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题名陆地棉LTPG基因家族的全基因组鉴定及表达分析
被引量：1
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作者
吴翠翠
肖水平
夏芝
任文斌
任翔
张先亮
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机构
山西农业大学棉花研究所
江西省经济作物研究所
中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室
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出处
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2023年第1期1-16,共16页
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基金
山西省自然科学研究面上项目(202103021224133)
棉花生物学国家重点实验室开放课题(CB2022A16)
+1 种基金
山西省重点实验室开放基金计划(MHKF202103)
新疆维吾尔自治区博士后和高层次人才柔性人才(RSSQ00066509)。
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文摘
【目的】从陆地棉全基因组范围内鉴定糖基磷脂酰肌醇锚定的脂质转运蛋白(glycosylphosphatidylinositol-anchored lipid transfer protein,LTPG)基因,为后续研究提供支撑。【方法】利用生物信息学方法从陆地棉TM-1基因组中筛选鉴定LTPG基因家族成员,并对其编码蛋白的理化性质、系统进化关系、基因复制、基因结构和启动子区的顺式作用元件等进行预测分析。利用转录组数据结合实时定量聚合酶链式反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)分析LTPG基因在不同组织器官和非生物胁迫下的表达模式。在烟草叶片中采用瞬时转化法检测目标蛋白的亚细胞定位情况。【结果】在陆地棉基因组中共鉴定到95个GhLTPG基因,系统发育分析将这些GhLTPG蛋白聚为5类。片段复制是GhLTPG基因家族扩张的主要原因。Ka/Ks分析表明GhLTPG基因经历了强烈的纯化选择。转录组数据分析表明,部分GhLTPG基因响应低温、高温、盐和干旱胁迫。表达分析结果显示,Gh LTPG11/14/52/62基因响应低温、高温、盐及干旱胁迫,GhLTPG24/56响应低温、盐及干旱胁迫。亚细胞定位试验表明,GhLTPG24和GhLTPG62蛋白均定位于细胞膜。【结论】在陆地棉中鉴定到95个GhLTPG基因,部分GhLTPG基因响应低温、高温、盐和干旱等非生物胁迫,为深入解析GhLTPG基因功能奠定了基础。
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关键词
陆地棉
ltpg
基因家族
系统进化
表达模式
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Keywords
cotton
ltpg
gene family
phylogeny
expression pattern
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分类号
S562
[农业科学—作物学]
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题名棉花LTPG基因家族的蛋白结构与基因表达分析
被引量：1
- 2
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作者
邓婷
王劲
王俊
周玉梅
左开井
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机构
上海交通大学农业与生物学院
中国农科院生物技术研究所
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出处
《中国农业科技导报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第2期49-57,共9页
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基金
国家转基因生物新品种培育重大专项(2013ZX08005-003)
国家自然基金项目(31071458)资助
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文摘
大量研究表明脂类化合物参与了棉花纤维的起始与伸长发育,GPI锚定的脂质转运蛋白(LTPG)是脂类细胞器之间运输的候选蛋白,对雷蒙德棉(D组)的LTPG家族的蛋白质结构与基因表达进行了分析。结果发现:LTPG基因家族可以分为8个亚类;不同亚类的蛋白的保守半胱氨酸残基位置/分布等具有显著特征;LTPG基因的启动子具有MYB等多种转录因子结合元件以及多种激素应答元件;LTPG基因家族在纤维发育过程中存在着3种不同的表达模式。上述结果表明LTPG基因家族可能参与棉花纤维起始与伸长发育,其功能值得深入分析。
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关键词
纤维伸长发育
脂质
脂质转运蛋白(ltpg)
表达分析
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Keywords
cotton fiber elongation
Lipid
ltpg
expression analysis
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分类号
Q78
[生物学—分子生物学]
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