重瓣百合LiSEP3基因克隆与表达分析 被引量：14

1

作者 隋娟娟 李晓昕 +4 位作者 杨秋燕 吴泽 曹兴 何俊娜 义鸣放 《南京林业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期42-48,共7页

【目的】克隆百合LiSEP3基因并确定其在百合不同地上器官及不同花瓣中的表达差异,探讨SEP3基因在重瓣花中的表达模式。【方法】利用RACE方法从重瓣百合品种‘比罗尼卡’中克隆得到LiSEP3基因核苷酸序列,利用SMART软件对其蛋白结构进行分... 【目的】克隆百合LiSEP3基因并确定其在百合不同地上器官及不同花瓣中的表达差异,探讨SEP3基因在重瓣花中的表达模式。【方法】利用RACE方法从重瓣百合品种‘比罗尼卡’中克隆得到LiSEP3基因核苷酸序列,利用SMART软件对其蛋白结构进行分析,以MEGA 5.0软件进行系统进化树分析,用基因枪轰击法进行亚细胞定位分析,采用荧光定量PCR进行不同地上器官及不同花瓣中LiSEP3基因表达差异分析。【结果】LiSEP3基因属于MADS-box家族E类基因,其开放阅读框为729 bp,共编码242个氨基酸;LiSEP3基因编码的蛋白具有典型的MADS结构域、K-box区及2个SEP基序;LiSEP3与同为单子叶植物的六出花的SEP3亲缘关系最近;LiSEP3蛋白定位于细胞核中;LiSEP3基因在花中的相对表达量最高,在茎、叶中几无表达;在1~7轮花瓣中均能检测到LiSEP3表达,且位于最内侧的第7轮花瓣中相对表达量最高。【结论】LiSEP3基因属于MADS-box家族E类基因,主要在花中表达,其中在最内侧花瓣中表达量最高,其表达模式与双子叶植物花中SEP3基因表达模式存在不同。 展开更多

关键词 百合 mads-box家族 基因克隆 表达分析 LiSEP3基因

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高粱MADS-box家族基因的鉴定与分析 被引量：6

2

作者 郑玲 谢爱玲 韩建明 《东北农业科学》 北大核心 2019年第5期26-29,共4页

MADS-box家族是一类具有多种生物功能的转录因子,它参与了植物生长发育的各个过程。本研究利用生物信息学方法,从高粱全基因组数据库中筛选并鉴定出98个高粱MADS-box家族成员,并对该家族成员的蛋白理化性质、系统进化树、染色体定位、... MADS-box家族是一类具有多种生物功能的转录因子,它参与了植物生长发育的各个过程。本研究利用生物信息学方法,从高粱全基因组数据库中筛选并鉴定出98个高粱MADS-box家族成员,并对该家族成员的蛋白理化性质、系统进化树、染色体定位、基因结构、基因表达模式等特征进行了全面分析。结果表明98个高粱MADS-box基因包含了42个M-type-MADS基因和56个MIKC-MADS基因。高粱MADS-box家族基因的内含子数目为0~10个不等,不同基因的内含子数目相差很大。这些基因位于1~10号染色体,且分布较为均匀。高粱花发育过程中有28个M-type-MADS基因和55个MIKC-MADS基因转录表达。果实发育过程中有32个M-type-MADS基因和54个MIKC-MADS基因转录表达。 展开更多

关键词 高粱 mads-box家族 生物信息学

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低温胁迫下烟草开花调控基因表达分析 被引量：1

3

作者 姜习振 杨晨凯 +8 位作者 邹湘香 李洋洋 张庆富 任晓敏 晏伟杰 姚未远 贺新颖 胡日生 户正荣 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2023年第3期10-15,共6页

