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qa-3稀有密码子和mRNA结构改造及其在大肠杆菌中的高效表达 被引量:17
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作者 刘礼兵 刘云 +2 位作者 何华庆 李永辉 徐琪寿 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期198-203,共6页
奎尼酸脱氢酶的高表达是奎尼酸生物合成的代谢工程研究的关键和基础。粗糙脉孢菌基因组中编码奎尼酸脱氢酶的基因qa-3在大肠杆菌中不表达,根据大肠杆菌密码子使用频率分析qa-3基因,发现有27个稀有密码子,其中编码Arg(R)的有8个,编码Gly... 奎尼酸脱氢酶的高表达是奎尼酸生物合成的代谢工程研究的关键和基础。粗糙脉孢菌基因组中编码奎尼酸脱氢酶的基因qa-3在大肠杆菌中不表达,根据大肠杆菌密码子使用频率分析qa-3基因,发现有27个稀有密码子,其中编码Arg(R)的有8个,编码Gly(G)的有9个。编码精氨酸的AGG(AGA)两个稀有密码子紧密相连(R区),另外还有个相对比较集中的GGG密集区G区。进一步通过计算机分析其qa-3基因mRNA二级结构,发现改变5′和3′末端个别碱基对其二级结构的影响很大,可以使mRNA的自由能由野生型的-374.3kJ/mol降低到最小-80.5kJ/mol,从而大大减少mRNA两端二级结构的产生,而仅仅改变R区和G区的稀有密码子自由能变化很小。通过对该基因密码子改造和优化5′和3′末端对其mRNA二级结构的影响,在大肠杆菌中表达真菌的基因qa-3,并测到了奎尼酸脱氢酶活性,为构建产奎尼酸工程菌株奠定基础。 展开更多
关键词 qa-3 密码子 mrna二级结构 奎尼酸脱氢酶
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大肠杆菌mRNA编码区长度、形成二级结构倾向与密码子偏好性的关系 被引量:14
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作者 王侃 刘次全 +1 位作者 曹槐 陈雪峰 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期895-899,共5页
从GenBank获得大肠杆菌K-12MG1655株的全基因组序列,计算了与基因密码子偏好性相关的多个参数(Nc、CAI、GC、GC3s),对其mRNA编码区长度、形成二级结构倾向与密码子偏好性之间的关系进行了统计学分析,发现虽然翻译效率(包括翻译速度和翻... 从GenBank获得大肠杆菌K-12MG1655株的全基因组序列,计算了与基因密码子偏好性相关的多个参数(Nc、CAI、GC、GC3s),对其mRNA编码区长度、形成二级结构倾向与密码子偏好性之间的关系进行了统计学分析,发现虽然翻译效率(包括翻译速度和翻译精度)是制约大肠杆菌高表达基因的密码子偏好性的主要因素,同时,mRNA编码区长度及其形成二级结构的倾向也是形成这种偏好性的不可忽略的原因,而且对偏好性有一定程度的削弱。另外对mRNA编码区形成二级结构倾向的生物学意义进行了讨论分析。 展开更多
关键词 大肠杆菌 密码子偏好性 mrna编码区 mrna二级结构 翻译效率
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鸡IL-2全基因和去信号肽基因的原核表达 被引量:12
3
作者 龚婷 杨孝朴 +3 位作者 李银聚 张春杰 吴庭才 程相朝 《甘肃农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期11-14,40,共5页
