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新疆两种土地利用方式下土壤病毒的群落组成与功能特征 被引量:6
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作者 毕丽 杜帅 +3 位作者 于丹婷 张丽梅 贺纪正 韩丽丽 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期2728-2737,共10页
病毒作为食物网的重要组成部分,在生态系统中发挥着重要的功能。病毒能够影响宿主的死亡率、群落结构和进化,以及营养元素循环。但由于技术方法的限制,对土壤病毒的群落组成和功能特征还知之甚少。为探索不同土地利用方式下土壤病毒组特... 病毒作为食物网的重要组成部分,在生态系统中发挥着重要的功能。病毒能够影响宿主的死亡率、群落结构和进化,以及营养元素循环。但由于技术方法的限制,对土壤病毒的群落组成和功能特征还知之甚少。为探索不同土地利用方式下土壤病毒组特征,采集了新疆棉花地和荒漠土壤样品。通过宏病毒组学分析发现,棉花地土壤和荒漠土壤分别注释到20个和15个病毒科,单链DNA(ssDNA)病毒占优势,其中微小噬菌体科(Microviridae)占比最高。仅在棉花地土壤中检测到花椰菜花叶病毒科(Caulimoviridae)、逆转录病毒科(Retroviridae)、裸露病毒科(Nudiviridae)、多分DNA病毒科(Polydnaviridae)、杆状病毒科(Baculoviridae)和囊泡病毒科(Ascoviridae),其中大部分病毒属于植物病毒和昆虫病毒。本研究推测与土地利用方式相关的人为活动、土壤理化性质以及动植物的差异可能影响土壤病毒的群落组成。通过Virsorter共注释到1824条病毒contigs,主要为微小噬菌体科。进一步利用SEED数据库对病毒功能进行注释,发现两个土壤病毒组注释到的主要功能类似;在SEED level 2水平上,均以“Phage capsid proteins”和“Phage packaging machinery”占比最高。本研究可为进一步探索土壤病毒生态功能和土壤食物网提供数据支持。 展开更多
关键词 土壤 宏病毒组 病毒群落组成 微小噬菌体科
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有机培肥条件下红壤区稻田土壤病毒多样性及其对生物地球碳循环的影响 被引量:5
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作者 郭小军 王欣 +6 位作者 周旦 孙杰 解开治 齐鹏 徐培智 黄庆海 叶会财 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期2468-2477,共10页
【目的】探究不同有机培肥条件下稻田土壤病毒多样性、群落结构特征及其差异,为揭示病毒与寄主协同进化关系,以及病毒微生态系统驱动生物地球碳循环过程提供理论基础。【方法】长期定位试验开始于1981年,试验设置6个处理,每处理3次重复... 【目的】探究不同有机培肥条件下稻田土壤病毒多样性、群落结构特征及其差异,为揭示病毒与寄主协同进化关系,以及病毒微生态系统驱动生物地球碳循环过程提供理论基础。【方法】长期定位试验开始于1981年,试验设置6个处理,每处理3次重复,试验处理分别为:(1)CK,不施肥;(2)NPK,单施化肥;(3)M1,早稻施绿肥;(4)M2,早稻施绿肥+早稻施猪粪;(5)M3,早稻施绿肥+晚稻施猪粪;(6)M4,早稻施绿肥+晚稻秸秆还田。2020年晚稻收获后,采集耕层(0~20 cm)土壤,通过宏病毒组测序平台、土壤常规理化分析等方法测定土壤宏病毒组以及土壤养分含量。【结果】红壤区稻田土壤病毒分布于37个科,微小病毒科(Microviridae)是红壤区稻田土壤主要的病毒类群。M3处理中长尾病毒科(Siphoviridae)、肌病毒科(Myoviridae)和痘病毒科(Poxviridae)丰度显著高于其他处理(P<0.05,下同),M2处理中微小病毒科和矮化病毒科(Nanoviridae)丰度显著高于其他处理。通过稻田土壤病毒宏基因组基因注释,鉴定出143个独特碳水化合物的运输和代谢基因,46个开放阅读框属于13种病毒辅助碳水化合物活性酶(CAZyme),其中糖苷水解酶最丰富,约占61.7%,其次为糖基转移酶。土壤病毒物种丰富度可在一定程度反映土壤pH、Mg含量和水稻产量的高低,病毒群落结构受p H、Mg含量等其他因素驱动。【结论】微小病毒科是红壤区稻田土壤主要的病毒类群,施用猪粪可显著提高土壤病毒群落结构和物种组成,病毒群落结构受土壤pH和Mg含量的显著影响。通过稻田土壤病毒宏基因组基因注释,在病毒体中检测到丰富的碳水化合物活性酶基因,主要分别属于糖苷水解酶类和糖苷转移酶,病毒编码的辅助代谢基因或代谢基因会改变细菌代谢,间接促进农业土壤的生物地球碳化学循环。 展开更多
关键词 红壤区 稻田 有机培肥 土壤病毒多样性 微小病毒科
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牡蛎相关微病毒科噬菌体基因组的鉴定和进化分析
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作者 刘敏 刘畅 +3 位作者 刘广锋 朱鹏 谢科明 姜敬哲 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期134-142,共9页
具有滤食习性的牡蛎富集了水体中包括病毒在内的大量病原体,是一个极具价值的病毒库。为了对牡蛎相关的病毒库进行深入研究,在前期对华南沿海多地采集的香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)进行病毒组测序,并对测序数据进行质控、组装... 具有滤食习性的牡蛎富集了水体中包括病毒在内的大量病原体,是一个极具价值的病毒库。为了对牡蛎相关的病毒库进行深入研究,在前期对华南沿海多地采集的香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)进行病毒组测序,并对测序数据进行质控、组装及物种注释后,挑选其中5条被鉴定为微病毒科(Microviridae)的基因组序列进行多维度分析,包括宿主预测、开放阅读框预测、主要衣壳蛋白系统发育与三维结构预测、主要衣壳蛋白与外部支架蛋白的进化关联以及病毒丰度分析等。结果显示,5个病毒的宿主均为埃希氏菌属(Escherichia);其中病毒基因组序列HSd1-5344568聚类在Bullavirinae分支中,说明其为该亚科成员;其余4条未聚类到任何已知亚科中,应属于一个单独的未分类亚科;微病毒主要衣壳蛋白和外部支架蛋白的进化树之间的联系表明两个蛋白的进化规律不同。 展开更多
