMA架构的机群系统上,AMG的并行扩展性暴露了新的问题。通过设计感知NUMA架构的内存分配器,将划分给多个线程的数据分割并绑定到运行对应线程的CPU所属的NUMA存储节点上,... 代数多重网格(AMG)是众多数值模拟应用的核心算法,在基于多核的NUMA架构的机群系统上,AMG的并行扩展性暴露了新的问题。通过设计感知NUMA架构的内存分配器,将划分给多个线程的数据分割并绑定到运行对应线程的CPU所属的NUMA存储节点上,从而改善了OpenMP多线程并行的数据局部性,使BoomerAMG程序在大规模多核计算平台上具有更好的并行扩展性。在单节点和小规模机群的测试中,使用NAAlloc分配器分别获得了最高16%和60%的性能提升。 展开更多
关键词 代数多重网格 numa 多核 局部性
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核有丝分裂器蛋白NuMA在人脑胶质瘤中的表达 被引量:1
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作者 肖瑾 万经海 +3 位作者 李长元 冯春国 徐培坤 胡向阳 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2007年第1期42-44,共3页
目的检测核有丝分裂器蛋白(NuMA)在人脑胶质瘤中的表达及其与胶质瘤临床病理学特征之间的关系。方法采用免疫组化SP法检测65例人脑胶质瘤标本和15例正常脑组织标本中NuMA蛋白的表达情况。结果NuMA在Ⅱ级、Ⅲ级、Ⅳ级人脑胶质瘤中的表达... 目的检测核有丝分裂器蛋白(NuMA)在人脑胶质瘤中的表达及其与胶质瘤临床病理学特征之间的关系。方法采用免疫组化SP法检测65例人脑胶质瘤标本和15例正常脑组织标本中NuMA蛋白的表达情况。结果NuMA在Ⅱ级、Ⅲ级、Ⅳ级人脑胶质瘤中的表达分别为42.9%、66.7%、82.4%;在正常脑组织中NuMA的表达率为20%。结论NuMA的过高表达与胶质瘤的组织病理学分级显著相关,而与肿瘤的组织学类型无关。 展开更多
关键词 numa 胶质瘤 免疫组织化学
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基于NUMA MPSoC的FFT并行化算法设计及实现 被引量:1
13
作者 张冰 杜高明 +1 位作者 李丽 杨盛光 《微电子学与计算机》 CSCD 北大核心 2007年第12期109-112,共4页
如何充分利用多个处理器任务级并行或线程级并行的特点提高性能已成为MPSoC设计的关键问题之一。在建立基于非均匀存储型(Non-Uniform Memory Access Architecture,NUMA)MPSoC平台的基础上,以快速傅里叶变换为例,遵循减少核间通讯及平... 如何充分利用多个处理器任务级并行或线程级并行的特点提高性能已成为MPSoC设计的关键问题之一。在建立基于非均匀存储型(Non-Uniform Memory Access Architecture,NUMA)MPSoC平台的基础上,以快速傅里叶变换为例,遵循减少核间通讯及平均分配工作负载的原则,提出其并行化方法,设计出相应的并行程序及底层驱动,在FPGA原型芯片的运行环境下分析系统性能。试验结果表明,在4核MPSoC的FPGA原型系统中最高加速比可达2.65,具有较好的并行执行效率。 展开更多
关键词 numa 多核片上系统 FFT 并行算法
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面向NUMA架构的虚拟网络功能部署技术研究 被引量:1
14
作者 许道强 邹云峰 +2 位作者 邓君华 李浩 钱柱中 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2019年第21期115-121,157,共8页
针对非一致内存访问架构的集群系统,探讨了虚拟网络功能链的时延问题,以及重用已部署的虚拟网络功能提升资源利用率机制。形式化定义了面向最小化时延的虚拟网络功能部署问题,证明其为NP难问题,提出了基于马尔可夫链概率迭代的部署算法M... 针对非一致内存访问架构的集群系统,探讨了虚拟网络功能链的时延问题,以及重用已部署的虚拟网络功能提升资源利用率机制。形式化定义了面向最小化时延的虚拟网络功能部署问题,证明其为NP难问题,提出了基于马尔可夫链概率迭代的部署算法MarVNFP。实验证明,与典型的虚拟网络功能部署算法MRP相比,MarVNFP算法能减少虚拟网络功能链近40%的跨域数据传输,有效降低了时延。 展开更多
关键词 网络功能虚拟化 numa 资源调度 马尔可夫链
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NuMA的分布和功能 被引量:1
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作者 段馨 陆长富 卢光琇 《现代生物医学进展》 CAS 2011年第17期3367-3369,共3页
核有丝分裂器蛋白(Nuclear Mitotic Apparatus Protein,NuMA)是一种在间期细胞核内有大量表达的大分子蛋白。NuMA是微管聚合因子,能使微管锚定于纺锤体极。在细胞有丝分裂,减数分裂过程中对纺锤体的形成和形态的维持发挥重要作用。
关键词 numa 分布 功能
原文传递
Fibrillarin redistributes to the spindle poles and partially colocalizes with NuMA during mitosis
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作者 Yan Guo Chaoliang Wei +2 位作者 Jinsong Hu Mingxiao Ding Jianguo Chen 《Chinese Science Bulletin》 SCIE EI CAS 2002年第23期1995-1998,2027-2028,共6页
Fibrillann, a major protein in the nucleolus. is known to redistribute during mitosis from the nucleolus to the cytosol, and is related to the dynamics of post-mitotic reassembly of the nucleolus. To better understand... Fibrillann, a major protein in the nucleolus. is known to redistribute during mitosis from the nucleolus to the cytosol, and is related to the dynamics of post-mitotic reassembly of the nucleolus. To better understand the dynamic behavior and the relationship with other cytoplasmic structures, we have now expressed fibrillarin-pDsRedl fusion protein in HeLa cells. The results showed that a part of fibrillarin was associated with mitotic spindle poles in the mitotic cells. Nocodazole-induced microtubule depolymeri-zation resulted in fibrillarin redistribution throughout the cytoplasm, and removal of nocodazole resulted in relocaliza-tion of fibrillarin at the polar region during the mitotic spindles reassembly. In a mitotic cell free system, fibrillarin was found in the center of taxol-induced microtubule asters. Moreover, fibrillarin was found to colocalize with the nuclear mitotic apparatus protein (NuMA) at the poles of mitotic cells. Therefore, it is postulated that the polar redistribution of 展开更多
关键词 FIBRILLARIN MITOTIC spindle POLES CENTROSOME numa.
