中国对虾16SrRNA基因序列多态性的研究 被引量：40

1

作者 邱高峰 常林瑞 +2 位作者 徐巧婷 方雄英 楼允东 《Zoological Research》 CAS CSCD 2000年第1期35-40,共6页

利用PCR技术扩增获得中国对虾 (Penaeuschinensis)线粒体DNA的 16SrRNA基因片段 ,通过测定该基因片段的序列 ,分析了取自我国烟台、长岛、青岛近海和宁波养殖的 17只中国对虾遗传多态性。结果发现 ,不同地理种群存在丰富的DNA序列多态性... 利用PCR技术扩增获得中国对虾 (Penaeuschinensis)线粒体DNA的 16SrRNA基因片段 ,通过测定该基因片段的序列 ,分析了取自我国烟台、长岛、青岛近海和宁波养殖的 17只中国对虾遗传多态性。结果发现 ,不同地理种群存在丰富的DNA序列多态性 ,17只个体具有 17种基因型 ,在扩增的长为 5 2 3bp的基因片段中 ,共检测到 3 7个多态性核苷酸位点 ( 7 0 7% )。UPGMA法构建的分子系统树表明不同地理种群中国对虾存在一定程度的遗传分化 ,长岛群体与烟台群体遗传关系较近 ,宁波群体次之 ,青岛群体为相对独立的一支。 展开更多

关键词 中国对虾 线粒体DNA 16Srrna DNA序列 多态性

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栉孔扇贝16S rRNA基因片段序列的多态性研究 被引量：40

2

作者 刘亚军 喻子牛 +3 位作者 姜艳艳 张留所 孔晓瑜 宋林生 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期477-483,共7页

采用PCR技术扩增了栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)线粒体DNA的 1 6SrRNA基因片段 ,PCR产物经T载体连接之后进行了克隆、测序 ,得到 634bp的核苷酸序列 ;分析了该片段的大连、烟台、青岛、朝鲜 4个自然群体 31个个体的核苷酸序列多态性 ,共... 采用PCR技术扩增了栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)线粒体DNA的 1 6SrRNA基因片段 ,PCR产物经T载体连接之后进行了克隆、测序 ,得到 634bp的核苷酸序列 ;分析了该片段的大连、烟台、青岛、朝鲜 4个自然群体 31个个体的核苷酸序列多态性 ,共检测到 2 6个多态性核苷酸位点、1 8种单倍型。结果表明 ,4个群体中以朝鲜群体遗传多样性最高 ,其次为烟台、青岛群体 ,大连群体最低 ; 展开更多

关键词 栉孔扇贝 线粒体DNA 16Srrna基因 DNA序列测定 PCR技术 克隆 核苷酸序列 多态性

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3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究 被引量：33

3

作者 陈丽梅 孔晓瑜 +2 位作者 喻子牛 于珊珊 徐晖 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第8期27-32,共6页

对3种蛏类大竹蛏(Solen grandis),长竹蛏(Solen strictus)和小刀蛏(Cultellus attenuatus)的线粒体16SrRNA和COI基因片段序列进行了比较并对其系统学进行了初步研究.得到的序列总长度分别为472～481bp(16S)和658bp(COI).3种蛏序列的碱... 对3种蛏类大竹蛏(Solen grandis),长竹蛏(Solen strictus)和小刀蛏(Cultellus attenuatus)的线粒体16SrRNA和COI基因片段序列进行了比较并对其系统学进行了初步研究.得到的序列总长度分别为472～481bp(16S)和658bp(COI).3种蛏序列的碱基组成均显示出较高的A+T比例(16S rRNA基因62.1%;COI基因62.8%).对位排序比较表明,16S rRNA片段种内个体间变异较小,3种类间存在128个碱基变异位点(其中包括127个简约信息位点)和5个插入/缺失位点,总共12个碱基长;COI片段有200个碱基存在变异,其中包括191个简约信息位点,不存在任何插入/缺失位点.数据分析结果表明16S rRNA和COI基因片段大竹蛏与长竹蛏两片段的遗传距离分别为0.0856和0.1712,两竹蛏类与小刀蛏的遗传距离分别为0.3054,0 2798和0.2662,0.2933.作者认为小刀蛏与竹蛏之间的遗传距离已达到科之间的水平,结果支持将其提升为刀蛏科的分类观点.3种蛏类线粒体16S rRNA和COI基因在种间明显的多态性,证实了16S rRNA和COI基因序列均普遍适用于蛏类种及以上阶元的系统学分析. 展开更多

