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中草药有效成分化合物的化学空间分析 被引量:13
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作者 黄钦 乔学斌 徐筱杰 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期41-44,共4页
运用计算机方法对中药有效成分化合物的数据库进行化学空间分析,对一些特征描述符的分布进行了描述,同时采用主成分分析方法将多维化学空间映射到二维空间以得到更直观的图像。结果表明,中草药有效成分共有良好的多样性,既有类药性质,... 运用计算机方法对中药有效成分化合物的数据库进行化学空间分析,对一些特征描述符的分布进行了描述,同时采用主成分分析方法将多维化学空间映射到二维空间以得到更直观的图像。结果表明,中草药有效成分共有良好的多样性,既有类药性质,也是天然产物化合物的一个特殊的子集,对进一步的研究工作有重要意义。 展开更多
关键词 中草药有效成分三维结构与性质数据库 多样性 化学空间 分子描述符
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从化学空间角度看独活寄生汤治疗骨性关节炎的多靶点作用 被引量:14
2
作者 郑春松 叶蕻芝 +3 位作者 许惠凤 吴广文 李西海 刘献祥 《福建中医药大学学报》 2011年第5期35-37,共3页
目的从化学空间角度探讨独活寄生汤治疗骨性关节炎的多靶点作用。方法采用计算机处理,对独活寄生汤中的分子集和MDDR数据库中骨性关节炎靶酶抑制剂的分子集进行化学空间分析,对一些特征描述符的分布进行描述,用主成分分析法将多维化学... 目的从化学空间角度探讨独活寄生汤治疗骨性关节炎的多靶点作用。方法采用计算机处理,对独活寄生汤中的分子集和MDDR数据库中骨性关节炎靶酶抑制剂的分子集进行化学空间分析,对一些特征描述符的分布进行描述,用主成分分析法将多维化学空间映射到二维空间上以得到更直观的图像。结果来源于独活寄生汤和MDDR数据库中骨性关节炎靶酶抑制剂的分子集存在绝大部分相同的化学空间,且前者拥有更大的附加区域,显示出多样性。结论通过化学空间方法直观地揭示了独活寄生汤存在的多靶点效应。 展开更多
关键词 化学空间 骨性关节炎 独活寄生汤 多样性 分子描述符
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清眩降压汤治疗高血压作用机制的虚拟筛选研究 被引量:9
3
作者 陈梅妹 杨雪梅 +1 位作者 赖新梅 王君 《中华中医药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期1471-1474,共4页
目的:采用计算机虚拟筛选技术探讨清眩降压汤治疗高血压的潜在作用机制。方法:先采用分子描述符计算和主成分分析来研究清眩降压汤中739个化合物与53个心血管疾病相关药物的化学空间信息分布,探讨其类药性质;再通过分子对接方法和网络... 目的:采用计算机虚拟筛选技术探讨清眩降压汤治疗高血压的潜在作用机制。方法:先采用分子描述符计算和主成分分析来研究清眩降压汤中739个化合物与53个心血管疾病相关药物的化学空间信息分布,探讨其类药性质;再通过分子对接方法和网络分析来研究清眩降压汤中739个化合物与30个心血管疾病相关靶标的相互作用及它们的靶空间分布。结果:清眩降压汤所含分子与心血管疾病相关药物有类药性,且更具多样性;清眩降压汤中266个化合物与17个心血管相关靶标有着较强的相互作用,其中,桑叶作用于17个靶标,钩藤、苦丁茶和黄芩分别作用于12个靶标。结论:清眩降压汤治疗高血压的作用机制可能涉及到降血压、调节血脂、抗炎、抗血栓等4个方面,与高血压的发病机制相符合。 展开更多
关键词 清眩降压汤 高血压 分子描述符 分子对接
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基于QSAR模型的有机磷化合物毒性预测 被引量:8
4
作者 万金玉 刘怡飞 《化学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期926-936,共11页
