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骨髓增生异常综合征基因突变特征及突变负荷相关临床分析 被引量:9
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作者 吕晓东 李扬威 +4 位作者 郭珍 辛雅萍 胡杰英 范瑞华 宋永平 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期933-937,共5页
目的探讨骨髓增生异常综合征(MDS)基因突变特征及突变负荷与患者一般情况、疾病亚型、染色体核型间的关系和临床价值。方法采用高通量测序靶向检测以2016年1月至2019年4月于河南省肿瘤医院就诊的191例MDS患者和9例MDS继发急性髓细胞白血... 目的探讨骨髓增生异常综合征(MDS)基因突变特征及突变负荷与患者一般情况、疾病亚型、染色体核型间的关系和临床价值。方法采用高通量测序靶向检测以2016年1月至2019年4月于河南省肿瘤医院就诊的191例MDS患者和9例MDS继发急性髓细胞白血病(SAML)患者的65种血液肿瘤相关基因,分析异常基因特点、突变负荷,及与疾病亚型、染色体核型和患者年龄等的关系。结果共有148例(77.5%)MDS患者发现突变,其中包含47种异常基因和186个突变位点。9例SAML患者均发现基因突变,突变个数显著高于MDS患者(χ2=11.911,P=0.018)。MDS患者检出异常基因中,U2AF1(37.3%)和ASXL1(41.6%)等突变频率较高,且不同异常基因间突变负荷间差异有统计学意义(F=91.946,P<0.001)。不同亚型MDS患者,基因突变个数存在差异,EB-2型基因突变个数最多[(2.2±1.5)个]。在SLD、MLD、EB-1和EB-2中,携带≥3个突变的比例逐渐增高(χ2=52.471,P=0.037)。TP53突变与异常核型相关(rφ=0.177,P=0.019),特别与复杂核型相关(rφ=0.440,P<0.001),而NPM1突变与正常染色体核型相关(rφ=0.173,P=0.024)。30岁以下患者携带突变个数最少,突变个数随着年龄增大而增加,其中60~79岁患者的突变个数最多(P=0.017),表观遗传学相关基因随年龄增长而突变频率增加(P=0.041)。结论MDS相关基因突变特征及其突变负荷与疾病的亚型、染色体核型及患者年龄等临床因素密切相关。 展开更多
关键词 骨髓增生异常综合征 高通量测序 基因突变 突变负荷
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驱动基因阴性非小细胞肺癌患者新辅助免疫治疗手术后预后的影响因素 被引量:17
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作者 姚磊 颜巍 +2 位作者 闫宇博 郭元杰 徐世东 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2021年第21期2748-2751,2756,共5页
目的观察可手术切除的驱动基因阴性非小细胞肺癌患者(non small cell lung cancer,NSCLC)的肿瘤突变负荷(tumor mutational burden,TMB)、免疫浸润和PD-L1表达情况,分析NSCLC患者新辅助免疫治疗手术预后的影响因素。方法收集并追溯2015... 目的观察可手术切除的驱动基因阴性非小细胞肺癌患者(non small cell lung cancer,NSCLC)的肿瘤突变负荷(tumor mutational burden,TMB)、免疫浸润和PD-L1表达情况,分析NSCLC患者新辅助免疫治疗手术预后的影响因素。方法收集并追溯2015年以来在哈尔滨医科大学附属肿瘤医院就医的NSCLC患者共51例,所有患者穿刺肺组织经肺癌9合1试剂盒检测为驱动基因阴性者,且患者在手术切除之前进行了新辅助免疫治疗。利用高通量测序技术检测患者的肿瘤突变负荷(tumor mutationalburden,TMB),抗CD8和抗PD-L1抗体检测免疫浸润和PD-L1表达情况。对患者进行最多长达5年的随访,记录患者的无进展生存期(progression-free survival,PFS),利用Kaplan-Meier方法分析NSCLC患者新辅助免疫治疗手术预后的影响因素。结果 PD-L1阳性组(PD-L1^(+))和PD-L1阴性组(PD-L1^(+))患者的无进展生存期差异无统计学意义(P=0.461 1);TMB高突变组(TMB^(+))无进展生存期比TMB低突变组(TMB^(+))更长(P=0.004 7);CD8阳性组(CD8^(+))无进展生存期比CD8阴性组(CD8^(+))更长(P=0.001 4);PD-L1^(+)/TMB^(+)患者较其他患者无进展生存期更长(P=0.001 9);PD-L1^(+)/TMB^(+)患者和其他患者无进展生存期差异无统计学意义(P=0.361 1);CD8^(+)/TMB^(+)患者较其他患者无进展生存期更长(P=0.036 9);CD8^(+)/PD-L1^(+)患者较其他患者无进展生存期更长(P=0.016 1);TMB^(+)/CD8^(+)/PD-L1^(+)患者较其他患者无进展生存期更长(P=0.037 7)。结论对于驱动基因阴性的可手术的NSCLC患者,综合分析TMB、PD-L1表达和免疫浸润情况有助于选择对患者的治疗方案。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 肿瘤突变负荷 新辅助免疫治疗 免疫浸润