为了探究低温胁迫诱导烟草早花的分子机制,以低温敏感品种云烟87为试验材料,在12℃低温条件下处理烟苗14 d,取茎顶端组织进行烟草开花调控基因分析,并调查统计了烟株中心花开放时间和叶数。结果显示,与对照相比,低温胁迫导致烟株中心花... 为了探究低温胁迫诱导烟草早花的分子机制,以低温敏感品种云烟87为试验材料,在12℃低温条件下处理烟苗14 d,取茎顶端组织进行烟草开花调控基因分析,并调查统计了烟株中心花开放时间和叶数。结果显示,与对照相比,低温胁迫导致烟株中心花开放时间平均提前7 d,叶数平均减少5片。基因表达分析结果表明,低温胁迫下开花调控基因NtMADS4,NtMADS11,NtAP1,NtSOC1,NtFUL,NtNFL1,NtFT1,NtFT3,NtFT4,NtFT5表达水平明显高于对照,在正常环境中恢复生长7~14 d,表达量下降至与对照相近的水平。以上结果表明,低温诱发烟草早花可能与这些基因上调表达有关。 展开更多

关键词 烟草 低温胁迫 早花 mads-box家族 NtFTs 基因表达

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米槠雄花发育相关的转录组和MADS-box家族基因表达特性分析 被引量：3

4

作者 连辉 江淑珍 +2 位作者 熊远芳 沈军 陈世品 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期39-48,共10页

以米槠〔Castanopsis carlesii(Hemsl.)Hayata〕花芽期、半开期和盛花期的雄花为研究材料,利用高通量测序平台构建米槠雄花发育过程的转录组数据库。分别对花芽期与半开期、半开期与盛花期以及花芽期与盛花期进行比较,筛选与雄花发育相... 以米槠〔Castanopsis carlesii(Hemsl.)Hayata〕花芽期、半开期和盛花期的雄花为研究材料,利用高通量测序平台构建米槠雄花发育过程的转录组数据库。分别对花芽期与半开期、半开期与盛花期以及花芽期与盛花期进行比较,筛选与雄花发育相关的差异表达unigenes,并对差异表达unigenes进行功能注释。同时对米槠MADS-box家族基因进行鉴定,分析其在米槠雄花发育3个时期的表达量变化。结果显示:在获得的转录组中,clean reads数为628800000~643700000,高质量总碱基量为6.29~6.44 Gb,Q30碱基百分比均不小于90.67%,GC含量为45.09%~45.39%。花芽期与半开期、半开期与盛花期以及花芽期与盛花期间分别有15086、6770和16150个差异表达unigenes。GO功能注释结果显示:差异表达unigenes主要注释在催化活性、连接和膜等相关的生物过程。KEGG代谢通路注释结果显示:差异表达unigenes主要注释在全局及概要图、碳水化合物代谢、环境适应性和信号转录等相关的代谢通路。说明催化酶在米槠雄花发育过程有重要作用,注释在细胞组分中的差异表达unigenes主要与花粉成熟相关,同时雄花发育受碳水化合物代谢和转录因子的调控。表达量分析发现,米槠type-Ⅱ型MADS-box家族基因在雄花发育过程中的表达具有差异性。SHP和AG基因表达趋势相似,在花芽期表达量较低,半开期和盛花期表达量升高;AP 3基因随着雄花发育表达量逐渐升高;2个MIKC*类同源基因主要在半开期表达;3个AP1/FUL类同源基因在雄花发育3个时期中均有表达,但表达趋势有差异;AGL 6基因在雄花发育3个时期表达量均较高;4个SEP类同源基因在雄花发育中表达量较高,其中,SEP 3基因表达量最高,在雄花发育3个时期的表达量变化不大,其余3个SEP类同源基因均在盛花期表达量升至最高。综合分析结果表明:在米槠雄花转录组中,多数差异表达unigenes的功能与花粉发� 展开更多

关键词 米槠 雄花 转录组 差异表达unigenes mads-box家族基因

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烟草MADS-box家族基因保守片段的克隆与序列分析 被引量：4

