目的分析北京市献血人群筛查中发现的1例HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点。方法基于2018年北京市血液筛查时发现的1例HIV核酸阳性抗体阴性的样本,提取病毒RNA并逆转录为cDNA,用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定...目的分析北京市献血人群筛查中发现的1例HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点。方法基于2018年北京市血液筛查时发现的1例HIV核酸阳性抗体阴性的样本,提取病毒RNA并逆转录为cDNA,用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列。运用RIP、jpHMM和SimPlot3.5软件进行重组分析,同时采用MEGA7软件构建Neighbor-joining系统进化树对该毒株的同源关系进行分析。结果共获得长度为8792 bp的HIV-1近全长基因序列,分析表明该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组片段组成。与Los Alamos HIV Database(www.hiv.lanl.gov/content/index)中收录的全长序列相比该毒株具有3个独特的重组断点,分4个重组片段,分别是ICRF01_AE(790~6035,HXB2),IICRF07_BC(6036~8586,HXB2),IIICRF01_AE(8587~8828,HXB2)和IVCRF07_BC(8829~9411,HXB2)。其中ICRF01_AE区域属于CRF01_AE的C4簇;IICRF07_BC区域属于CRF07_BC的CRF07BC_N簇。结论1例参与献血的HIV核酸阳性而抗体阴性的感染者携带的毒株具有新型独特的重组模式,提示需要加强监测献血人群中HIV毒株的流行情况,为保障安全用血提供科学数据。展开更多
文摘目的分析北京市献血人群筛查中发现的1例HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点。方法基于2018年北京市血液筛查时发现的1例HIV核酸阳性抗体阴性的样本,提取病毒RNA并逆转录为cDNA,用近末端稀释法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列。运用RIP、jpHMM和SimPlot3.5软件进行重组分析,同时采用MEGA7软件构建Neighbor-joining系统进化树对该毒株的同源关系进行分析。结果共获得长度为8792 bp的HIV-1近全长基因序列,分析表明该序列由CRF01_AE和CRF07_BC重组片段组成。与Los Alamos HIV Database(www.hiv.lanl.gov/content/index)中收录的全长序列相比该毒株具有3个独特的重组断点,分4个重组片段,分别是ICRF01_AE(790~6035,HXB2),IICRF07_BC(6036~8586,HXB2),IIICRF01_AE(8587~8828,HXB2)和IVCRF07_BC(8829~9411,HXB2)。其中ICRF01_AE区域属于CRF01_AE的C4簇;IICRF07_BC区域属于CRF07_BC的CRF07BC_N簇。结论1例参与献血的HIV核酸阳性而抗体阴性的感染者携带的毒株具有新型独特的重组模式,提示需要加强监测献血人群中HIV毒株的流行情况,为保障安全用血提供科学数据。
