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禽流感病毒分离株A/Goose/Guangdong/1/96(H5N1)全基因克隆及序列分析 被引量:32
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作者 张建林 于康震 +2 位作者 陈化兰 唐秀英 田国斌 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 2000年第3期232-235,共4页
本研究用无特定病原体 (SPF)鸡胚增殖禽流感病毒鹅体分离株A/Goose/Guangdong/1/96 (H5N1) (GD1/96 ) ,提取病毒基因组总RNA ,运用反转录_聚合酶链反应 (RT_PCR)技术分别扩增该病毒分离株的 8个基因片段的cDNA ,分别克隆后进行序列测定... 本研究用无特定病原体 (SPF)鸡胚增殖禽流感病毒鹅体分离株A/Goose/Guangdong/1/96 (H5N1) (GD1/96 ) ,提取病毒基因组总RNA ,运用反转录_聚合酶链反应 (RT_PCR)技术分别扩增该病毒分离株的 8个基因片段的cDNA ,分别克隆后进行序列测定。序列分析结果表明 ,所扩增到的 8个片段均包含相应的病毒基因的完整开放阅读框架。GD1/96株与 1997年香港禽流感事件中的 4株香港流感病毒分离株 (分别来自人、鸡、鸭和鹅 )的HA基因的高度同源性说明它们可能起源于同一种系 ,但NS基因的差异说明它们分属于不同的基因群系。GD1/96株与香港流感病毒分离株的核苷酸和推导的氨基酸序列的同源性较低 ( 6 3.9%~ 98.1%) ,而香港流感病毒分离株之间的核苷酸和氨基酸序列的同源性很高 ( 96 .5 %~ 10 0 %) ,且香港各流感病毒分离株的NA均缺失 5 7个核苷酸 ( 19个氨基酸 )残基。因此 ,内地H5N1分离株GD1/96与 展开更多
关键词 禽流感病毒 分离株 全基因克隆 序列分析
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Lymph node staging in colorectal cancer:Old controversies and recent advances 被引量:15
2
作者 Annika Resch Cord Langner 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS 2013年第46期8515-8526,共12页
Outcome prediction based on tumor stage reflected by the American Joint Committee on Cancer(AJCC)/Union for International Cancer Control(UICC)tumor node metastasis(TNM)system is currently regarded as the strongest pro... Outcome prediction based on tumor stage reflected by the American Joint Committee on Cancer(AJCC)/Union for International Cancer Control(UICC)tumor node metastasis(TNM)system is currently regarded as the strongest prognostic parameter for patients with colorectal cancer.For affected patients,the indication for adjuvant therapy is mainly guided by the presence of regional lymph node metastasis.In addition to the extent of surgical lymph node removal and the thoroughness of the pathologist in dissecting the resection specimen,several parameters that are related to the pathological work-up of the dissected nodes may affect the clinical significance of lymph node staging.These include changing definitions of lymph nodes,involved lymph nodes,and tumor deposits in different editions of the AJCC/UICC TNM system as well as the minimum number of nodes to be dissected.Methods to increase the lymph node yield in the fatty tissue include methylene blue injection and acetone compression.Outcome prediction based on the lymph node ratio,defined as the number of positive lymph nodes divided by the total number of retrieved nodes,may be superior to the absolute numbers of involved nodes.Extracapsular invasion has been identified as additional prognostic factor.Adding step sectioning and immunohistochemistry to the pathological work-up may result in higher accuracy of histological diagnosis.The clinical value of more recent technical advances,such as sentinel lymph node biopsy and molecular analysis of lymph nodes tissue still remains to be defined. 展开更多