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中医辨证治疗晚期结直肠癌化疗失败患者循环肿瘤DNA状态与预后的相关性 被引量:13
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作者 曲骞 杨国旺 +7 位作者 侯炜 孙红 李刘生 郝腾腾 崔宁 李中玉 吴娇 吴煜 《中医杂志》 CSCD 北大核心 2020年第19期1710-1716,共7页
目的探讨中医辨证治疗晚期结直肠癌化疗失败患者循环肿瘤DNA(ctDNA)状态、突变基因及其与预后相关性。方法收集83例晚期结直肠癌化疗失败患者外周血10ml,利用定制的覆盖416个肿瘤相关基因探针的Geneseeq One NGS面板进行杂交富集。高效... 目的探讨中医辨证治疗晚期结直肠癌化疗失败患者循环肿瘤DNA(ctDNA)状态、突变基因及其与预后相关性。方法收集83例晚期结直肠癌化疗失败患者外周血10ml,利用定制的覆盖416个肿瘤相关基因探针的Geneseeq One NGS面板进行杂交富集。高效捕获后进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,在HiSeq NGS平台(Illumina)上对目标富集的文库进行测序。结果在纳入的83例经中医辨证治疗的晚期结直肠癌化疗失败患者中,有54例(65.06%)血浆中检测出肿瘤相关突变基因,共152个基因。根据突变频率筛选出APC、TP53、KRAS、PIK3CA等前20位的基因;ctDNA突变频率、肿瘤突变负荷(TMB)、KRAS、PIK3CA均与预后显著相关(P<0.05);临床相关因素分析显示,肝转移与多个肿瘤基因不良突变相关(P<0.05或P<0.01),脾肾两虚证与ctDNA突变频率、TMB、TP53相关(P<0.05),八纲辨证中阴证、阳证与TMB相关(P<0.05)。结论外周血ctDNA可以较好地反映中医辨证治疗的晚期结直肠癌化疗失败患者分子生物学状态,脾肾两虚证与较低的ctDNA突变频率、较低的抑癌基因突变存在相关性;阴证患者TMB较低,阳证患者TMB较高。 展开更多
关键词 晚期结直肠癌 中医药疗法 化疗 循环肿瘤DNA 脾肾两虚证 肿瘤突变负荷
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PD-1/PD-L1在小细胞肺癌中的临床研究进展 被引量:12
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作者 田浩 康晓艳 +1 位作者 朱海波 宋霞 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期44-48,共5页
小细胞肺癌(small cell lung cancer,SCLC)恶性程度高,具有强侵袭性、快速增长及早期转移等特点。初始治疗对化疗和放疗较敏感,但易复发且预后差。免疫检测点抑制剂程序性死亡分子-1(programmed death-1,PD-1)和程序性死亡分子1配体(pro... 小细胞肺癌(small cell lung cancer,SCLC)恶性程度高,具有强侵袭性、快速增长及早期转移等特点。初始治疗对化疗和放疗较敏感,但易复发且预后差。免疫检测点抑制剂程序性死亡分子-1(programmed death-1,PD-1)和程序性死亡分子1配体(pro-grammed death-ligand 1,PD-L1)拮抗剂,通过激活T细胞对肿瘤细胞的免疫应答,在SCLC的临床研究中均获得了很好的疗效,有望成为治疗SCLC的主要手段。本文旨在阐述PD-1/PD-L1抑制剂在SCLC治疗中的研究进展,同时,比较肿瘤突变负荷(tumormutation burden,TMB)与PD-L1表达作为生物标记物在SCLC的作用。 展开更多
关键词 小细胞肺癌 程序性死亡分子1 程序性死亡分子1配体 肿瘤突变负荷 PD-L1表达
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肿瘤突变负荷对PD-1/PD-L1抑制剂治疗非小细胞肺癌临床疗效预测的Meta分析 被引量:10
5
作者 沈仕俊 王巧丽 +4 位作者 杨金江 李国剑 李孟丽 张小丽 甘平 《肿瘤防治研究》 CAS CSCD 2021年第3期281-287,共7页
目的探讨肿瘤突变负荷(TMB)与PD-1/PD-L1抑制剂治疗非小细胞肺癌(NSCLC)疗效的相关性。方法系统检索PubMed、Embase和Cochrane Library、CNKI、中国生物医学数据库(Chinese Biomedical Literature Database,CBM)和万方数据库,检索日期截... 目的探讨肿瘤突变负荷(TMB)与PD-1/PD-L1抑制剂治疗非小细胞肺癌(NSCLC)疗效的相关性。方法系统检索PubMed、Embase和Cochrane Library、CNKI、中国生物医学数据库(Chinese Biomedical Literature Database,CBM)和万方数据库,检索日期截至2020年3月25日。RevMan5.3和STATA15.0进行分析。结果纳入12项研究,共计1209例患者。结果提示TMB显著提高PD-1/PD-L1抑制剂治疗过的NSCLC疾病无进展生存期(PFS)(HR=0.54,95%CI:0.42~0.70,P<0.001),但TMB却降低客观缓解率(ORR)(OR=4.41,95%CI:2.54~7.63,P<0.001)。亚组分析结果显示,TMB对PD-1/PD-L1抑制剂联合抗CTLA-4抑制剂或化疗治疗的非小细胞肺癌的预测价值显著。Begg’s检验和Egger’s检验未观察到显著的发表偏倚。结论高TMB可预测PD-1/PD-L1抑制剂治疗非小细胞肺癌PFS的提高,但对OS、ORR及长期生存的预测价值需进一步研究。 展开更多