根据已发表的鸡白介素-2(ChIL-2)cDNA编码基因序列设计3条引物,利用RT-PCR技术从经诱导的卢氏鸡胚脾淋巴细胞中扩增出429 bp的ChIL-2全长基因cDNA和363 bp去除信号肽的ChIL-2基因cDNA.将ChIL-2全长和去信号肽的基因cDNA分别克隆到原核... 根据已发表的鸡白介素-2(ChIL-2)cDNA编码基因序列设计3条引物,利用RT-PCR技术从经诱导的卢氏鸡胚脾淋巴细胞中扩增出429 bp的ChIL-2全长基因cDNA和363 bp去除信号肽的ChIL-2基因cDNA.将ChIL-2全长和去信号肽的基因cDNA分别克隆到原核表达载体pET28a(+),构建原核重组表达质粒pET28a-IL-2和pET28a-△SIL-2,并分别转化大肠杆菌BL21(DE3),经IPTG诱导,SDS-PAGE检测,在22 ku和18 ku处有2条清晰的蛋白带,相同条件下pET28a-△SIL-2表达量较高.RNAstructure软件分析表明,pET28a-IL-2的mRNA5′端序列形成了复杂且较为稳定的二级结构,不利于翻译的起始,证明信号肽序列的存在对ChIL-2基因在原核细胞中的表达有一定的影响. 展开更多
关键词 细胞白介素 IL-2基因 信号肽 原核表达 mrna二级结构
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mRNA环结构对蛋白质折叠速率的影响 被引量:9
4
作者 李瑞芳 李宏 +1 位作者 郭春阳 杨萨如拉 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2018年第6期672-678,共7页
前期的相关研究发现mRNA二级结构中存在对蛋白质折叠速率的重要影响因素.而mRNA二级结构中普遍存在着各种复杂的环结构,这些环结构是否对蛋白质折叠速率也有重要的影响呢?不同的环结构对蛋白质折叠速率的影响是否相同呢?基于此想法,建... 前期的相关研究发现mRNA二级结构中存在对蛋白质折叠速率的重要影响因素.而mRNA二级结构中普遍存在着各种复杂的环结构,这些环结构是否对蛋白质折叠速率也有重要的影响呢?不同的环结构对蛋白质折叠速率的影响是否相同呢?基于此想法,建立了一个包含mRNA内部环、发夹环、膨胀环和多分支环等环结构信息和相应蛋白质折叠速率的数据库.对于数据库中的每一个蛋白质,计算了mRNA二级结构中各种环结构碱基含量、配对碱基含量及单链碱基含量等参量,分析了各参量与相应蛋白质折叠速率的相关性.结果显示,各种环结构碱基含量与蛋白质折叠速率均呈极显著或显著正相关.说明mRNA环结构对蛋白质折叠速率有重要的影响.进一步,把蛋白质按照不同折叠类型或不同二级结构类型分组后,对每一组蛋白质重复上述的分析工作.结果表明,对不同类蛋白质,mRNA的各种环结构对其相应蛋白质折叠速率的影响存在着显著差异.上述研究将为进一步开展有关mRNA和蛋白质折叠速率的研究奠定理论基础. 展开更多
关键词 mrna二级结构 内部环 发夹环 膨胀环 多分支环 蛋白质折叠速率
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与烟草细胞质雄性不育相关的线粒体基因atp9的mRNA研究 被引量:9
5
作者 周玮 刘齐元 +3 位作者 陈雪峰 刘飞虎 曹槐 刘次全 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期114-120,39,共8页
已知导入未编辑atp9 mRNA的烟草表现细胞质雄性不育(CMS),因此认为线粒体基因atp9是引起高等植物CMS的主要基因。为了解atp9在CMS中的作用机制,从3对烟草不育系及其同型保持系中提取atp9,利用实验与理论结合来分析其mRNA在编辑前后以及... 已知导入未编辑atp9 mRNA的烟草表现细胞质雄性不育(CMS),因此认为线粒体基因atp9是引起高等植物CMS的主要基因。为了解atp9在CMS中的作用机制,从3对烟草不育系及其同型保持系中提取atp9,利用实验与理论结合来分析其mRNA在编辑前后以及在不育系及其同型保持系中的一维、三维信息差别。结果表明,atp9mRNA一维信息方面的差异,更重要的是二级结构的差异和稳定性,可能是影响ATP合成而导致CMS的根本原因。 展开更多