随着有机磷化合物(OPs)的广泛应用,其在越来越多的环境介质中被检测出来。大多数OPs具有毒性,但人们缺乏快速且有效的预测手段来对毒性进行评估。本文将结合E-Dragon软件计算的分子描述符,采用不同的QSAR模型对36个OPs的毒性进行预测。... 随着有机磷化合物(OPs)的广泛应用,其在越来越多的环境介质中被检测出来。大多数OPs具有毒性,但人们缺乏快速且有效的预测手段来对毒性进行评估。本文将结合E-Dragon软件计算的分子描述符,采用不同的QSAR模型对36个OPs的毒性进行预测。文中采用后退法作为描述符筛选方法,以均方根误差(RMSE)作为评价标准,共找到14个对线性核函数支持向量机(SVM)模型贡献较大的描述符;在最终得到的SVM模型交叉验证结果中,计算值与实际值的相关系数为0. 913,均方根误差为0. 388;外部测试验证结果中,平均相对误差为9. 10%。此外,采用多元线性回归(MLR)、人工神经网络(ANN)以及偏最小二乘回归(PLS)模型对OPs的毒性进行预测,交叉验证结果显示,三个模型的计算值与实际值的相关系数分别为0. 878、0. 686与0. 620,没有SVM模型的预测能力好。因此采用线性核函数的SVM模型对OPs进行毒性预测是一个行之有效的方法。 展开更多
关键词 有机磷化合物 定量结构活性关系 分子描述符 支持向量机
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用于含能分子性质预测的分子描述符增强图神经网络 被引量:1
5
作者 高天宇 纪玉金 +1 位作者 刘成 李有勇 《Science China Materials》 SCIE EI CAS CSCD 2024年第4期1243-1252,共10页
含能分子在军事和民用应用中都发挥着重要作用.传统上,确定含能分子的物理化学参数需要实验工作量且具有风险,而新兴的机器学习方法有望解决这一问题.在这项工作中,我们报道了一种分子描述符增强的图神经网络(MD增强的GNN)模型,该模型... 含能分子在军事和民用应用中都发挥着重要作用.传统上,确定含能分子的物理化学参数需要实验工作量且具有风险,而新兴的机器学习方法有望解决这一问题.在这项工作中,我们报道了一种分子描述符增强的图神经网络(MD增强的GNN)模型,该模型可以准确快速地预测含能分子的三个爆轰参数.该模型集成了基于序列的分子描述符和基于结构的图向量,提供了一个不需要自定义描述符的全面框架.因此,我们构建了一个包含18,991个CHNO含能分子的含能分子数据集,并将我们的模型与单一的分子指纹/描述符和GNN方法进行了比较.研究发现,我们提出的MD增强的GNN集成方法通过结合两个不同的互补特征,实现了卓越的精度,R2超过0.93,学习速度提高了20%以上,这突出了我们的模型在重塑含能分子设计格局方面的潜力,并有望在这一关键领域内大幅提高效率和有效性. 展开更多
关键词 神经网络 模型集成 分子描述符 物理化学参数 机器学习方法 爆轰参数 分子指纹 关键领域
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基于集成机器学习和分子对接方法筛选新型的BTK抑制剂
6
作者 孙丽丽 汪子肖 +2 位作者 陈琴 孙耀 董海燕 《科学技术与工程》 北大核心 2024年第22期9445-9455,共11页
布鲁顿酪氨酸激酶(Brutons tyrosine kinase,BTK)在B细胞恶性肿瘤和自身免疫性疾病等多种生物学过程中发挥重要作用,因此,抑制BTK是治疗多种疾病的一种有效策略。为了开发一种基于机器学习的虚拟筛选方法,以识别潜在的BTK抑制剂。首先,... 布鲁顿酪氨酸激酶(Brutons tyrosine kinase,BTK)在B细胞恶性肿瘤和自身免疫性疾病等多种生物学过程中发挥重要作用,因此,抑制BTK是治疗多种疾病的一种有效策略。为了开发一种基于机器学习的虚拟筛选方法,以识别潜在的BTK抑制剂。首先,通过收集了一个由3499个活性BTK抑制剂和7927个非活性化合物组成的数据集,并使用3种分子描述符和6个机器学习算法构建了18个分类模型和2种集成分类模型。模型性能评估显示,基于直径为4的扩展连接指纹(extended-connectivity fingerprint with diameter 4,ECFP4)描述符和深度神经网络(deep neural network,DNN)、随机森林(random forest,RF)、支持向量机(support vector machine,SVM)算法构建的集成模型更加准确可靠。接着,利用最佳集成模型从ZINC数据库中的5×10^(6)个分子中筛选出93个潜在的新型的BTK抑制剂,通过分子对接进一步分析它们与BTK蛋白晶体的结合模式。最终筛选出6个具有高亲和力的BTK抑制剂,它们能与活性口袋中的关键的氨基酸残基Thr474、Glu475、Met477、Cys481和Asp539等形成稳定的氢键相互作用。预测的吸收、分布、代谢、排泄和毒性(absorption,distribution,metabolism,excretion and toxicity,ADMET)参数表明这些候选化合物具有良好的药代动力学参数和安全性。分子动力学模拟进一步说明了这些化合物能与BTK蛋白稳定结合,有望成为开发新型BTK抑制剂的先导化合物。 展开更多
关键词 机器学习 BTK抑制剂 虚拟筛选 分子对接 分子描述符
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ML-QSPR方法预测煤基液体的燃料性能