5

作者 李元元 杨爱国 +5 位作者 王鲁 罗成刚 贾兴华 刘贯山 苏振刚 王元英 《中国烟草科学》 CSCD 北大核心 2011年第3期21-27,共7页

MADS-box家族基因在植物的生长发育过程中具有重要功能。在烟草生产中出现的早花现象与MADS-box家族基因相关,为了能从烟草中克隆出与开花时间相关的基因,根据不同植物MADS-box家族基因的保守区序列,设计简并引物,采用RT-PCR技术从烟草... MADS-box家族基因在植物的生长发育过程中具有重要功能。在烟草生产中出现的早花现象与MADS-box家族基因相关,为了能从烟草中克隆出与开花时间相关的基因,根据不同植物MADS-box家族基因的保守区序列,设计简并引物,采用RT-PCR技术从烟草品种NC82茎尖中成功分离出27条cDNA片段,长度在122～146 bp之间。序列分析表明,其中有16条具有MADS_MEF2类保守结构域,其推导的氨基酸序列与拟南芥等MADS-box家族基因具有同源性,相似性平均能达到76%,并具有15个保守的氨基酸位点,其中7个位点参与蛋白与DNA的相互作用,4个位点具有蛋白二聚化功能。系统发育分析结果表明,这些保守片段分别和拟南芥9个不同的MADS-box家族基因亚类最近似,其中许多亚家族与成花相关,说明NC82中存在具有调控开花的MADS-box家族基因表达,并可能与NC82低温敏感,易早花特性相关。 展开更多

关键词 烟草 mads-box家族基因 RT-PCR 序列分析

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小麦成熟胚脱分化过程中MADS-box家族基因的表达分析 被引量：1

6

作者 刘海霞 臧鑫 +5 位作者 王帮太 梅兹君 阎丽慧 章慧玉 程玉红 陈军营 《山东农业科学》 2013年第9期1-4,共4页

利用小麦成熟胚脱分化基因芯片对脱分化过程中MADS-box家族基因的表达变化进行研究,检测到MADS-box家族转录因子基因及其靶基因共19个,上调表达基因3个,下调表达基因12个,混合表达基因4个,其中,CA730918、CK213813、BE417035、BJ276784... 利用小麦成熟胚脱分化基因芯片对脱分化过程中MADS-box家族基因的表达变化进行研究,检测到MADS-box家族转录因子基因及其靶基因共19个,上调表达基因3个,下调表达基因12个,混合表达基因4个,其中,CA730918、CK213813、BE417035、BJ276784、CA726603可能在小麦脱分化过程中意义重大。利用半定量RT-PCR技术对CA670406、CK213813、CA679889、AB107992和BJ228622基因的表达变化进行验证,结果与基因芯片检测结果相似。 展开更多

关键词 mads—box家族 转录因子基因 脱分化 基因芯片

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向日葵MADS-Box基因HAM23-like克隆和表达分析 被引量：1

7

作者 苏周 吴雨 +4 位作者 雷豆 韦小英 何卓远 杨军 邹建 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期423-431,共9页

为了解MADS-box基因在向日葵(Helianthus annuus)花发育过程中的作用,采用RT-PCR技术克隆了1个MADS-box基因新成员HAM23-like,开放阅读框为831bp,编码276个氨基酸,相对分子量为30.52k D,理论等电点为9.42。系统发育分析表明,HAM23-like... 为了解MADS-box基因在向日葵(Helianthus annuus)花发育过程中的作用,采用RT-PCR技术克隆了1个MADS-box基因新成员HAM23-like,开放阅读框为831bp,编码276个氨基酸,相对分子量为30.52k D,理论等电点为9.42。系统发育分析表明,HAM23-like与拟南芥的AGL18聚于同一分支,具有较近的亲缘关系。qRT-PCR分析表明,HAM23-like基因在花和成熟果实(籽粒饱满期)中的表达量较高;HAM23-like在开花当天的雄蕊中的表达量最高;随着花的发育,HAM 23-like表达量逐渐升高,在开花后5 d (果实形成早期)达到最高表达水平。因此,推断HAM23-like基因可能与向日葵花器官后期发育和瘦果早期发育相关。 展开更多

