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题名肺鳞状细胞癌中甲基化调控基因及其临床意义
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作者
徐祥
席德双
徐谊
杨日荣
潘泓
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机构
广西医科大学附属肿瘤医院胸瘤外科
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出处
《广西医学》
CAS
2019年第14期1798-1802,共5页
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基金
国家自然科学基金(81402306,81360312)
广西自然科学基金(2018GXNSFAA281211)
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文摘
目的筛选肺鳞状细胞癌(LUSC)中受甲基化调控的基因,并分析其临床意义。方法从癌症和肿瘤基因图谱数据库中,下载338例LUSC组织和38例正常肺组织mRNA测序数据及DNA甲基化数据。采用R语言软件处理mRNA表达数据,筛选出差异表达基因(DEG),再运用受试者工作特征(ROC)曲线评估DEG鉴别LUSC组织和正常肺组织的效能,筛选出候选基因。使用minfi软件包分析TCGA数据库中甲基化数据,筛选出差异甲基化位点。利用MEXPRESS数据可视化工具,分析候选基因表达与其启动子区域DNA甲基化位点之间的相关性,筛选出与甲基化相关的目的基因及其位点。应用实时荧光定量PCR,检测21例LUSC患者癌组织及相应癌旁正常肺组织中目的基因的表达水平。结果筛选出目的基因SOX15及其cg01029592与cg13159929两位点。338例LUSC患者组织中SOX15mRNA相对表达量高于38例正常肺组织中的表达量(log2FC=4.758,P<0.001)。ROC曲线分析结果显示,SOX15高表达对鉴别LUSC组织和正常肺组织具有较高效能(曲线下面积为0.910,P<0.001)。位点cg01029592、cg13159929在LUSC组织中甲基化水平均低于正常肺组织(P<0.05)。在LUSC组织中SOX15的表达与cg01029592及cg13159929位点的甲基化水平呈负相关(均P<0.05)。位点cg01029592、cg12615880高甲基化水平者的总体生存率均高于低甲基化水平者(P<0.05)。实时荧光定量PCR结果显示,LUSC组织的SOX15mRNA的相对表达量高于癌旁正常组织(P<0.05)。结论SOX15或可成为LUSC肿瘤特异性标志物。SOX15启动子区低甲基化可能导致其mRNA高表达,并且与LUSC预后相关。
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关键词
肺鳞状细胞癌
SOX15
cg01029592位点
cg13159929位点
cg12615880位点
筛选
预后
甲基化
癌症和肿瘤基因图谱
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Keywords
Lung squamous cell carcinoma
SOX15
locus cg01029592
locus cg13159929
locus cg12615880
Screening
Prognosis
Methylation
The Cancer Genome Atlas
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分类号
R734.2
[医药卫生—肿瘤]
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