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基于EST-SSR和SNP标记的大麦麦芽纯度检测 被引量：14
1
作者 张利莎 董国清 +6 位作者 扎桑 卓嘎 王德良 谷方红 袁兴淼 张京 郭刚刚 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1147-1154,共8页
大麦麦芽作为啤酒酿造的主要原料之一,其纯度决定了麦芽原料的均一性,进而影响加工工艺和啤酒品质。为高效准确地鉴定麦芽纯度,在啤酒企业进行麦芽原料采购和质量监测时提供参考依据。本研究分别利用EST-SSR和SNP标记定性检测了按比例... 大麦麦芽作为啤酒酿造的主要原料之一,其纯度决定了麦芽原料的均一性,进而影响加工工艺和啤酒品质。为高效准确地鉴定麦芽纯度,在啤酒企业进行麦芽原料采购和质量监测时提供参考依据。本研究分别利用EST-SSR和SNP标记定性检测了按比例预混的麦芽样品纯度,并利用SNP标记定量检测了4份送检的麦芽盲样纯度。结果表明,EST-SSR标记能定性检测混杂度高于10%的麦芽样品,而SNP标记能够有效鉴定混杂度低至5%的麦芽样品。SNP标记对纯度定量检测的单次抽样的测定值与真实值之间的误差在3%以内。比较发现,本研究所用的两类分子标记均可用于麦芽样品的纯度检测,但基于KASP技术的SNP标记可以满足麦芽纯度的快速定量检测需要。 展开更多
关键词 大麦麦芽 纯度检测 分子标记 kasp技术
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番茄5个抗病基因KASP分型技术体系的建立与应用 被引量：9
2
作者 王鹏 田哲娟 +7 位作者 康忱 李亚栋 王洪乐 杨超沙 邙光伟 康亮 范庆杰 吴志明 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期2211-2226,共16页
竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive allele specific PCR,KASP)是一种基于单核酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)的新型基因分型技术,建立高效、经济的番茄抗病基因的KASP分型技术对促进抗病品种的选育具有重要意义。本... 竞争性等位基因特异性PCR(Kompetitive allele specific PCR,KASP)是一种基于单核酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)的新型基因分型技术,建立高效、经济的番茄抗病基因的KASP分型技术对促进抗病品种的选育具有重要意义。本研究中设计了抗番茄黄花曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)病基因Ty-1和抗根结线虫(root-knot nematode,RKN)基因Mi-1的KASP引物,结合已报道的抗番茄花叶病毒(tomato mosaic virus,ToMV)病基因Tm-2^(2)、抗番茄斑萎病毒(tomato spotted wilt virus,TSWV)病基因Sw-5和抗镰刀菌颈腐根腐(fusarium crown and root rot,FCRR)病基因Frl的KASP引物,进行了番茄抗病基因KASP分型检测技术研究。利用不同基因型的番茄抗病种质,对影响KASP的反应体积、DNA模板浓度、引物浓度及反应循环数等进行了优化,建立了最优番茄抗病基因的KASP分型检测技术体系。研究结果显示,优化的KASP体系与Ty-1、Mi-1、Tm-2^(2)、Sw-5和Frl基因的PCR分子标记检测结果相一致。所用的KASP反应体系不但能节省试剂,且具有高准确性和强稳定性的优点,因此其可以广泛应用于番茄抗病基因的鉴定、遗传多样性和基因定位等研究,为番茄种质资源分子标记辅助的抗病性鉴定、抗原的快速筛选及利用提供技术支持和理论依据。 展开更多
关键词 番茄 种质资源 kasp技术 基因分型 Ty-1 Mi-1 Tm-2^(2) Sw-5 Frl
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基于KASP技术的稻瘟病抗性基因Pi9分子标记的开发与评价 被引量：8