关键词 atp9 细胞质雄性不育 mrna二级结构 烟草
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计算机辅助设计抗肿瘤凋亡基因livin的反义核酸 被引量:4
6
作者 张华东 袁守军 陈惠鹏 《中国临床药理学与治疗学》 CAS CSCD 2005年第7期750-754,共5页
目的:研究利用计算机辅助设计抗肿瘤细胞凋亡基因livinmRNA的反义核酸。方法:利用RNAdraw和Sfold两种软件进行livinmRNA反义核酸的二级结构预测,并转染肿瘤细胞HeLa,诱导细胞凋亡。结果:用这种方法设计出5个反义核酸,它们能够有效地抑... 目的:研究利用计算机辅助设计抗肿瘤细胞凋亡基因livinmRNA的反义核酸。方法:利用RNAdraw和Sfold两种软件进行livinmRNA反义核酸的二级结构预测,并转染肿瘤细胞HeLa,诱导细胞凋亡。结果:用这种方法设计出5个反义核酸,它们能够有效地抑制肿瘤细胞HeLa的生长,促进其凋亡。结论:利用这两种计算机软件设计livinmRNA反义核酸是可行的,能够有效的促进细胞凋亡。 展开更多
关键词 mrna二级结构 RNAdraw Sfold LIVIN 反义核酸
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mRNA翻译起始区二级结构优化提高(R)-羰基还原酶的表达及催化效率 被引量:4
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作者 王珊珊 张荣珍 +4 位作者 耿亚维 沈伟 谭念江 王磊 徐岩 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第12期1907-1913,共7页
为了提高近平滑假丝酵母(Candida parapsilosis CCTCC M203011)的(R)-羰基还原酶在大肠杆菌中的表达水平及催化效率,对酶编码基因mRNA翻译起始区中+1~+78区进行二级结构的优化,并构建了相应的突变体。优化后mRNA翻译起始区的发夹结构... 为了提高近平滑假丝酵母(Candida parapsilosis CCTCC M203011)的(R)-羰基还原酶在大肠杆菌中的表达水平及催化效率,对酶编码基因mRNA翻译起始区中+1~+78区进行二级结构的优化,并构建了相应的突变体。优化后mRNA翻译起始区的发夹结构明显减少,自由能显著下降(由原始的?9.5kcal/mol降至?5.0kcal/mol),使酶蛋白的表达水平及粗酶比活力分别比优化前提高了4~5倍和61.9%。在高底物浓度(5.0g/L2-羟基苯乙酮)下,优化突变株不对称转化效率较高,产物(R)-苯基乙二醇的光学纯度和产率分别为93.1%e.e.和81.8%,比优化前提高了27.5%和40.5%。研究结果表明:优化mRNA翻译起始区的二级结构,克服蛋白翻译启动的空间位阻,不仅能促进翻译的顺利进行,使目标蛋白得到高效表达,而且有利于蛋白空间结构的正确折叠,有效提高酶蛋白活力及生物催化功能。 展开更多
关键词 (R)-羰基还原酶 翻译起始区 mrna二级结构 优化 (R)-苯基乙二醇
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蛋白质的二级结构和mRNA的二级结构的相关性研究 被引量:2
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作者 贾孟文 罗辽复 刘次全 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期55-59,共5页
利用置信度为95的特征字研究了蛋白质二级结构以及其对应mRNA二级结构,发现蛋白质二级结构和mRNA二级结构有明显的相关性.规则二级结构α-螺旋,β-折叠以及包含有Turn的边界明显倾向于mRNA二级结构的茎区,而避免出现在环区.
