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基于数据挖掘分析KEAP1基因在肺癌中的表达及意义
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作者 张馨文 王雨娜 赵贝 《医学信息》 2024年第18期12-18,共7页
目的利用生物信息学技术对人胞质接头蛋白(KEAP1)进行分析,并汇总其在肺癌中的表达情况及意义,为后续肺癌相关治疗和预后提供有力的依据。方法利用GEO数据库挖掘KEAP1基因表达及染色体定位,利用Kaplan-Meier数据库分析肺癌中KEAP1表达... 目的利用生物信息学技术对人胞质接头蛋白(KEAP1)进行分析,并汇总其在肺癌中的表达情况及意义,为后续肺癌相关治疗和预后提供有力的依据。方法利用GEO数据库挖掘KEAP1基因表达及染色体定位,利用Kaplan-Meier数据库分析肺癌中KEAP1表达与患者预后的关系,通过Linkedomics数据库和String数据库获取该基因在不同组织和疾病中的表达数据和蛋白相互作用网络,分析KEAP1与其他蛋白之间的关系,探索与其他基因的关联和调控网络。通过GEPIA2数据库进行KEAP1表达分析,比较KEAP1在正常肺组织和肺癌组织中的表达情况。结果KEPA1基因位于19号染色体上;该基因表达量与肺癌患者的预后生存分析有相关性(P<0.05);基因共分析显示,在肺癌中PTGER4、CD36、KRAS等基因与KEAP1基因表达呈负相关(P<0.05);KEAP1在肺癌中主要通过KEAP1-NFE2L2通路发挥作用;与正常肺组织相比,KEAP1基因突变后在肺癌组织中表达异常下降(P<0.05)。结论KEAP1突变与肺癌患者更短的生存期相关,该基因的降低与肺癌的发生和进展有关。在肺癌的驱动基因中,KEAP1在肺癌患者中属于突变风险较高的基因,有望成为肺癌预后评估和治疗的有效靶点。 展开更多
关键词 肺癌 keap1基因 生物信息学 预后 生存期
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水牛Keap1基因的克隆、序列分析及组织表达研究
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作者 赵鑫 阮子芸 +5 位作者 郭振伟 周文婷 秦希玲 牛向丽 陆凤花 石德顺 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2016年第8期1975-1982,共8页
本研究克隆了水牛Keap1基因的全长编码区,并对其序列进行了生物信息学分析,同时探索了其在水牛各组织中的表达差异。根据GenBank中公布的牛Keap1基因的序列信息,设计特异性引物并扩增出水牛Keap1的目的片段,利用生物信息学分析方法,对... 本研究克隆了水牛Keap1基因的全长编码区,并对其序列进行了生物信息学分析,同时探索了其在水牛各组织中的表达差异。根据GenBank中公布的牛Keap1基因的序列信息,设计特异性引物并扩增出水牛Keap1的目的片段,利用生物信息学分析方法,对测序所得水牛Keap1基因序列、预测蛋白质序列进行了分析,并采用实时荧光定量PCR技术对Keap1基因mRNA在水牛各组织中的表达进行了研究。结果表明,水牛Keap1基因编码区全长1 875bp,预测编码624个氨基酸;多重分析结果显示,水牛与牛、绵羊、野猪和人Keap1基因的同源性分别为99%、96%、92%和90%;进化树分析表明Keap1在物种间具有较高保守性,不同物种间Keap1序列的差异符合物种间的进化性。对Keap1蛋白质二级结构预测发现,其包含24个α-螺旋、40个β-螺旋、38个T转角和27个无规则卷曲。实时荧光定量PCR结果显示,Keap1基因在水牛的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、卵巢和肌肉组织中均有表达,但心脏中表达量最高,肝脏、脾脏中表达量较低。本研究成功克隆了水牛Keap1基因,并进行了相关生物信息学分析及其mRNA在水牛各组织的表达情况研究,为阐明Keap1-Nrf2-ARE信号通路,提高水牛胚胎体外培养的抗氧化能力奠定基础。 展开更多
关键词 水牛 keap1基因 克隆 分析 表达
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新西兰兔Keap 1基因实时荧光定量PCR检测方法的建立