3
作者 韦宇 李孝琼 +5 位作者 何新柳 陈红操 陈颖 黄克宁 卢东长城 郭嗣斌 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第6期1216-1222,共7页
【目的】开发抗稻瘟病基因Pi9的荧光分子标记,为抗稻瘟病水稻品种分子育种提供简便、可靠的基因分型检测方法。【方法】利用PCR克隆测序,并比对供体亲本与受体亲本之间抗稻瘟病基因Pi9序列的差异,开发1个基于SNP位点的高通量KASP分子标... 【目的】开发抗稻瘟病基因Pi9的荧光分子标记,为抗稻瘟病水稻品种分子育种提供简便、可靠的基因分型检测方法。【方法】利用PCR克隆测序,并比对供体亲本与受体亲本之间抗稻瘟病基因Pi9序列的差异,开发1个基于SNP位点的高通量KASP分子标记。【结果】利用该标记对水稻杂交群体278个单株进行基因分型检测,结果发现141个单株的基因型为T/T,137个单株的基因型为C/C,分型结果与SSR分子标记检测结果一致;通过在岑溪稻瘟病高发区进行稻瘟病鉴定,验证了Pi9-KASP分子标记有较强可靠性。【结论】基于SNP位点开发的Pi9-KASP分子标记可以高效应用于水稻抗稻瘟病品系的种质资源鉴定及分子标记辅助选择育种中。 展开更多
关键词 水稻 稻瘟病 Pi9 kasp技术
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基于KASP技术快速检测略阳乌鸡MSTN和KLF7基因SNP及其与体质量性状关联性分析
4
作者 蔡瑛婕 郭瞳 +2 位作者 周洁 张慧雅 张建勤 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期1399-1406,共8页
为高效、低成本对略阳乌鸡SNP变异位点进行准确分型并评价其选育效果,采用KASP技术对略阳乌鸡群体MSTN基因外显子1的g.233A>G位点和KLF7基因内含子2的g.1022C>T位点,进行连续四个世代SNP多态分析。结果显示:MSTN基因检测到AA、AG... 为高效、低成本对略阳乌鸡SNP变异位点进行准确分型并评价其选育效果,采用KASP技术对略阳乌鸡群体MSTN基因外显子1的g.233A>G位点和KLF7基因内含子2的g.1022C>T位点,进行连续四个世代SNP多态分析。结果显示:MSTN基因检测到AA、AG、GG 3种基因型,KLF7基因检测到CC、CT、TT 3种基因型;两个位点均为中度多态,MSTN基因位点P1代、KLF7基因位点P3和P7代偏离Hardy--Weinberg遗传平衡状态,其余各代均处于平衡状态;体质量与多态位点关联分析表明,MSTN基因位点AA型体质量显著高于AG和GG型,KLF7基因位点杂合型体质量显著高于纯和型,且体质量性状随世代显著提高(P<0.05),研究结果表明经过世代选育后略阳乌鸡体质量性状选育效果显著,同时表明两个位点均可以作为略阳乌鸡肉用性状选育的有效选择位点。 展开更多
关键词 kasp技术 MSTN KLF7 关联分析 体质量性状选育
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大豆引进种质抗胞囊线虫病、抗花叶病毒病和耐盐基因型鉴定及优异等位基因聚合种质筛选 被引量：5
5
作者 叶俊华 杨启台 +4 位作者 刘章雄 郭勇 李英慧 关荣霞 邱丽娟 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期1263-1273,共11页
我国从美国、俄罗斯、日本等26个国家或地区共引进大豆种质3218份,仅对部分种质进行了大豆胞囊线虫病(Soybean cyst nematode,SCN)、大豆花叶病毒病(Soybean mosaic virus,SMV)和盐敏感性的抗性鉴定,但基因型的系统分析尚未见报道。本... 我国从美国、俄罗斯、日本等26个国家或地区共引进大豆种质3218份,仅对部分种质进行了大豆胞囊线虫病(Soybean cyst nematode,SCN)、大豆花叶病毒病(Soybean mosaic virus,SMV)和盐敏感性的抗性鉴定,但基因型的系统分析尚未见报道。