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基于MAFFT的多序列比对最优参数的确定
被引量：
3
1
作者
李满枝
龙海侠
+1 位作者
王洪涛
付海艳
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第7期1668-1674,共7页
多序列比对是生物信息学的一个重要研究内容,比对结果高度依赖于比对工具的参数设置,包括空位罚分(GOP和GEP)以及替换矩阵。本研究基于BAli BASE3.0数据库,应用MAFFT工具(MAFFT-7.220-WIN64 version)进行多序列比对,得出替换矩阵和空位...
多序列比对是生物信息学的一个重要研究内容,比对结果高度依赖于比对工具的参数设置,包括空位罚分(GOP和GEP)以及替换矩阵。本研究基于BAli BASE3.0数据库,应用MAFFT工具(MAFFT-7.220-WIN64 version)进行多序列比对,得出替换矩阵和空位罚分的最优参数组合,从而得到更好的比对结果。实验结果表明,通过与MAFFT(MAFFT-7.220-WIN64 version)、CLUSTALW(CLUSTALW-2.1-WIN)的默认参数比较,根据本研究得出的最优参数组合可以得到比默认参数更优的比对结果。本研究给出的最优参数组合优化了多序列比对结果,具有可行性和高效性。
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关键词
多序列比对
替换矩阵
空位罚分
mafft
比对工具
原文传递
题名
基于MAFFT的多序列比对最优参数的确定
被引量：
3
1
作者
李满枝
龙海侠
王洪涛
付海艳
机构
海南师范大学数学与统计学院
海南师范大学信息与科学学院
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第7期1668-1674,共7页
基金
国家自然科学基金项目(71361008)
海南省自然科学基金项目(20151003
614235)共同资助
文摘
多序列比对是生物信息学的一个重要研究内容,比对结果高度依赖于比对工具的参数设置,包括空位罚分(GOP和GEP)以及替换矩阵。本研究基于BAli BASE3.0数据库,应用MAFFT工具(MAFFT-7.220-WIN64 version)进行多序列比对,得出替换矩阵和空位罚分的最优参数组合,从而得到更好的比对结果。实验结果表明,通过与MAFFT(MAFFT-7.220-WIN64 version)、CLUSTALW(CLUSTALW-2.1-WIN)的默认参数比较,根据本研究得出的最优参数组合可以得到比默认参数更优的比对结果。本研究给出的最优参数组合优化了多序列比对结果,具有可行性和高效性。
关键词
多序列比对
替换矩阵
空位罚分
mafft
比对工具
Keywords
Multiple
sequence
alignment
Substitution
matrix
Gap
penalty
mafft
program
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于MAFFT的多序列比对最优参数的确定
李满枝
龙海侠
王洪涛
付海艳
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2016
3
原文传递
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参考文献
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