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虫媒病毒性脑炎M-RT-PCR诊断方法的建立及应用 被引量：11
1
作者 宋宏 王环宇 +5 位作者 王鹏富 刘卫滨 付士红 宋宗明 赵洪丽 梁国栋 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期317-323,共7页
目的　建立常见嗜神经性虫媒病毒 (arboviruses)分子生物学诊断方法及分子流行病学调查模型。方法　通过生物信息学方法筛选 3对常见嗜神经性虫媒病毒特异基因扩增引物 ,建立多重逆转录聚合酶链式反应 (multiplexreversetranscription P... 目的　建立常见嗜神经性虫媒病毒 (arboviruses)分子生物学诊断方法及分子流行病学调查模型。方法　通过生物信息学方法筛选 3对常见嗜神经性虫媒病毒特异基因扩增引物 ,建立多重逆转录聚合酶链式反应 (multiplexreversetranscription PCR ,M RT PCR)体系。考察了体系的特异性、敏感性和广谱性并使用建立的M RT PCR体系对我国新分离的 3株病毒进行鉴定。结果　M RT PCR体系针对黄病毒及甲病毒敏感性达到 10 0PFU ,针对加利福尼亚脑炎病毒组达到 10 0 0PFU。利用M RT PCR体系证实 3株新分离嗜神经性虫媒病毒株中 2株为蜱传脑炎病毒远东型 ,另 1株为日本脑炎病毒Ⅰ型。结论　建立了针对嗜神经性虫媒病毒的分子生物学鉴定方法 ,该方法能够准确分析黄病毒属嗜神经性虫媒病毒 (日本脑炎病毒、蜱传脑炎病毒和西尼罗病毒 )的基因型、地理来源、进化及亲缘关系等 ,能够鉴定并区分甲病毒属不同病毒 (东方马脑炎病毒、西方马脑炎病毒和委内瑞拉马脑炎病毒 ) 。 展开更多
关键词 虫媒病毒性脑炎 分子生物学诊断 分子流行病学 生物信息学 基因扩增 多重逆转录聚合酶链式反应
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2016～2017年中国沿海省市虾类偷死野田村病毒(CMNV)分子流行病学调查 被引量：10
2
作者 李小平 万晓媛 +6 位作者 张庆利 黄倢 董宣 王秀华 邱亮 宋增磊 程东远 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2019年第2期65-73,共9页
偷死野田村病毒(CMNV)引起的病毒性偷死病(VCMD)使中国对虾养殖业遭受了严重的经济损失,为查明CMNV及其变异株的分子流行病学特征,本研究采用逆转录套式PCR (RT-nPCR)、逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)和TaqMan实时荧光定量PCR(TaqMan RT... 偷死野田村病毒(CMNV)引起的病毒性偷死病(VCMD)使中国对虾养殖业遭受了严重的经济损失,为查明CMNV及其变异株的分子流行病学特征,本研究采用逆转录套式PCR (RT-nPCR)、逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)和TaqMan实时荧光定量PCR(TaqMan RT-qPCR) 3种方法,对2016～2017年中国沿海省市CMNV及一种新型野田村病毒——行动障碍野田村病毒(MDNV)的流行、分布和变异情况进行了分析。结果显示,养殖凡纳滨对虾、中国明对虾、日本囊对虾、斑节对虾和罗氏沼虾等种类中均可检测到CMNV阳性;在河北、山东、浙江、福建、广东和海南等省市采集的患病对虾中均存在CMNV。基于RT-nPCR、RT-LAMP和TaqMan RT-qPCR的检测结果显示,2016和2017年样品中CMNV的阳性检出率依次分别为11.8%和7.8%,6.7%和3.9%,17.7%和12.4%;基于上述3种方法检测结果计算得出,2016和2017年样品中CMNV的阳性检出率分别为26.8%和16.3%;基于RT-LAMP的分析显示,2016年样品中MDNV的阳性检出率为9.4%。本研究表明,中国沿海省市养殖虾类中VCMD的流行和危害仍不容忽视,RNA依赖的RNA聚合酶基因不断变异导致前期基于该基因开发的CMNV检测方法可靠性下降,检出假阴性风险升高;同时,发病对虾中出现了新的野田村病毒株系且具有较高的流行率,其传播危害风险值得高度关注。 展开更多
关键词 偷死野田村病毒 分子流行病学调查 逆转录套式PCR 逆转录环介导等温扩增 TaqMan实时荧光定量RT-PCR 行动障碍野田村病毒
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免疫鸡群新城疫强毒感染及其与HI抗体的相关性研究 被引量：5
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作者 汤承 岳华 +4 位作者 刘小银 杨泽林 张兆敏 张斌 俞宁 《中国家禽》 北大核心 2009年第4期11-14,共4页