关键词 竹蛏科 线粒体 16S rrna基因 COI基因

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仿刺参(Apostichopus japonicus)mtDNA三个基因片段的序列分析 被引量：19

4

作者 李颖 刘萍 +3 位作者 孙慧玲 马甡 高天翔 王清印 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期143-153,共11页

采用PCR技术对中国烟台、威海和莱州三个地点仿刺参的16S rRNA、COI、IrRNA-COI三个mtDNA基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度约为570bp、640bp和900bp的三段序列,分析了三个采样点样品的遗传多样性。结果表明,每段基因序列扩增均... 采用PCR技术对中国烟台、威海和莱州三个地点仿刺参的16S rRNA、COI、IrRNA-COI三个mtDNA基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度约为570bp、640bp和900bp的三段序列,分析了三个采样点样品的遗传多样性。结果表明,每段基因序列扩增均获得两种单倍型,已在Genbank中注册(注册号码:AY852278—AY852283)。通过比较,三个地点样品的序列差异不显著,无缺失、插入、颠换的现象,只有个别位点出现转换,其中16S rRNA序列最为保守,16S rRNA、COI、IrRNA-COI三段序列A+T的平均含量为56·2%、59·2%、61·8%,均大于G+C含量。三个采样点样品同源性为99·84%—99·96%。将获得的仿刺参DNA序列和Genbank中的来自东太平洋8个外群进行基因序列比较,结果发现,不同目、科的海参的序列差异显著。采用DNAsp统计了各类位点数;MEGA2·1分析了碱基组成和遗传距离,构建了系统树。系统树体现的分类关系与这些物种的形态学分类关系完全一致。 展开更多

关键词 仿刺参 MTDNA 16S rrna基因 COI基因 序列比较

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中国蚌科线粒体16S rRNA序列变异及系统发育 被引量：15

5

作者 黄艳艳 欧阳珊 +1 位作者 吴小平 刘焕章 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期258-263,共6页

首次测定了中国淡水贝类———蚌科 (Unionidae) 1 3个属代表种类的线粒体 1 6SrRNA部分序列。用Clustal X排序软件进行 1 6SrRNA序列的对位排列 ,序列总长度为 30 5— 32 0bp。通过Mega 2 0软件对所得线粒体 1 6SrRNA片段序列进行比... 首次测定了中国淡水贝类———蚌科 (Unionidae) 1 3个属代表种类的线粒体 1 6SrRNA部分序列。用Clustal X排序软件进行 1 6SrRNA序列的对位排列 ,序列总长度为 30 5— 32 0bp。通过Mega 2 0软件对所得线粒体 1 6SrRNA片段序列进行比较 ,共发现 1 0 8个碱基存在变异 ,其中包括 77个简约信息位点 ,并用“Pairwisedistance”计算了各属间的相对遗传距离。以贻贝为外类群 ,采用Mega 2 0软件中的“Neighbore Joining”法得到惟一一个分子系统树 ,系统树各分支的置信度由“Bootstrap”1 0 0 0循环检验。结果表明 :分布于中国的蚌科形成三个明显的类群 ,第一个类群 ,包括帆蚌属、蛏蚌属、丽蚌属和尖锄蚌属 ;第二个类群 ,由矛蚌属、扭蚌属、裂脊蚌属、鳞皮蚌属、尖嵴蚌属、楔蚌属和珠蚌属组成 ;第三个类群只包括无齿蚌和冠蚌两个属。由此可以看出 ,它们有可能分别隶属于三个不同的亚科 ,即小方蚌亚科 (帆蚌属、蛏蚌属、丽蚌属和尖锄蚌属 )、无齿蚌亚科 (无齿蚌属和冠蚌属 )和珠蚌亚科 (矛蚌属、扭蚌属、裂脊蚌属、鳞皮蚌属、尖嵴蚌属、楔蚌属和珠蚌属 ) ,由此证明小方蚌亚科在中国的存在 ,并且 ,对几个属的分类位置作了调整。其中鳞皮蚌属和蛏蚌属原来属于无齿蚌亚科 ,根据线粒体 1 6SrRNA的结果 。 展开更多