关键词 Colon CANCER RECTUM CANCER Tumor stag-ing LYMPH NODE metastasis Prognosis Sentinel LYMPH NODE LYMPH NODE ratio EXTRACAPSULAR invasion Im-munohistochemistry molecular analysis
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猪细小病毒SY-99株VP2基因的序列分析 被引量:10
3
作者 李昌文 仇华吉 +5 位作者 吴丹 刘红全 薛强 智海东 钱平 童光志 《动物医学进展》 CSCD 2001年第1期44-46,71,共4页
克隆并测定猪细小病毒 SY- 99株VP2基因 ,与 NADL- 2 ( 4 973)株、NADL- 2( 5 0 75 )株、Kresse株和 US- 1株 VP2基因核苷酸序列及其编码的氨基酸序列进行比较与分析 ,发现 PPV SY- 99株与 Kresse株 VP2基因核苷酸和氨基酸同一性最高 ,... 克隆并测定猪细小病毒 SY- 99株VP2基因 ,与 NADL- 2 ( 4 973)株、NADL- 2( 5 0 75 )株、Kresse株和 US- 1株 VP2基因核苷酸序列及其编码的氨基酸序列进行比较与分析 ,发现 PPV SY- 99株与 Kresse株 VP2基因核苷酸和氨基酸同一性最高 ,推测 SY-99株可能为一强毒株。 展开更多
关键词 猪细小病毒 VP2基因 序列分析
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2017年国内大型鸡场分离的H9N2禽流感病毒的遗传进化和分子特征分析 被引量:14
4
作者 孙王杨吉 朱睿 +1 位作者 张建军 石火英 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1513-1525,共13页
H9N2禽流感病毒自1994年在广东首次报道暴发以来,已在国内广泛地流行,给养禽业带来了极大的损失,甚至威胁着人类的健康。为了解2017年国内H9N2亚型禽流感病毒的遗传进化和分子特征变化,本研究从江苏、安徽、山东等地区的大型鸡场中分离... H9N2禽流感病毒自1994年在广东首次报道暴发以来,已在国内广泛地流行,给养禽业带来了极大的损失,甚至威胁着人类的健康。为了解2017年国内H9N2亚型禽流感病毒的遗传进化和分子特征变化,本研究从江苏、安徽、山东等地区的大型鸡场中分离到了10株H9N2亚型禽流感病毒。对10株分离株的基因分析表明,所有分离株均属于在2013年后占主导地位的G57型,由BJ/94系的HA、NA和NS基因,DK1系的PB2基因,F/98系的PB1,PA和NP基因以及G1/97系的M基因的四重组病毒组成,并且分离株的EID50显著低于早期分离的H9N2禽流感病毒。10株分离株中有7株受体结合位点的198位发生了A到T,或者A到V的替换,并发生糖基化位点在218位的缺失,313位的增加。与近5年已经发表的流行株HA蛋白比较,所有分离株的抗原位点均发生了S127R、S183N、D216E、T220I、Q235M、S283R突变,NA基因在61~63位缺失NIT;表明分离株的抗原发生了变异。而分离株内部基因PB2上的K318R突变,PB1上的L13P突变,PA上的K356R突变、Q/T/S400P突变,NS上的E227K突变,NP上的D34S、K398Q突变,M1上的V15I突变以及M2上的I28V、L55F突变,使分离株更易感染哺乳动物,说明必需要继续加强H9N2禽流感病毒的监测,密切关注其对人类可能造成的影响。特别是10株分离株中首次出现的NA基因的E433D突变和PB2基因的E627V突变是否会给H9N2禽流感病毒增加新的生物学特性还有待进一步研究。 展开更多
关键词 H9N2亚型 禽流感病毒 遗传进化 分子特征分析
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兼香型白云边酒高温堆积过程主要细菌的分子鉴定 被引量:13
5
作者 曾驰 张明春 +3 位作者 刘婷婷 缪礼鸿 熊小毛 向苇 《中国酿造》 CAS 北大核心 2010年第4期39-41,共3页
采用曲汁培养基和牛肉膏蛋白胨培养基从白云边酒厂堆积酒醅中分离细菌,获得了6株有明显特征差异的细菌。用PCR技术对其进行了16S rDNA序列扩增、同源对比和系统发育分析,结果表明:6株分离菌株中W-1、W-3、G-4、G-1、DJ-1C菌株分别与芽... 采用曲汁培养基和牛肉膏蛋白胨培养基从白云边酒厂堆积酒醅中分离细菌,获得了6株有明显特征差异的细菌。用PCR技术对其进行了16S rDNA序列扩增、同源对比和系统发育分析,结果表明:6株分离菌株中W-1、W-3、G-4、G-1、DJ-1C菌株分别与芽孢杆菌Bacillus amyloliquefaciens、Bacillus subtilis、Bacillus velezensis、Bacillus licheniformis、Bacillus sporothermodurans有较高的相似性,而菌株4J与5种芽孢杆菌Bacillus vireti、Bacillus bataviensis、Bacillus drentensis、Bacillus soli、Bacillus novalis的标准菌株既有一定的相似性,也有一定的遗传距离,可能是一个不同于已知菌的芽孢杆菌新种。 展开更多
关键词 白云边酒 高温堆积 细菌 分子鉴定