关键词 向日葵 mads-box家族 HAM23-like基因 花发育

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黄瓜MADS-box基因家族生物信息学分析及CsMADS-box AGL62的克隆

8

作者 赵阳 周秀艳 +1 位作者 辛明 秦智伟 《中国蔬菜》 北大核心 2018年第11期22-31,共10页

分别以全雌系D1104-2-4、强雌系D1158♀-2、雌雄异花同株D0528-2为母本,与1个雌雄异花同株父本D0708-2杂交获得杂种一代,调查开花初期、根瓜期、盛果期3个时期雌性相关农艺性状,筛选出差异显著的组合进行转录组测序分析进而分析黄瓜杂... 分别以全雌系D1104-2-4、强雌系D1158♀-2、雌雄异花同株D0528-2为母本,与1个雌雄异花同株父本D0708-2杂交获得杂种一代,调查开花初期、根瓜期、盛果期3个时期雌性相关农艺性状,筛选出差异显著的组合进行转录组测序分析进而分析黄瓜杂交组合间MADS-box家族的差异基因。结果表明:以全雌系D1104-2-4为母本的杂种一代C15-114在雌花数、雌花节率上均具有超亲优势,3个杂交组合F1均具有早熟的中亲优势。转录组分析结果发现,以全雌系D1104-2-4为母本的杂种一代基因表达情况显著的偏向母本,挑选的37个黄瓜MADS-box家族基因只有6个与母本有表达差异,17个与父本有表达差异。生物信息学分析并命名了1个差异最显著的基因Cs MADS-box AGL62,该基因全长745 bp,编码187个氨基酸,编码的蛋白属于线粒体中不稳定的亲水性跨膜蛋白,NCBI比对结果表明该蛋白是1个转录因子,系统进化分析发现其与甜瓜中AGL62同源性最高,在黄瓜中该蛋白和其他黄瓜AGL62亚型属于同一分支并且属于I型。 展开更多

关键词 雌性分化 mads-box家族 Csmads-boxAGL62基因 生物信息学分析

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葡萄MADS-box转录因子家族全基因组鉴定及表达分析 被引量：7

9

作者 黄晓婧 张珺 +4 位作者 夏惠 邓群仙 王进 吕秀兰 梁东 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1882-1896,共15页

从葡萄基因组中共鉴定出54个MADS-box基因,其中Type-Ⅰ型10个,Type-Ⅱ型44个,分布于15条染色体中,编码的蛋白质序列为62~596个氨基酸,外显子数1~16个。启动子区含有大量光信号、植物激素、胁迫和分生组织等相关功能域。根据实时荧光定量... 从葡萄基因组中共鉴定出54个MADS-box基因,其中Type-Ⅰ型10个,Type-Ⅱ型44个,分布于15条染色体中,编码的蛋白质序列为62~596个氨基酸,外显子数1~16个。启动子区含有大量光信号、植物激素、胁迫和分生组织等相关功能域。根据实时荧光定量RT-PCR的结果发现,SEP、FUL、FLC、SVP、SOC1和ANR1亚类基因随叶片生长表达水平逐步升高,在成熟叶中最高,衰老叶片中下降;果实第1次膨大期和果实转色期是SEP、SOC1和ANR1亚类基因的两个表达高峰期;单氰胺处理诱导SVP、AGL15、SOC1、AP3/PI、AGL12和FLC亚类基因在休眠过程中表达量持续上升,在休眠解除过程表达量下降。 展开更多

关键词 葡萄 mads-box家族 基因表达 休眠 单氰胺

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灰毡毛忍冬MADS-box基因家族鉴定与CMB1基因克隆