关键词 蚌科 线粒体DNA 16S rrna 系统发育 贝类

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中国石爬鮡属鱼类的形态变异及物种有效性研究 被引量：18

6

作者 郭宪光 张耀光 何舜平 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期260-268,共9页

石爬属鱼类的青石爬和黄石爬的物种界限一直不清楚。采用形态判别和线粒体 16SrRNA基因序列分析相结合的方法 ,分别研究分析了青石爬和黄石爬的物种划分、地理分化及遗传多态性。结果表明 :(1)区别青石爬和黄石爬的重要... 石爬属鱼类的青石爬和黄石爬的物种界限一直不清楚。采用形态判别和线粒体 16SrRNA基因序列分析相结合的方法 ,分别研究分析了青石爬和黄石爬的物种划分、地理分化及遗传多态性。结果表明 :(1)区别青石爬和黄石爬的重要特征腹鳍起点至臀鳍起点的距离是否大于至鳃孔下角的距离 ,腹鳍相对位置 ,头部相对大小与上颌须的须状延长部分等相互之间有一定的相关性 ,但是在研究的样本中没有截然的界限 ,而是有较大的重叠 ,难以区分 ;(2 )从地埋分布看 ,金沙江不同支流的样本在上述特征上有一定的区别 ,但是没有发现青衣江的样本与其他支流的样本有截然的界限和明显的地理变化规律 ;(3) 5 4 8bp序列中 ,检测出 2个多态位点 ,多态位点的比例为 0 .36 5 % ;(4)青石爬和黄石爬间的遗传差异极小 ,平均遗传距离仅为 0 .0 75 % ;(5 )石爬属鱼类个体间也无明显差异 ,遗传距离为 0— 0 .381% ,平均为 0 .0 6 9%。因此石爬属鱼类划分为一个种更为客观 。 展开更多

关键词 中国 石爬鮡属 鱼类 形态变异 物种有效性 线粒体16S rrna 遗传距离 鲇形目

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七种蝽mtDNA-16S rRNA基因序列多态性的研究(半翅目:蝽科) 被引量：14

7

作者 孙钦霞 张雅林 《Entomotaxonomia》 CSCD 北大核心 2004年第2期107-113,共7页

测定蝽亚科2族4属7个种(宽碧蝽,辉蝽,凹肩辉蝽,角肩真蝽,褐真蝽,斑真蝽,全蝽)9个个体线粒体DNA(mtDNA)的16S rRNA基因片段,分析了其遗传多态性。通过测定该基因片段的序列发现,不同种群存在丰富的DNA序列多态性,同一种的不同个体差异较... 测定蝽亚科2族4属7个种(宽碧蝽,辉蝽,凹肩辉蝽,角肩真蝽,褐真蝽,斑真蝽,全蝽)9个个体线粒体DNA(mtDNA)的16S rRNA基因片段,分析了其遗传多态性。通过测定该基因片段的序列发现,不同种群存在丰富的DNA序列多态性,同一种的不同个体差异较小,9个个体具有9种基因型。在扩增的长为400bp的基因片段中,通过排序,有338个碱基可用于这9个个体的比较。在这一基因片段中,共检测到122个多态性核苷酸位点(约36.1)。NJ法构建的分子系统树表明碧蝽属归于短中片族,全蝽属的分化较其它属要早。 展开更多

关键词 半翅目 蝽亚科 MTDNA 16Srrna DNA序列 多态性

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广西钦洲湾养殖牡蛎线粒体16SrRNA基因片段序列变异分析 被引量：13

8

作者 苏天凤 江世贵 +2 位作者 朱彩艳 周发林 陈丕茂 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期1-4,共4页