7
作者 李文英 王香玲 +2 位作者 范欢欢 范鸿霞 冯杰 《煤炭学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第2期1098-1110,共13页
煤基液体混合物如煤焦油、煤直接液化油的分子结构描述和性质预测是开发煤基液体产品高值化工艺和技术的重要基础。由于煤基液体主要由C、H、O、N、S元素构成数量庞杂、芳环结构各异的混合物,因此,使用Python中的RDKit工具包,利用简化... 煤基液体混合物如煤焦油、煤直接液化油的分子结构描述和性质预测是开发煤基液体产品高值化工艺和技术的重要基础。由于煤基液体主要由C、H、O、N、S元素构成数量庞杂、芳环结构各异的混合物,因此,使用Python中的RDKit工具包,利用简化分子线性输入规范(Simplified Molecular Input Line Entry System,SMILES)语言构建煤基液体中物质分子描述符,描述符包含样品元素信息、环数与环结构信息、原子数及分子量信息等共计115个分子描述符。对比人工信息提取方法,将所构建的分子描述符能够体现煤基液体分子结构碎片、分子量及原子个数信息等作为机器学习的特征输入变量,用于建立预测煤基液体的燃料性能的分子机器学习-定量结构性质关系方法 (ML-QSPR),实现对燃料低位热值(LHV)、液体密度(ρ)、闪点(FP)、十六烷值(CN)4个关键燃料性能参数的快速预测。模型验证分析表明LHV、ρ、FP模型的R^(2)分别为0.996、0.988、0.987;CN预测中加入混合物数据进行预测,R^(2)=0.959。与已公开报道的预测LHV、ρ、FP、CN性质方法对比,笔者提出ML-QSPR方法在预测4个关键燃料性能参数准确度方面有提升,在获取结果速度方面有显著优势。利用ML-QSPR模型预测得到的煤基液体制特种燃料性能参数数据库中的信息,分析增加不同族组分物质的碳原子数量时4个燃料性能参数的演变趋势,发现LHV、ρ、FP、CN四个燃料性能参数均受碳数(n)影响显著。由于LHV主要由n决定,不同族组分物质的LHV差距小;而不同族组分物质的ρ、FP和CN性质差距明显。此外,本研究训练好的模型可用于预测新的分子,为新型燃料分子设计提供参考;ML-QSPR方法作为迁移学习模型可在今后用于煤基液体其他场景相关理化性质的分析。 展开更多
关键词 煤焦油 煤直接液化油 煤结构 煤组成成分 分子描述符
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基于支持向量学习机预测药物透血脑屏障的活性 被引量:5
8
作者 黄斌 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期188-190,共3页
为了预测药物透血脑屏障的活性,计算表征分子组成和拓扑等特征的87个分子描述符,经遗传算法筛选,参与建立基于支持向量学习机(SVM)的药物透血脑屏障活性分类模型。在模型训练中用网格搜索法确定核函数的两个重要参数C和γ,同时用5重交... 为了预测药物透血脑屏障的活性,计算表征分子组成和拓扑等特征的87个分子描述符,经遗传算法筛选,参与建立基于支持向量学习机(SVM)的药物透血脑屏障活性分类模型。在模型训练中用网格搜索法确定核函数的两个重要参数C和γ,同时用5重交叉验证模型,结果证明模型预测能力较高,交叉验证的预测正确率达85.6%。 展开更多
关键词 血脑屏障 支持向量学习机(SVM) 分子描述符 遗传算法(GA)
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基于改进的CoMFA方法研究新生霉素抑制剂的定量构效关系 被引量:6
9
作者 张小轶 侯琤斐 +2 位作者 邱木子 杜晓艳 王存新 《北京工业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第12期1865-1871,共7页
为了改善药物开发过程中由于候选分子类药性差而导致药物开发失败的现状,通过克服比较分子场分析(CoMFA)自身描述符的局限性,对70个新生霉素小分子进行大量的描述符计算,每个小分子得到6 122个描述符,并对所得描述符进行筛选,将最终获得... 为了改善药物开发过程中由于候选分子类药性差而导致药物开发失败的现状,通过克服比较分子场分析(CoMFA)自身描述符的局限性,对70个新生霉素小分子进行大量的描述符计算,每个小分子得到6 122个描述符,并对所得描述符进行筛选,将最终获得的4个关键描述符引入标准CoMFA模型中,以获得有助于判断目标小分子是否具有类药性的改进的CoMFA模型.结果显示,所得最优模型是同时添加了POS_05_-O-和极性可及面积(polar surface area,PSA)两个描述符的.通过对该改进的CoMFA模型进行统计分析,发现该模型的Q^2、R_(ncv)~2和R_(pre)~2均比标准CoMFA模型提高.所得模型的等高线图为分子改造提供了建议,并验证了模型的可靠性.分析POS_05_-O-和PSA描述符在70个小分子中的分布,发现有20个小分子既含有POS_05_-O-描述符,且PSA在90~110,占高活性分子的91%,表明这2个描述符的确有利于提高小分子活性,同时也有利于分子的口服生物利用度. 展开更多