关键词 蛋白质二级结构 mrna二级结构 结构 置信度
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P53蛋白质N末端的二级结构预测及其三维构象 被引量:3
9
作者 张彦 刘次全 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1998年第4期743-749,共7页
以编码P53N末端120个残基的mRNA二级结构为基础,结合Chou-Fasman蛋白质二级结构预测原则,预测出P53蛋白质N端的93个残基包含四段α螺旋结构(14-26;38-46;51-56;68-70),没有发... 以编码P53N末端120个残基的mRNA二级结构为基础,结合Chou-Fasman蛋白质二级结构预测原则,预测出P53蛋白质N端的93个残基包含四段α螺旋结构(14-26;38-46;51-56;68-70),没有发现β片层。与四种以多重序列联配为基础的蛋白质二级结构预测方法(准确率均为73.20%左右)相对照,结果十分相近。在SGI工作站上以此为初始结构建立的三维构象提示,P53N末端前80个氨基酸肽段呈弧型板块结构,其转录激活区由两段主要螺旋组成,呈上下构形,占据弧型板块的顶部及底部外侧缘。C端13个富含脯氨酸肽段则呈弯曲松散状。 展开更多
关键词 P53蛋白质 mrna二级结构 二级结构 三维构象
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史宾格犬ASIC1基因SNPs对mRNA二级结构的影响
10
作者 朱程程 程占军 +2 位作者 万宁 佘奕 李来有 《中国工作犬业》 2023年第11期48-50,共3页
胞外pH值的下降能激活一种在体内广泛分布的特殊配体门控通道,即酸敏感离子通道(scid-sensing ion channels, ASICs)。ASICs也称作H+门控离子通道,是上皮钠离子通道/退化蛋白(ENaC/DEG)超家族一个分支。ASICs由5个功能基因编码,分别为AS... 胞外pH值的下降能激活一种在体内广泛分布的特殊配体门控通道,即酸敏感离子通道(scid-sensing ion channels, ASICs)。ASICs也称作H+门控离子通道,是上皮钠离子通道/退化蛋白(ENaC/DEG)超家族一个分支。ASICs由5个功能基因编码,分别为ASIC1、ASIC2、ASIC3、ASIC4和ASIC5。迄今为止,已克隆出ASICs的7个亚单位:ASIC1a、ASIC1b、ASIC2a、ASIC2b、ASIC3、ASIC4、ASIC5,不同亚基存在分布特异性,7个亚基可以组成同聚体或异聚体酸敏感离子通道。ASIC1a是哺乳动物体内含量最为丰富的ASICs亚基,由ASIC1基因编码,广泛分布于中枢神经系统和外周感觉神经元。 展开更多
关键词 中枢神经系统 酸敏感离子通道 感觉神经元 上皮钠离子通道 mrna二级结构
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H5N1亚型禽流感病毒血凝素裂解位点碱性氨基酸对应mRNA核苷酸的二级结构分析 被引量:4
11
作者 张素霞 王昕 +4 位作者 陈雪峰 王侃 曹槐 张闻 刘次全 《科学通报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期203-209,共7页
以H5N1亚型禽流感病毒(avianin fluenza viruses,AIV)毒株血凝素(hemagglutinin,HA)蛋白裂解位点碱性氨基酸为研究对象,研究其密码子的偏好性及对应mRNA序列折叠二级结构的特点.将mRNA样本按照序列等步长递增的方法,用RNAstructure 4.1... 以H5N1亚型禽流感病毒(avianin fluenza viruses,AIV)毒株血凝素(hemagglutinin,HA)蛋白裂解位点碱性氨基酸为研究对象,研究其密码子的偏好性及对应mRNA序列折叠二级结构的特点.将mRNA样本按照序列等步长递增的方法,用RNAstructure 4.1程序预测这些样本的动态延伸折叠二级结构.结果表明,裂解位点的碱性氨基酸对富含腺嘌呤(A)的密码子有强烈偏好;与碱性氨基酸对应的mRNA片段上的核苷酸主要位于折叠二级结构的单链环区,极少数位于配对螺旋区.此外,本研究还从理论上提出了防治H5N1亚型AIV感染的对策,考虑以位于环区的mRNA核苷酸,运用RNAi的方法阻止H5N1亚型AIV的HA的表达。 展开更多
关键词 禽流感 血凝素 裂解位点 动态折叠 mrna二级结构
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人β神经生长因子基因稀有密码子及mRNA二级结构对其在大肠杆菌中表达的影响 被引量:3
12
作者 欧晓敏 李少华 +5 位作者 刘农乐 孙卫国 赵强 丁红梅 王芳 邵宁生 《生物技术通讯》 CAS 2011年第6期789-792,共4页
