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藏羚羊mtDNA D-loop区遗传多样性研究 被引量：90
1
作者 周慧 李迪强 +2 位作者 张于光 易湘蓉 刘毅 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期299-305,共7页
该研究采用非损伤性DNA基因分型技术，对可可西里地区10个藏羚羊（Pantholops hodgsonii）个体的mtDNA非编码区部分片段（444～446bp）进行了序列分析，结果显示A、T％含量（61．8％）明显高于G、C％含量（38．2％），共发现10种单倍型... 该研究采用非损伤性DNA基因分型技术，对可可西里地区10个藏羚羊（Pantholops hodgsonii）个体的mtDNA非编码区部分片段（444～446bp）进行了序列分析，结果显示A、T％含量（61．8％）明显高于G、C％含量（38．2％），共发现10种单倍型，包括48个多态位点，其中转换位点44个、颠换位点1个、插入位点1个、缺失位点2个。单倍型间平均遗传距离为0．031，单倍型多态性（h）为1．000，核苷酸多态性（π）为2．96％。说明藏羚羊线粒体控制区存在着丰富变异，最后从藏羚羊的生态习性及地理分布两方面对这一结果进行了分析探讨。 展开更多
关键词 藏羚羊 线粒体D-loop区 单倍型 遗传多样性
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新疆野生盘羊mtDNA D-loop序列的多态性 被引量：4
2
作者 马长宾 孙延鸣 +2 位作者 朱晓光 张银国 张辉 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第12期1703-1706,共4页
根据GenBank中3条羊亚科动物线粒体DNA全序列设计并合成1对引物,成功扩增了新疆天山亚种野生盘羊线粒体(mtDNA)控制区(D-loop)全长序列片段,并进行序列分析。结果显示,1号和2号盘羊mtDNA D-loop序列全长分别为1 070,1 169 bp;在检测的2... 根据GenBank中3条羊亚科动物线粒体DNA全序列设计并合成1对引物,成功扩增了新疆天山亚种野生盘羊线粒体(mtDNA)控制区(D-loop)全长序列片段,并进行序列分析。结果显示,1号和2号盘羊mtDNA D-loop序列全长分别为1 070,1 169 bp;在检测的2个个体上共发现73个突变位点,其中有7个插入,50个转换,11个颠换,5个缺失,表明碱基的替换有明显偏倚;1号和2号新疆天山亚种野生盘羊mtDNA D-loop区核苷酸突变位点分别为35个和38个,核苷酸变异率分别为3.27%和3.25%。这一结果表明,新疆天山亚种野生盘羊群体线粒体D-loop区存在着丰富的多态性,同时进一步说明了我国新疆野生盘羊遗传资源比较丰富。 展开更多
关键词 新疆野生盘羊(天山亚种) MTDNA D-loop 多态性
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基于线粒体控制区的序列变异分析青海东部甘肃鼢鼠遗传多样性 被引量：3
3
作者 蔡振媛 张毓 +2 位作者 都玉蓉 苏建平 张同作 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期337-351,共15页
甘肃鼢鼠(Myospalax cansus)是一种终年营地下独居生活的小型掘土类动物。本文通过测定mt DNA的控制区部分序列(530 bp)变异,分析青海东部地区8个甘肃鼢鼠地理种群遗传多样性与遗传结构。158个样本共发现26个变异位点,定义了39种单倍型... 甘肃鼢鼠(Myospalax cansus)是一种终年营地下独居生活的小型掘土类动物。本文通过测定mt DNA的控制区部分序列(530 bp)变异,分析青海东部地区8个甘肃鼢鼠地理种群遗传多样性与遗传结构。158个样本共发现26个变异位点,定义了39种单倍型,整体的平均单倍型多样性高(h=0.953 2)、核苷酸多样性低(π=0.006 36)。歧点分布和中性检验均说明青海东部甘肃鼢鼠种群在历史上存在着快速扩张的事件。基于邻接法构建的网络关系图中,单倍型呈星状分布,没有按地理位置形成对应类群。基因流(Nm)数据显示多数地理种群间基因交流贫乏,AMOVA结果显示种群内与种群间遗传变异分别为48.82%和51.18%,遗传分化明显。IBD分析表明,甘肃鼢鼠的遗传分化与地理距离呈正相关,说明距离隔离对甘肃鼢鼠种群分化具有重要作用。甘肃鼢鼠的这种遗传多样性与种群遗传结构特点,可能是地下生活方式靠挖掘迁移带来的较小扩散能力的结果。 展开更多