采用PCR技术对广西钦洲湾水域的养殖牡蛎(传统上被认为是近江牡蛎CrassotreaariakensisFujita)群体26个个体的线粒体DNA16SrRNA基因片段序列进行扩增,获得了大约500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定,经同源排序,得到415bp可... 采用PCR技术对广西钦洲湾水域的养殖牡蛎(传统上被认为是近江牡蛎CrassotreaariakensisFujita)群体26个个体的线粒体DNA16SrRNA基因片段序列进行扩增,获得了大约500bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定,经同源排序,得到415bp可供分析的核苷酸片段。26个个体中共检测到18个变异位点,包括1个碱基插入/缺失、11个转换位点及6个颠换位点。共有6种单倍型,这6种单倍型又分为2大类单倍型。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并构建了UPGMA和NJ系统树。26个个体聚成明显的2支,一支有19个个体,占73 08%;另一支有7个个体,占26 92%;2支间序列差异为3 54%。据此得出结论:钦洲湾养殖牡蛎应存在两大种群或是2个亚种,其差异是否到了种间的分界限,还需进一步研究证实。 展开更多

关键词 牡蛎 线粒体DNA 16S rrna基因 种群

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钦州湾牡蛎线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的序列变异分析 被引量：14

9

作者 李咏梅 陈秀荔 +1 位作者 赵永贞 陈晓汉 《广东海洋大学学报》 CAS 2009年第3期11-18,共8页

利用线粒体16S rRNA基因和线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)基因片段初步研究钦州湾牡蛎(Ostrea)的物种组成。以特异引物进行PCR扩增,对扩增产物进行纯化、测序,分析表明,16S rRNA基因部分长度为413bp,COⅠ基因... 利用线粒体16S rRNA基因和线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)基因片段初步研究钦州湾牡蛎(Ostrea)的物种组成。以特异引物进行PCR扩增,对扩增产物进行纯化、测序,分析表明,16S rRNA基因部分长度为413bp,COⅠ基因部分长度为535bp,2种牡蛎序列的碱基组成均显示出较高的A+T比例:16S rRNA基因59.8%;COⅠ基因60.5%。对位排序比较表明,16S rRNA片段种内个体间变异较小,存在7个变异位点,4种单倍型,其中包括5个转换位点突变,2个颠换位点突变;COⅠ片段有30个碱基存在变异,7种单倍型,其中包括16个转换位点突变,14个颠换位点突变。运用MEGA4软件计算出不同个体间的遗传距离,并构建了NJ和UPGMA系统树。香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)16S rRNA和COⅠ序列与白肉牡蛎的遗传距离均为0.000,有明巨牡蛎(Crassostrea ariakensis)16S rRNA和COⅠ序列和红肉牡蛎(red meat ostrea)的遗传距离分别为0.000和0.011,白肉牡蛎16S rRNA和COⅠ序列和红肉牡蛎之间的遗传距离分别为0.035和0.146。结果表明,钦州湾牡蛎分为2个不同的种,线粒体16S rRNA和COⅠ基因在种间存在明显的多态性,证实了16S rRNA和COⅠ基因序列适用于牡蛎的系统学分析。 展开更多

关键词 牡蛎 线粒体 16Srrna基因 COⅠ基因 序列分析 钦州湾

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3种星虫线粒体16S rRNA、COI和Cyt b基因片段的序列比较 被引量：11

10

作者 陈子安 杜晓东 +1 位作者 王庆恒 邓岳文 《广东海洋大学学报》 CAS 2007年第4期3-10,共8页

对裸体方格星虫(Sipunculus nudus)、可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)和澳洲管体星虫(Siphonosoma australe)的线粒体16S rRNA、COI和细胞色素b(Cytb)基因片段序列进行比较,并对其系统发生进行了初步探讨。采用PCR方法得到总长度... 对裸体方格星虫(Sipunculus nudus)、可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)和澳洲管体星虫(Siphonosoma australe)的线粒体16S rRNA、COI和细胞色素b(Cytb)基因片段序列进行比较,并对其系统发生进行了初步探讨。采用PCR方法得到总长度分别为531～544bp(16S)、652～675bp(COI)和406～453bp(Cytb)的线粒体片段。片段碱基A+T比例较高(16S rRNA基因58.3%,COI基因56.9%,Cytb基因59.5%)。16S rRNA片段存在169个碱基变异位点(其中包括167个简约信息位点)和44个碱基插入/缺失,种内个体间变异较小;COI片段有512个碱基(333个简约信息位点)存在变异,79个碱基插入/缺失;Cytb片段存在347个碱基(318个简约信息位点)变异位点,16个碱基插入/缺失。数据分析结果支持3种星虫和环节动物的分类地位较近,与软体动物较远的分类观点。此外,裸体方格星虫与澳洲管体星虫之间亲缘关系较近(D=0.3159、0.3156、0.2361)。认为3种星虫线粒体16S rRNA、COI和Cytb基因在种间存在明显的多态性,证实了三种基因序列均普遍适用于星虫种及以上阶元的系统学分析。 展开更多

