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多核苷酸多态性分析在异基因造血干细胞移植后嵌合状态检测中的应用 被引量：2
1
作者 吕晓东 邹喆 +2 位作者 彭海 范瑞华 宋永平 《中华血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期662-666,共5页
目的 建立一种利用多核苷酸多态性高通量测序(MNPseq)分析异基因造血干细胞移植后嵌合状态的新方法,并探讨其可行性及优越性.方法 筛选100个MNP片段,采用高通量测序技术,通过模拟嵌合样本和临床移植后样本,与STR法、融合基因定量检测和... 目的 建立一种利用多核苷酸多态性高通量测序(MNPseq)分析异基因造血干细胞移植后嵌合状态的新方法,并探讨其可行性及优越性.方法 筛选100个MNP片段,采用高通量测序技术,通过模拟嵌合样本和临床移植后样本,与STR法、融合基因定量检测和流式细胞术微小残留病检测进行对比,验证方法的准确性和敏感性.结果 MNPseq的准确性和敏感性均优于STR法,其中敏感性为0.01%,较STR法敏感约100倍;MNPseq可以进一步区分STR完全嵌合的42份样本,且经Cutoff值校正后,与融合基因定量检测结果相关;MNPseq可以纠正因为影子峰所造成的STR法的假阳性,并且可以用于检测缺乏供者和(或)患者移植前信息的嵌合体标本.结论 基于高通量测序的MNPseq分析是一种更加准确和敏感的嵌合体检测方法,而且解决了缺乏移植前信息无法检测嵌合体的问题,具有极高的临床应用价值. 展开更多
关键词 多核苷酸多态性 高通量测序 嵌合体 异基因造血干细胞移植
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多核苷酸多态性分析在异基因造血干细胞移植后嵌合体检测的策略优化及临床分析
2
作者 邹喆 孙瑞 +3 位作者 李扬威 郭珍 范瑞华 吕晓东 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期913-918,共6页
目的:探讨基于高通量测序的多核苷酸多态性嵌合体检测法的标本选取、结果校正,以及其临床应用价值。方法:收集2018年11月-2020年6月本院嵌合体标本,采用皮尔森相关系数(r)对MNPseq法检测的骨髓和外周血结果进行一致性分析;根据移植前信... 目的:探讨基于高通量测序的多核苷酸多态性嵌合体检测法的标本选取、结果校正,以及其临床应用价值。方法:收集2018年11月-2020年6月本院嵌合体标本,采用皮尔森相关系数(r)对MNPseq法检测的骨髓和外周血结果进行一致性分析;根据移植前信息完整性的不同构建校正模型,分析各模型的微小嵌合结果校正值;对临床结果进行回顾分析,验证嵌合体结果校正的可靠性和实用性,并进一步探讨MNPseq法的临床价值。结果:MNPseq法检测骨髓和外周血嵌合体结果差异无统计学意义(Z=-1.075,P=0.282),且相关性显著(r=0.985,P<0.01)。通过移植前信息不同构建3组校正模型,无供者和移植前患者信息组校正值为1%;有移植前患者、无供者信息组嵌合率校正值为0.61%和13个差异位点;有移植前患者和供者信息组嵌合率校正值为0.26%和差异位点比例校正值21.57%。对372位患者嵌合体结果进行校正,校正后不完全嵌合患者由276人(74.19%)下降至141人(37.91%),且有统计学意义(P<0.01)。结合临床对18例(18/141,12.77%)复发患者的MNPseq、STR和流式MRD结果进行比较,结果显示,MNPseq法早25-39 d检测出移植物状态的改变,且差异有统计学意义(P<0.01)。结论:MNPseq法可用外周血代替骨髓样本进行嵌合体监测,结果经校正后能够更早的发现体内移植物状态的变化。 展开更多
关键词 多核苷酸多态性 异基因造血干细胞移植 嵌合体 短串联重复序列法
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基于二代测序技术的MNP标记鉴别刺芹侧耳菌株 被引量：3
3
作者 魏传正 王朦 +5 位作者 张鹏 刘芳 严俊杰 谢宝贵 邓优锦 谢路昱 《食用菌学报》 CSCD 北大核心 2023年第1期1-9,共9页
以31个刺芹侧耳(Pleurotus eryngii)菌株及福建省主栽品种‘Ple 0100’为材料,经二代测序与标记序列筛选,构建32个菌株的MNP标记数据库,结果表明,32个菌株之间的遗传相似度为1.79%~99.60%,其中DUS16与DUS17的遗传相似度为99.60%,DUS02与... 以31个刺芹侧耳(Pleurotus eryngii)菌株及福建省主栽品种‘Ple 0100’为材料,经二代测序与标记序列筛选,构建32个菌株的MNP标记数据库,结果表明,32个菌株之间的遗传相似度为1.79%~99.60%,其中DUS16与DUS17的遗传相似度为99.60%,DUS02与DUS23、DUS30的遗传相似度均为99.01%,DUS23与DUS30的遗传相似度为99.20%。拮抗实验结果表明,遗传相似度高的菌株之间无拮抗现象,可能是极近似品种或相同品种。对3家刺芹侧耳生产企业的子实体、子实体组织分离物、废菌渣、菇脚进行MNP检测,发现这些样品与‘Ple 0100’的遗传相似度均为100.00%,表明利用MNP标记进行品种鉴别的材料不限于菌丝体。对5个自交菌株及其亲本进行MNP标记检测,结果表明,自交菌株之间遗传相似度为26.84%~61.43%,与亲本之间的遗传相似度为28.43%~78.33%,表明刺芹侧耳减数分裂过程中存在广泛的染色体重组和同源染色体交换。对国内52家刺芹侧耳生产企业的56份鲜菇样品的组织分离物进行MNP检测,发现与‘Ple 0100’的相似度均为100.00%,表明国内刺芹侧耳栽培品种高度一致。研究结果表明基于二代测序技术的MNP标记技术可用于刺芹侧耳菌株间遗传相似度分析及新菌株鉴别。 展开更多
关键词 遗传相似度 品种鉴定 二代测序 多聚单核苷酸多态性 拮抗反应
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