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嘉峪关魏晋墓腐蚀壁画细菌类群的分子生物学检测 被引量:13
6
作者 武发思 汪万福 +4 位作者 贺东鹏 陈港泉 马燕天 张晓东 冯虎元 《敦煌研究》 CSSCI 北大核心 2011年第6期51-58,共8页
生物腐蚀和生物降解是历史遗迹和考古现场普遍存在的问题。本研究采用分子生物学技术对嘉峪关魏晋墓腐蚀砖壁画细菌类群进行检测和分析。克隆文库测序显示,魏晋墓内细菌序列主要隶属于假诺卡氏菌、酸菌属、克里贝拉属、鞘脂杆菌属、糖... 生物腐蚀和生物降解是历史遗迹和考古现场普遍存在的问题。本研究采用分子生物学技术对嘉峪关魏晋墓腐蚀砖壁画细菌类群进行检测和分析。克隆文库测序显示,魏晋墓内细菌序列主要隶属于假诺卡氏菌、酸菌属、克里贝拉属、鞘脂杆菌属、糖单孢菌属、固氮螺菌属,其中假诺卡氏菌属和酸菌属是优势类群。墓室常年旅游开放或常年关闭均不利于砖壁画的长久保存。分子技术在研究壁画微生物群落和其潜在影响方面优势明显。 展开更多
关键词 魏晋墓 砖壁画 细菌类群 分子检测 文物保护
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转多基因水稻植株的获得 被引量:5
7
作者 冯道荣 许新萍 李宝健 《植物生理与分子生物学学报》 CAS CSCD 2001年第4期331-336,362,共7页
将 2~ 3个外源目的基因与筛选标记基因hpt连在同一个载体上 ,用基因枪法对 1个粳稻品种和 4个籼稻品种进行了转化。粳稻中花 8号转化频率最高为 5 6 .4% ,籼稻七丝软占、特青、奇妙香、九六零转化频率分别为 6 .4% ,2 .5 % ,2 .8%和 1... 将 2~ 3个外源目的基因与筛选标记基因hpt连在同一个载体上 ,用基因枪法对 1个粳稻品种和 4个籼稻品种进行了转化。粳稻中花 8号转化频率最高为 5 6 .4% ,籼稻七丝软占、特青、奇妙香、九六零转化频率分别为 6 .4% ,2 .5 % ,2 .8%和 1.7%。分子杂交实验证明 ,通过两次潮霉素抗性筛选的T0 代再生植株 10 0 %含有hpt基因 ,其中 70 %以上含有外源目的基因的完整表达结构。遗传分析表明 ,大部分T1代植株中潮霉素抗敏比符合孟德尔 展开更多
关键词 水稻 基因枪法 转基因水稻植株 分子分析
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基于外壳蛋白基因序列对3种葫芦科作物病毒的分子分析 被引量:10
8
作者 古勤生 田延平 +4 位作者 彭斌 刘丽锋 邓丛良 粱新苗 孟娟 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期357-363,共7页
从山西运城的南瓜(Cucurbita moschata)、河南开封和孟津的西葫芦(Cucurbita pepo)上通过ELISA分别检测到南瓜花叶病毒(Squash mosaic virus,SqMV)、西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus,WMV)和番木瓜环斑病毒西瓜株系(Papa-ya ringsp... 从山西运城的南瓜(Cucurbita moschata)、河南开封和孟津的西葫芦(Cucurbita pepo)上通过ELISA分别检测到南瓜花叶病毒(Squash mosaic virus,SqMV)、西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus,WMV)和番木瓜环斑病毒西瓜株系(Papa-ya ringspot virus-Watermelon type,PRSV-W),通过接种分离纯化获得其病毒毒原(CH99/211,CH99/113,CH99/69)。本研究克隆了这3个分离物的外壳蛋白基因,应用DNAStar、Clustal X、Phylip等分析软件将这些序列同已报道的相应序列进行分析并构建系统树。结果发现SqMV可以分为两个组,CH99/211分离物与美国的Arizona分离物接近,应属于Z组;WMV分为两个组,CH99/69同国内黑龙江分离物(WMV-HLJ)和云南分离物(WMV-CHN)最接近,成一小簇;PRSV分成两个组,CH99/113属于Ⅱ组,与国内SP、MZ和BN分离物接近。序列分析表明PRSV和WMV在进化上具有地理相关性。SqMV和PRSV-W外壳蛋白基因序列分析属国内首次报道。 展开更多
关键词 番木瓜环斑病毒 西瓜花叶病毒 南瓜花叶病毒 外壳蛋白基因 分子分析
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降香黄檀和海南黄檀的鉴别 被引量:10
9
作者 王军 丁旭坡 +4 位作者 杨锦玲 段瑞军 洪少友 梅文莉 戴好富 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2018年第23期7871-7879,共9页
为了准确识别降香黄檀和海南黄檀的植株、苗木、木材和药材,采用形态学、木材解剖学、化学特征(薄层色谱TLC)、分子分析的方式对二者进行了较全面地归纳、整理和比较。结果表明,降香黄檀与海南黄檀的区别明显,其植株形态特征主要表现在... 为了准确识别降香黄檀和海南黄檀的植株、苗木、木材和药材,采用形态学、木材解剖学、化学特征(薄层色谱TLC)、分子分析的方式对二者进行了较全面地归纳、整理和比较。结果表明,降香黄檀与海南黄檀的区别明显,其植株形态特征主要表现在前者雄蕊为9枚,单体,而后者为10枚,呈(5+5)的二体。木材特征主要表现在降香黄檀的心材和边材区别明显,木材具特殊的降香气味,心材灰烬呈灰白色,散孔材至半环孔材,傍管型以翼状、聚翼状为主,离管型为极小的带状,单列木射线稍多,多数宽2细胞,而海南黄檀的心材和边材无明显区别,木材无特殊香气,心材灰烬呈黄褐色,散孔材,傍管、离管相互连接,形成明显整齐的带状,单列木射线几无,多数宽3细胞。薄层色谱分析结果表明,根据不同Rf值的显色条带可以区分降香黄檀和海南黄檀的心材;DNA条形码分析结果表明,ITS2、trnV-trnM和psbA-trnH序列可以作为鉴定此二种的分子条形码序列。本研究可适应于鉴定降香黄檀和海南黄檀不同时期的植株及木材和药材,为保护野生植物资源和规范苗木、木材和药材交易市场提供数据支撑。 展开更多