10

作者 付学森 刘紫璇 +4 位作者 王玲 龙雨青 曾娟 周日宝 刘湘丹 《湖南中医药大学学报》 CAS 2024年第3期383-394,共12页

目的鉴定灰毡毛忍冬Lonicera macranthoides MADS-box家族基因并进行生物信息学分析与表达模式验证,克隆湘蕾型和野生型灰毡毛忍冬MADS-box家族成员CMB1全长。方法基于转录组数据,利用在线工具对灰毡毛忍冬MADS-box进行生物信息学分析,... 目的鉴定灰毡毛忍冬Lonicera macranthoides MADS-box家族基因并进行生物信息学分析与表达模式验证,克隆湘蕾型和野生型灰毡毛忍冬MADS-box家族成员CMB1全长。方法基于转录组数据,利用在线工具对灰毡毛忍冬MADS-box进行生物信息学分析,并利用qRT-PCR验证MADS-box基因在不同品种中的表达模式,通过RT-PCR、RACE技术克隆湘蕾型和野生型灰毡毛忍冬CMB1基因全长。结果28个灰毡毛忍冬MADS-box蛋白长度为89~359 aa,碱性蛋白占比85.7%,不稳定蛋白占比96.4%,亲水性蛋白占比96.4%,均定位于细胞核,均为无跨膜结构的非分泌蛋白。转录组显示,与野生型比较,湘蕾型中28个MADS-box基因有17.86%表达下调,MIKCC型基因中有18.75%表达下调。克隆得到在两个品种的灰毡毛忍冬花中高度特异性表达的CMB1基因全长,均包含一个738 bp的ORF,编码245个氨基酸。CMB1基因在两个品种的花中表达量存在显著差异(P<0.01),且与茎、叶相比,在花中高度特异性表达(P<0.01)。结论基于灰毡毛忍冬转录组数据,鉴定了28个MADS-box家族基因,克隆得到湘蕾型与野生型灰毡毛忍冬CMB1基因全长,为进一步研究灰毡毛忍冬花发育、优良表型形成的分子机制提供研究基础与理论依据。 展开更多

关键词 灰毡毛忍冬 mads-box基因家族 表达分析 CMB1基因 基因克隆 表型变异

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辣椒MADS-box基因家族的鉴定及表达分析 被引量：1

11

作者 杨光彬 王瑾 +5 位作者 陈恺琳 单庆云 崔苏菲 熊程 邹学校 刘峰 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期558-566,共9页

利用辣椒的全基因组数据鉴定到104个MADS–box基因,对它们的理化性质、染色体定位、系统进化关系、蛋白保守基序和组织表达水平进行分析。结果表明:辣椒MADS–box基因家族各成员在染色体上的分布不均,理化性质差异较大,104个家族成员编... 利用辣椒的全基因组数据鉴定到104个MADS–box基因,对它们的理化性质、染色体定位、系统进化关系、蛋白保守基序和组织表达水平进行分析。结果表明:辣椒MADS–box基因家族各成员在染色体上的分布不均,理化性质差异较大,104个家族成员编码的氨基酸长度为100~567 aa,蛋白相对分子质量为11203.9~63559.7,蛋白理论等电点(PI)为4.63~10.46,系统进化树分析结果表明,辣椒MADS–box基因家族可分为2大类,与拟南芥和番茄的进化关系类似;组织表达水平分析结果表明,CaMADSs主要在花、果实和种子中表达,在叶片中表达量相对较低,推测MADS–box基因可能参与调控果实的发育和成熟。 展开更多

关键词 辣椒 mads–box基因家族 基因表达

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烟草MADS-box基因家族鉴定及其腋芽发育相关基因表达分析 被引量：1

12

作者 潘志演 唐博希 +3 位作者 田慧源 范吴蔚 彭剑涛 刘国琴 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2022年第7期2217-2232,共16页