关键词 免疫治疗 META分析 非小细胞肺癌 PD-1/PD-L1抑制剂 肿瘤突变负荷
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子宫内膜癌分子分型与PD-1/PD-L1阻断治疗 被引量:9
6
作者 高境泽 吴霞 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期623-627,共5页
子宫内膜癌是女性生殖道三大恶性肿瘤之一。癌症基因图谱计划根据子宫内膜癌的分子特征提出了POLE(DNA polymeraseε,POLE)突变型;微卫星不稳定高突变型;拷贝数低型和拷贝数高型/浆液性四种分子亚型。大量临床前和临床研究表明,PD-1/PD... 子宫内膜癌是女性生殖道三大恶性肿瘤之一。癌症基因图谱计划根据子宫内膜癌的分子特征提出了POLE(DNA polymeraseε,POLE)突变型;微卫星不稳定高突变型;拷贝数低型和拷贝数高型/浆液性四种分子亚型。大量临床前和临床研究表明,PD-1/PD-L1阻断治疗是极具潜力的子宫内膜癌免疫治疗方法,子宫内膜癌中的POLE突变型和MSI高突变型具有肿瘤突变负荷较高的特征,可能是PD-1/PD-L1阻断治疗的获益人群。该分子分型为子宫内膜癌个体化免疫治疗提供了新的临床治疗策略。 展开更多
关键词 分子分型 MSI POLE 肿瘤突变负荷 PD-1/PD-L1阻断治疗
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头颈部鳞状细胞癌肿瘤突变负荷相关因素分析 被引量:8
7
作者 郭伟 尹高菲 +5 位作者 段翰源 刘宏飞 黄俊伟 杨征 许洪波 黄志刚 《中国耳鼻咽喉头颈外科》 CSCD 2020年第1期13-16,共4页
目的肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)作为免疫治疗敏感性的预测指标是近来研究热点,而不同分化程度的喉、下咽中TMB的情况尚无相关文献报道,本研究旨在通过对既往诊治的患者进行基因检测,探究TMB高低相关的因素及临床相关性。... 目的肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)作为免疫治疗敏感性的预测指标是近来研究热点,而不同分化程度的喉、下咽中TMB的情况尚无相关文献报道,本研究旨在通过对既往诊治的患者进行基因检测,探究TMB高低相关的因素及临床相关性。方法选取首都医科大学附属北京同仁医院耳鼻咽喉头颈外科2013年3月~2016年6月诊治的头颈部鳞状细胞癌患者24例,利用全外显子测序检测样本TMB水平,结合患者临床随访资料进行分析,采用SPSS 24.0软件进行数据分析,包括χ^2检验或t检验,Kaplan-Mer ier单因素及COX回归生存分析。结果截止到2019年2月中位随访时间56个月,24例患者中8例死亡。患者年龄41~77岁。根据AJCC分期Ⅲ期患者8例,Ⅳ期16例。24例患者中低分化患者7例,中分化12例,高分化5例;TMB水平分析显示与肿瘤分化程度相关,即高分化TMB水平低,低分化TMB水平高;并且与化疗疗效相关,TMB水平高患者化疗疗效敏感。结论TMB在病理分化程度不同的头颈部鳞状细胞癌患者中表达水平不同,对于头颈部鳞状细胞癌治疗方案的制定,可以结合TMB及分化程度进行考虑。 展开更多
关键词 头颈部肿瘤 鳞状细胞 肿瘤突变负荷
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肿瘤突变负荷对肺癌免疫治疗疗效的预测价值 被引量:8
8
作者 撒焕兰 马克威 +1 位作者 高勇 王德强 《中国肺癌杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期380-384,共5页
肺癌的发病率和死亡率居全球首位,除化疗、放疗和靶向治疗外,免疫治疗也成为其不容忽视的治疗策略。美国食品药品监督管理局(Food and Drug Administration, FDA)相继批准免疫检查点抑制剂作为晚期非小细胞肺癌(non-small cell lung can... 肺癌的发病率和死亡率居全球首位,除化疗、放疗和靶向治疗外,免疫治疗也成为其不容忽视的治疗策略。美国食品药品监督管理局(Food and Drug Administration, FDA)相继批准免疫检查点抑制剂作为晚期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)二线治疗和部分患者一线治疗的标准方案。美国国家综合癌症网(National Comprehensive Cancer Network, NCCN)也推荐免疫检查点抑制剂用于复发小细胞肺癌(small cell lung cancer,SCLC)的治疗。目前肺癌治疗已进入精准治疗时代,因此挑选有效及可靠的生物标记物,筛选出接受免疫治疗的优势人群成为精准治疗的重点。越来越多的研究提示肿瘤突变负荷(tumor mutation burden, TMB)未来可能成为免疫治疗的独立预测生物标记物,但是TMB在预测免疫疗效方面仍有一定局限性。本文综述了TMB对于肺癌免疫治疗疗效的预测价值及临床应用中相关问题。 展开更多