关键词 香港牡蛎 微病毒科 生物信息学分析 主要衣壳蛋白 外部支架蛋白
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Viral metagenomics analysis of feces from coronary heart disease patients reveals the genetic diversity of the Microviridae
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作者 Lianghua Guo Xiuguo Hua +9 位作者 Wen Zhang Shixing Yang Quan Shen Haibing Hu Jingjiao Li Zhijian Liu Xiaochun Wang Hua Wang Chenglin Zhou Li Cui 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2017年第2期130-138,共9页
Recent studies have declared that members of the ss DNA virus family Microviridae play an important role in multiple environments, as they have been found taking a dominant position in the human gut. The aim of this s... Recent studies have declared that members of the ss DNA virus family Microviridae play an important role in multiple environments, as they have been found taking a dominant position in the human gut. The aim of this study was to analyze the overall composition of the gut virome in coronary heart disease(CHD) patients, and try to discover the potential link between the human gut virome and CHD. Viral metagenomics methods were performed to detect the viral sequences in fecal samples collected from CHD inpatients and healthy persons as controls. We present the analysis of the virome composition in these CHD patients and controls. Our data shows that the virome composition may be linked to daily living habits and the medical therapy of CHD.Virgaviridae and Microviridae were the two dominant types of viruses found in the enteric virome of CHD patients. Fourteen divergent viruses belonging to the family Microviridae were found, twelve of which were grouped into the subfamily Gokushovirinae, while the remaining two strains might represent two new subfamilies within Microviridae, according to the phylogenetic analysis. In addition, the genomic organization of these viruses has been characterized. 展开更多
关键词 gut virome coronary heart disease (CHD) viral metagenomics microviridae Gokushovirinae
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一株广域pH耐受性微小噬菌体αα的分离、纯化及生理学特性分析
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作者 李梦哲 林洪 +1 位作者 王静雪 鞠磊 《食品工业科技》 CAS CSCD 北大核心 2018年第15期77-82,95,共7页
本研究采用双层平板法从污水中分离纯化出一株烈性沙门氏菌噬菌体αα。利用电镜观察其形态特征,通过琼脂糖凝胶电泳分析其核酸组成,并对其生理学特性进行分析,包括一步生长曲线、温度耐受性、pH耐受性、裂解谱、最佳离子浓度和最佳感... 本研究采用双层平板法从污水中分离纯化出一株烈性沙门氏菌噬菌体αα。利用电镜观察其形态特征,通过琼脂糖凝胶电泳分析其核酸组成,并对其生理学特性进行分析,包括一步生长曲线、温度耐受性、pH耐受性、裂解谱、最佳离子浓度和最佳感染复数。结果表明,该烈性噬菌体αα有一个直径为20 nm的头部,无尾部结构,其核酸类型为单链DNA。由此推断,噬菌体αα属于微小噬菌体科。该噬菌体无明显潜伏期,裂解期为60 min,在pH2.10~11.45内和温度40~50℃内效价分别保持在10~6~10~8和10~8pfu/mL左右,最佳感染复数值为10^(-4),钙镁离子均能促进该噬菌体的液体增殖,其中培养基中含10 mmol/L MgCl_2时促进效果最佳,与未添加离子的对照组相比提高了1.5个log。研究结果为噬菌体的多样性及其应用等方面的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 微小噬菌体 单链DNA噬菌体 生理学特性
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