3
作者 胡波 范志宇 +6 位作者 魏后军 仇汝龙 陈萌萌 宋艳华 朱伟峰 徐为中 王芳 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2019年第9期38-42,共5页
根据GenBank中穴兔Keap1基因序列设计了特异性引物,经PCR扩增,从新西兰兔肝脏中扩增出Keap1基因的C端并连接至T载体上,获得重组质粒pMD-19T-Keap1C。以重组质粒作为质控标准品,通过标准曲线构建、敏感性、特异性和重复性检验,建立了检测... 根据GenBank中穴兔Keap1基因序列设计了特异性引物,经PCR扩增,从新西兰兔肝脏中扩增出Keap1基因的C端并连接至T载体上,获得重组质粒pMD-19T-Keap1C。以重组质粒作为质控标准品,通过标准曲线构建、敏感性、特异性和重复性检验,建立了检测兔Keap1基因的实时荧光定量PCR方法,并分析了Keap1基因mRNA在兔各组织中的表达差异。结果显示,Keap1基因检测的Ct值与标准品呈良好的线性关系,扩增效率为103%,R^2>0.99。利用建立的实时荧光定量PCR方法对新西兰兔各组织中Keap1基因mRNA表达水平进行检测,结果显示,Keap1基因在脑、心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏中均有表达,且肝脏中表达量最高,脾脏中表达量最低。本试验建立了兔Keap1基因的荧光定量PCR方法并检测了其mRNA在兔各组织中的表达情况,为后续开展兔Keap1-Nrf2-ARE信号通路的研究奠定了基础。 展开更多
关键词 keap1基因 荧光定量PCR 表达 新西兰兔
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混合砷暴露对Nrf2抑制细胞Keap1和N6AMT1表达的影响
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作者 涂开荣 赵雨欣 +3 位作者 蒙好孝 马瑶 白雪 吴军 《中华疾病控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1177-1180,共4页
目的探究混合砷染毒对核转录因子红细胞系-2p45(NF-E2)因子-2(nuclear erythroid 2-related factor,Nrf2)抑制的人永生化角质形成细胞(human immortalized keratinocytes,Ha Ca T细胞) Kelch样环氧氯丙烷相关蛋白1(Kelch-like ECH-assoc... 目的探究混合砷染毒对核转录因子红细胞系-2p45(NF-E2)因子-2(nuclear erythroid 2-related factor,Nrf2)抑制的人永生化角质形成细胞(human immortalized keratinocytes,Ha Ca T细胞) Kelch样环氧氯丙烷相关蛋白1(Kelch-like ECH-associated protein,Keap1)和N-6-腺嘌呤DNA甲基转移酶(N-6-adenine DNA methyltransferase,N6AMT1)表达的影响。方法细胞培养72 h,分为4组:空白对照组、Keap1抑制对照组、Nrf2抑制对照组和三个Nrf2抑制混合染砷组,混合砷染毒浓度分别为2. 1μmol/L、4. 2μmol/L、21. 0μmol/L;采用实时荧光定量PCR和蛋白质分子印记(western blot)方法测定各组细胞N6AMT1、Keap1的mRNA和蛋白水平。结果与Nrf2抑制对照组比较Keap1和N6AMT1 mRNA表达不全相等(均有P <0. 05)。与Nrf2抑制对照组比较,低、中、高剂量Keap1蛋白表达促进(均有P <0. 05),N6AMT1蛋白表达呈低剂量促进(t=-3. 18,P=0. 034),中、高剂量抑制(均有P <0. 05)。结论 Nrf2抑制状况下,N6AMT1基因可能与Keap1-Nrf2通路调控有关。低剂量砷暴露时,Keap1激活可促进N6AMT1基因表达,促进砷代谢;高剂量砷暴露N6AMT1蛋白表达下调,抑制砷代谢。Keap1-Nrf2通路可能参与N6AMT1表达调控,而影响砷毒性作用。 展开更多
关键词 砷 Nrf2抑制 HaCaT细胞 N6AMT1基因 keap1基因
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