关键词 甘肃鼢鼠 线粒体控制区 遗传多样性 种群遗传结构
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胃癌线粒体DNA D-loop区碱基突变的检测分析 被引量：2
4
作者 韩丽红 闫斌 于跃利 《当代医学》 2011年第34期34-36,共3页
目的研究胃癌患者的癌组织线粒体DNA(mtDNA)D-loop区碱基突变情况,以探讨mtDNA D-loop区碱基突变与胃癌发生发展的相关性。方法采用聚合酶链反应和DNA测序相结合的方法,对75例胃癌患者癌组织线粒体D-loop区进行扩增并测序分析。结果在7... 目的研究胃癌患者的癌组织线粒体DNA(mtDNA)D-loop区碱基突变情况,以探讨mtDNA D-loop区碱基突变与胃癌发生发展的相关性。方法采用聚合酶链反应和DNA测序相结合的方法,对75例胃癌患者癌组织线粒体D-loop区进行扩增并测序分析。结果在75例胃癌组织中共有130个位点发生了变化,其中属于基因多态性有101个,基因突变有29个。75例胃癌组织中39例mtDNA D-loop区存在突变,突变率为52%。结论 mtDNA D-loop区碱基突变可能在胃癌发生发展中发挥重要作用。 展开更多
关键词 线粒体DNA(mtDNA) 基因突变 D-loop区突变 胃癌
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豫西黑猪种质资源多样性研究 被引量：1
5
作者 韩雪蕾 段栋栋 +7 位作者 刘贤 薛亚辉 吴胜军 李志明 乔瑞敏 王克君 李秀领 李新建 《家畜生态学报》 北大核心 2023年第6期21-25,共5页
豫西黑猪是国家畜禽遗传资源委员会新审定的河南省优良地方猪种质资源,具有肉质好、抗逆性强等优点。为进一步了解豫西黑猪遗传资源多样性及其与本地品种和外来品种间的遗传距离,本研究通过对108头豫西黑猪mtDNA D-loop区序列进行PCR扩... 豫西黑猪是国家畜禽遗传资源委员会新审定的河南省优良地方猪种质资源,具有肉质好、抗逆性强等优点。为进一步了解豫西黑猪遗传资源多样性及其与本地品种和外来品种间的遗传距离,本研究通过对108头豫西黑猪mtDNA D-loop区序列进行PCR扩增及序列测定,并结合外来品种杜洛克猪、长白猪、大白猪以及河南地区的确山黑猪、南阳黑猪、淮南猪进行生物信息学分析。结果显示,豫西黑猪单倍型多样度0.854、核苷酸多样度0.00373、平均核苷酸差异数2.515,表现出了较丰富的遗传多样性。在108头豫西黑猪个体中,共存在25种单倍型,其中14头公猪共有6种单倍型。遗传距离分析显示,豫西黑猪单独聚为一支,与南阳黑猪、确山黑猪等河南省地方品种猪以及杜长大等外来猪种亲缘关系均较远。本研究结果表明:豫西黑猪整体与河南省地方猪、西方商业猪种关系均较远。研究结果为豫西黑猪的保种、开发和利用提供重要理论依据。 展开更多
关键词 豫西黑猪 线粒体 D-loop区 进化树 遗传距离
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基于线粒体COI基因和D-loop区联合序列的杂交鲫与野生鲫群体遗传特征研究 被引量：2
6
作者 杨聪慧 黄雪雪 +6 位作者 戴承华 许效玮 王石 刘庆峰 张纯 周毅 刘少军 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期3009-3019,共11页
【目的】分析杂交起源的合方鲫品系和新型同源二倍体类鲫(NCRC)品系、实验红鲫品系及野生鲫群体的遗传特征,揭示杂交鲫群体与野生鲫群体的种质资源现状,为开展鲫育种工作提供科学依据。【方法】以2个杂交品系(合方鲫和NCRC)、1个实验室... 【目的】分析杂交起源的合方鲫品系和新型同源二倍体类鲫(NCRC)品系、实验红鲫品系及野生鲫群体的遗传特征,揭示杂交鲫群体与野生鲫群体的种质资源现状,为开展鲫育种工作提供科学依据。