目的:研究人β神经生长因子(β-NGF)基因中稀有密码子及其mRNA二级结构对其在大肠杆菌中表达量的影响。方法:根据对人β-ngf中稀有密码子及其mRNA二级结构的研究,同义突变人β-ngf基因,通过PCR得到人β-ngf的5'端同义突变基因rh-β-... 目的:研究人β神经生长因子(β-NGF)基因中稀有密码子及其mRNA二级结构对其在大肠杆菌中表达量的影响。方法:根据对人β-ngf中稀有密码子及其mRNA二级结构的研究,同义突变人β-ngf基因,通过PCR得到人β-ngf的5'端同义突变基因rh-β-ngfp32和全同义突变基因rh-β-ngfmu,将这2个序列克隆入载体pET3a中,得到重组质粒pET3a-ngfp32和pET3a-ngfmu,分别转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态,IPTG诱导表达,收集菌体,SDS-PAGE检测其表达量的改变。结果:构建的pET3a-ngfp32和pET3a-ngfmu表达载体酶切和测序结果正确,SDS-PAGE结果显示,与在重组菌pET3a-NGF总蛋白中的表达量相比,目的蛋白rh-β-NGF在重组菌pET3a-NGFP32和pET3a-NGFmu中的表达量均明显增高,并且在重组菌pET3a-NGFmu中的表达量高于重组菌pET3a-NGFP32。结论:目的蛋白rh-β-NGF在重组菌pET3a-NGFP32和pET3a-NGFmu中表达量的增高,说明人β-ngf基因中稀有密码子和mRNA的二级结构对其在大肠杆菌中的表达有较为明显的影响,结果为构建rh-β-NGF的大肠杆菌工程菌株奠定了基础。 展开更多
关键词 人β神经生长因子 稀有密码子 mrna二级结构 大肠杆菌
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Taq plusⅠ DNA聚合酶的反转录活性 被引量:2
13
作者 牛冬 赵艳 +2 位作者 阮晖 何国庆 傅衍 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期57-58,共2页
选择具有高保真性的Taq plusⅠ DNA聚合酶,以小鼠表皮生长因子mRNA为模板研究其反转录性能。对cD-NA的检验结果表明,Taq plusⅠ DNA聚合酶在72℃下有良好的反转录活性,且由于其高保真性,故在进行反转录时既可避免碱基错配,又可避免在低... 选择具有高保真性的Taq plusⅠ DNA聚合酶,以小鼠表皮生长因子mRNA为模板研究其反转录性能。对cD-NA的检验结果表明,Taq plusⅠ DNA聚合酶在72℃下有良好的反转录活性,且由于其高保真性,故在进行反转录时既可避免碱基错配,又可避免在低温下用AMV反转录酶或Mulv反转录酶进行反转录时可能造成的cDNA序列缺失。 展开更多
关键词 TAQ plusⅠDNA聚合酶 反转录PCR mrna二级结构
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Yeast基因下游二级结构与多聚腺苷作用信号 被引量:3
14
作者 张静 石秀凡 刘次全 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第4期523-527,共5页
形成真核生物mRNA 3′末端的多聚腺苷 (poly (A) )作用涉及前体mRNA下游的三个元件 :效率元件(EE)、定位元件 (PE)以及实际的剪切和 poly (A)作用位点 ,实验研究提出了一些EE和PE的碱基序列组成 .对 180个Yeast基因下游 (终止密码子后 2... 形成真核生物mRNA 3′末端的多聚腺苷 (poly (A) )作用涉及前体mRNA下游的三个元件 :效率元件(EE)、定位元件 (PE)以及实际的剪切和 poly (A)作用位点 ,实验研究提出了一些EE和PE的碱基序列组成 .对 180个Yeast基因下游 (终止密码子后 2 0 0个碱基 )二级结构进行的详细分析显示 ,约 86 %的EE、 89%的PE与二级结构中碱基非配对的环 (发夹环、膨胀环、内环或多分支环 )区或连接单链区有关 .这个结果提示 ,反式因子对EE和PE的识别和作用在一定程度上有赖于EE和PE的二级结构特征 . 展开更多
关键词 Yeast基因 多聚腺苷作用信号 mrna二级结构 蛋白质合成
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mRNA序列固有特征与翻译延伸速率的统计相关性
15
作者 王哲 张颖 《内蒙古工业大学学报(自然科学版)》 2022年第4期301-308,共8页
