目的构建膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma,BUC)尿液差异蛋白数据集,筛选核心差异蛋白并初步验证。方法于2015年1月至2016年11月在天津医科大学第二医院泌尿外科住院病房,采集膀胱上皮癌患者术前尿液标本78例,其中男性55人...目的构建膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma,BUC)尿液差异蛋白数据集,筛选核心差异蛋白并初步验证。方法于2015年1月至2016年11月在天津医科大学第二医院泌尿外科住院病房,采集膀胱上皮癌患者术前尿液标本78例,其中男性55人,女性23人,年龄(68.9±6.6)岁。同时收集51例健康志愿者尿液标本用于对照组分析,其中男性34人,女性17人,年龄(60.6±11.0)岁。采用同位素相对标记和绝对定量技术(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)对BUC组混合尿液样本4例和对照组混合尿液样本2例,共6例尿液混合标本进行比较蛋白质组学研究,找出两组间的尿液差异蛋白,选取差异倍数前20的差异蛋白进行质谱多反应监测(multiple reaction monitoring,MRM)技术验证;应用R语言cluster profiler包等进行差异蛋白的京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析、应用R语言的org.Hs.eg.db包等进行基因本体(Gene ontology,GO)分析,初步选取有意义的差异蛋白,构建BUC尿液差异蛋白数据集。应用R语言绘制蛋白间相互作用(protein protein interaction,PPI)图,筛选核心差异蛋白。用酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)验证核心差异蛋白在尿液中的差异存在。结果通过分析得到101个BUC尿液差异蛋白,其中37个蛋白表达上调,64个蛋白表达下调。MRM检测到10个差异蛋白;KEGG分析显示差异蛋白显著富集在其他聚糖降解,补体和凝血级联这两个代谢通路,包含11个差异蛋白;GO分析显示差异蛋白主要参与细胞黏附分子结合、羧酸结合、有机酸结合、糖胺聚糖结合、肽链内切酶激活等生物过程,涉及54个差异蛋白;三者共同构成BUC尿液差异蛋白数据集,包括69个蛋白。通过蛋白互作分析筛选出APOE和APOA4为核心差异蛋白。ELISA结果显示:BUC组和对照组的APOE平均浓度分别为0.55和0.30 pg/mL。BUC组和�展开更多
目的使用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)蛋白组学技术分析男性痛风患者和正常对照组尿液中的差异蛋白质特征谱,为今后进一步研究打下基础。方法收集男性痛风患者和体检中心健...目的使用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)蛋白组学技术分析男性痛风患者和正常对照组尿液中的差异蛋白质特征谱,为今后进一步研究打下基础。方法收集男性痛风患者和体检中心健康男性尿液标本各6例,应用iTRAQ技术对样本进行鉴定,对获得的全部蛋白进行生物信息学分析。结果(1)两组共筛选出1980个蛋白。取差异倍数≥1.5或≤0.67为筛选标准,共筛选出差异蛋白226个,其中上调差异蛋白120个,下调差异蛋白106个;(2)基于本体论(gene ontology,GO)分析显示差异蛋白主要参与炎症反应、免疫反应和对细菌的防御反应;(3)KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析差异蛋白主要富集在甘油磷脂代谢、肾素-血管紧张素系统和矿物吸收三个代谢途径。结论痛风组与正常组对差异表达蛋白进行KEGG信号通路富集分析,发现主要富集在脂代谢、肾素-血管紧张素系统和矿物吸收三条分子信号通路。展开更多
目的运用生物信息学方法研究锌指蛋白7(zinc finger protein 7,ZNF7)基因及其共表达基因在乳腺癌发生发展过程中的作用。方法通过GeneCards及PubMeb数据库分析ZNF7基因的已知功能;通过UALCAN网站分析ZNF7在乳腺癌患者中的表达情况,以及...目的运用生物信息学方法研究锌指蛋白7(zinc finger protein 7,ZNF7)基因及其共表达基因在乳腺癌发生发展过程中的作用。方法通过GeneCards及PubMeb数据库分析ZNF7基因的已知功能;通过UALCAN网站分析ZNF7在乳腺癌患者中的表达情况,以及年龄、性别等因素对其表达的影响;通过Kaplan Meier-Plotter工具绘制ZNF7的生存曲线;利用LinkedOmics网站研究ZNF7的共表达基因,并对它们进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析;通过STRING数据库分析ZNF7的蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络及其功能。结果ZNF7可能通过转录调控发挥炎症抑制和细胞保护活性,是特定肿瘤中强大的预后标志物,但其在乳腺癌中的角色尚不明确;ZNF7高表达患者生存率明显高于低表达患者,但其表达不受年龄、性别等因素的影响。GO富集结果显示,ZNF7正向共表达基因主要参与核糖核蛋白的生物合成、染色体分离、DNA复制等生物学过程,定位于细胞核,并与DNA及RNA的催化活性、解螺旋酶活性、单链DNA及mRNA结合等分子功能相关;KEGG通路富集表明,ZNF7主要涉及真核生物核糖体生物合成、剪接体、RNA转运、细胞周期、同源重组等通路。在PPI中,核因子κB激酶调节亚基γ抑制剂(inhibitor of nuclear factor kappa B kinase regulatory subunit gamma,IKBKG)和氧化应激诱导生长抑制剂家族成员2(oxidative stress induced growth inhibitor family member 2,OSGIN2)分别参与细胞凋亡和分裂;核糖体蛋白S7(ribosomal protein S7,RPS7)与核糖体蛋白L8(ribosomal protein L8,RPL8)参与核糖体生物合成;烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶4(nicotinamide adenine dinucleotide phosphate oxidase 4,NOX4)有助于超氧化物的产生。结论ZNF7可能通过参与乳腺癌患者体内多条信号通路的网络调控,从而影响乳腺癌的发生和发展。展开更多