MADS-box基因是调节植物芽生长发育的一类重要的转录调控因子。本研究基于烟草全基因组数据,对烟草(Nicotiana tabacum)MADS-box基因进行了鉴定,并对其理化性质、进化关系、基因结构和保守基序分析,采用RT-qPCR的方法分析了6个MADS-box... MADS-box基因是调节植物芽生长发育的一类重要的转录调控因子。本研究基于烟草全基因组数据,对烟草(Nicotiana tabacum)MADS-box基因进行了鉴定,并对其理化性质、进化关系、基因结构和保守基序分析,采用RT-qPCR的方法分析了6个MADS-box基因在不同组织的表达特性和腋芽发育过程的表达变化。结果表明,烟草全基因组中有183个烟草MADS-box成员,其CDS序列在321~1602 bp之间;烟草MADS-box基因分为Type-Ⅰ型(Mα和Mγ)和Type-Ⅱ型(MIKC*和MIKCc)。系统发育树分析发现,NtMADS3、NtMADS25、NtMADS130编码的氨基酸序列与拟南芥(Arabidopsis thaliana)的SVP和AGL24具有较高的同源性,NtMADS53、NtMADS84、NtMADS29编码的氨基酸序列与番茄(Solanum lycopersicum)腋芽发育相关基因SIMBP11有较高的同源性。RT-qPCR结果发现,NtMADS3、NtMADS25、NtMADS29、NtMADS53、NtMADS84和NtMADS130在腋芽中的表达量较高,且其表达量与腋芽生长显著相关。可见,NtMADS3、NtMADS25、NtMADS29、NtMADS53、NtMADS84和NtMADS130可能参与调控烟草腋芽的生长。本研究为进一步深入研究MADS-box基因在烟草腋芽发育中的作用提供了一定的参考信息。 展开更多

关键词 烟草 mads-box基因家族 腋芽 基因表达

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枣ZjMADS1-box基因克隆与表达分析 被引量：2

13

作者 段经华 张琳 +3 位作者 李芳东 杜红岩 袁德义 马履一 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期2374-2382,共9页

以‘金丝4号’枣花蕾和叶片为材料,通过抑制消减杂交文库(SSH文库)的构建、RACE技术和半定量RT-PCR等方法,克隆了枣花发育基因并研究了其时空表达模式,为枣花发育机理研究奠定基础。结果表明:(1)从枣花SSH文库中鉴定出476bp的花发育B类P... 以‘金丝4号’枣花蕾和叶片为材料,通过抑制消减杂交文库(SSH文库)的构建、RACE技术和半定量RT-PCR等方法,克隆了枣花发育基因并研究了其时空表达模式,为枣花发育机理研究奠定基础。结果表明:(1)从枣花SSH文库中鉴定出476bp的花发育B类PISTILLATA(PI)基因的EST序列,命名为ZjMADS1-box;通过RACE技术获得了枣ZjMADS1-box基因的全长cDNA序列。(2)枣ZjMADS1-box基因表现出PI基因的序列结构特征。其全长cDNA长度为957bp,编码220个氨基酸残基;在氨基酸序列水平上,该基因与巨桉EgM2(Eu-calyptus grandis M2)和白千层MqPI(Melaleuca quinquenervia PI)的相似性最高为72.6%,与辣椒CaPI(Capsi-cum annuum PI)的相似性最低为61.8%;系统进化树分析显示,枣ZjMADS1-box与MqPI和EgM2基因聚在一起;枣ZjMADS1-box基因编码蛋白的等电点为9.75,分子量为25 587.5Da,属亲水性的非分泌性蛋白。(3)Zj-MADS1-box基因在花器官中特异表达,在嫩茎、成熟叶、腋芽等营养器官中不表达;在4月30日和5月8日花蕾中的表达量略高于5月4日、5月12日、5月16日的表达量,但差异不显著。 展开更多

关键词 枣 mads-box基因家族 PI基因 抑制消减杂交文库 快速扩增CDNA末端

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