统计了酿酒酵母基因组中mRNA密码子使用和茎环结构与翻译延伸速率的相关性。结果表明,所有稀有密码子都具有慢速解码的特点,富含GC比富含AU的密码子解码速度更慢。在密码子水平上,纯茎(环)结构对快慢翻译速率的偏好性不明显,而当一个密... 统计了酿酒酵母基因组中mRNA密码子使用和茎环结构与翻译延伸速率的相关性。结果表明,所有稀有密码子都具有慢速解码的特点,富含GC比富含AU的密码子解码速度更慢。在密码子水平上,纯茎(环)结构对快慢翻译速率的偏好性不明显,而当一个密码子的前2位碱基处于茎结构中,以及第3位碱基处于环结构中时,这类杂合结构显著偏好慢翻译区,上述统计证据支持这样的观点,即mRNA的密码子使用和茎环结构是调节翻译延伸速率的关键因素。 展开更多
关键词 翻译延伸速率 密码子 mrna二级结构 偏好性指数
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DISTRIBUTIONS OF TRIPLET CODONS IN MESSENGER RNA SECONDARY STRUCTURES 被引量:1
16
作者 张静 顾宝洪 +1 位作者 彭守礼 刘次全 《Zoological Research》 CAS CSCD 1998年第5期350-358,共9页
Analysis of the secondary structures of mRNAs which encode mature peptides shows that the location of each codon in mRNA secondary structure has a trend, which appears to be in agreement with the conformational proper... Analysis of the secondary structures of mRNAs which encode mature peptides shows that the location of each codon in mRNA secondary structure has a trend, which appears to be in agreement with the conformational property of the corresponding amino acid to some extent. Most of the codons that encode hydrophobic amino acids are located in stable stem regions of mRNA secondary structures, and vice versa, most of the codons that encode hydrophilic amino acids are located in flexible loop regions. This result supports the recent conclusion that there may be the information transfer between the three dimensional structures of mRNA and the encoded protein. 展开更多
关键词 Triplet codon Amino acid mrna secondary structure
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藤壶cp19k基因mRNA二级结构对其在大肠杆菌中表达的影响 被引量:1
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作者 徐臻臻 刘青 +5 位作者 付文亮 李伍举 邢薇薇 王园园 徐东刚 刘中成 《军事医学》 CAS 北大核心 2019年第6期401-405,共5页
目的探究藤壶cp19k基因5′端mRNA二级结构对其在大肠杆菌中表达的影响。方法通过对3个藤壶物种的cp19k基因(balcp19k、mrcp19k、bicp19k)序列进行分析,并利用大肠杆菌密码子偏好性对其进行优化,将优化后的3个基因序列利用BioSun软件分析... 目的探究藤壶cp19k基因5′端mRNA二级结构对其在大肠杆菌中表达的影响。方法通过对3个藤壶物种的cp19k基因(balcp19k、mrcp19k、bicp19k)序列进行分析,并利用大肠杆菌密码子偏好性对其进行优化,将优化后的3个基因序列利用BioSun软件分析其5′端和3′端的mRNA二级结构和自由能。利用大肠杆菌原核表达系统对3个基因进行表达,并通过SDS-PAGE观察蛋白表达情况。结果3个基因的3′端mRNA二级结构和自由能差异较小;5′端mRNA二级结构相比,balcp19k结构相对简单,自由能较高,mrcp19k和bicp19k二级结构较稳定,自由能较低。SDS-PAGE及Western印迹结果显示,Balcp19k蛋白有表达,而Mrcp19k蛋白和Bicp19k蛋白无表达。结论cp19k基因5′端mRNA二级结构稳定且自由能低不利于蛋白表达。此结果为藤壶cp19k的进一步研究奠定了基础,也为其他外源基因在原核系统中表达提供了借鉴。 展开更多
