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基于中值的JS散度可变剪接差异分析研究 被引量:4
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作者 刘文斌 王兵 +2 位作者 方刚 石晓龙 许鹏 《电子与信息学报》 EI CSCD 北大核心 2020年第6期1392-1400,共9页
可变剪接是一种广泛存在于生物体中造成蛋白质多样性的重要机制,它对细胞的增殖、分化、发育、凋亡等一系列重要的生物过程具有重要精细调控的作用。近年来,人们发现多种复杂疾病的产生往往伴随着剪接异构体的紊乱表达。为了研究剪接异... 可变剪接是一种广泛存在于生物体中造成蛋白质多样性的重要机制,它对细胞的增殖、分化、发育、凋亡等一系列重要的生物过程具有重要精细调控的作用。近年来,人们发现多种复杂疾病的产生往往伴随着剪接异构体的紊乱表达。为了研究剪接异构体在整体分布上的差异,该文提出一种基于中值的JS散度可变剪接(AS)差异分析方法。结果表明,该文的方法能够发现大量在剪接异构体整体分布上具有显著差异的基因。这些基因不仅富集在一些癌症密切相关的通路,而且也富集在一些基于可变剪接调控的信号通路、细胞分裂过程和蛋白质功能等通路。此外,与基因层次的差异分析相比,可变剪接显著差异的基因在生存分析方面也具有更好的性能。总之,该文提出基于中值的JS散度可变剪接差异分析方法,将为进一步揭示可变剪接在癌症中的机制奠定基础。 展开更多
关键词 可变剪接 癌症 JS散度 kegg通路 驱动基因
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Transcriptomic Analysis of Aflatoxin B1-Regulated Genes in Rat Hepatic Epithelial Cells
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作者 Yang Liu Ji Jing +3 位作者 Li Guanghui Li Junwen Chen Zhaoli Wang Haiyong 《Transactions of Tianjin University》 EI CAS 2014年第6期451-457,共7页
Aflatoxins are the most popular hepatotoxicants. Chronic exposure to aflatoxins leads to a wide variety ofliver diseases, such as hepatocellular carcinoma. In this study, we analyzed the genome wide expression profile... Aflatoxins are the most popular hepatotoxicants. Chronic exposure to aflatoxins leads to a wide variety ofliver diseases, such as hepatocellular carcinoma. In this study, we analyzed the genome wide expression profiles ofaflatoxin B1-induced rat hepatic epithelial cells. The expression of 325, 184 and 199 special genes was altered whenexposed to 0.03, 0.1 and 0.2 μmol/L aflatoxin B1 respectively, and 239 genes were commonly expressed. After thefunctional analysis on these dose-special genes, we determined several key pathways related to hepatotoxicity, such asTGF-beta signaling pathway, tight junction, adherens junction, the regulation of actin cytoskeleton, ErbB signalingpathway, p53 signaling pathway, pathways in cancer and axon guidance. Common genes were mainly associated withfocal adhesion, ECM-receptor interaction, and cell adhesion molecules. Gene ontology annotations showed a goodconcordance with these pathways. The quantitative real-time polymerase chain reaction(PCR) analysis of selectedgenes showed similar patterns in microarrays. The toxicogenomic study provides a better understanding of molecularmechanisms of aflatoxins. 展开更多
