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甘蔗割手密种转录因子NAP亚家族的鉴定及SsNAP2a参与叶片衰老的功能分析
1
作者 王恒波 冯春燕 +4 位作者 张以星 谢婉婕 杜翠翠 吴明星 张积森 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期110-125,共16页
NAP(NAC-like,activated by apetala3/pistillata)是转录因子NAC基因家族中一类参与调控植物生长发育、叶片衰老及响应激素和非生物胁迫应答的亚家族。本研究利用甘蔗割手密种基因组数据和生物信息学方法,首先,基于比较基因组学对NAP亚... NAP(NAC-like,activated by apetala3/pistillata)是转录因子NAC基因家族中一类参与调控植物生长发育、叶片衰老及响应激素和非生物胁迫应答的亚家族。本研究利用甘蔗割手密种基因组数据和生物信息学方法,首先,基于比较基因组学对NAP亚家族成员进行鉴定、系统进化分析、保守结构域及顺式调控元件预测;其次,克隆获得割手密种SsNAP2的等位基因SsNAP2a,分析该基因在不同生长发育阶段的表达及其在激素和非生物胁迫下的表达特征;最后,利用瞬时表达和亚细胞定位分析SsNAP2a基因的功能。结果表明,在割手密种基因组中共鉴定5个NAP亚家族成员,亚细胞定位预测所有成员编码蛋白均定位于细胞核上,这些基因的Ka/Ks比值均小于1,表明纯化选择在演化中起到关键作用。系统聚类分析表明,5个代表性的被子植物(拟南芥、菠萝、水稻、玉米和高粱)与已报道的12个物种及甘蔗的NAP亚家族成员,共计46个,分为4个Clade,其演化的顺序Clade I>Clade II>Clade III>Clade IV。此外,在SsNAP亚家族成员的启动子区域预测到较多响应脱落酸和茉莉酸、低温等逆境胁迫的顺式作用元件,推测其参与多种激素和非生物胁迫相关应答通路。进一步,从割手密种SES208中克隆到SsNAP2a基因,该cDNA全长序列1173 bp(GenBank登录号为OQ335094),编码390个氨基酸残基,其与等位基因SsNAP2编码蛋白的序列相似性为97.70%,有10个氨基酸残基的差异,表明同源8倍体的割手密种等位基因序列差异较大。qRT-PCR分析表明,SsNAP2a基因在割手密种不同生长发育阶段中组成型表达,尤其在衰老的蔗皮和根中的表达量最高;在乙烯利(ethylene,ET)、脱落酸(abscisic acid,ABA)、4℃低温和40℃高温处理下,其表达量呈现显著诱导表达;而在8%聚乙二醇(polyethyleneglycol,PEG)胁迫下显著下调表达。亚细胞定位表明,SsNAP2a融合蛋白定位在细胞核上。瞬时过表达SsNAP2a基因7 d� 展开更多
关键词 割手密种 nap基因 叶片衰老 激素胁迫 基因功能 甘蔗
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表达幽门螺杆菌NAP基因的减毒沙门菌疫苗株的建立
2
作者 焦志勇 陈旻湖 +3 位作者 朱森林 李国庆 陈洁 胡品津 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第4期335-337,共3页
目的 :建立表达幽门螺杆菌 (H .pylori)中性粒细胞活化蛋白(Hp NAP)的减毒沙门菌疫苗株。方法 :用PCR扩增Hp NAP基因 ,并克隆至原核表达质粒 pTrc99A中 ,经PCR及酶切鉴定后测定其基因序列 ,并与GenBank中相关序列的同源性进行比较。以... 目的 :建立表达幽门螺杆菌 (H .pylori)中性粒细胞活化蛋白(Hp NAP)的减毒沙门菌疫苗株。方法 :用PCR扩增Hp NAP基因 ,并克隆至原核表达质粒 pTrc99A中 ,经PCR及酶切鉴定后测定其基因序列 ,并与GenBank中相关序列的同源性进行比较。以重组质粒 pTrc99A NAP转化减毒伤寒沙门菌SL32 6 1,培养后筛选阳性菌落 ,抽提质粒进行PCR及酶切鉴定。表达的Hp NAP蛋白用SDS PAGE进行鉴定 ,用薄层扫描分析蛋白含量。结果 :核苷酸序列测定及同源性分析证实 ,克隆的Hp NAP基因与GenBank中相关序列的同源性为98% (397/40 2 ) ,氨基酸序列的同源性为 98% (131/133)。以重组质粒pTrc99A NAP转化的减毒沙门菌 ,可表达Mr 约15 0 0 0的Hp NAP蛋白 ,表达量约占菌体蛋白量的 37.5 %。结论 :建立了可表达Hp NAP基因的减毒鼠伤寒沙门疫苗株 ,为进一步研制Hp口服疫苗奠定了基础。 展开更多
关键词 幽门螺杆菌 Hp-nap基因 减毒鼠伤寒沙门菌 疫苗
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NT4-NAP融合基因原核表达载体的构建及在大肠杆菌中的表达 被引量：17
