目的比较3种沙门菌分子血清分型方法,获得一种准确度较高的方法用来替代传统的血清凝集技术用于沙门菌血清型判定。方法对覆盖50个血清型的509株沙门菌提取核酸进行全基因组测序,根据全基因组序列分别利用多位点序列分型(MLST)、SalmonS...目的比较3种沙门菌分子血清分型方法,获得一种准确度较高的方法用来替代传统的血清凝集技术用于沙门菌血清型判定。方法对覆盖50个血清型的509株沙门菌提取核酸进行全基因组测序,根据全基因组序列分别利用多位点序列分型(MLST)、SalmonSeroPredicition以及SISTR(Salmonella in silico typing resource)3种方法在线预测获得每株菌的血清型,然后与传统血清凝集获得的血清型进行一致性比较分析,评估每种方法血清型预测的准确度。结果SISTR、MLST以及SalmonSeroPredicition预测血清型的准确率分别为96.67%、93.52%、69.16%。常见沙门菌血清型印第安纳沙门菌和鼠伤寒沙门菌血清型预测正确率最高,为100%,德尔卑沙门菌、肠炎沙门菌血清型预测正确率分别为99.17%、95.74%。3种方法均预测错误的血清型有肠炎沙门菌、德尔卑沙门菌和沙门菌的萨拉姆亚种、亚利桑那亚种和双相亚利桑那亚种等;预测错误原因主要是基因序列丢失和鞭毛抗原基因未表达。结论基于基因组序列的SISTR血清型预测方法具有较高的血清型预测准确度,在传统血清凝集难以开展或沙门菌鞭毛基因不表达的情况下,可以替代血清凝集试验进行沙门菌血清型判定。展开更多
目的了解广州地区ST17无乳链球菌的分子流行病学特征,运用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(Matrix assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)建立其快速筛查方法。方法收集侵袭性无乳...目的了解广州地区ST17无乳链球菌的分子流行病学特征,运用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(Matrix assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)建立其快速筛查方法。方法收集侵袭性无乳链球菌98株,进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)和分子血清学分型,进行药敏试验并检测红霉素和克林霉素耐药基因(ermB、ermA/E、ermTR和linB基因),运用MALDI-TOF MS分析ST17菌株的特征质谱峰。结果所有菌株被分为10个ST,来源于7个克隆群,其中ST17占16.3%。ST17菌株均为血清学Ⅲ型。ST17菌株对红霉素与克林霉素耐药率分别为93.8%和87.5%,检出ermB和mefA/E两种耐药基因,阳性率分别为100.0%和20.0%,未检出ermTR和linB基因。ST17菌株与非ST17菌株对红霉素和克林霉素耐药性以及ermB和mefA/E携带率的差异均具有统计学意义(P<0.05)。10种ST中,仅ST17在7620 Da处有特征质谱峰。结论广州地区流行的侵袭性无乳链球菌具有较高遗传多样性。ST17/血清学Ⅲ型菌株是该地区流行的主要侵袭性菌株之一,对红霉素和克林霉素耐药率高,红霉素耐药主要由ermB介导。MALDI-TOF MS可用于ST17菌株的快速筛查。展开更多
文摘目的比较3种沙门菌分子血清分型方法,获得一种准确度较高的方法用来替代传统的血清凝集技术用于沙门菌血清型判定。方法对覆盖50个血清型的509株沙门菌提取核酸进行全基因组测序,根据全基因组序列分别利用多位点序列分型(MLST)、SalmonSeroPredicition以及SISTR(Salmonella in silico typing resource)3种方法在线预测获得每株菌的血清型,然后与传统血清凝集获得的血清型进行一致性比较分析,评估每种方法血清型预测的准确度。结果SISTR、MLST以及SalmonSeroPredicition预测血清型的准确率分别为96.67%、93.52%、69.16%。常见沙门菌血清型印第安纳沙门菌和鼠伤寒沙门菌血清型预测正确率最高,为100%,德尔卑沙门菌、肠炎沙门菌血清型预测正确率分别为99.17%、95.74%。3种方法均预测错误的血清型有肠炎沙门菌、德尔卑沙门菌和沙门菌的萨拉姆亚种、亚利桑那亚种和双相亚利桑那亚种等;预测错误原因主要是基因序列丢失和鞭毛抗原基因未表达。结论基于基因组序列的SISTR血清型预测方法具有较高的血清型预测准确度,在传统血清凝集难以开展或沙门菌鞭毛基因不表达的情况下,可以替代血清凝集试验进行沙门菌血清型判定。
文摘目的了解广州地区ST17无乳链球菌的分子流行病学特征,运用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(Matrix assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)建立其快速筛查方法。方法收集侵袭性无乳链球菌98株,进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)和分子血清学分型,进行药敏试验并检测红霉素和克林霉素耐药基因(ermB、ermA/E、ermTR和linB基因),运用MALDI-TOF MS分析ST17菌株的特征质谱峰。结果所有菌株被分为10个ST,来源于7个克隆群,其中ST17占16.3%。ST17菌株均为血清学Ⅲ型。ST17菌株对红霉素与克林霉素耐药率分别为93.8%和87.5%,检出ermB和mefA/E两种耐药基因,阳性率分别为100.0%和20.0%,未检出ermTR和linB基因。ST17菌株与非ST17菌株对红霉素和克林霉素耐药性以及ermB和mefA/E携带率的差异均具有统计学意义(P<0.05)。10种ST中,仅ST17在7620 Da处有特征质谱峰。结论广州地区流行的侵袭性无乳链球菌具有较高遗传多样性。ST17/血清学Ⅲ型菌株是该地区流行的主要侵袭性菌株之一,对红霉素和克林霉素耐药率高,红霉素耐药主要由ermB介导。MALDI-TOF MS可用于ST17菌株的快速筛查。