本研究针对大豆抗胞囊线虫病3个基因(rhg1、Rhg4、SCN3-11)和耐盐基因(Gm SALT3)开发KASP标记5个,结合与大豆花叶病毒抗性相关的1个SCAR标记(SCN11),对1489份大豆引进种质进行基因型鉴定。结果表明,具有优异等位基因的种质共1084份;携带3个位点优异等位基因的种质19份,包括抗胞囊线虫病3个位点(rhg1、Rhg4、SCN3-11)叠加(Peking型)种质3份,聚合抗胞囊线虫病基因和抗花叶病毒病标记7份,聚合抗胞囊线虫病和耐盐基因2份,聚合抗胞囊线虫病、抗花叶病毒病和耐盐基因7份;携带4个位点优异等位基因的种质9份,包括聚合抗胞囊线虫病基因和抗花叶病毒病标记6份,聚合抗胞囊线虫病和耐盐基因2份,聚合抗胞囊线虫病、抗花叶病毒病和耐盐7份;携带5个位点优异等位基因8份,聚合了抗胞囊线虫病、抗花叶病毒病和耐盐优异等位变异。在这些携带优异等位变异的种质中,44份已由前人证明具有相应的抗性。携带3个或3个以上优异等位基因的36份种质中,有52.78%种质的一种或两种特性已被报道。在不携带抗性优异等位变异的种质中,93份已证明有耐盐性或对SMV3号株系抗性,这些种质可能存在新的抗性(等位)基因。本研究利用高通量分子标记筛选出的携带抗病、抗逆优异等位基因的种质为我国大豆资源表型鉴定、抗源的快速筛选及利用提供理论依据和新思路。 展开更多
关键词 大豆种质 分子标记 kasp技术 基因型鉴定
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基于SNP标记的504份番茄种质资源遗传多样性分析 被引量：4
6
作者 宋丽娜 王晓敏 +5 位作者 刘文娟 杨宏 付金军 胡新华 高艳明 李建设 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第12期2366-2373,共8页
为深入了解番茄种质资源的遗传多样性,运用竞争性等位基因特异性PCR(KASP)技术,利用前期筛选出的60对多态性较高的单核苷酸多态性标记(SNP),对收集的504份番茄种质资源进行遗传多样性分析、聚类分析、主成分分析及群体结构分析。结果表... 为深入了解番茄种质资源的遗传多样性,运用竞争性等位基因特异性PCR(KASP)技术,利用前期筛选出的60对多态性较高的单核苷酸多态性标记(SNP),对收集的504份番茄种质资源进行遗传多样性分析、聚类分析、主成分分析及群体结构分析。结果表明,60个SNP分子标记共检测到181个等位基因,基因多样性平均值为0.450,期望杂合率(He)平均值为0.069,多态性信息值(PIC)变化范围为0.171~0.583,平均值为0.381。在遗传距离为0.36时,504份番茄材料被划分为7个类群,各材料间的平均遗传距离为0.62;根据主成分分析结果将群体分为3个类群;基于SNP标记对参试材料进行群体结构分析,在K=3时,504份番茄种质资源被划分为3类。本研究筛选出的60对SNP标记的多态性为中度偏高,番茄种质资源遗传多样性较丰富,可为后续宁夏地区番茄的核心种质构建及种质资源的有效利用提供理论依据。 展开更多
关键词 SNP标记 kasp技术 番茄 种质资源 遗传多样性
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基于KASP技术的小麦条锈菌SNP分子标记开发与评价 被引量：5
7
作者 孟岩 杨彩柏 +3 位作者 姜舒畅 黄丽丽 康振生 詹刚明 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期65-73,共9页
为开发用于小麦条锈菌Puccinia striiformis f.sp.tritici群体遗传研究的竞争性等位基因特异性PCR-单核苷酸多态性(kompetitive allele specific PCR-single nucleotide polymorphism,KASPSNP)标记,以中国小麦条锈菌流行小种CYR32的基... 为开发用于小麦条锈菌Puccinia striiformis f.sp.tritici群体遗传研究的竞争性等位基因特异性PCR-单核苷酸多态性(kompetitive allele specific PCR-single nucleotide polymorphism,KASPSNP)标记,以中国小麦条锈菌流行小种CYR32的基因组为参考,与美国小麦条锈菌流行小种PST78和印度小麦条锈菌流行小种38S102的基因组进行比对,根据比对到的SNP位点设计KASP-SNP引物,用64个中国小麦条锈菌标样对其进行筛选,同时用13对多态性引物组成的简单重复序列(sim‐ple sequence repeat,SSR)分子标记分析这64个标样,并利用Powermarker 3.25和Structure 2.3软件通过多态性指数和群体遗传结构分析来评价KASP-SNP和SSR两种分子标记。