关键词 免疫治疗 免疫检查点抑制剂 肺肿瘤 肿瘤突变负荷
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PD-L1表达联合TMB预测免疫检查点抑制剂治疗NSCLC疗效的研究 被引量:7
9
作者 赵呈龙 李力 +2 位作者 王玉波 韩睿 何勇 《重庆医学》 CAS 2021年第10期1621-1627,共7页
目的探讨组织程序性细胞死亡受体-配体1(PD-L1)表达联合肿瘤突变负荷(TMB)水平对免疫检查点抑制剂(ICIs)疗效的预测价值,并指导ICIs单药或联合治疗方案在非小细胞肺癌(NSCLC)患者中的应用。方法共纳入44例ICIs治疗的NSCLC患者,统计分析... 目的探讨组织程序性细胞死亡受体-配体1(PD-L1)表达联合肿瘤突变负荷(TMB)水平对免疫检查点抑制剂(ICIs)疗效的预测价值,并指导ICIs单药或联合治疗方案在非小细胞肺癌(NSCLC)患者中的应用。方法共纳入44例ICIs治疗的NSCLC患者,统计分析肿瘤组织PD-L1表达及TMB水平与客观有效率(ORR)、疾病控制率(DCR)、持续临床获益(DCB)、无进展生存期(PFS)及总生存期(OS)的相关性。结果单因素分析显示,PD-L1表达与PFS、OS呈正相关(P<0.05);TMB水平与PFS呈正相关(P<0.05);多因素分析显示,PD-L1表达和TMB水平是影响PFS的独立预后因素(P<0.05),PD-L1表达是影响OS的独立预后因素(P<0.05)。PD-L1≥50%且高TMB患者的ICIs疗效较好,PD-L1<50%且低TMB患者的疗效较差(PFS,χ2=12.350,P<0.05;OS,χ2=9.274,P<0.05)。在PD-L1<50%且低TMB的患者中,ICIs联合化疗组的DCB率、PFS及OS生存曲线优于ICIs单药组(P<0.05);在PD-L1≥50%且高TMB的患者中,ICIs单药组和ICIs联合化疗组的疗效评估指标差异无统计学意义(P>0.05)。结论PD-L1表达联合TMB可有效预测NSCLC免疫治疗效果,并对临床个体化用药具有一定指导意义。 展开更多
关键词 肺肿瘤 程序性细胞死亡受体-配体1 肿瘤突变负荷 免疫治疗 临床疗效
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非小细胞肺癌免疫治疗预测标志物研究进展 被引量:6
10
作者 权阳 赵征 姚俊涛 《肿瘤学杂志》 CAS 2019年第11期952-956,共5页
目前免疫检查点抑制剂在肺癌治疗方面取得了突破性进展,正在迅速的改变着肺癌的治疗模式。由于免疫治疗费用高昂,单药治疗的获益人群较低,且非筛选人群免疫治疗的获益率仅为20%,因此如何筛选出免疫治疗获益人群显得尤为重要。肿瘤通过PD... 目前免疫检查点抑制剂在肺癌治疗方面取得了突破性进展,正在迅速的改变着肺癌的治疗模式。由于免疫治疗费用高昂,单药治疗的获益人群较低,且非筛选人群免疫治疗的获益率仅为20%,因此如何筛选出免疫治疗获益人群显得尤为重要。肿瘤通过PD-1/PD-L1通路发生免疫逃逸,在效应CD8+T细胞进入肿瘤细胞周围过程中,产生大量IFNγ,可以诱导肿瘤细胞表面PD-L1上调,与效应T细胞表面的PD-1受体结合,从而降低效应T细胞的增殖,诱导其凋亡,引起细胞毒T细胞的耗竭,通过上调PD-L1的表达下调效应T淋巴细胞的抗肿瘤免疫反应,创造出适合自身生长的局部微环境,形成免疫逃逸,促进肿瘤细胞的生长。肿瘤突变负荷已被多个临床研究证实可作为一种免疫治疗预测标志物,其表达高低可能与吸烟具有一定的相关性。微卫星不稳定在肺癌中表达较低,是否可将其与肿瘤淋巴浸润联合作为预测免疫治疗的标志物有待证实。除此之外,T细胞受体多样性、主要组织相容性复合体1分子的表达均可能影响肿瘤新抗原的呈递和识别。DNA损伤修复基因的异常发生功能性突变,导致其他驱动基因缺失和插入性突变增加,这些移码突变导致新抗原和肿瘤突变负荷增加,与免疫检查点抑制剂的疗效相关。免疫治疗时代的开展推动了对免疫治疗预测标志物更加严格的要求,新的免疫预测标志物层出不穷,免疫时代赋予非小细胞肺癌免疫治疗的预测标志物更需要临床进一步证实。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 免疫治疗 预测标志物 PD-L1 肿瘤突变负荷 MSI TIL
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基于二代测序技术探究胃癌中医证型的基因突变特征 被引量:5
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作者 李朝燕 徐燕 +8 位作者 黄晨 韩晨 李清林 秦梦梦 刘锋 朱晓虹 曹妮达 赵刚 赵爱光 《中国肿瘤》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期794-802,共9页