关键词 AFLATOXIN MICROARRAY gene ontology kyoto encyclopedia of genes and genomes(kegg) pathway HEPATOTOXICITY
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基于网络药理学研究生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡的作用机制
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作者 石育弘 王鑫 +3 位作者 张建平 董小鹏 潘海邦 曾昭洋 《中国烧伤创疡杂志》 2023年第3期178-184,共7页
目的基于网络药理学研究生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡的作用机制。方法以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为标准通过中药系统药理学数据库与分析平台检索生肌玉红膏的活性化学成分及作用靶点,使用Uniprot蛋白质数据库进行标准... 目的基于网络药理学研究生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡的作用机制。方法以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为标准通过中药系统药理学数据库与分析平台检索生肌玉红膏的活性化学成分及作用靶点,使用Uniprot蛋白质数据库进行标准化处理获得靶点基因简写;检索GeneCards等数据库中糖尿病溃疡发病机制的相关基因靶点,使用Venny在线工具对生肌玉红膏作用靶点和糖尿病溃疡发病机制相关基因靶点进行交集处理,获得生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡的潜在作用靶点;使用STRING数据库构建生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡潜在作用靶点靶标蛋白质⁃蛋白质相互作用(PPI)网络,并用Cytoscape软件构建生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡药物有效成分⁃作用靶点网络;使用Bioconductor生物信息软件包对生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡核心作用靶点进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并对结果进行可视化处理。结果共获得生肌玉红膏作用靶点基因1842个、糖尿病溃疡发病机制相关基因靶点857个,分析处理后获得交集靶点(生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡潜在作用靶点)108个;生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡潜在作用靶点PPI网络结果显示,关键作用靶点共包含白细胞介素(IL)⁃6、RAC⁃α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶⁃1(AKT⁃1)等28个;生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡药物有效成分⁃作用靶点网络结果显示,关键化学成分包含槲皮素、7⁃甲氧基⁃2⁃甲基异黄酮等10个;GO功能注释结果显示,共涉及生物过程(BP)条目2403个、细胞组成(CC)条目64个、分子功能(MF)条目155个;KEGG通路富集分析结果显示,共涉及通路170条。结论生肌玉红膏中的槲皮素、7⁃甲氧基⁃2⁃甲基异黄酮、毛蕊异黄酮等多种活性化学成分可能通过作用于IL⁃6、AKT⁃1等多靶点调节晚期糖基化终末产物(AGE)⁃晚期糖基化� 展开更多
关键词 糖尿病溃疡 生肌玉红膏 网络药理学 基因本体功能注释 京都基因与基因组百科全书通路富集分析
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基于网络药理学探讨三子养亲汤治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制 被引量:2
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作者 马馨蕊 吕晓东 +2 位作者 庞立建 刘勇明 梁元钰 《世界中医药》 CAS 2022年第11期1560-1564,共5页
目的:运用网络药理学的研究方法探讨三子养亲汤治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对三子养亲汤中药物的化学成分、作用靶标进行检索与筛选;利用GeneCards数据库对COPD的相关靶标... 目的:运用网络药理学的研究方法探讨三子养亲汤治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对三子养亲汤中药物的化学成分、作用靶标进行检索与筛选;利用GeneCards数据库对COPD的相关靶标进行检索与筛选;取药物与疾病的交集靶点,将交集靶点输入到String数据库进行分析,构建多层次网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并对其进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:筛选后得出22个三子养亲汤有效成分和231个作用靶点。COPD相关基因中Relevance score大于3的基因有5737个,药物与疾病的共有靶点有115个。PPI网络分析得出,三子养亲汤治疗COPD与AKT1、MAPK1、IL6、JUN、CASP3等基因有关。GO功能富集分析和KEGG通路富集分析得到GO条目170个、KEGG通路162条。KEGG通路富集分析得出三子养亲汤治疗COPD主要通过包括Lipid and atherosclerosis和PI3K-AKT signaling pathway等通路进行调控。结论:本研究从网络药理学的方向,系统地阐述了三子养亲汤通过药物的多成分、多靶点特点对慢性阻塞性肺疾病产生作用机制,为三子养亲汤治疗慢性阻塞性肺疾病的进一步研究提供了基础。 展开更多