关键词 分子描述符 COMFA HSP90 新生霉素 肺癌
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基于机器学习的PPCPs固-液分配系数预测
10
作者 张子衡 王美娥 +1 位作者 马万凯 陈卫平 《生态毒理学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期82-96,共15页
近年来药品和个人护理产品(PPCPs)作为新兴污染物越来越受到重视,研究PPCPs在固相环境介质中的固-液分配系数(K_(d))对于了解PPCPs的归趋和评价其环境风险至关重要,然而基于线性分配的传统方法不确定性较高。本研究收集了24种常见PPCPs... 近年来药品和个人护理产品(PPCPs)作为新兴污染物越来越受到重视,研究PPCPs在固相环境介质中的固-液分配系数(K_(d))对于了解PPCPs的归趋和评价其环境风险至关重要,然而基于线性分配的传统方法不确定性较高。本研究收集了24种常见PPCPs的吸附批量实验数据,包括K_(d)、土壤性质、实验参数和化合物分子描述符,构建数据集,并采用机器学习构建K_(d)的预测模型。结果表明,随机森林(RF)和极端梯度提升(XGBoost)2种回归模型的预测效果相似且优于支持向量回归(SVR);SHAP分析揭示了辛醇-水分配系数(log K_(OW))、物质的量折射率(MR)、物质的量质量(MW)、固-液比(RATIO)、有机碳含量(OC)对K_(d)影响最显著;利用文献报道的广州市溪流河12种PPCPs和42种沉积物样本的实测数据进行应用域分析和模型验证,结果显示,除了红霉素和罗红霉素,本研究构建的模型能很好地预测其余PPCPs的K_(d)值。同时,研究发现,对于在弱酸性和弱碱性条件下溶解性会发生显著增加的化合物,如环丙沙星、氧氟沙星、磺胺二甲嘧啶等,在弱酸性和弱碱性的实际环境中应用本研究所构建的方法会低估实际K_(d)值。 展开更多
关键词 批量吸附 环境风险评估 分子描述符 随机森林 有机碳吸附系数
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基于支持向量学习机方法的人体小肠吸收药物活性的预测 被引量:4
11
作者 陈仕伟 李泽荣 +1 位作者 李程 李象远 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期176-179,共4页
为了预测分子在人体小肠中的吸收,本文计算了表征分子的电子、拓扑、几何结构、分子形状等特征的10 2个分子描述符,用遗传算法变量选择方法使描述符减少到4 7个。体系共包含了2 30个化合物分子,6 9个不能被吸收(HIA ) ,16 1个可以被吸收... 为了预测分子在人体小肠中的吸收,本文计算了表征分子的电子、拓扑、几何结构、分子形状等特征的10 2个分子描述符,用遗传算法变量选择方法使描述符减少到4 7个。体系共包含了2 30个化合物分子,6 9个不能被吸收(HIA ) ,16 1个可以被吸收(HIA + )。对建立的SVM模型,用5重交叉验证和独立测试集进行验证,预测正确率分别达到79 1%和77 1% ,结果具有较好的一致性。在模型验证中,通过聚类分析方法组合训练集和测试集,保证了模型的稳定性。 展开更多
关键词 人体小肠吸收(HIA) 支持矢量学习机(SVM) 分子描述符 聚类分析 遗传算法(GA)
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基于支持向量机方法的表面活性剂增溶性能分类预测研究 被引量:4
12
作者 丁振浩 戴幸星 +2 位作者 王宇光 史新元 乔延江 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期422-424,共3页
为了探讨表面活性剂的增溶性能,计算了表征分子组成和拓扑等特征的148个分子描述符,经属性筛选得到13个描述符,采用支持向量机方法建立了表面活性剂增溶性能分类预测模型。结果表明,该模型预测能力及稳定性良好,5折交叉验证准确率为92.... 为了探讨表面活性剂的增溶性能,计算了表征分子组成和拓扑等特征的148个分子描述符,经属性筛选得到13个描述符,采用支持向量机方法建立了表面活性剂增溶性能分类预测模型。结果表明,该模型预测能力及稳定性良好,5折交叉验证准确率为92.1%,测试集验证准确率为95.1%。用中药皂苷化合物对该模型进行验证,模型验证准确率达93.8%,表明该模型具有良好的推广能力,可为中药增溶性能研究提供指导。 展开更多