[目的]利用二代测序技术研究胃癌中医证型的基因突变特征,从肿瘤基因组层面初步探索胃癌中医证候的客观化指标,指导临床精准治疗。[方法]收集临床病理分期为Ⅰ~Ⅳ期且未经任何治疗的胃癌患者,根据2011年《胃癌中医诊疗方案》进行辨证分... [目的]利用二代测序技术研究胃癌中医证型的基因突变特征,从肿瘤基因组层面初步探索胃癌中医证候的客观化指标,指导临床精准治疗。[方法]收集临床病理分期为Ⅰ~Ⅳ期且未经任何治疗的胃癌患者,根据2011年《胃癌中医诊疗方案》进行辨证分型,采用二代测序技术(含450个肿瘤相关突变基因)检测肿瘤细胞的基因突变情况,结合临床资料和中医证型进行生物信息学分析,从而探究胃癌中医证型的基因突变特点。[结果]共有130例Ⅰ~Ⅳ期胃癌患者纳入本研究,辨证分型为脾气虚证、血虚证、热毒证等共8个单证。对中医单证和测序获得的363个突变基因进行分析,得到与各单证相关的高频和驱动基因,脾气虚证多见ARID1A、PIK3CA、APC基因突变;血虚证多见KMT2C基因突变;热毒证多见TGFBR2、HNF1A、ERBB3、KMT2D基因突变。130例患者中共有92例携带与单证证型相关的突变基因,采用无监督层次聚类分析得到脾虚热毒证这一特征证型,该复合证型多有Hippo、TGF-β等信号通路的激活,表现为微卫星高度不稳定(MSI-H)和高肿瘤突变负荷(TMB)的特点。[结论]不同单证的胃癌患者具有不同的基因突变特征,脾气虚证多有PIK3CA、ARID1A、APC基因突变;新发胃癌患者多为虚实夹杂的复合证型,辨证为脾虚热毒证的胃癌患者可能是免疫治疗的适宜人群。 展开更多
关键词 胃癌 中医证型 脾气虚证 二代测序技术 基因突变 肿瘤突变负荷
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老年胃癌的免疫相关多组学分子特征 被引量:5
12
作者 陆懿 王德强 +3 位作者 应乐倩 熊芬 胡章敏 李小琴 《临床肿瘤学杂志》 CAS 2022年第6期514-521,共8页
目的分析老年胃癌的免疫相关多组学分子特征。方法采用≥65岁和≥75岁两种老年的定义。利用江苏大学附属医院(AHJU)和癌症基因组图谱计划(TCGA)的胃癌多组学数据,分析老年胃癌与微卫星不稳定性(MSI)、肿瘤突变负荷(TMB)、肿瘤新抗原负荷... 目的分析老年胃癌的免疫相关多组学分子特征。方法采用≥65岁和≥75岁两种老年的定义。利用江苏大学附属医院(AHJU)和癌症基因组图谱计划(TCGA)的胃癌多组学数据,分析老年胃癌与微卫星不稳定性(MSI)、肿瘤突变负荷(TMB)、肿瘤新抗原负荷(TNB)及免疫相关基因表达的关系。结果在AHJU和TCGA中,与<65岁组比较,≥65岁组的MSI发生率(28.6%vs.0.0%,P=0.034和25.3%vs.10.8%,P=0.017)、平均TMB(434.1 vs.39.2,P=0.016和453.5 vs.259.8,P=0.007)及平均TNB(262.8 vs.51.8,P=0.006和439.9 vs.116.6,P=0.021)均显著升高,但在≥75岁和<75岁两组间未发现类似差异(P>0.05)。基于mRNA表达的基因集富集分析显示,抗肿瘤免疫相关的基因在≥65岁组显著富集。结论≥65岁老年胃癌的分子特征与活跃的抗肿瘤免疫反应有关,提示这些患者可能对免疫治疗敏感。 展开更多
关键词 胃癌 老年 微卫星不稳定性 肿瘤突变负荷 肿瘤新抗原负荷 免疫治疗
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微卫星不稳定性结直肠癌14239例患者的分子特征
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作者 古建辉 王蒙 李云涛 《中国临床研究》 CAS 2024年第9期1374-1378,1385,共6页
目的对四川地区结直肠癌患者进行基因测序,以分析其微卫星不稳定(MSI)的分子特征。方法采用第二代测序技术(NGS)方法对2017年至2022年四川省成都市第三人民医院14239例结直肠癌患者的进行检测,包含单核苷酸位点变异(SNV)、插入和缺失(In... 目的对四川地区结直肠癌患者进行基因测序,以分析其微卫星不稳定(MSI)的分子特征。方法采用第二代测序技术(NGS)方法对2017年至2022年四川省成都市第三人民医院14239例结直肠癌患者的进行检测,包含单核苷酸位点变异(SNV)、插入和缺失(InDel)、拷贝数变异(CNV)、基因融合(fusion)、MSI、肿瘤突变负荷(TMB)、EB病毒(EBV)等。比较高度微卫星不稳定(MSI-H)患者(MSI-H组,n=1018)和微卫星稳定(MSS)患者(MSS组,n=13221)的临床及分子特征。结果MSI在结直肠癌中的发生率为7.15%,且MSI检出率在诊断年龄、肿瘤位置、样本类型等方面均存在差异。MSI-H组TMB显著高于MSS组(92.8突变/Mb vs 12.7突变/Mb,P<0.05)。结直肠癌患者EBV阳性率为0.43%(27例),而MSI-H未检测到有EBV阳性的患者。ERBB 2、PIK3CA和BRAF等在MSI-H组中的频率都明显更高,但APC(51.26%vs 70.76%,χ^(2)=168.823,P<0.01)、TP53(27.76%vs 69.54%,χ^(2)=739.882,P<0.01)、NRAS(1.86%vs 3.98%,χ^(2)=11.445,P<0.01)在MSS组中的阳性率更高。此外,携带一个DNA错配修复基因(MMR)变异的患者在MSI-H型中占比更高(P<0.05)。结论四川地区结直肠癌MSI-H型与MSS型具有不同的分子特征,且在TMB及EBV感染也有所差异。 展开更多