为调查新城疫强毒(vNDV)在免疫鸡群中的感染情况及其与抗ND抗体效价的相关性,用自行建立的检测vNDV的荧光定量RT-PCR(RRT-PCR)对采自川、渝两地36个免疫鸡群的360份肛门棉拭子进行检测,同时采血测定其血凝抑制抗体效价。结果共检出5个v... 为调查新城疫强毒(vNDV)在免疫鸡群中的感染情况及其与抗ND抗体效价的相关性,用自行建立的检测vNDV的荧光定量RT-PCR(RRT-PCR)对采自川、渝两地36个免疫鸡群的360份肛门棉拭子进行检测,同时采血测定其血凝抑制抗体效价。结果共检出5个vNDV阳性鸡群,每个阳性鸡群检出1例阳性样本,经病毒分离鉴定证实为NDV;36个受检鸡群HI抗体平均效价在4.5～10.1,标准偏差(SD)在0.70～3.19,变异系数在9.5%～44.3%。当SD大于2.0时,vNDV感染鸡群阳性率为50%(5/10),当CV大于32%时,vNDV感染鸡群阳性率为62.5%(5/8);vNDV感染个体HI抗体效价分别为210、29、28、26、23;阳性样本RT-PCR产物经测序分析证实为vNDVF基因序列,发育进化分析显示,2株vNDV属基因Ⅶ型,3株属基因Ⅸ型。研究结果表明,RRT-PCR适合vNDV感染及传播的监测和分子流行病学调查;免疫鸡群是否感染vNDV可能与个体HI抗体水平高低无关,而与群体HI抗体离散度有关,SD和CV值有助于判定鸡群感染vNDV的风险。 展开更多
关键词 新城疫病毒 强毒 分子流行病学 血凝抑制抗体 鸡
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青海省共和县牦牛芽囊原虫分子流行病学调查
4
作者 马丁允 陈九思 +6 位作者 马金秀 林妹琪 刘一飞 李文 余复昌 齐萌 菅复春 《畜牧与饲料科学》 2024年第4期115-120,共6页
[目的]了解青海省共和县牦牛芽囊原虫(Blastocystis)的流行情况及其基因亚型分布特征。[方法]从共和县桑德牧场(n=89)、看着项毛牧场(n=12)和赞拉家庭牧场(n=374)采集新鲜牦牛粪便样本475份,全部提取粪便样本DNA,采用巢氏PCR方法扩增芽... [目的]了解青海省共和县牦牛芽囊原虫(Blastocystis)的流行情况及其基因亚型分布特征。[方法]从共和县桑德牧场(n=89)、看着项毛牧场(n=12)和赞拉家庭牧场(n=374)采集新鲜牦牛粪便样本475份,全部提取粪便样本DNA,采用巢氏PCR方法扩增芽囊原虫SSU rDNA;对获得的部分阳性样本序列进行双向测序,基于SSU rDNA序列进行基因亚型鉴定,并构建系统发育进化树。[结果]475份牦牛粪便样本中,检测出361份芽囊原虫阳性样本,总感染率为76.00%(361/475);桑德牧场、看着项毛牧场和赞拉家庭牧场均检出芽囊原虫阳性样本,感染率依次为96.63%(86/89)、91.67%(11/12)和70.59%(264/374)。选择126条芽囊原虫SSU rDNA测序,进行基因亚型鉴定,经序列比对分析,共发现5种芽囊原虫的基因亚型,其中,ST10亚型检出率最高,为80.95%(102/126);其次为ST26、ST25、ST21和ST5亚型,检出率分别为9.52%(12/126)、6.35%(8/126)、2.38%(3/126)、0.80%(1/126)。[结论]共和县牦牛芽囊原虫感染较为常见,其基因亚型存在遗传多样性;发现了人兽共患基因亚型ST5,应加强对该地区牦牛芽囊原虫的感染情况监测。 展开更多
关键词 牦牛 芽囊原虫 基因亚型 分子流行病学调查 SSU rDNA
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云南省部分地区鸡住白细胞虫的分子鉴定与流行分析 被引量：2
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作者 董仙兰 翟国莲 +3 位作者 徐聪 杜娟娟 普丽花 王开胜 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2021年第6期47-52,共6页
为明确云南地区部分养鸡场住白细胞虫的流行情况,试验采用巢式PCR方法对970份鸡血样扩增住白细胞虫的线粒体细胞色素b基因(cytb)。结果显示:34份样本为住白细胞虫阳性,阳性检出率为3.51%(34/970);同源性分析表明,阳性样本均为卡氏住白... 为明确云南地区部分养鸡场住白细胞虫的流行情况,试验采用巢式PCR方法对970份鸡血样扩增住白细胞虫的线粒体细胞色素b基因(cytb)。结果显示:34份样本为住白细胞虫阳性,阳性检出率为3.51%(34/970);同源性分析表明,阳性样本均为卡氏住白细胞虫(Leucocytozoon caulleryi)。对阳性样本进行不同性别、日龄、品种和地区等因素比对分析,发现地理区域、日龄、品种间的阳性率均存在极显著相关性(P<0.001),而性别间无显著相关性(P>0.05)。本试验结果可为云南养鸡场住白细胞虫病的防治提供参考。 展开更多
关键词 云南 住白细胞虫 分子流行病学调查 线粒体细胞色素B基因
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