关键词 降香黄檀 海南黄檀 形态学 化学特征 分子特征
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白云边酒大曲及小麦原料中主要微生物的分析 被引量:10
10
作者 刘婷婷 张明春 +2 位作者 曾驰 缪礼鸿 向苇 《中国酿造》 CAS 北大核心 2010年第11期32-35,共4页
采用马丁-孟加拉红培养基、牛肉膏蛋白胨培养基和曲汁培养基,分别从白云边酒高温曲、中温曲及小麦原料中分离获得5株有明显差异的细菌和霉菌纯培养物。用PCR技术对分离得到的菌株进行了16S rDNA和18S rDNA序列扩增、同源比对和鉴定。结... 采用马丁-孟加拉红培养基、牛肉膏蛋白胨培养基和曲汁培养基,分别从白云边酒高温曲、中温曲及小麦原料中分离获得5株有明显差异的细菌和霉菌纯培养物。用PCR技术对分离得到的菌株进行了16S rDNA和18S rDNA序列扩增、同源比对和鉴定。结果显示,其中2株细菌WB-1和WB-2与芽孢杆菌Bacillus amyloliquefaciens和Bacillus subtilis菌株的16S rDNA相似性分别达到99%和100%;另外3株霉菌WP-1,ZP-1和ZP-2与壮观拟青霉(Paecilomyces spectabilis),伞枝犁头霉(Absidia corymbifera)和微小根毛霉(Rhizomucorpusillus)菌株的18S rDNA序列相似性分别达到99%、100%和88%。结果表明,白云边酒高温大曲和小麦原料中的主要真菌和细菌种类基本相同,而白云边酒中温曲中的主要优势真菌和细菌与高温大曲明显不同。白云边酒高温曲中的优势霉菌为壮观拟青霉,未分离和检测到高温霉菌。 展开更多
关键词 白云边酒 大曲 小麦 真菌 细菌 分子鉴定
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大连长山群岛海岸带沉积物微生物群落结构特征 被引量:10
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作者 李佳霖 王中华 +1 位作者 秦松 汪光义 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期656-666,共11页
【目的】为揭示海岸带微生物群落结构在人类活动影响下的分布差异及对环境因子变化的响应趋势,【方法】本实验采用t-RFLP和DGGE技术,对大连长山群岛不同功能类型海岸潮间带沉积物中的微生物群落结构特征进行比对和分析,并通过16S rRNA... 【目的】为揭示海岸带微生物群落结构在人类活动影响下的分布差异及对环境因子变化的响应趋势,【方法】本实验采用t-RFLP和DGGE技术,对大连长山群岛不同功能类型海岸潮间带沉积物中的微生物群落结构特征进行比对和分析,并通过16S rRNA基因文库解析养殖污染站位的微生物群落结构特征。【结果】T-RFLP的t-RF分析显示,养殖污染严重站位的微生物丰度、香农指数和均匀度明显高于其它站位。通过对t-RFLP色谱峰和DGGE图谱聚类分析发现,处于旅游区的2个站位微生物群落结构相似度较高,养殖区随污染程度加重与旅游区的群落结构差异增大。对污染严重站位建立的克隆文库显示变形菌门(Proteobacteria)为优势菌群,其中γ-变形菌门是主要存在的亚门微生物。【结论】T-RFLP和DGGE技术从不同方面反映了环境中的微生物群落结构特征,研究结果表明养殖污染区的微生物群落结构发生明显变化,其影响大于地理隔离效应,污染严重区域的微生物群落中存在大量肠杆菌属,且多个物种与富营养化和赤潮相关联,如拟杆菌门和α-变形细菌红细菌目的细菌。 展开更多
关键词 海岸带 微生物群落结构 分子生物学分析方法 人类活动
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长生存期胶质母细胞瘤患者的临床特点及分子表达分析 被引量:10
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作者 王翔 刘艳辉 +2 位作者 谢飞 游潮 毛庆 《中华外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期166-170,共5页
【目的】探讨长期生存胶质母细胞瘤患者的临床特点及肿瘤分子表达特征。【方法】选取2007年6月至2009年4月进行手术治疗的术后至少存活3年的胶质母细胞瘤患者15例纳入本研究,将同期手术且生存期低于1年的胶质母细胞瘤患者作为对照组。... 【目的】探讨长期生存胶质母细胞瘤患者的临床特点及肿瘤分子表达特征。【方法】选取2007年6月至2009年4月进行手术治疗的术后至少存活3年的胶质母细胞瘤患者15例纳入本研究,将同期手术且生存期低于1年的胶质母细胞瘤患者作为对照组。对其年龄、肿瘤大小及部位、手术切除程度、术后辅助治疗等临床特点进行总结分析。通过免疫组化的方法对肿瘤标本中表皮生长因子受体(EGFR)、肿瘤抑制基因P53、人第10号染色体缺失的磷酸酶及张力因子(PTEN)、O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(MGMT)、异柠檬酸盐脱氢酶1(IDH1)和神经纤维瘤蛋白(NF-1)的蛋白表达进行检测,通过DNA直接测序法对IDH1和P53的突变情况进行检测。对两组间有差异的因素进行Kaplan-Meier生存分析,发现与预后相关的因素。【结果】15例长期生存胶质母细胞瘤患者总体生存时间为3~6年,中位生存期为3.5年。其胶质瘤确诊时的平均年龄为45.6岁,肿瘤均未累及脑深部结构,13例患者手术全切除,14例患者使用了替莫唑胺化疗。筛选分子阳性发生率依次为PTEN(13/15)、IDH1(13/15)、IDH1突变(12/15)、P53(8/15)、P53突变(7/15)、EGFR(6/15)、MGMT(4/15)和NF-1(3/15)。与对照组患者比较,年龄≤50岁(OR=0.262,95%CI:0.102~0.672)、手术全切除(OR=0.372,95%CI:0.149~0.931)、术后替莫唑胺化疗(OR=0.131,95%CI:0.044~0.390)、肿瘤表达PTEN(OR=0.201,95%CI:0.074~0.549)与IDH1(OR=0.151,95%CI:0.050~0.454)及IDH1突变(OR=0.276,95%CI:0.108~0.709)是有利于胶质母细胞瘤患者的预后因素。【结论】长期生存胶质母细胞瘤患者具有相似的临床特点和分子表达特征,更多相关研究的开展,有助于我们更好地判断胶质瘤患者的预后。 展开更多