关键词 结直肠癌 下一代测序技术 微卫星不稳定 微卫星稳定 DNA错配修复 肿瘤突变负荷 EB病毒 拷贝数变异 体系突变 胚系突变
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RcaNet:一种预测肿瘤突变负荷的深度学习模型 被引量:4
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作者 刘邓 杨啸林 孟祥福 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期51-61,共11页
近年来,肺癌的发病率和死亡率不断攀升,已成为对人类生命健康威胁最大的恶性肿瘤之一,而非小细胞肺癌(NSCLC)发病率占肺癌总发病率的80%以上。由于其复杂的诊断过程和昂贵的诊断成本,NSCLC的有效诊断和治疗已成为医生面临的巨大挑战。... 近年来,肺癌的发病率和死亡率不断攀升,已成为对人类生命健康威胁最大的恶性肿瘤之一,而非小细胞肺癌(NSCLC)发病率占肺癌总发病率的80%以上。由于其复杂的诊断过程和昂贵的诊断成本,NSCLC的有效诊断和治疗已成为医生面临的巨大挑战。医学相关研究发现,肿瘤突变负荷(TMB)与NSCLC免疫治疗的疗效呈正相关,同时TMB值对靶向治疗和化疗的疗效具有一定的预测作用。基于上述发现,本研究提出一种深度学习模型(RcaNet),该模型以残差网络(ResNet)为骨干网络,在网络内增加多维度特征注意和多尺度信息融合,以增强网络对肺癌病理组织切片深层特征的关注与提取能力。通过将RcaNet与主流深度学习模型在TCGA公开数据集上进行实验,实验训练样本数为925954张。结果表明,RcaNet模型的性能平均曲线下面积(AUC)值为0.8830,比现有结果最好的CAIM模型高出6.8%,比ResNeSt模型高出4.2%,比ResNet模型高出5.3%。研究结果对非小细胞肺癌诊断治疗有较强的指导意义,具有较高的应用价值。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 多维度特征注意 肿瘤突变负荷 深度学习
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肿瘤大基因包高通量测序在临床中的应用进展 被引量:5
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作者 程亚楠 于津浦 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期94-98,共5页
随着高通量测序技术的推进、大数据处理分析水平的提升,以及基于各种分子标记物的靶向治疗和免疫治疗抗肿瘤活性的表现,以高通量测序和大数据为基础的诊疗逐渐应用于临床,不同基因数的基因包(panel)检测为肿瘤诊疗提供依据。本文就高通... 随着高通量测序技术的推进、大数据处理分析水平的提升,以及基于各种分子标记物的靶向治疗和免疫治疗抗肿瘤活性的表现,以高通量测序和大数据为基础的诊疗逐渐应用于临床,不同基因数的基因包(panel)检测为肿瘤诊疗提供依据。本文就高通量测序panel的分类,大panel在肿瘤诊断、靶向治疗、免疫治疗中的应用以及大panel在临床应用中所遇到的问题进行综述,旨在为其在临床上的应用提供参考,促进精准医疗推广应用。 展开更多
关键词 高通量测序 大panel 免疫治疗 靶向治疗 肿瘤突变负荷
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胸部SMARCA4缺失性未分化肿瘤的病理诊断与联合免疫检测点抑制剂治疗 被引量:4
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作者 熊焰 张波 +4 位作者 聂立功 吴世凯 赵虎 李东 邸吉廷 《北京大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期351-356,共6页
探讨胸部SMARCA4缺失性未分化肿瘤(SMARCA4-deficient undifferentiated tumor,SMARCA4-UT)的临床病理特点和治疗策略。SMARCA4-UT是2021版《世界卫生组织胸部肿瘤分类》中的新类型,各科医生对其诊断、治疗、预后等问题均较为陌生。本... 探讨胸部SMARCA4缺失性未分化肿瘤(SMARCA4-deficient undifferentiated tumor,SMARCA4-UT)的临床病理特点和治疗策略。SMARCA4-UT是2021版《世界卫生组织胸部肿瘤分类》中的新类型,各科医生对其诊断、治疗、预后等问题均较为陌生。本次多学科研讨会以北京大学第一医院收治的1例胸部SMARCA4-UT为例,集中研讨了该类肿瘤的病理诊断、分子检测、治疗相关分子靶点、免疫检验点抑制剂治疗以及新辅助治疗反应的病理学评估等问题。患者为老年男性,有长期吸烟史,以右肺下叶实性肿瘤快速进展入院。病理学检测,肿瘤细胞上皮样,组织结构上无任何分化特点;免疫组织化学染色显示,CD34弥漫阳性,SALL4部分细胞阳性,SMARCA4基因编码的蛋白BRG1表达缺失;二代测序证实,肿瘤存在SMARCA4基因突变(c.2196T>G,p.Y732Ter)。