关键词 星虫 线粒体 16Srrna基因 COⅠ基因 CYT B基因 基因序列

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假眼小绿叶蝉地理种群的线粒体DNA 16S rRNA基因序列分析及遗传分化研究 被引量：9

11

作者 李乐 付建玉 肖强 《应用昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期675-685,共11页

测定了12个不同地理种群的茶树害虫假眼小绿叶蝉Empoasca vitis(Gothe)和1个外群共103个个体的线粒体DNA 16S rRNA基因部分序列,比较其同源性,计算核苷酸组成,并构建单倍型进化关系图。结果表明:在获得的假眼小绿叶蝉536 bp的序列中A+T... 测定了12个不同地理种群的茶树害虫假眼小绿叶蝉Empoasca vitis(Gothe)和1个外群共103个个体的线粒体DNA 16S rRNA基因部分序列,比较其同源性,计算核苷酸组成,并构建单倍型进化关系图。结果表明:在获得的假眼小绿叶蝉536 bp的序列中A+T含量占76.8%,其中56个核苷酸位点存在变异;100个个体共检测出56种单倍型,单倍型多样性指数(H)为0.971,核苷酸多样性指数(Pi)0.006;12个种群间的平均基因流(Nm)为1.64。总群体的固定系数Fst为0.026;AMOVA分子方差分析结果表明假眼小绿叶蝉的遗传分化主要来自于种群内部(97.4%)。各地理种群的遗传距离与地理分布不具有直接对应的关系。根据构建的单倍型进化关系网,各地理种群的单倍型呈现一种混杂的分布格局,未显示出与地理分布的一致性。 展开更多

关键词 茶树 假眼小绿叶蝉 地理种群 线粒体16S rrna 遗传分化

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基于线粒体COI和16S rRNA基因的中国沿海相手蟹系统发育研究 被引量：9

12

作者 徐岩 潘红平 +3 位作者 阎冰 高霆炜 吴斌 杨明柳 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期63-71,共9页

相手蟹科的诸多种类因其形态极其相似成为方蟹总科分类中疑问较多的一个类群。通过对中国沿海相手蟹线粒体COI和16SrRNA基因序列进行分子系统发育分析,结果表明14种相手蟹COI和16SrRNA基因序列之间差异分别为5.7%~14.5%和1.5%~12.1%,均... 相手蟹科的诸多种类因其形态极其相似成为方蟹总科分类中疑问较多的一个类群。通过对中国沿海相手蟹线粒体COI和16SrRNA基因序列进行分子系统发育分析,结果表明14种相手蟹COI和16SrRNA基因序列之间差异分别为5.7%~14.5%和1.5%~12.1%,均达到了种间差异水平。构建的系统发育树显示,14种相手蟹分别为独立有效物种,但分属于拟相手蟹属和近相手蟹属的4种拟相手蟹和3种近相手蟹,没有分别形成2个独立的支系,而是混合聚成一大支系。而属于螳臂相手蟹属的无齿螳臂相手蟹则首先与属于中相手蟹属的中华中相手蟹聚成一支,再与红螯螳臂相手蟹聚为一大支,表现出与形态分类的不一致。错综复杂的分子系统关系预示着相手蟹类为多系起源,也表明它们之间的种间关系乃至于属间关系尚有诸多问题有待进一步厘定。 展开更多

关键词 相手蟹 线粒体DNA COI基因 16Srrna基因 系统发育

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东海常见鲳属鱼类的形态差异及系统进化关系探讨 被引量：7

13

作者 赵峰 马春艳 +2 位作者 庄平 章龙珍 施兆鸿 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2011年第2期138-143,共6页

