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唾液乳杆菌CICC23174株全基因组测序及功能分析
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作者 王丽屏 邓玲聪 +2 位作者 王大红 王茂鹏 尹革芬 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期290-297,共8页
为探究唾液乳杆菌CICC23174株的生物学特性和基因功能,本研究以从鸡肠道分离得到的唾液乳杆菌CICC23174株为研究对象,通过使用二代测序平台HiSeq2000进行测序,利用多种生物学信息软件对原始数据进行组装和优化,并对其基因信息进行功能... 为探究唾液乳杆菌CICC23174株的生物学特性和基因功能,本研究以从鸡肠道分离得到的唾液乳杆菌CICC23174株为研究对象,通过使用二代测序平台HiSeq2000进行测序,利用多种生物学信息软件对原始数据进行组装和优化,并对其基因信息进行功能注释、细菌素和信号肽预测、基因共线性比较和分子进化树分析。基因预测结果表明,唾液乳杆菌CICC23174株基因组大小为203542 bp,GC含量约为32.84%,基因组特征显示其编码基因1890个,含有3个细菌素和50个信号肽。重要的是,唾液乳杆菌CICC23174株含有27个特有基因,构成4个系统分别为Ⅰ型-CRISPR-Cas基因防御系统、Ⅱ型毒素-抗毒素系统、肿瘤抑制基因和蛋白分泌途径。而且基因共线性分析发现CICC23174株与模式菌株UCC118唾液乳杆菌最为相似,但是16S rRNA分子进化树结果表明CICC23174株与唾液乳杆菌FZJTZ9M6株遗传距离较近。本研究结果为丰富唾液乳杆菌的物种进化库,挖掘唾液乳杆菌潜在的益生功能奠定了基础。 展开更多
关键词 唾液乳杆菌cicc23174株 基因组学 生物信息学 功能注释 细菌素 基因共线性分析
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