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利用生物信息学探讨IL-8在慢性阻塞性肺疾病中异常表达及其相关基因的功能
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作者 张平安 高娜 +3 位作者 陈明哲 李潇宁 纪国超 吴建军 《广东药科大学学报》 CAS 2022年第3期98-105,共8页
目的利用生物信息学的方法探究IL-8在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的差异表达机制及其相关基因的功能。方法使用基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)筛选慢阻肺患者和正常对照样本的mRNA、miRNA和lncRNA的表达数据;独立样本... 目的利用生物信息学的方法探究IL-8在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的差异表达机制及其相关基因的功能。方法使用基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)筛选慢阻肺患者和正常对照样本的mRNA、miRNA和lncRNA的表达数据;独立样本秩和检验比较IL-8的表达差异;基因富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)与IL-8表达相关的正负相关基因;通过预测IL-8相关的差异miRNA和差异lncRNA绘制IL-8-miRNA-lncRNA环状网络;利用String构建差异基因网络并利用MCODE筛选蛋白互作网络中的关键基因;利用R软件的clusterProfiler包对IL-8正负表达相关基因进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)富集分析。结果IL-8在慢阻肺患者中高表达;基因富集分析发现IL-8相关的正负相关基因富集在细胞转化和一些受体信号通路上;通过IL-8-miRNA-lncRNA环状网络发现lncRNA中SNHG5、MALAT1通过SNHG5/MALAT1-miR-32-5p-IL-8轴调控IL-8与慢阻肺的疾病相关;Go和Kegg通路富集在蛋白乙酰转移酶/组蛋白脱乙酰酶、PI3K-Akt通路、TNF-α/IL-17信号通路等信号通路中。结论IL-8可能作为治疗慢阻肺的靶点,有望通过调控IL-8及其相关通路以调节糖皮质激素抵抗、抑制炎症反应而治疗慢性阻塞性肺疾病。 展开更多
关键词 生物信息学 慢性阻塞性肺疾病 独立样本秩和检验 GSEA基因富集分析 基因本体论(GO) 京都基因与基因组百科全书数据库(kegg) 正负相关基因
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