关键词 胶质母细胞瘤 预后 免疫组织化学 临床特点 分子表达
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浓香型白酒醅中高产酒精酵母菌的定向筛选及分子鉴定 被引量:8
13
作者 曾娟 施思 +4 位作者 吴正云 张文学 胡峰 赵鸿飞 李波 《中国酿造》 CAS 北大核心 2011年第2期26-28,共3页
为了获得适用于酿酒生产的高产酒精酵母菌株,从浓香型白酒醅样品中,经不同浓度乙醇和pH条件下的定向富集和耐受性筛选以及发酵实验,获得3株能在酒精度13%vol、pH3.50的条件下稳定生长且产酒能力较强的酵母菌XP-3、XP-7和XP-8,其中XP-3... 为了获得适用于酿酒生产的高产酒精酵母菌株,从浓香型白酒醅样品中,经不同浓度乙醇和pH条件下的定向富集和耐受性筛选以及发酵实验,获得3株能在酒精度13%vol、pH3.50的条件下稳定生长且产酒能力较强的酵母菌XP-3、XP-7和XP-8,其中XP-3的产酒力达87.04%,粮食出酒率可达44.71%,高于一般酿酒酵母。18S rDNA序列分析结果表明,3株酵母菌均与酿酒酵母(Saccharomycescerevisiae)具有极高的相似性。 展开更多
关键词 白酒酒醅 高产酒精酵母菌 定向筛选 分子鉴定
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Advanced diagnostics for pancreatic cysts: Confocal endomicroscopy and molecular analysis 被引量:5
14
作者 Claire Durkin Somashekar G Krishna 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS 2019年第22期2734-2742,共9页
Technological advances and the widespread use of medical imaging have led to an increase in the identification of pancreatic cysts in patients who undergo crosssectional imaging. Current methods for the diagnosis and ... Technological advances and the widespread use of medical imaging have led to an increase in the identification of pancreatic cysts in patients who undergo crosssectional imaging. Current methods for the diagnosis and risk-stratification of pancreatic cysts are suboptimal, resulting in both unnecessary surgical resection and overlooked cases of neoplasia. Accurate diagnosis is crucial for guiding how a pancreatic cyst is managed, whether with surveillance for low-risk lesions or surgical resection for high-risk lesions. This review aims to summarize the current literature on confocal endomicroscopy and cyst fluid molecular analysis for the evaluation of pancreatic cysts. These recent technologies are promising adjuncts to existing approaches with the potential to improve diagnostic accuracy and ultimately patient outcomes. 展开更多
关键词 PANCREATIC CYSTS CONFOCAL ENDOMICROSCOPY molecular analysis molecular biomarkers PANCREATIC cancer
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New fecal test for non-invasive Helicobacter pylori detection:A diagnostic accuracy study 被引量:6
15
作者 Andrea Iannone Floriana Giorgio +9 位作者 Francesco Russo Giuseppe Riezzo Bruna Girardi Maria Pricci Suetonia C Palmer Michele Barone Mariabeatrice Principi Giovanni FM Strippoli Alfredo Di Leo Enzo Ierardi 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS 2018年第27期3021-3029,共9页