关键词 cp19k 藤壶胶 基因表达 mrna二级结构 自由能 大肠杆菌 仿生材料
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鸡IL-2全基因和去信号肽基因的酵母表达研究 被引量:1
18
作者 龚婷 李银聚 《郑州牧业工程高等专科学校学报》 2009年第3期1-6,共6页
根据已发表的鸡白介素-2(ChIL-2)cDNA编码基因序列设计三条引物,利用RT-PCR技术从经诱导的卢氏鸡胚脾淋巴细胞中扩增出429bp的ChIL-2全长基因cDNA和363bp去除信号肽的ChIL-2基因cDNA。分别克隆到酵母表达载体pPICZαA中,并分别转化巴斯... 根据已发表的鸡白介素-2(ChIL-2)cDNA编码基因序列设计三条引物,利用RT-PCR技术从经诱导的卢氏鸡胚脾淋巴细胞中扩增出429bp的ChIL-2全长基因cDNA和363bp去除信号肽的ChIL-2基因cDNA。分别克隆到酵母表达载体pPICZαA中,并分别转化巴斯德毕赤酵母X-33中,经甲醇诱导,SDS-PAGE检测,在28kD和24kD处有两条清晰的蛋白带,相同条件下pPICZαA-△SIL-2表达量较高。RNAstructure软件分析表明,pPICZαA-IL-2的序列形成了较为稳定的二级结构,不利于翻译,证明信号肽序列的存在对ChIL-2基因在酵母细胞中的表达有一定的影响。 展开更多
关键词 鸡IL-2 信号肽 酵母表达 mrna二级结构
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冠状病毒同义密码子使用对mRNA二级结构的影响
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作者 黄俏 李瑞芳 +1 位作者 于志芬 李雪 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2015年第6期609-618,共10页
从NCBI中获得了45种冠状病毒的mRNA序列总计416条.分别计算了每条编码序列中相对同义密码子使用度(RSCU),然后预测每条mRNA序列的RNA二级结构,计算相应mRNA茎结构含量、环结构含量、单位平均折叠自由能以及mRNA柔性.由此,建立了冠状病毒... 从NCBI中获得了45种冠状病毒的mRNA序列总计416条.分别计算了每条编码序列中相对同义密码子使用度(RSCU),然后预测每条mRNA序列的RNA二级结构,计算相应mRNA茎结构含量、环结构含量、单位平均折叠自由能以及mRNA柔性.由此,建立了冠状病毒mRNA二级结构数据库.在此基础上,分析每条mRNA序列同义密码子使用度与mRNA二级结构之间的相关性.分析结果表明,有90%的氨基酸所对应的密码子使用度与mRNA茎结构含量显著相关;有75%的氨基酸所对应的密码子使用度与mRNA环结构含量显著相关;有90%的氨基酸所对应的密码子使用度与单位平均折叠自由能显著相关;有85%的氨基酸所对应的密码子使用度与mRNA柔性显著相关.进一步分析发现,同时与茎结构含量和环结构含量都显著相关的密码子,它们的使用度与两种结构含量的相关性截然相反,在所选的参量中,柔性与同义密码子使用度显示出更好的相关性.结果证实,冠状病毒同义密码子的使用对mRNA二级结构存在很大的影响. 展开更多
关键词 冠状病毒 同义密码子使用度 mrna二级结构 折叠自由能 mrna柔性
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新疆多浪羊白细胞介素8 cDNA的克隆测序及其变异SNP的分析 被引量:1
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作者 杨威华 左文斌 +5 位作者 潘辉 贺艳艳 刘书东 徐丽君 王娟娟 李莲瑞 《塔里木大学学报》 2011年第1期1-8,共8页
采集多浪羊的血液,分离白细胞,提取总RNA,用白细胞介素8(IL-8)的引物进行两步法的RT-PCR扩增、克隆与酶切鉴定,测序后进行序列比对,与NM_001009401.1同源性高达99%,初步判定为多浪羊的IL-8编码全长cDNA。通过序列比对,发现多浪羊IL-8的... 采集多浪羊的血液,分离白细胞,提取总RNA,用白细胞介素8(IL-8)的引物进行两步法的RT-PCR扩增、克隆与酶切鉴定,测序后进行序列比对,与NM_001009401.1同源性高达99%,初步判定为多浪羊的IL-8编码全长cDNA。通过序列比对,发现多浪羊IL-8的基因起始密码子上游第七个碱基发生突变,在NM_001009401.1中是T,而在测序的多浪羊的IL-8中是C。对该测序序列进行数据库搜索和序列比对,发现该碱基变异很独特,并对该变异可能对mRNA蛋白翻译的影响进行了初步的分析。 展开更多
关键词 多浪羊 白细胞介素8 SNP 序列分析 mrna二级结构
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