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不同海拔下花椒叶片差异表达基因的结构变异
1
作者 杨明丽 黄仙婍 +2 位作者 喻阳华 王继玥 缪明志 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第7期1409-1419,共11页
[目的]探明不同海拔梯度对花椒基因表达的影响,为研究花椒遗传多样性、代谢调控及适应不同海拔生境胁迫的分子机制提供依据。[方法]以贵州省贞丰县板贵乡不同海拔(1054、821和645 m)下的花椒叶为试验材料,采用转录组测序的生物信息学方... [目的]探明不同海拔梯度对花椒基因表达的影响,为研究花椒遗传多样性、代谢调控及适应不同海拔生境胁迫的分子机制提供依据。[方法]以贵州省贞丰县板贵乡不同海拔(1054、821和645 m)下的花椒叶为试验材料,采用转录组测序的生物信息学方法对其差异表达基因的可变剪接(AS)和SNP/InDel变异位点进行解析,挖掘花椒适应环境的新转录本。[结果]在3个不同海拔的花椒叶片中,有2619个基因发生了可变剪切事件,主要为外显子跳跃(Skipped exon,SE)和互斥外显子(Mutually exclusive exons,MXE)2种类型,其中SE最多,且在高海拔的对比组中发生可变剪接的数量显著增多;鉴定出748331个SNP和87402个InDel位点,SNP类型中转换种类高于颠换种类,在外显子区分布最多,达40.0%。InDel位点在内含子区分布最多,达28.6%;发掘出9363个新转录本,其中有5648个在7大数据库中被注释。KEGG代谢途径分析发现,花椒叶片发生可变剪接的功能基因主要参与代谢途径、次生代谢物的生物合成和辅助因子的生物合成途径;而新转录本的KEGG代谢途径主要富集于光合作用、苯丙素生物合成、异黄酮生物合成、类黄酮生物合成和萜类生物合成等通路。[结论]本研究丰富了对不同海拔条件下花椒基因结构变异的认识,为后续研究花椒遗传多样性、代谢调控及响应环境胁迫的分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 花椒 差异表达基因 可变剪接 新转录本 基因结构变异 海拔
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藏猪Ⅱ型肺泡上皮细胞新转录本及其功能解析
2
作者 柳烜博 杨雅楠 +3 位作者 袁浩楠 柳思奇 王正文 赵生国 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期685-696,共12页
利用已获得的藏猪(Tibetan pig)Ⅱ型肺泡上皮细胞(typeⅡalveolar epithelial cells,ATⅡ)的RNA-seq数据完善已注释的猪(Sus scrofa)基因组信息,鉴定并分析新转录本的功能。基于已发表的藏猪和长白猪(Landrace pig)ATⅡ的长读段测序数据... 利用已获得的藏猪(Tibetan pig)Ⅱ型肺泡上皮细胞(typeⅡalveolar epithelial cells,ATⅡ)的RNA-seq数据完善已注释的猪(Sus scrofa)基因组信息,鉴定并分析新转录本的功能。基于已发表的藏猪和长白猪(Landrace pig)ATⅡ的长读段测序数据,使用Stringtie重构转录本并鉴定新转录本。共对4245个转录本的非翻译区(non-translational region,UTR)进行了延长,其中5′UTR和3′UTR延伸的转录本分别有1646个和3263个,5′和3′端共延伸的转录本有648个。发掘出54个新转录本,其经过滤后的平均长度为4047 bp,且在NC_010448.4染色体上的分布最多。GO富集分析结果表明,藏猪ATⅡ的常氧(21%O_(2))组和低氧(2%O_(2))组的14个差异新转录本显著富集于细胞器膜、限制性脱氧核糖核酸内切酶活性和转座;KEGG分析结果表明,动物细胞因子-细胞因子受体交互作用、淀粉和蔗糖代谢以及丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路有大量差异新转录本显著富集。藏猪ATⅡ的新转录本可能通过淀粉和蔗糖代谢以及MAPK信号通路与已注释基因共同参与ATⅡ的低氧应答反应。研究结果较好地完善了现有的猪基因组注释,并为相关组学和分子生物学研究的深入开展提供了基础。 展开更多
关键词 Ⅱ型肺泡上皮细胞 藏猪 新转录本
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虹鳟肝组织新转录本分析及基因结构优化 被引量：6
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作者 马芳 刘哲 +1 位作者 康玉军 权金强 《中国实验动物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期135-142,共8页
目的虹鳟热应激下肝RNA-seq数据中新转录本的分析及已注释基因结构优化。方法以虹鳟肝为材料提取总RNA,构建cDNA文库,并利用Illumina双端测序Hiseq 2500平台进行测序。运用Cufflinks软件对测序数据进行组装,将其与虹鳟参考基因组进行序... 目的虹鳟热应激下肝RNA-seq数据中新转录本的分析及已注释基因结构优化。方法以虹鳟肝为材料提取总RNA,构建cDNA文库,并利用Illumina双端测序Hiseq 2500平台进行测序。运用Cufflinks软件对测序数据进行组装,将其与虹鳟参考基因组进行序列比对。结果发掘新转录本6555个,其中30个新转录本在热应激前后差异表达(P<0.05)。与GO数据库比对对新转录本进行功能注释,获得3097个新转录本的注释。与KEGG数据库比对,共有3617个新转录本注释到284条代谢通路中。对19 424个已注释基因的结构进行优化,延伸了14 719个基因的5′端和14 796个基因的3′端。结论通过对发掘的6555个新转录本分析,并对19 424个已注释基因结构优化,为虹鳟基因组注释信息的完善提供了有力的借鉴,并为进一步了解虹鳟热应激的机制提供更有力的理论基础。 展开更多