原文传递
NuMA蛋白的生物学作用及其研究进展 被引量:1
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作者 杨立琳 孙露双 +1 位作者 曾晓 曹允考 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 2008年第10期127-130,共4页
NuMA存在于动、植物细胞中,是细胞核基质的重要组成部分,参与纺锤体极的组装与分解、核重组等过程,调节细胞周期,对细胞的有丝分裂和减数分裂具有重要作用。此外,对细胞凋亡也发挥重要作用,NuMA的降解是早期细胞调亡的标志。
关键词 numa 细胞 功能
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植物细胞中NuMA类似蛋白的分布及其在细胞周期中的变化 被引量:3
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作者 孙英丽 赵允 +1 位作者 汪健 翟中和 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 1999年第3期235-240,共6页
免疫荧光染色结果说明植物细胞核内含有与抗动物NuMA多抗呈阳性交叉反应的多肽。选择性抽提并结合免疫荧光染色结果说明这种多肽位于核基质纤维蛋白网络上。免疫印迹反应显示胡萝卜(DaucuscarotaL.)悬浮培养细胞核... 免疫荧光染色结果说明植物细胞核内含有与抗动物NuMA多抗呈阳性交叉反应的多肽。选择性抽提并结合免疫荧光染色结果说明这种多肽位于核基质纤维蛋白网络上。免疫印迹反应显示胡萝卜(DaucuscarotaL.)悬浮培养细胞核基质蛋白与抗动物NuMA蛋白多抗的阳性反应条带为74kD和76kD。有丝分裂各期免疫荧光染色的结果表明植物细胞中的NuMA类似蛋白在有丝分裂过程中呈现有规律的变化。结合选择性抽提的有丝分裂各期的免疫荧光染色的结果表明核基质在此过程中也发生明显变化。应用选择性抽提并结合DGD包埋去包埋电镜技术对植物细胞间期及有丝分裂期核基质的形态结构进行了观察。结果显示胡萝卜悬浮培养细胞间期核内存在一个非染色质性的纤维蛋白网络体系,而在正处于分裂的细胞中则未观察到。以上结果说明NuMA类似蛋白是核基质的组分之一并与有丝分裂密切相关。 展开更多
关键词 核基质 NuM基质 有丝分裂 植物细胞
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众核平台上广度优先搜索算法的优化 被引量:3
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作者 徐启泽 韩文廷 +1 位作者 陈俊仕 安虹 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2019年第1期314-319,共6页
图算法在多个领域具有重要的应用价值。随着社会信息化程度的提高,需要处理的图数据量越来越大,图算法的性能已成为研究热点。广度优先搜索算法是一种重要的图算法,研究它的性能优化技术可以为其他图算法的性能优化提供借鉴。目前,在新... 图算法在多个领域具有重要的应用价值。随着社会信息化程度的提高,需要处理的图数据量越来越大,图算法的性能已成为研究热点。广度优先搜索算法是一种重要的图算法,研究它的性能优化技术可以为其他图算法的性能优化提供借鉴。目前,在新一代Xeon Phi众核处理器上的工作均基于自顶向下算法且没有考虑到非均匀访存(NUMA)对性能的影响。文中以混合广度优先搜索算法为基础,结合NUMA拓扑结构,从任务分配、向量化和数据预处理3个方面展开优化,在Xeon Phi平台上设计并实现了高性能并行广度优先搜索算法。一系列实验结果表明,优化后的算法在不同规模的测试数据上与Graph500官方优化的算法相比取得了50%~145%的性能提升。 展开更多
关键词 广度优先搜索 众核架构 非均匀访存 向量化 性能优化
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基于MPI的进程拓扑感知映射研究
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作者 李东洋 王云岚 《微电子学与计算机》 CSCD 北大核心 2013年第5期67-71,共5页
本文首先介绍了获取应用程序通信拓扑和物理拓扑的方法,结合进程间通信量和通信频次定义了进程间亲和度,并针对具有分层网络、NUMA效应的硬件系统,设计了相应的进程映射算法.该算法根据进程间的亲和度对进程集合进行划分,在划分过程中... 本文首先介绍了获取应用程序通信拓扑和物理拓扑的方法,结合进程间通信量和通信频次定义了进程间亲和度,并针对具有分层网络、NUMA效应的硬件系统,设计了相应的进程映射算法.该算法根据进程间的亲和度对进程集合进行划分,在划分过程中构造出和物理拓扑树同构的树状结构,随后在两棵同构树的对应节点上做映射来解决应用程序进程到物理节点、处理核心的映射问题.在一个多核集群系统上的实验表明,使用本文提出的进程映射方法可以有效提高并行应用程序的通信效率,显著减少程序的总体执行时间. 展开更多
关键词 通信拓扑 物理拓扑 进程映射 numa MPI
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