AIM To assess the diagnostic accuracy of a new fecal test for detecting Helicobacter pylori(H. pylori), using ^(13)Curea breath test as the reference standard, and explore bacterial antibiotic resistance. METHODS We c... AIM To assess the diagnostic accuracy of a new fecal test for detecting Helicobacter pylori(H. pylori), using ^(13)Curea breath test as the reference standard, and explore bacterial antibiotic resistance. METHODS We conducted a prospective two-center diagnostic test accuracy study. We enrolled consecutive people≥ 18 years without previous diagnosis of H. pylori infection, referred for dyspepsia between February and October 2017. At enrollment, all participants underwent 13 C-urea breath test. Participants aged over 50 years were scheduled to undergo upper endoscopy with histology. Participants collected stool samples 1-3 d after enrollment for a new fecal investigation(THD fecal test). The detection of bacterial 23 S rRNA subunit gene indicated H. pylori infection. We also used the index diagnostic test to examine mutations conferring resistance to clarithromycin and levofloxacin. Independent investigators analyzed index test and reference test standard results blinded to the other test findings. We estimated sensitivity, specificity, positive(PPV) and negative(NPV) predictive value, diagnostic accuracy, positive and negative likelihood ratio(LR), together with 95% confidence intervals(CI).RESULTS We enrolled 294 consecutive participants(age: Median 37.0 years, IQR: 29.0-46.0 years; men: 39.8%). Ninetyfive(32.3%) participants had a positive ^(13)C-urea breath test. Twenty-three(7.8%) participants underwent upper endoscopy with histology, with a full concordance between ^(13)C-urea breath test and histology in detecting H. pylori infection. Four(1.4%) out of the 294 participants withdrew from the study after the enrollment visit and did not undergo THD fecal testing. In the 290 participants who completed the study, the THD fecal test sensitivity was 90.2%(CI: 84.2%-96.3%), specificity 98.5%(CI:96.8%-100%), PPV 96.5%(CI: 92.6%-100%), NPV 95.6%(CI: 92.8%-98.4%), accuracy 95.9%(CI: 93.6%-98.2%), positive LR 59.5(CI: 19.3-183.4), negative LR 0.10(CI: 0.05-0.18). Out of 83 infected participants identified with the TH 展开更多
关键词 HELICOBACTER PYLORI FECAL TEST FECES Stools 23S rRNA molecular analysis Antibiotic resistance Diagnostic accuracy
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Cloning, E. coil Expression and Molecular Analysis of Amorpha-4,11-Diene Synthase from a High-Yield Strain of Artemisia annua L. 被引量:6
16
作者 Zhen-Qiu Li Yan Liu +3 位作者 Ben-Ye Liu Hong Wang He-Chun Ye Guo-Feng Li 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2006年第12期1486-1492,共7页