3
作者 杨宇 吴江 +1 位作者 杨欣 胡林森 《中华神经科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期260-261,共2页
关键词 NT4—nap融合基因 原核表达载体 构建 大肠杆菌 表达
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鼻咽癌相关基因NAP1的克隆及鉴定 被引量：7
4
作者 李峰 蒋卫红 +6 位作者 杨旭宇 尹志华 冯湘玲 刘卫东 王磊 周文 姚开泰 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第5期464-469,共6页
从UniGene库中选取编号为BG2 31197,来自人鼻咽组织的EST序列 .利用Blast检索GenBank的nr数据库和EST数据库 ,构建EST重叠群 .利用人类基因组草图搜索法从成人正常鼻咽组织中PCR扩增获得该基因全长cDNA ,命名为NAP1,GenBank登录号为AY19... 从UniGene库中选取编号为BG2 31197,来自人鼻咽组织的EST序列 .利用Blast检索GenBank的nr数据库和EST数据库 ,构建EST重叠群 .利用人类基因组草图搜索法从成人正常鼻咽组织中PCR扩增获得该基因全长cDNA ,命名为NAP1,GenBank登录号为AY190 32 6 .NAP1基因cDNA序列全长为 5 73bp ,编码由 85个氨基酸组成 ,相对分子质量为 970 0的多肽 .用α 3 2 P dCTP标记NAP1基因片段 ,与含 15种正常成人组织的多组织RNA印迹膜杂交 ,结果表明NAP1基因在淋巴结和气管中高表达 ,转录本大小约为 0 6kb ,在其他组织中不表达 .NAP1蛋白质与滤泡树突状细胞 (folliculardendriticcell,FDC)的一种分泌肽前体 (FDC SP) (AF4 35 0 80 )同源 ,与其他已知蛋白质无明显同源性 .NAP1基因定位在染色体 4q13,基因组跨越 9179bp ,含 5个外显子和 4个内含子 .采用差异RT PCR检测了 4 0例经病理诊断为低分化鳞状上皮癌的鼻咽活检组织及其对侧相应部位的正常鼻咽组织中该基因的表达差异 .在 4 0例鼻咽癌中 ,NAP1基因表达下调的有 17例 (4 2 5 % ) ,表达上调的有 6例 (15 % ) ,无明显表达差异的有 17例 (4 2 5 % ) .原位杂交和免疫组化结果显示该基因在正常鼻咽和鼻咽癌组织间质中的树突状细胞中表达 。 展开更多
关键词 鼻咽癌 nap1基因 基因克隆 鉴定
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DLG2、RBMS3和NAP5基因多态性与中国北方地区汉族帕金森病的相关性 被引量：2
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作者 杨新瑞 罗晓光 +4 位作者 朱文清 于裴夫 张思怡 周玉章 庞灏 《临床神经病学杂志》 CAS 2018年第5期324-327,共4页
目的探究DLG2、RBMS3和NAP5基因的3个单核苷酸多态性(SNPs)(rs7479949、rs2053288和rs12612615)以及NAP5基因的1个插入缺失标记(In Del)(rs778533301)与中国北方地区帕金森病(PD)的相关性。方法采用PCR-限制性片段长度多态性分析技术,... 目的探究DLG2、RBMS3和NAP5基因的3个单核苷酸多态性(SNPs)(rs7479949、rs2053288和rs12612615)以及NAP5基因的1个插入缺失标记(In Del)(rs778533301)与中国北方地区帕金森病(PD)的相关性。方法采用PCR-限制性片段长度多态性分析技术,对中国北方地区汉族332名健康个体和331例PD患者的rs7479949、rs2053288、rs12612615和rs778533301位点进行遗传多态性调查,并将获得的对照组及PD组数据进行相关统计分析。结果本研究成功对3个SNPs及NAP5基因的In Del位点进行了基因型分型,除了rs778533301位点未观察到多态性外,其他3个SNPs位点在PD组和对照组均显示出明显的遗传多态性分布,但两组间比较等位基因频率和基因型频率差异无统计学意义(均P> 0. 05)。结论 DLG2基因的rs7479949、RBMS3基因的rs2053288以及NAP5基因的rs12612615和rs778533301位点在中国北方地区汉族群体中与PD无相关性。 展开更多
关键词 帕金森病 DLG2基因 RBMS3基因 nap5基因
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