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脒类KARI酶抑制剂的分子对接和3D-QSAR研究
被引量：
13
1
作者
王宝雷
王建国
+3 位作者
马翼
李正名
李永红
王素华
《化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006年第13期1373-1378,共6页
对设计合成的20个单脒类化合物的水稻KARI酶体外抑制活性和体内除草活性进行了分子对接和三维定量构效关系研究.前者采用AutoDock3.0方法,研究发现化合物活性变化趋势与分子对接计算结果基本一致,通过分析化合物9与KARI酶活性氨基酸残...
对设计合成的20个单脒类化合物的水稻KARI酶体外抑制活性和体内除草活性进行了分子对接和三维定量构效关系研究.前者采用AutoDock3.0方法,研究发现化合物活性变化趋势与分子对接计算结果基本一致,通过分析化合物9与KARI酶活性氨基酸残基结合模式发现,残基Glu319,Asp315,Glu496,Gly253,Met254,Cys517等对氢键和静电相互作用以及疏水作用都有重要贡献;后者研究采用比较分子力场分析(CoMFA)方法,结果表明立体场和静电场对活性的贡献分别为67.8%和32.2%,交叉验证系数rc2v=0.774,非交叉验证r2=0.999,F=1593.134,标准偏差s=0.036,所建立的3D-QSAR模型对化合物除草活性具有较好的预测能力.两种方法研究结果为进一步设计合成更高活性的KARI酶抑制剂提供了指导.
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关键词
kari
酶
分子对接
三维定量构效关系
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职称材料
酰胺类KARI酶抑制剂的设计、合成和生物活性
2
作者
王宝雷
李正名
+1 位作者
李永红
王素华
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2008年第3期523-527,共5页
以分子对接法进行MDL/ACD三维数据库搜寻所得到的大量结构信息为指导,从中选取部分酰胺类小分子进行化学合成和结构表征.生物活性测试结果表明,设计合成的8个酰胺类化合物在200μg/mL浓度下对水稻KARI酶具有不同程度的抑制活性,化合物1...
以分子对接法进行MDL/ACD三维数据库搜寻所得到的大量结构信息为指导,从中选取部分酰胺类小分子进行化学合成和结构表征.生物活性测试结果表明,设计合成的8个酰胺类化合物在200μg/mL浓度下对水稻KARI酶具有不同程度的抑制活性,化合物1和6的抑制率可达到57.4%和48.1%.部分化合物在100μg/mL浓度下对双子叶植物油菜的胚根和单子叶植物稗草的茎叶的抑制活性较为显著,化合物1和6对油菜胚根生长抑制率分别为52.0%和72.6%,其与KARI酶体外(invitro)抑制活性具有一定的相关性.这些酰胺类化合物可作为KARI酶抑制剂为后续分子设计提供借鉴.
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关键词
kari
酶
抑制剂
酰胺类化合物
生物活性
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职称材料
题名
脒类KARI酶抑制剂的分子对接和3D-QSAR研究
被引量：
13
1
作者
王宝雷
王建国
马翼
李正名
李永红
王素华
机构
南开大学元素有机化学研究所元素有机化学国家重点实验室
出处
《化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006年第13期1373-1378,共6页
基金
国家重点基础研究发展计划(No.2003CB114406)
科技部国际合作重点(No.2004DFA01500)资助项目.
文摘
对设计合成的20个单脒类化合物的水稻KARI酶体外抑制活性和体内除草活性进行了分子对接和三维定量构效关系研究.前者采用AutoDock3.0方法,研究发现化合物活性变化趋势与分子对接计算结果基本一致,通过分析化合物9与KARI酶活性氨基酸残基结合模式发现,残基Glu319,Asp315,Glu496,Gly253,Met254,Cys517等对氢键和静电相互作用以及疏水作用都有重要贡献;后者研究采用比较分子力场分析(CoMFA)方法,结果表明立体场和静电场对活性的贡献分别为67.8%和32.2%,交叉验证系数rc2v=0.774,非交叉验证r2=0.999,F=1593.134,标准偏差s=0.036,所建立的3D-QSAR模型对化合物除草活性具有较好的预测能力.两种方法研究结果为进一步设计合成更高活性的KARI酶抑制剂提供了指导.
关键词
kari
酶
分子对接
三维定量构效关系
Keywords
kari
molecular docking
three-dimensional quantitative structure-activity relationship
分类号
TQ450.1 [化学工程—农药化工]
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职称材料
题名
酰胺类KARI酶抑制剂的设计、合成和生物活性
2
作者
王宝雷
李正名
李永红
王素华
机构
南开大学元素有机化学研究所
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2008年第3期523-527,共5页
基金
国家“九七三”计划(批准号:2003CB114406)资助
文摘
以分子对接法进行MDL/ACD三维数据库搜寻所得到的大量结构信息为指导,从中选取部分酰胺类小分子进行化学合成和结构表征.生物活性测试结果表明,设计合成的8个酰胺类化合物在200μg/mL浓度下对水稻KARI酶具有不同程度的抑制活性,化合物1和6的抑制率可达到57.4%和48.1%.部分化合物在100μg/mL浓度下对双子叶植物油菜的胚根和单子叶植物稗草的茎叶的抑制活性较为显著,化合物1和6对油菜胚根生长抑制率分别为52.0%和72.6%,其与KARI酶体外(invitro)抑制活性具有一定的相关性.这些酰胺类化合物可作为KARI酶抑制剂为后续分子设计提供借鉴.
关键词
kari
酶
抑制剂
酰胺类化合物
生物活性
Keywords
kari
Inhibitor
Amide compound
Biological activity
分类号
O621 [理学—有机化学]
O626 [理学—化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
脒类KARI酶抑制剂的分子对接和3D-QSAR研究
王宝雷
王建国
马翼
李正名
李永红
王素华
《化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2006
13
下载PDF
职称材料
2
酰胺类KARI酶抑制剂的设计、合成和生物活性
王宝雷
李正名
李永红
王素华
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2008
0
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职称材料
已选择
0
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