应用多变量形态度量学方法研究了鲳属中常见鱼类银鲳、翎鲳和中国鲳的形态差异,同时对3种鲳鱼线粒体DNA 16S rRNA基因序列差异进行了分析,并根据3种鲳鱼的形态和分子数据对其系统进化关系进行了探讨。聚类分析表明,银鲳和翎鲳形态较为相... 应用多变量形态度量学方法研究了鲳属中常见鱼类银鲳、翎鲳和中国鲳的形态差异,同时对3种鲳鱼线粒体DNA 16S rRNA基因序列差异进行了分析,并根据3种鲳鱼的形态和分子数据对其系统进化关系进行了探讨。聚类分析表明,银鲳和翎鲳形态较为相似,而与中国鲳形态差异较大。判别分析表明,3种鲳鱼形态上存在着明显差异,利用4个形态参数就可以将3种鲳鱼100%予以区分,同时利用该参数建立了3种鲳鱼的判别公式。典型变量分析也表明3种鲳鱼形态存在着一定的分化,变异部位主要集中在头部和尾部。不同的生活史及栖息环境可能是导致3种鲳鱼形态差异的主要原因。在所测定的3种鲳鱼线粒体DNA 16S rRNA部分基因序列中,共检测到40个变异位点,2个插入和缺失位点。3种鲳鱼26个个体中共发现5种单倍型,利用单倍型构建的系统进化树显示翎鲳和中国鲳关系较近,而两者与银鲳亲缘关系较远。利用多变量形态学数据所揭示的形态相似性并不能完全反映3种鲳鱼的亲缘关系。 展开更多

关键词 鲳鱼 多变量形态度量 线粒体DNA 16S rrna 系统发生

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日本绒螯蟹线粒体DNA序列研究Ⅱ.16S rRNA 被引量：6

14

作者 高天翔 任一平 +2 位作者 张秀梅 渡边精一 杨永恒 《青岛海洋大学学报（自然科学版）》 CSCD 2000年第3期482-486,共5页

参考果蝇、卤虫与锯缘青蟹的线粒体 DNA16 S r RNA基因序列进行了日本绒螯蟹相同基因片段的引物设计、PCR扩增及序列测定 ,得到 56 7bp的碱基序列 ,其 A、T、G、C含量分别为194 bp(34.2 2 % )、2 16 bp(38.10 % )、98bp(17.2 8% )、59bp... 参考果蝇、卤虫与锯缘青蟹的线粒体 DNA16 S r RNA基因序列进行了日本绒螯蟹相同基因片段的引物设计、PCR扩增及序列测定 ,得到 56 7bp的碱基序列 ,其 A、T、G、C含量分别为194 bp(34.2 2 % )、2 16 bp(38.10 % )、98bp(17.2 8% )、59bp(10 .4 1% ) ,与果蝇、卤虫及锯缘青蟹类的 16 S r RNA基因片段序列含量相似。 展开更多

关键词 日本绒螯蟹 线粒体DNA 16Srrna 基因序列

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南方鲇16S rRNA基因扩增片段的RFLP研究 被引量：6

15

作者 王庆容 李学英 王大忠 《遵义医学院学报》 2004年第4期324-326,共3页

目的　分析南方鲇不同地理种群 16SrRNA基因扩增片段多态性。方法　利用PCR技术扩增获得南方鲇 ( Silurusmeridionalis)线粒体DNA 16SrRNA基因片段 ,并用 10种限制性内切酶酶切。结果　HindⅢ、MspⅠ、DraⅠ、TaqⅠ、HaeⅢ在该片段上有... 目的　分析南方鲇不同地理种群 16SrRNA基因扩增片段多态性。方法　利用PCR技术扩增获得南方鲇 ( Silurusmeridionalis)线粒体DNA 16SrRNA基因片段 ,并用 10种限制性内切酶酶切。结果　HindⅢ、MspⅠ、DraⅠ、TaqⅠ、HaeⅢ在该片段上有限制性位点 ,但只有HaeⅢ在野生种群和养殖品种之间表现限制性片段长度多态性。结论　不同野生地理种群间不存在限制性片段长度多态性 。 展开更多