综上,病理诊断符合胸部SMARCA4-UT。术前TNM分期为T1N2M0(ⅢA)。程序性细胞死亡1-配体1(programmed cell death 1-ligand 1,PD-L1,克隆号SP263)抗体免疫组化染色显示,阳性肿瘤细胞比例评分(tumor proportion score,TPS)为2%。肿瘤突变负荷(tumor mutation burden,TMB)检测结果为16.3/Mb,微卫星检测结果为微卫星稳定型(microsatellite stability,MSS)。经化疗联合免疫检测点抑制剂新辅助治疗两周后,行胸腔镜下右肺下叶切除术。术后新辅助治疗反应的病理学评估结果为病理学完全缓解(complete pathologic response,CPR),新辅助治疗后病理学分期为ypT0N0M0。术后完成了5周期化疗联合免疫检测点抑制剂辅助治疗。随访截止2022年10月,肿瘤无复发、转移,微小残留病灶(minimal residual disease,MRD)检测阴性。目前认为,只要BRG1免疫组织化学染色阴性,无论是否检测到SMARCA4基因突变,均可归入SMARCA4缺失性肿瘤,SMARCA4缺失性肿瘤包括多种癌和肉瘤。SMARCA4-UT的诊断,除了BRG1表达缺失以外,还必须具备相应的组织形态,并排除其他伴有BRG1表达缺失 展开更多
关键词 胸部SMARCA4缺失性未分化肿瘤 程序性细胞死亡1-配体1 肿瘤突变负荷 免疫检验点抑制剂 新辅助治疗 病理学评估
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肿瘤突变负荷在胃癌中的应用研究进展 被引量:5
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作者 卫江鹏 余鹏飞 +5 位作者 杨钧 王伟东 高瑞祺 杨西胜 李晓华 季刚 《中国普通外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期1229-1234,共6页
胃癌属于临床上常见的恶性肿瘤疾病之一,具有高发病率以及高致死率。近年来,免疫检查点抑制剂(ICI)在胃癌的免疫治疗中取得了重大进展。然而整体单药有效率仍较低,也常伴随不同程度的免疫相关不良反应。因此,亟需寻找准确可靠的生物标... 胃癌属于临床上常见的恶性肿瘤疾病之一,具有高发病率以及高致死率。近年来,免疫检查点抑制剂(ICI)在胃癌的免疫治疗中取得了重大进展。然而整体单药有效率仍较低,也常伴随不同程度的免疫相关不良反应。因此,亟需寻找准确可靠的生物标志物筛选免疫治疗的潜在获益患者。以肿瘤基因变异数目为特征的肿瘤突变负荷(TMB)显示出与ICI疗效的相关性,笔者就TMB与胃癌临床病理关系、免疫治疗效果预测及其他生物标志物关系进行综述。 展开更多
关键词 胃肿瘤 免疫疗法 肿瘤突变负荷 综述
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全外显子测序揭示原发中枢神经系统淋巴瘤的基因突变特征
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作者 金祺祺 蒋皓云 +3 位作者 韩叶 李翠翠 张丽田 吴重阳 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期756-762,共7页
目的:对18例原发中枢神经系统淋巴瘤(PCNSL)患者肿瘤组织进行全外显子测序,探索PCNSL的基因突变特点。方法:收集2018年9月至2020年12月在兰州大学第二医院病理科确诊的18例免疫功能正常(无HIV及服用免疫抑制剂病史)、病理类型为弥漫大B... 目的:对18例原发中枢神经系统淋巴瘤(PCNSL)患者肿瘤组织进行全外显子测序,探索PCNSL的基因突变特点。方法:收集2018年9月至2020年12月在兰州大学第二医院病理科确诊的18例免疫功能正常(无HIV及服用免疫抑制剂病史)、病理类型为弥漫大B细胞淋巴瘤的PCNSL患者肿瘤组织,进行基于高通量测序的全外显子测序,平均测序深度>100×。测序结果经数据处理及生物信息学分析,得到患者的基因突变全景及突变特征。结果:18例患者均检测到明显的体细胞突变,中位体细胞突变数目为321,以错义突变为主(约占90%),突变类型以C>T为主(占50.2%),反映了与年龄相关的突变模式;前15位高频突变基因中,PSD3、DUSP5、MAGEB16、TELO2、FMO2、TRMT13、AOC1、PIGZ、SVEP1、IP6K3、TIAM1为驱动基因。驱动基因通路富集结果显示,RTK-RAS、Wnt、NOTCH、Hippo、Cell-Cycle通路明显富集。各样本的肿瘤突变负荷在3.558 48/Mb-8.780 89/Mb之间,平均突变负荷4.953 32/Mb,与TCGA数据库中其他肿瘤的研究队列相比明显增高。结论:PCNSL频繁发生体细胞的错义突变,以点突变为主,突变类型主要为C>T。驱动基因主要参与RTK-RAS、Wnt、NOTCH、Hippo通路信号传导,表明以上通路可能与PCNSL发病机制相关。PCNSL有显著的高肿瘤突变负荷,这或许是PD-1抑制剂治疗PCNSL有效的原因之一。 展开更多
关键词 原发中枢神经系统淋巴瘤 全外显子测序 体细胞突变 肿瘤突变负荷