increasing demand of artemisinin in the treatment of malaria has placed substantial stress on the total artemisinin supplies world-wide, so more attention has been paid to increasing the content of artemisinin in the ... increasing demand of artemisinin in the treatment of malaria has placed substantial stress on the total artemisinin supplies world-wide, so more attention has been paid to increasing the content of artemisinin in the Artemisia annua L. plant. In this study, amorpha-4, 11-diene synthase (ADS) cDNA (ads1) and genomics gene (gads1) were cloned from a high-yield A. annua strain 001. The activity of ADS1 was confirmed by heterogeneous overexpression of ads I and in vitro enzymatic incubation. Reverse transcript-polymerase chain reaction results demonstrated that ads1 expressed in leaves, flowers and young stems, but not in roots. This organ-specific expression pattern of ads1 is consistent with that of artemisinin accumulation in the plant. The gads1 has a complex organization including seven exons and six introns, and belongs to class III terpene synthase. DNA gel blotting revealed that the ADS gene has at least four copies in the genome of strain 001. The higher copy numbers might be one of the reasons for its high artemisinin content. 展开更多
关键词 amorpha-4 11-diene synthase Artemisia annua E. coli expression molecular analysis
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一种颗石藻水华种的特征界定 被引量:7
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作者 周成旭 严小军 +2 位作者 孙雪 徐继林 傅永静 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期947-951,共5页
关键词 颗石藻 显微观察 分子鉴定 脂类物质 毒性
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广州市番禺地区育龄人群地中海贫血检测的结果分析 被引量:7
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作者 黄霜 朱文彪 +3 位作者 甘钊杏 黄志成 何桂儿 王晶晶 《中国优生与遗传杂志》 2012年第7期41-42,52,共3页
目的对育龄人群进行地中海贫血筛查以预防重症地贫患儿的出生。方法对2009年1月1日至2011年12月31日本院产科门诊、婚前检查门诊的就诊者进行地中海贫血(地贫)筛查,以血常规MCV(平均红细胞体积)和/或血红蛋白电泳进行初筛,阳性者建议基... 目的对育龄人群进行地中海贫血筛查以预防重症地贫患儿的出生。方法对2009年1月1日至2011年12月31日本院产科门诊、婚前检查门诊的就诊者进行地中海贫血(地贫)筛查,以血常规MCV(平均红细胞体积)和/或血红蛋白电泳进行初筛,阳性者建议基因检测。结果接受电泳检查的人群中,α地贫的检出为20.3%,β地贫的检出率为11.3%,电泳与基因结果的符合率β地贫较高。结论育龄人群进行地中海贫血筛查,对优生优育,减轻社会的经济负担有重要的意义。 展开更多
关键词 地中海贫血 MCV 血红蛋白电泳 基因检测
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油藏微生物群落结构的分子分析 被引量:5
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作者 程海鹰 孙珊珊 +4 位作者 梁建春 汪娟娟 罗一菁 魏利 张忠智 《化学与生物工程》 CAS 2008年第9期39-43,共5页