关键词 南方鲇 线粒体DNA 16S rrna基因 多态性

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炮山甲及其混伪品的DNA微型条形码鉴定研究 被引量：6

16

作者 陈宏 王红雨 +2 位作者 何铭琪 杨帆 李海峰 《中药材》 CAS 北大核心 2019年第10期2267-2272,共6页

目的:建立基于DNA微型条形码的炮山甲及其混伪品的分子鉴定技术。方法:采用改良的DNA提取方法提取中华穿山甲与其易混物种炮制甲片的DNA,利用线粒体COⅠ、16S rRNA和12S rRNA基因的标准及微型条形码引物进行PCR。双向测序后进行BLAST和... 目的:建立基于DNA微型条形码的炮山甲及其混伪品的分子鉴定技术。方法:采用改良的DNA提取方法提取中华穿山甲与其易混物种炮制甲片的DNA,利用线粒体COⅠ、16S rRNA和12S rRNA基因的标准及微型条形码引物进行PCR。双向测序后进行BLAST和序列位点分析,再计算种内和种间K2P遗传距离,并构建NJ系统树。结果:16S rRNA(L2513/H2714)和12S rRNA(L1085/H1259)引物对在所有甲片DNA中均能扩增成功,所获序列与Genbank序列的BLAST比对相似度大于98%。中华穿山甲与其易混物种的种间遗传距离远大于其种内遗传距离,而且各物种在NJ树中表现出单系性,其中16S rRNA微型条形码能将穿山甲属聚在一起。结论:基于16S rRNA的微型条形码技术可有效鉴别炮山甲及其混伪品。 展开更多

关键词 中华穿山甲 炮制甲片 分子鉴定 DNA微型条形码 线粒体16S rrna

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基于线粒体DNA 16S rRNA基因鉴别畜禽肉中鸭源性成分研究 被引量：6

17

作者 张晶鑫 樊艳凤 +4 位作者 唐修君 贾晓旭 葛庆联 陆俊贤 高玉时 《中国家禽》 北大核心 2016年第17期41-44,共4页

研究以鸭线粒体16S rRNA基因序列为靶位点设计特异性引物,以常见畜禽肉包括牛肉、羊肉、猪肉、兔肉、鸽肉、鹌鹑肉、鸡肉、鸭肉、鹅肉等参考动物肌肉DNA为模板,进行常规PCR和荧光定量PCR扩增,建立鸭源性成分检测方法;并将鸭肉DNA模板浓... 研究以鸭线粒体16S rRNA基因序列为靶位点设计特异性引物,以常见畜禽肉包括牛肉、羊肉、猪肉、兔肉、鸽肉、鹌鹑肉、鸡肉、鸭肉、鹅肉等参考动物肌肉DNA为模板,进行常规PCR和荧光定量PCR扩增,建立鸭源性成分检测方法;并将鸭肉DNA模板浓度进行8个梯度稀释,检测方法灵敏度。结果显示,所设计的引物对能够有效地对鸭源性成分进行快速检测,具有较强的特异性,方法灵敏度较高,可达pg级,可快速准确地检测畜禽肉中鸭源性成分。 展开更多

关键词 鸭源性成分 荧光定量PCR 线粒体DNA 16 S rrna 检测

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COX1、12SrRNA、16SrRNA基因复合扩增种属鉴定研究 被引量：6

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作者 蒙晓平 白晓军 +6 位作者 梅燕 曹锡梅 张潮 成振 荆丽红 郭大玮 张更谦 《中国法医学杂志》 CSCD 2015年第6期560-562,566,共4页

目的利用线粒体的特点构建一种特异性好、灵敏度高、稳定性好、操作简便,适用于法医学种属鉴定的复合扩增体系。方法查找Gene bank上常见动物mt DNA序列,用序列比对软件,对人和动物序列进行分析,选出COX1、12SrRNA、16SrRNA区域。使用pr... 目的利用线粒体的特点构建一种特异性好、灵敏度高、稳定性好、操作简便,适用于法医学种属鉴定的复合扩增体系。方法查找Gene bank上常见动物mt DNA序列,用序列比对软件,对人和动物序列进行分析,选出COX1、12SrRNA、16SrRNA区域。使用primer5和primer3(online)设计引物,COX1的引物有人类特异性,12SrRNA和16SrRNA的引物作为内参对照可以匹配人和大部分常见动物。收集人和恒河猴,猪、牛、羊、兔、鲈鱼、鲍鱼、鸭、鸡、狗、鼠11种动物的肌肉或血液样本,用Chelex-100法提取DNA,复合扩增COX1、12SrRNA、16SrRNA基因片段,琼脂糖凝胶电泳分离扩增产物。结果人的样本出现三条带,分别为COX1、12SrRNA、16SrRNA的扩增产物,大小分别为202、231、395bp;11种动物出现两条带,分别为12SrRNA和16SrRNA的扩增产物,大小分别在230、395bp左右。复合扩增体系灵敏度为2.5pg,而特异性引物COX-1的灵敏度为10-8pg。结论该复合扩增体系可以明确区分人与动物,灵敏度高,可应用法医学中的种属鉴定。 展开更多