关键词 三子养亲汤 慢性阻塞性肺疾病 网络药理学 蛋白质-蛋白质相互作用网络 基因本体功能富集分析 京都基因和基因组百科全书通路富集分析
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miR-199a-3p靶基因预测及生物信息学分析 被引量:6
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作者 谢小娟 潘晶晶 +1 位作者 魏力强 陈葳 《西安交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期244-249,共6页
目的为深入研究miR-199a-3p在膀胱癌形成和发展中的作用提供理论依据。方法分析miR-199a-3p序列,预测其靶基因和转录因子,并对靶基因进行GO富集和KEGG Pathway分析;构建TF-miR-199a-3p-靶基因网络调控图。结果 miR-199a-3p序列在多物种... 目的为深入研究miR-199a-3p在膀胱癌形成和发展中的作用提供理论依据。方法分析miR-199a-3p序列,预测其靶基因和转录因子,并对靶基因进行GO富集和KEGG Pathway分析;构建TF-miR-199a-3p-靶基因网络调控图。结果 miR-199a-3p序列在多物种间具有高度保守性;GO分析发现miR-199a-3p的靶基因参与细胞调节、代谢调节、细胞大分子生物合成等生物过程(P<0.01);KEGG Pathway分析发现miR-199a-3p的靶基因显著富集在上皮细胞的细菌入侵通路、ECM受体的相互作用通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、小细胞肺癌通路、癌症中的蛋白聚糖通路等;根据构建的TF-miR-199a-3p-靶基因网络调控图,挖掘出可能受miR-199a-3p调控的重要基因有MYC、SP1、mTOR、NFκB、NFκB1等。结论 miR-199a-3p可能通过直接靶向作用mTOR,调节PI3K-Akt-mTOR信号通路,从而参与膀胱癌的形成和发展。 展开更多
关键词 miR-199a-3p 生物信息学 MTOR GO富集分析 kegg pathway分析 膀胱癌 PI3K-AKT MAPK 蛋白聚糖
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miR-30b-5p在乳腺癌中的表达及靶基因预测与生物信息学分析 被引量:1
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作者 王莎莎 朱君 +2 位作者 孙雷涛 刘伟先 王晓红 《滨州医学院学报》 2017年第6期407-411,共5页
目的为深入研究miR-30b-5p在乳腺癌形成和发展中的作用提供理论依据。方法原位杂交法(ISH)检测乳腺癌与癌旁组织中miR-30b-5p的表达。探针荧光定量PCR比较乳腺癌细胞系miR-30b-5p表达情况。软件预测miR-30b-5p的靶基因,进行KEGG及GO富... 目的为深入研究miR-30b-5p在乳腺癌形成和发展中的作用提供理论依据。方法原位杂交法(ISH)检测乳腺癌与癌旁组织中miR-30b-5p的表达。探针荧光定量PCR比较乳腺癌细胞系miR-30b-5p表达情况。软件预测miR-30b-5p的靶基因,进行KEGG及GO富集分析。结果 ISH显示乳腺癌组织中miR-30b-5p表达明显下调,与癌旁组织相比差异有统计学意义(P<0.01);miR-30b-5p的表达水平与TNM分期及远处转移等有关(P<0.01),而与年龄和淋巴结转移无关(P>0.05)。比较MCF-7,MDA-MB-231,MDA-MB-415,MDA-MB-453,和MDA-MB-468这5株乳腺癌细胞系miR-30b-5p表达情况,发现较正常乳腺组织呈不同程度的低表达,并且以侵袭性最强的MDA-MB-231细胞的表达最低(P<0.01)。在乳腺癌中,KEGG分析显示miR-30b-5p的靶基因参与了Pathways in cancer、P53signaling pathway、Wnt signaling pathway、Cell cycle等通路,GO分析显示miR-30b-5p具有细胞代谢调控、基因表达调控、RNA代谢调控等生物功能。结论 miR-30b-5p在乳腺癌中表达明显下调,可能通过参与Pathways in cancer、P53signaling pathway、Wnt signaling pathway、Cell cycle等通路,对乳腺癌细胞的代谢、基因表达等功能具有重要影响。 展开更多
关键词 miR-30b-5p 乳腺癌 生物信息学 kegg通路分析 GO功能富集分析
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