关键词 增溶 支持向量机 分子描述符 属性筛选
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机器学习方法用于选择性环氧化酶-2抑制剂活性预测模型的建立 被引量:2
13
作者 王正国 饶含兵 李泽荣 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2006年第11期1317-1321,共5页
与传统的非甾体类消炎药相比,选择性环氧化酶-2抑制剂具有无胃肠道粘膜损伤,溃疡和肾功能障碍等严重的副作用,设计选择性环氧化酶-2抑制剂具有重要意义。本文用支持矢量学习机和神经网络两种机器学习方法建立选择性环氧化酶-2抑制剂的... 与传统的非甾体类消炎药相比,选择性环氧化酶-2抑制剂具有无胃肠道粘膜损伤,溃疡和肾功能障碍等严重的副作用,设计选择性环氧化酶-2抑制剂具有重要意义。本文用支持矢量学习机和神经网络两种机器学习方法建立选择性环氧化酶-2抑制剂的活性预测模型,以期为选择性环氧化酶-2抑制剂药物的合成提供先导化合物。我们将467个环氧化酶-2抑制剂用Kennard-Stone方法分为训练集,验证集和独立测试集,对每一抑制剂分子我们计算了463个包含组成描述符和拓扑描述符的分子描述符来表征其分子结构,并通过F-Score方法选取最重要的分子描述符用于分类模型的建立。结果表明,SVM方法通过变量筛选后具有很好的预测能力,其预测正确率达到93.30%。 展开更多
关键词 环氧化酶-2抑制剂 分子描述符 机器学习方法
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基于支持向量学习机方法的抗真菌药物活性预测 被引量:3
14
作者 李泽荣 陈仕伟 +2 位作者 谈宁馨 陈宇综 李象远 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2005年第8期1527-1531,共5页
为了预测分子的抗真菌活性,计算了表征分子的电子、拓扑、几何结构和分子形状等特征的67个分子描述符,并用于支持向量学习机对分子抗真菌活性分类模型的建立和活性预测.分别用留一法和五重交叉法对模型进行了验证.在五重交叉验证中,根... 为了预测分子的抗真菌活性,计算了表征分子的电子、拓扑、几何结构和分子形状等特征的67个分子描述符,并用于支持向量学习机对分子抗真菌活性分类模型的建立和活性预测.分别用留一法和五重交叉法对模型进行了验证.在五重交叉验证中,根据分子三维结构的相似性,首先把所研究的94个分子分成若干类,再分别从每一类中随机选择若干个分子组成若干个训练集,剩余的分子构成相应的测试集.结果表明,用上述两种验证方法得到的结果相近,且所建立的模型具有较高的预测性,交叉验证的预测正确率达到84.0%. 展开更多
关键词 支持向量学习机 抗真菌活性 分子描述符 留一法 五重交叉法
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从网络角度研究元胡止痛胶囊治疗头痛与痛经的分子作用机制 被引量:4
15
作者 张新庄 柯志鹏 +4 位作者 李娜 曹亮 王振中 萧伟 徐筱杰 《中国新药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第20期2323-2330,共8页
目的:研究元胡止痛胶囊治疗头痛和痛经的药效物质和分子作用机制。方法:采用分子对接、分子-靶蛋白网络特征分析以及靶蛋白-生物通路信息挖掘的方法研究元胡止痛胶囊中分子与靶蛋白的相互作用。结果:分子对接与网络分析发现元胡止痛胶... 目的:研究元胡止痛胶囊治疗头痛和痛经的药效物质和分子作用机制。方法:采用分子对接、分子-靶蛋白网络特征分析以及靶蛋白-生物通路信息挖掘的方法研究元胡止痛胶囊中分子与靶蛋白的相互作用。结果:分子对接与网络分析发现元胡止痛胶囊中有63个活性成分,且大部分具有良好的生物利用度和血脑屏障通透性,其中Coptisine,Protopine,Berberine等17个为其主要活性成分,可通过与Glu A2,i NOS,AKR1C2,ROCK1等28个靶蛋白相互作用,一方面降低疼痛信号的感知和传递,另一方面调控血管/子宫平滑肌的舒张与收缩,进而达到缓解疼痛的治疗作用。结论:通过数据分析确定了元胡止痛胶囊止痛的分子作用机制和主要活性成分,有助于减少后续药效物质基础和分子作用机制实验研究的盲目性。 展开更多
关键词 疼痛 分子描述符 中药 白芷 网络药理学
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Quantum Chemistry Prediction of Molecular Lipophilicity Using Semi-Empirical AM1 and <i>Ab Initio</i>HF/6-311++G Levels 被引量:1