结果显示,共比对到29929个SNP位点,设计出462对KASP-SNP引物,经64个中国小麦条锈菌标样筛选到43对多态性较好的引物,所开发的这43对KASP-SNP引物多态性信息含量指数平均为0.346,基因多样性指数平均为0.420,而SSR引物的2种指数分别为0.237和0.265,前者较后者分别高出46.0%和58.5%。2种标记结果的群体遗传结构分析可得到类似结果,最佳聚类数K值都为4,云南菌系是遗传结构相对最简单的菌系,湖北菌系是遗传结构相对最复杂的菌系,但个别菌株的遗传划分存在较大差异。表明本研究开发的KASP-SNP分子标记多态性较SSR分子标记更加丰富,具有较好的应用前景。 展开更多
关键词 小麦条锈菌 SNP分子标记 SSR分子标记 kasp技术
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多胎基因FecB对德×寒×细三元杂交羊产羔性能的影响 被引量：5
8
作者 王伟霞 佟桂芝 +5 位作者 刘学峰 海龙 王嘉厚 郭立宏 张立春 李信涛 《畜牧与饲料科学》 2020年第4期32-35,59,共5页
为了研究FecB基因在德×寒×细三元杂交羊群体中的多态性分布及与产羔性能指标的相关性,该试验将以德国肉用美利奴羊(以下简称德肉美)为父本,以小尾寒羊公羊与东北细毛羊母羊级进杂交生产的F2代羊为母本(以下简称寒×细F2母... 为了研究FecB基因在德×寒×细三元杂交羊群体中的多态性分布及与产羔性能指标的相关性,该试验将以德国肉用美利奴羊(以下简称德肉美)为父本,以小尾寒羊公羊与东北细毛羊母羊级进杂交生产的F2代羊为母本(以下简称寒×细F2母羊),生产的三元杂交后代羊(以下简称德×寒×细三元杂交羊)作为研究对象,采用KASP方法分析FecB基因型并计算基因频率和基因型频率,分析FecB基因频率与德×寒×细三元杂交羊群体产羔性能的相关性。结果发现,德肉美并不含有FecB基因,德×寒×细三元杂交羊B等位基因频率增加明显且处于Hardy-weinberg不平衡状态,提示人工选择对杂交羊群体FecB基因富集影响较大。对寒×细F2代母羊和德×寒×细三元杂交羊群体不同基因型个体产羔数进行秩和检验分析发现,P值均小于0.01,平均产羔率均表现为++基因型小于B+和BB基因型(P<0.05),说明B等位基因对德×寒×细三元杂交羊群体产羔性能的提升发挥重要作用。该试验为利用FecB基因提升德×寒×细三元杂交羊群体产羔性能提供参考。 展开更多
关键词 FECB基因 kasp技术 产羔性能 德×寒×细三元杂交羊
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KASP技术对宁香粳9号的SNP位点的检测应用
9
作者 李亚春 李仲灵 +4 位作者 徐红艳 王文 赵洁 吴伟 吴彦林 《种子科技》 2024年第13期35-37,41,共4页
种子企业应掌握最新的检测技术,做好种子质量的内控工作,才能为农民提供优质种、放心种,从而提高企业的核心竞争力,成为行业的先行者,实现企业发展和中国种业振兴的宏伟目标。利用第三代分子标记SNP检测方法中的KASP检测技术,依据《水... 种子企业应掌握最新的检测技术,做好种子质量的内控工作,才能为农民提供优质种、放心种,从而提高企业的核心竞争力,成为行业的先行者,实现企业发展和中国种业振兴的宏伟目标。利用第三代分子标记SNP检测方法中的KASP检测技术,依据《水稻品种真实性鉴定SNP标记法》(NY/T 2745—2021)对江苏中江种业股份有限公司的宁香粳9号水稻种子进行了基因分型,获得了该品种在96个位点上的基因型信息,其中A:A位点20个、T:T位点28个、C:C位点31个、G:G位点17个。 展开更多
关键词 SNP分子标记 kasp检测技术 宁香粳9号 种业振兴
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