关键词 虹鳟 转录组测序 新转录本 基因结构优化
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BRPF1新型转录本BRPF2的鉴定及其在小鼠组织中的表达 被引量：1
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作者 郭芬 林丕容 +3 位作者 李月琴 苏宪礼 王丁丁 周天鸿 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期79-84,共6页
为鉴定BRPF1的一种新转录本,确定其在小鼠组织中的表达并对其蛋白功能进行初步研究,将获得的克隆进行序列测定。RT-PCR和Northern blotting实验检测BRPF1和BRPF2在小鼠各组织器官中的表达,生物信息学分析其保守结构域和蛋白功能,并使用T... 为鉴定BRPF1的一种新转录本,确定其在小鼠组织中的表达并对其蛋白功能进行初步研究,将获得的克隆进行序列测定。RT-PCR和Northern blotting实验检测BRPF1和BRPF2在小鼠各组织器官中的表达,生物信息学分析其保守结构域和蛋白功能,并使用TNT T7体外转录翻译系统获得BRPF1和BRPF2蛋白。结果表明BRPF2是BRPF1的一种新型转录本(GenBank登录号:DQ288860);在小鼠肝、胚胎、附睾、睾丸、卵巢和骨骼肌中均检测到BRPF1和BRPF2两个转录本,其中以BRPF1为主要的转录本;而在小鼠脾中,仅检测到BRPF2的转录本;BRPF1编码1246个氨基酸残基,其编码的蛋白质分子量为140 kDa;而BRPF2由于选择性剪接,导致翻译提前终止,仅编码442个氨基酸残基;CDD软件分析BRPF1和BRPF2结构域表明:与BRPF1相比,BRPF2蛋白缺失了Bromodomain结构域和PWWP结构域。鉴于Bromodomain结构域和PWWP结构域是BRPF1蛋白结合乙酰化或非乙酰化组蛋白,募集组蛋白乙酰转移酶Moz和参与染色质重构的关键,暗示BRPF2极有可能是做为BRPF1蛋白的负调控因子,共同参与染色质调控。 展开更多
关键词 BRPF1 BRPF2 新型转录本 表达图谱
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120日龄隐性白羽洛克鸡RNA-Seq及SNP分析 被引量：1
5
作者 顾丽红 李金明 +3 位作者 张细权 邱峰芳 邢增杨 林哲敏 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第23期18-24,29,共8页
为了深入挖掘隐性白羽洛克鸡RNA-Seq的数据信息,进一步完善隐性白羽洛克鸡的基因组注释情况,试验采用生物信息学方法对120日龄隐性白羽洛克鸡RNA-Seq的5 082 036 200 bp的高质量序列数据进行了单核苷酸多态性(SNP)查找、可变剪接(AS)筛... 为了深入挖掘隐性白羽洛克鸡RNA-Seq的数据信息,进一步完善隐性白羽洛克鸡的基因组注释情况,试验采用生物信息学方法对120日龄隐性白羽洛克鸡RNA-Seq的5 082 036 200 bp的高质量序列数据进行了单核苷酸多态性(SNP)查找、可变剪接(AS)筛查、基因结构优化和新转录本预测研究。结果表明:数据挖掘得到103 926个可靠的SNP位点,29 525个可变剪接, 10 403个优化基因,预测到新转录本798个。说明该研究结果能够进一步完善隐性白羽洛克鸡基因组注释情况,并可丰富其SNP数据和可变剪切数据。 展开更多
关键词 隐性白羽洛克鸡 RNA测序 可变剪接 单核苷酸多态性 新转录本 基因结构
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AMHR2新型转录本AMHR2-SV1的鉴定及其在大鼠组织中的表达
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作者 郭保平 牛亚茹 +1 位作者 徐明龙 徐银学 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2015年第2期394-400,共7页
本研究旨在鉴定抗苗勒氏管激素受体2(AMHR2)一种新的转录本,确定其在大鼠组织中的表达情况。采用TRIzol法提取组织总RNA;运用RT-PCR和克隆测序技术分析AMHR2基因的可变剪接体及其在大鼠各组织器官中的表达差异,同时利用NCBI ORF Finder... 本研究旨在鉴定抗苗勒氏管激素受体2(AMHR2)一种新的转录本,确定其在大鼠组织中的表达情况。采用TRIzol法提取组织总RNA;运用RT-PCR和克隆测序技术分析AMHR2基因的可变剪接体及其在大鼠各组织器官中的表达差异,同时利用NCBI ORF Finder识别剪接体序列阅读框,运用Ex PASy-Prot Param和Conserved domains软件分别预测剪接体氨基酸构成及其性质和剪接体保守序列。AMHR2-SV1是AMHR2的一种新型转录本,命名为AMHR2-splice variant(AMHR2-SV1),与AMHR2参考序列比较,缺失第10外显子137 bp。利用NCBI ORF Finder和Ex PASy-Prot Param,预测AMHR2-SV1编码429个氨基酸残基,其编码的蛋白质分子量为45 990.7。Conserved domains在线软件分析表明:AMHR2-SV1蛋白序列比完整AMHR2蛋白序列缺少128个氨基酸,丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶结构域不完整。检测结果表明,大鼠组织中均存在AMHR2和AMHR2-SV1两个转录本。在肝、脾、肺、肾、肾上腺和子宫组织中AMHR2表达量均高于AMHR2-SV1,差异达到显著水平;两种转录本在不同组织中表达趋势相同,卵巢中表达量最高,心脏中次之,其他组织表达量均显著低于卵巢和心脏。 展开更多
关键词 AMHR2 AMHR2-SV1 新型转录本 表达图谱
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