利用PCR-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术考察本源微生物驱油前后,即营养剂注入前后微生物群落结构的变化。实验室模拟地层培养结果表明,在以N-1(主要成分为淀粉纤维素)为唯一营养剂、培养温度为48℃时,在有氧或厌氧条件下,24 h后原始... 利用PCR-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术考察本源微生物驱油前后,即营养剂注入前后微生物群落结构的变化。实验室模拟地层培养结果表明,在以N-1(主要成分为淀粉纤维素)为唯一营养剂、培养温度为48℃时,在有氧或厌氧条件下,24 h后原始水样中对驱油有利的本源菌便可以被激活,并随着培养时间的延长最终达到稳定。主要激活的对驱油有利的3种菌株为假单胞菌(Pseudomonas sp.)、梭状芽孢杆菌(Clostridium sp.)和烃类降解菌(Hydro-carbon seep bacterium)。经分析,原始底层注入水中虽然含有对驱油不利的脱硫肠状菌属(Desulfotomaculum salinum),但是在经N-1激活后的水样中均未发现该菌的存在,证明N-1不会激活原始水样中的脱硫肠状菌属。为营养体系的筛选、注入方案的优化设计和驱油效果评价提供了理论支撑。 展开更多
关键词 微生物群落结构 分子分析 PCR-变性梯度凝胶电泳(PCR—DGGE) N-1 微生物采油(MEOR)
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A novel point mutation in CD18 causing leukocyte adhesion deficiency in a Chinese patient 被引量:4
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作者 LI Li JIN Ying-ying +1 位作者 CAO Rui-ming CHEN Tong-xin 《Chinese Medical Journal》 SCIE CAS CSCD 2010年第10期1278-1282,共5页
Background Leukocyte adhesion deficiency type 1 (LAD-l) is a rare, autosomal recessive inherited immunodeficiency disease characterized by recurrent severe bacterial infection, impaired pus formation, poor wound hea... Background Leukocyte adhesion deficiency type 1 (LAD-l) is a rare, autosomal recessive inherited immunodeficiency disease characterized by recurrent severe bacterial infection, impaired pus formation, poor wound healing, associated with the mutation in the CD18 gene responsible for the ability of the leucocytes to migrate from the blood stream towards the site of inflammation. Correct and early diagnosis of LAD-1 is vital to the success of treatment and prevention of aggressive infections. The purpose of this study was to collect the clinical findings of the disease and to identify the genetic entity. Methods CD18 expression in the peripheral blood leukocytes from the patient, his parents and normal control was measured with flow cytometry. The entire coding regions of the CD18 gene were screened with direct sequencing genomic DNA. Results CD18 expression level on this patient's leukocyte surface was significantly decreased, with normal level in control group, his father and mother. Gene analysis revealed that this patient had a homozygous c.899A〉T missense mutation in exon 8 of CD18 gene, causing the substitution of Asp to Val at the 300 amino acid. His parents were both heterozygous carriers while no such mutation was found in 50 normal controls. Conclusion This study disclosed a novel point mutation Asp 300 Val located in a highly conserved region (HCR) of CD18 and confirmed the heterogeneity of the mutations causing LAD-1, indicating it was quite beneficial to establish correct and early diagnosis in children with severe LAD-1. 展开更多
关键词 Leukocyte adhesion deficiency primary immunodeficiency disease missense mutation molecular analysis
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