16
作者 Ouanlo Ouattara Nahossé Ziao 《Computational Chemistry》 2017年第1期38-50,共13页
Reliable prediction of lipophilicity in organic compounds involves molecular descriptors determination. In this work, the lipophilicity of a set of twenty-three molecules has been determined using up to eleven quantum... Reliable prediction of lipophilicity in organic compounds involves molecular descriptors determination. In this work, the lipophilicity of a set of twenty-three molecules has been determined using up to eleven quantum various descriptors calculated by means of quantum chemistry methods. According to Quantitative Structure Property Relationship (QSPR) methods, a first set of fourteen molecules was used as training set whereas a second set of nine molecules was used as test set. Calculations made at AM1 and HF/6-311++G theories levels have led to establish a QSPR relation able to predict molecular lipophilicity with over 95% confidence. 展开更多
关键词 molecular LIPOPHILICITY molecular descriptors Quantum Chemistry Statistical Analysis
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Quantitative Structure-activity Relationship Models of Monomer Reactivity
17
作者 YU Xin-Liang YI Xiang YANG Hui-Qiong 《Chinese Journal of Structural Chemistry》 SCIE CAS CSCD 2019年第11期1867-1873,共7页
The reactivity parameters,Q and e,in the Q-e scheme reflect the reactivities of a monomer(or a radical)in free-radical copolymerizations.By applying multiple linear regression(MLR)analysis,the optimal quantitative str... The reactivity parameters,Q and e,in the Q-e scheme reflect the reactivities of a monomer(or a radical)in free-radical copolymerizations.By applying multiple linear regression(MLR)analysis,the optimal quantitative structure-activity relationship(QSAR)model for the reactivity parameter lnQ was developed based on five descriptors(NAF,NOF,EαLUMO,EβHOMO,and EβLUMO)and 69 monomers with the root mean square(rms)error of 0.61.The optimal MLR model of the parameter e obtained from five descriptors(TOcl,NpN,NSO,EαHOMO and DH)and 68 monomers produced rms