关键词 法医物证学 种属鉴定 线粒体DNA COX1 12srrna 16Srrna

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基于形态特征和线粒体16S rRNA基因序列探讨棱鳀属的系统进化 被引量：6

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作者 马春艳 马凌波 +4 位作者 倪勇 沈盎绿 张永 张凤英 赵云龙 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期471-477,共7页

对6种棱鳀属(ThryssaCuvier1829)鱼类共21个个体的16SrRNA基因进行PCR扩增,经比对校正得到572bp的基因片段,共检测到8个单倍型,棱鳀属6个种所有单倍型之间共存在8个插入/缺失;此外有99个变异位点,其中简约信息位点87个;多态位点比例为17... 对6种棱鳀属(ThryssaCuvier1829)鱼类共21个个体的16SrRNA基因进行PCR扩增,经比对校正得到572bp的基因片段,共检测到8个单倍型,棱鳀属6个种所有单倍型之间共存在8个插入/缺失;此外有99个变异位点,其中简约信息位点87个;多态位点比例为17.3%;序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.6;A+T含量(53.6%)明显高于C+G含量(46.4%),序列表现出明显的T偏倚。基于Kimura双参数法,计算的种间遗传距离介于0.4%[黄吻棱鳀(T.vitrirostris)与中颌棱鳀(T.mystax)]到11.33%[黄吻棱鳀与赤鼻棱鳀(T.kammalensis)]之间。以日本鳀(Engraulis japonius)和欧洲鳀(Engraulisencrasicholus)为外群构建的NJ树和ML树中,赤鼻棱鳀位于进化树的基部,是最早分化出来的种;进化树显示,黄吻棱鳀和中颌棱鳀关系最近。本研究结果支持形态学得出的赤鼻棱鳀最先分化的结论,认为中颌棱鳀和黄吻棱鳀可能为同一个种,至于汉氏棱鳀(T.hamiltonii)和杜氏棱鳀(T.dussumieri)的分类地位有待进一步确认。 展开更多

关键词 线粒体DNA 16Srrna 棱鳀属 系统进化

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中国近海11种鳀科鱼类分子系统发育的初步研究 被引量：5

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作者 马春艳 沈盎绿 +2 位作者 马凌波 倪勇 张永 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2010年第4期356-360,共5页

以鳀科鱼类为研究对象,分析其线粒体16S rRNA基因片断序列,探讨了5属11种中国鳀科鱼类的亲缘关系。得到16S rRNA可比序列长度为472~501 bp,共存在20个插入/缺失,125个变异位点。总体上看,序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.4。根据16... 以鳀科鱼类为研究对象,分析其线粒体16S rRNA基因片断序列,探讨了5属11种中国鳀科鱼类的亲缘关系。得到16S rRNA可比序列长度为472~501 bp,共存在20个插入/缺失,125个变异位点。总体上看,序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.4。根据16S rRNA基因片段差异计算的种间遗传距离从0.22%（黄吻棱鳀和中颌棱鳀,刀鲚和凤鲚）到18.54%（长颌棱鳀和康氏侧带小公鱼）,以金色小沙丁鱼作为外群构建的系统树,棱鯷属依次与鲚属、黄鲫属相聚,再与棱鳀属的赤鼻棱鳀相聚;最后与鳀属和侧带小公鱼属形成的分支相聚。赤鼻棱鳀自成单独的一支,建议将赤鼻棱鳀从棱鳀属中划分出来。 展开更多

关键词 鳀科鱼类 线粒体DNA 16S rrna 分子系统发育

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