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内含子编码蛋白Mg2+结合位点功能分析及验证
被引量：
3
1
作者
崔古贞
陈相好
+3 位作者
洪伟
张峥嵘
綦廷娜
陈峥宏
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第10期165-172,共8页
旨为筛选并构建II型内含子编码蛋白Mg2+结合位点突变体,验证该位点突变对II型内含子“归巢”效率的影响。利用生物信息学技术筛选关键位点,利用定点突变技术构建突变体,利用Targetron及蓝白斑计数法验证其“归巢”效率。结果显示,筛选到...
旨为筛选并构建II型内含子编码蛋白Mg2+结合位点突变体,验证该位点突变对II型内含子“归巢”效率的影响。利用生物信息学技术筛选关键位点,利用定点突变技术构建突变体,利用Targetron及蓝白斑计数法验证其“归巢”效率。结果显示,筛选到D308和D309两个位点是II型内含子编码蛋白Mg2+结合的核心催化位点,并成功构建该位点的三种突变体,包括两个单点突变体(D308A和D309A)和一个双点突变体(D308A/D309A),大肠杆菌体内实验结果表明,三种突变体均完全失活了II型内含子的“归巢”功能。证实了II型内含子编码蛋白Mg2+结合位点是其发挥功能的核心催化位点。
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关键词
Ⅱ型内含子
内含子编码蛋白
mg
2+
结合
位点
Targetron
反转录结构域
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职称材料
基于三维卷积神经网络的RNA结构上镁离子结合位点预测
2
作者
赵彦彭
巩卫康
+2 位作者
刘洋
王京京
李春华
《北京生物医学工程》
2021年第6期570-576,共7页
目的核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)在许多生命过程中起着关键作用,它几乎参与了遗传信息转录和翻译的各个方面。镁离子(Mg 2+)是RNA折叠成稳定三级结构所必需的,而且常常与核酶的催化活性有关。尽管实验解析的RNA结构越来越多,但实验...
目的核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)在许多生命过程中起着关键作用,它几乎参与了遗传信息转录和翻译的各个方面。镁离子(Mg 2+)是RNA折叠成稳定三级结构所必需的,而且常常与核酶的催化活性有关。尽管实验解析的RNA结构越来越多,但实验确定RNA结构中的离子存在诸多困难。三维卷积神经网络(three-dimensional convolutional neural network,3D-CNN)能够直接从原始数据中学习有用的特征,已被应用于一些基于结构的预测工作。为此本文拟提出一种基于3D-CNN的RNA结构上Mg 2+结合位点的预测方法RNAMg。方法首先收集蛋白质数据库(protein data bank,PDB)中的RNA结构构建了高分辨率的非冗余RNA-Mg 2+结合位点数据库(113个结构);随后,对每个结合位点建立局部坐标系,以周围微环境(碳、氧、氮、磷原子和电荷)构建5个特征通道,将RNA三级结构作为3D图像送入3D-CNN模型预测RNA-Mg 2+结合位点;最后,使用五折交叉验证评估模型的性能。结果独立测试集上的结果表明,在识别RNA结构中的Mg 2+位点上,RNAMg优于目前最先进的方法。结论RNAMg可以识别出RNA结构中的Mg 2+结合位点,对理解RNA折叠、核酶催化反应等各种关键生物学过程及相关疾病的产生机制有重要意义。
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关键词
RNA-
mg
^(2+)
结合
位点
三维卷积神径网络
RNA三维结构
特征贡献
局部坐标系
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职称材料
题名
内含子编码蛋白Mg2+结合位点功能分析及验证
被引量：
3
1
作者
崔古贞
陈相好
洪伟
张峥嵘
綦廷娜
陈峥宏
机构
贵州医科大学基础医学院
遵义医科大学第三附属医院(遵义市第一人民医院)
贵州省普通高等学校病原生物学特色重点实验室
贵州省分子生物学重点实验室
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第10期165-172,共8页
基金
国家自然科学基金项目(31760318,31601012)
贵州省科技计划项目(黔科合基础[2018]1132,[2019]1441)
贵州医科大学培育项目(黔科合平台人才[2018]5779-17)。
文摘
旨为筛选并构建II型内含子编码蛋白Mg2+结合位点突变体,验证该位点突变对II型内含子“归巢”效率的影响。利用生物信息学技术筛选关键位点,利用定点突变技术构建突变体,利用Targetron及蓝白斑计数法验证其“归巢”效率。结果显示,筛选到D308和D309两个位点是II型内含子编码蛋白Mg2+结合的核心催化位点,并成功构建该位点的三种突变体,包括两个单点突变体(D308A和D309A)和一个双点突变体(D308A/D309A),大肠杆菌体内实验结果表明,三种突变体均完全失活了II型内含子的“归巢”功能。证实了II型内含子编码蛋白Mg2+结合位点是其发挥功能的核心催化位点。
关键词
Ⅱ型内含子
内含子编码蛋白
mg
2+
结合
位点
Targetron
反转录结构域
Keywords
group
Ⅱ
introns
intron-encoded
protein
mg
2
+binding
sites
Targetron
reverse
transcription
domain
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
基于三维卷积神经网络的RNA结构上镁离子结合位点预测
2
作者
赵彦彭
巩卫康
刘洋
王京京
李春华
机构
北京工业大学环境与生命学部
出处
《北京生物医学工程》
2021年第6期570-576,共7页
基金
国家自然科学基金(31971180、11474013)资助。
文摘
目的核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)在许多生命过程中起着关键作用,它几乎参与了遗传信息转录和翻译的各个方面。镁离子(Mg 2+)是RNA折叠成稳定三级结构所必需的,而且常常与核酶的催化活性有关。尽管实验解析的RNA结构越来越多,但实验确定RNA结构中的离子存在诸多困难。三维卷积神经网络(three-dimensional convolutional neural network,3D-CNN)能够直接从原始数据中学习有用的特征,已被应用于一些基于结构的预测工作。为此本文拟提出一种基于3D-CNN的RNA结构上Mg 2+结合位点的预测方法RNAMg。方法首先收集蛋白质数据库(protein data bank,PDB)中的RNA结构构建了高分辨率的非冗余RNA-Mg 2+结合位点数据库(113个结构);随后,对每个结合位点建立局部坐标系,以周围微环境(碳、氧、氮、磷原子和电荷)构建5个特征通道,将RNA三级结构作为3D图像送入3D-CNN模型预测RNA-Mg 2+结合位点;最后,使用五折交叉验证评估模型的性能。结果独立测试集上的结果表明,在识别RNA结构中的Mg 2+位点上,RNAMg优于目前最先进的方法。结论RNAMg可以识别出RNA结构中的Mg 2+结合位点,对理解RNA折叠、核酶催化反应等各种关键生物学过程及相关疾病的产生机制有重要意义。
关键词
RNA-
mg
^(2+)
结合
位点
三维卷积神径网络
RNA三维结构
特征贡献
局部坐标系
Keywords
RNA-
mg
2
+binding
site
three-dimensional
convolutional
neural
network
RNA
3D
structure
feature
contribution
local
coordinate
system
分类号
R318 [医药卫生—生物医学工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
内含子编码蛋白Mg2+结合位点功能分析及验证
崔古贞
陈相好
洪伟
张峥嵘
綦廷娜
陈峥宏
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
3
下载PDF
职称材料
2
基于三维卷积神经网络的RNA结构上镁离子结合位点预测
赵彦彭
巩卫康
刘洋
王京京
李春华
《北京生物医学工程》
2021
0
下载PDF
职称材料
已选择
0
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