error of 0.42.Compared with previous models,the two optimal MLR models in this paper show satisfactory statistical characteristics.The feasibility of combining 2D descriptors obtained from the monomers and 3D descriptors calculated from the radical structures(formed from monomers+H )to predict parameters Q and e has been demonstrated. 展开更多
关键词 density FUNCTIONAL theory molecular descriptors multiple linear regression QUANTUM chemical descriptors QUANTITATIVE STRUCTURE-ACTIVITY relationship
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人工神经网络在吡喃酮类化合物生物活性预测中的应用 被引量:3
18
作者 俞青芬 《江汉大学学报(自然科学版)》 2017年第5期418-423,共6页
采用Chemoffice 2004中的MOPAC-PM3算法对吡喃酮类化合物的量子化学结构参数进行计算,并将筛选后的量化参数作为吡喃酮类化合物的结构描述符。采用分子结构描述符对吡喃酮类化合物进行结构表征和抗人类免疫缺陷病毒(HIV)的活性预测,利... 采用Chemoffice 2004中的MOPAC-PM3算法对吡喃酮类化合物的量子化学结构参数进行计算,并将筛选后的量化参数作为吡喃酮类化合物的结构描述符。采用分子结构描述符对吡喃酮类化合物进行结构表征和抗人类免疫缺陷病毒(HIV)的活性预测,利用人工神经网络中的径向基网络建立分子结构描述符与生物活性间的相关模型。当sp=0.41时,结果显示网络训练集预测均方差MSE几乎为0,而网络仿真预测MSE为0.0066,总MSE为0.000 7。结果表明径向基人工神经网络具有高数值逼近能力,提高了对吡喃酮类化合物结构的预测精度。 展开更多
关键词 人工神经网络 分子结构描述符 吡喃酮类化合物 定量结构活性相关
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用新型分子结构参数预测多氯代二苯并呋喃的色谱保留指数 被引量:3
19
作者 戴益民 邓小清 +2 位作者 聂长明 杨道武 李宇春 《南华大学学报(自然科学版)》 2006年第4期9-12,15,共5页
从环境有毒物多氯代二苯并呋喃的分子结构出发,通过考虑化合物的元素组成及各原子的连接方式,提出一种既能表征氯原子的取代数目.又能反映出氯原子取代位置的新型分子结构参数M i.借助多元线性回归方法建立多氯代二苯并呋喃的气相色谱... 从环境有毒物多氯代二苯并呋喃的分子结构出发,通过考虑化合物的元素组成及各原子的连接方式,提出一种既能表征氯原子的取代数目.又能反映出氯原子取代位置的新型分子结构参数M i.借助多元线性回归方法建立多氯代二苯并呋喃的气相色谱保留指数与其分子结构参数的定量结构-色谱保留关系(QSRR)模型,得复相关系数为0.993 8.为了检验模型的稳定性和预测能力,进行了留一法交互校验以及Jackknife随机抽样检验,得模型复相关系数分别为0.992 7和0.993 1,结果表明所建模型具有很好的稳健性和外部预测能力,同时该方法计算简单,使用方便,预测结果准确. 展开更多
关键词 多氯代二苯并呋喃 分子结构参数 气相色谱保留指数 定量结构-色谱保留 关系
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人工神经网络法预测有机物物性的研究──Ⅰ分子描述码与烯烃沸点的预测 被引量:1
20
作者 詹庆云 张向东 +1 位作者 赵立群 张国义 《沈阳化工学院学报》 1996年第3期247-254,共8页
讨论了用人工神经网络法预测物性的几类输入参数.用分子描述码作为输入参数预测了烯烃的沸点,烯烃(链)的相关系数r=0.9975,标准差S=1.687.环烯烃:相关系数r=0.9970,标准差S=2.548.优于三维连接... 讨论了用人工神经网络法预测物性的几类输入参数.用分子描述码作为输入参数预测了烯烃的沸点,烯烃(链)的相关系数r=0.9975,标准差S=1.687.环烯烃:相关系数r=0.9970,标准差S=2.548.优于三维连接性指数的计算值. 展开更多
关键词 人工神经网络 分子描述码 烯烃 沸点 有机物
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