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不同KRAS突变亚型非小细胞肺癌患者一线免疫治疗疗效及预后分析 被引量:3
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作者 张子恒 闫宁宁 +3 位作者 胡浩强 耿童童 申淑景 李醒亚 《中华肿瘤防治杂志》 CAS 北大核心 2022年第21期1555-1562,共8页
目的评估Kirsten大鼠肉瘤病毒癌基因(KRAS)突变亚型对晚期非小细胞肺癌(NSCLC)患者一线免疫检查点抑制剂(ICIs)疗效及安全性影响。方法回顾性分析2019-01-01-2021-12-01郑州大学第一附属医院收治且病理确诊的84例KRAS突变NSCLC患者临床... 目的评估Kirsten大鼠肉瘤病毒癌基因(KRAS)突变亚型对晚期非小细胞肺癌(NSCLC)患者一线免疫检查点抑制剂(ICIs)疗效及安全性影响。方法回顾性分析2019-01-01-2021-12-01郑州大学第一附属医院收治且病理确诊的84例KRAS突变NSCLC患者临床资料,随访至2022-03-15。按突变类型将84例患者分为G12C突变组(43例)和非G12C突变组(41例;其中G12 D 18例、G12V10例、G12A 6例、G13 D 4例、Q61 H 2例和G12S1例)。分析具体突变类型、临床病理特征、免疫治疗疗效与总生存期(OS)和无进展生存期(PFS)之间的关系及免疫治疗安全性。结果所有患者均接受一线免疫治疗为基础的全身治疗。KRAS G12C组与非G12C组患者的中位PFS(mPFS;18.27 vs 26.20个月,χ^(2)=0.036,P=0.850)和中位OS(mOS,21.43 vs 26.30个月,χ^(2)=0.324,P=0.569)差异均无统计学意义,KRAS突变亚型与患者预后无关。多因素分析发现,KRAS突变亚型与mOS(HR=1.647,95%CI:0.783~3.468,P=0.189)和mPFS(HR=1.558,95%CI:0.744~3.265,P=0.240)无关;然而,肿瘤突变负荷(TMB)<10mut/MB的患者应用ICIs治疗后mPFS缩短(HR=2.435,95%CI:1.032~5.748,P=0.042)。此外,KRAS G12C突变组与非G12C突变组免疫相关不良事件发生率差异无统计学意义(69.8%vs 68.3%),χ^(2)=0.021,P=0.844。结论不同KRAS突变亚型对ICIs疗效和安全性没有显著影响。KRAS突变患者中TMB<10mut/MB是晚期NSCLC一线免疫治疗为基础的全身治疗PFS的负性预后因素。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 KRAS基因 基因突变 免疫检查点抑制剂 肿瘤突变负荷 一线治疗
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MTHFD2与头颈部鳞状细胞癌的肿瘤微环境相关性
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作者 史振祥 吴洒 +2 位作者 蔡伟松 明小平 陈雄 《医学新知》 CAS 2024年第3期291-300,共10页
目的采用生物信息学分析技术探讨亚甲基四氢叶酸脱氢酶2(methylenetetrahydrofolate dehydrogenase 2,MTHFD2)在头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)中的表达、生物学功能、相关信号通路、肿瘤突变负荷、免... 目的采用生物信息学分析技术探讨亚甲基四氢叶酸脱氢酶2(methylenetetrahydrofolate dehydrogenase 2,MTHFD2)在头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)中的表达、生物学功能、相关信号通路、肿瘤突变负荷、免疫细胞浸润及其与患者预后的关系。方法在癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)数据库中比较人HNSCC组织和正常组织中MTHFD2基因m RNA的相对表达水平,根据HNSCC患者癌组织中MTHFD2基因表达中位数分为高、低表达组,绘制Cox比例风险模型,Log-rank检验比较MTHFD2高低表达组患者总生存期(OS)有无差异;对MTHFD2及相关基因功能进行KEGG和GO信号通路功能富集;使用R语言与maftools软件包分析MTHFD2与肿瘤突变负荷的相关性;使用TIMER 2.0相关模块分析癌组织肿瘤浸润情况。结果MTHFD2基因mRNA在癌组织表达水平高于癌旁正常组织(P<0.05),随着MTHFD2基因mRNA表达水平的增高,HNSCC的分期增加(P<0.05),OS缩短(P<0.05);GSEA发现MTHFD2与细胞周期控制过程密切相关;MTHFD2的体细胞突变率为0.59%,且与肿瘤突变负荷显著相关(P<0.001);MTHFD2高表达时,NK CD56 bright细胞、T辅助细胞和Th2细胞显著上升。结论MTHFD2可能作为HNSCC的预后性生物标志物,并可能在肿瘤浸润免疫细胞中发挥关键作用。 展开更多
关键词 MTHFD2 头颈部鳞状细胞癌 预后 肿瘤突变负荷
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