【方法】以2个杂交品系(合方鲫和NCRC)、1个实验室养殖品系(实验红鲫)和3个野生鲫群体(分别采自湖南省长沙市望城区、长沙市长沙县和常德市)为研究对象,采用PCR扩增6个鲫群体的线粒体COI基因和D-loop区序列,使用DnaSP 6.12分析群体遗传多样性,利用MEGA 7.0.26计算群体内和群体间的遗传距离,运用TCS Network算法绘制单倍型网络,再以Structure 2.3.4推测群体遗传结构;利用Arlequin 3.5.2.2计算群体间的遗传分化系数(FST),并以邻接法(NJ)、最大似然法(ML)和贝叶斯推断法(BI)分别构建系统发育进化树;通过Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验结合核苷酸错配分布分析评估群体历史动态。【结果】基于线粒体COI基因和D-loop区联合序列,从6个鲫群体中共鉴定出25个单倍型(Hap1~Hap25);且3个野生鲫群体的单倍型多样性(h,0.582~0.877)和核苷酸多样性(π,0.00227~0.00532)明显高于2个杂交品系和实验红鲫品系。构建的单倍型网络结构图和系统发育进化树均显示,合方鲫品系可形成独立分支,且与日本白鲫聚在一起。同时,合方鲫品系与其他群体间的遗传距离(0.0539~0.0628)和遗传分化系数(FST,0.95147~0.98331)均较大,其次为NCRC品系和实验红鲫品系,说明养殖群体与野生鲫群体间已产生明显的遗传分化。在Structure聚类分析的基础上进行AMOVA分析,结果表明可将6个鲫群体划分为合方鲫品系、NCRC品系、实验红鲫品系和野生鲫群体共4组,且组间遗传变异占绝大部分(90.14%)。从群体历史动态检验结果来看,6个鲫群体在近期历史上保持相对稳定,未曾经历过明显的群体扩张。【结论】合方鲫品系、NCRC品系及实验红鲫品系3个养殖群体� 展开更多
关键词 鲫 远缘杂交 线粒体 COI基因 D-loop区 遗传结构 遗传多样性
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利用线粒体序列比较分析梭鲈鸭绿江和乌伦古湖群体的遗传结构 被引量：1
7
作者 孙志鹏 鲁翠云 +1 位作者 那荣滨 郑先虎 《水产学杂志》 CAS 北大核心 2023年第5期10-16,26,共8页
利用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)和控制区(D-loop)分析了梭鲈(Sander lucioperca)鸭绿江(YL)和乌伦古湖(XJ)群体的遗传结构及变异。结果显示:Cyt b和D-loop序列的A+T含量分别为57.37%和66.64%,明显高于C+G含量(42.63%和33.36%)。Cyt b... 利用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)和控制区(D-loop)分析了梭鲈(Sander lucioperca)鸭绿江(YL)和乌伦古湖(XJ)群体的遗传结构及变异。结果显示:Cyt b和D-loop序列的A+T含量分别为57.37%和66.64%,明显高于C+G含量(42.63%和33.36%)。Cyt b序列共检测变异位点2个,包括单变异位点和简约信息位点各1个。D-loop序列中检测到变异位点26个,其中单变异位点19个,简约信息位点7个。检测到Cyt b序列3个单倍型,YL群体单倍型多样性(Hd)(0.032±0.031)和核苷酸多样性(π)(0.000 08±0.000 07)均低于XJ群体(0.467±0.043)(0.001 10±0.000 10),YL群体内遗传距离(0.000 076)小于XJ(0.001 102),群体间遗传距离为0.000 873;检测到D-loop序列17个单倍型,YL群体Hd(0.466±0.088)和π(0.002 41±0.000 69)略高于XJ群体(Hd=0.435±0.100,π=0.001 91±0.000 67),YL群体内遗传距离(0.002 422)大于XJ群体(0.001 919),群体间遗传距离为0.002 269。结果显示,两个群体Cyt b和D-loop的遗传多样性较低。D-loop序列的中性检验结果表明,乌伦古湖群体可能经历种群扩张。Cyt b和D-loop序列分子方差分析(AMOVA)分析显示:梭鲈遗传差异主要来源于群体内(64.56%和97.42%),少部分来源于群体间(35.44%和2.58%)。鸭绿江梭鲈群体可能不完全来源于乌伦古湖群体。本研究结果为两个群体在人工繁育中的利用提供了参考,对群体的遗传多样性监测及保存具有重要意义。 展开更多
关键词 梭鲈 细胞色素B基因 线粒体D-loop区 遗传结构
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