文摘目的构建膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma,BUC)尿液差异蛋白数据集,筛选核心差异蛋白并初步验证。方法于2015年1月至2016年11月在天津医科大学第二医院泌尿外科住院病房,采集膀胱上皮癌患者术前尿液标本78例,其中男性55人,女性23人,年龄(68.9±6.6)岁。同时收集51例健康志愿者尿液标本用于对照组分析,其中男性34人,女性17人,年龄(60.6±11.0)岁。采用同位素相对标记和绝对定量技术(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)对BUC组混合尿液样本4例和对照组混合尿液样本2例,共6例尿液混合标本进行比较蛋白质组学研究,找出两组间的尿液差异蛋白,选取差异倍数前20的差异蛋白进行质谱多反应监测(multiple reaction monitoring,MRM)技术验证;应用R语言cluster profiler包等进行差异蛋白的京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析、应用R语言的org.Hs.eg.db包等进行基因本体(Gene ontology,GO)分析,初步选取有意义的差异蛋白,构建BUC尿液差异蛋白数据集。应用R语言绘制蛋白间相互作用(protein protein interaction,PPI)图,筛选核心差异蛋白。用酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)验证核心差异蛋白在尿液中的差异存在。结果通过分析得到101个BUC尿液差异蛋白,其中37个蛋白表达上调,64个蛋白表达下调。MRM检测到10个差异蛋白;KEGG分析显示差异蛋白显著富集在其他聚糖降解,补体和凝血级联这两个代谢通路,包含11个差异蛋白;GO分析显示差异蛋白主要参与细胞黏附分子结合、羧酸结合、有机酸结合、糖胺聚糖结合、肽链内切酶激活等生物过程,涉及54个差异蛋白;三者共同构成BUC尿液差异蛋白数据集,包括69个蛋白。通过蛋白互作分析筛选出APOE和APOA4为核心差异蛋白。ELISA结果显示:BUC组和对照组的APOE平均浓度分别为0.55和0.30 pg/mL。BUC组和�
文摘目的使用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)蛋白组学技术分析男性痛风患者和正常对照组尿液中的差异蛋白质特征谱,为今后进一步研究打下基础。方法收集男性痛风患者和体检中心健康男性尿液标本各6例,应用iTRAQ技术对样本进行鉴定,对获得的全部蛋白进行生物信息学分析。结果(1)两组共筛选出1980个蛋白。取差异倍数≥1.5或≤0.67为筛选标准,共筛选出差异蛋白226个,其中上调差异蛋白120个,下调差异蛋白106个;(2)基于本体论(gene ontology,GO)分析显示差异蛋白主要参与炎症反应、免疫反应和对细菌的防御反应;(3)KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析差异蛋白主要富集在甘油磷脂代谢、肾素-血管紧张素系统和矿物吸收三个代谢途径。结论痛风组与正常组对差异表达蛋白进行KEGG信号通路富集分析,发现主要富集在脂代谢、肾素-血管紧张素系统和矿物吸收三条分子信号通路。
文摘目的运用生物信息学方法研究锌指蛋白7(zinc finger protein 7,ZNF7)基因及其共表达基因在乳腺癌发生发展过程中的作用。方法通过GeneCards及PubMeb数据库分析ZNF7基因的已知功能;通过UALCAN网站分析ZNF7在乳腺癌患者中的表达情况,以及年龄、性别等因素对其表达的影响;通过Kaplan Meier-Plotter工具绘制ZNF7的生存曲线;利用LinkedOmics网站研究ZNF7的共表达基因,并对它们进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析;通过STRING数据库分析ZNF7的蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络及其功能。结果ZNF7可能通过转录调控发挥炎症抑制和细胞保护活性,是特定肿瘤中强大的预后标志物,但其在乳腺癌中的角色尚不明确;ZNF7高表达患者生存率明显高于低表达患者,但其表达不受年龄、性别等因素的影响。GO富集结果显示,ZNF7正向共表达基因主要参与核糖核蛋白的生物合成、染色体分离、DNA复制等生物学过程,定位于细胞核,并与DNA及RNA的催化活性、解螺旋酶活性、单链DNA及mRNA结合等分子功能相关;KEGG通路富集表明,ZNF7主要涉及真核生物核糖体生物合成、剪接体、RNA转运、细胞周期、同源重组等通路。在PPI中,核因子κB激酶调节亚基γ抑制剂(inhibitor of nuclear factor kappa B kinase regulatory subunit gamma,IKBKG)和氧化应激诱导生长抑制剂家族成员2(oxidative stress induced growth inhibitor family member 2,OSGIN2)分别参与细胞凋亡和分裂;核糖体蛋白S7(ribosomal protein S7,RPS7)与核糖体蛋白L8(ribosomal protein L8,RPL8)参与核糖体生物合成;烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶4(nicotinamide adenine dinucleotide phosphate oxidase 4,NOX4)有助于超氧化物的产生。结论ZNF7可能通过参与乳腺癌患者体内多条信号通路的网络调控,从而影响乳腺癌的发生和发展。
