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基于Illumina MiSeq和IonS5 XL测序对原料乳中微生物多样性的比较分析
被引量：
1
1
作者
苟萌
胡婕
+1 位作者
张彤彤
剧柠
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第4期67-75,共9页
不同的高通量测序平台各有优劣,针对研究对象选择合适的测序平台,对微生物多样性研究具有重要意义。以原料乳中的细菌为研究对象,采用Illumina MiSeq和IonS5 XL两种测序平台对细菌的V4—V5区进行扩增测序,探讨两种不同的测序平台在原料...
不同的高通量测序平台各有优劣,针对研究对象选择合适的测序平台,对微生物多样性研究具有重要意义。以原料乳中的细菌为研究对象,采用Illumina MiSeq和IonS5 XL两种测序平台对细菌的V4—V5区进行扩增测序,探讨两种不同的测序平台在原料乳微生物多样性应用中的适用性。结果显示:两个测序平台的原始测序数据经质控后均可满足实验需求;IonS5 XL测序在不同分类水平上的注释物种数、alpha多样性、稀释曲线和物种丰度等级曲线方面的结果优于Illumina MiSeq测序,显示出原料乳中较高的群落丰富度;Illumina MiSeq测序和IonS5 XL测序均检出相同的优势菌门与优势菌属;Venn图和PCA分析显示,Illumina MiSeq测序相较于IonS5 XL测序具有更好的生物学重复性,在测序稳定性方面具有优势。后期如能加大平行样本的统计,针对重复性进行改进,IonS5 XL测序也将在乳品微生物多样性研究中具有很大的应用空间。
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关键词
16S
rRNA
原料乳
Illumina
MiSeq测序
ions
5
xl
测序
下载PDF
职称材料
感赤星病烟叶的真菌群落结构分析
被引量：
14
2
作者
刘畅
汪汉成
+3 位作者
谢红炼
陈乾丽
余知和
孙光军
《贵州农业科学》
CAS
2019年第7期54-59,共6页
为了解田间感赤星病烟叶的叶际真菌群落结构,提取感病烟叶样品DNA,扩增子测序法扩增样品的ITS区,采用IonS5XL高通量测序技术对扩增片段进行高通量测序,并对其真菌群落结构进行分析。结果表明:田间感赤星病烟叶叶际真菌群落结构较为典型...
为了解田间感赤星病烟叶的叶际真菌群落结构,提取感病烟叶样品DNA,扩增子测序法扩增样品的ITS区,采用IonS5XL高通量测序技术对扩增片段进行高通量测序,并对其真菌群落结构进行分析。结果表明:田间感赤星病烟叶叶际真菌群落结构较为典型;门水平包括子囊菌门(Ascomycota 86.49%)、担子菌门(Basidiomycota 0.61%)及壶菌门(Chytridiomycota 0.01%);属水平包括链格孢属(Alternaria 83%)、茎点霉属(Phoma 1.43%)、镰刀霉属(Fusarium 0.79%、Symmetrospora 0.45%)、赤霉菌属(Gibberella 0.33%)、Hannaell 0.11%)、粉红螺旋聚孢霉(Clonostachys 0.09%)、枝孢霉属(Cladosporium 0.15%、Stagonosporopsis 0.07%、Plectosphaerella 0.07%)。
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关键词
烟草赤星病
叶际真菌
群落结构
ions
5
xl
高通量测序
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职称材料
题名
基于Illumina MiSeq和IonS5 XL测序对原料乳中微生物多样性的比较分析
被引量：
1
1
作者
苟萌
胡婕
张彤彤
剧柠
机构
宁夏大学农学院
出处
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第4期67-75,共9页
基金
国家自然科学基金地区科学基金项目(31760479)。
文摘
不同的高通量测序平台各有优劣,针对研究对象选择合适的测序平台,对微生物多样性研究具有重要意义。以原料乳中的细菌为研究对象,采用Illumina MiSeq和IonS5 XL两种测序平台对细菌的V4—V5区进行扩增测序,探讨两种不同的测序平台在原料乳微生物多样性应用中的适用性。结果显示:两个测序平台的原始测序数据经质控后均可满足实验需求;IonS5 XL测序在不同分类水平上的注释物种数、alpha多样性、稀释曲线和物种丰度等级曲线方面的结果优于Illumina MiSeq测序,显示出原料乳中较高的群落丰富度;Illumina MiSeq测序和IonS5 XL测序均检出相同的优势菌门与优势菌属;Venn图和PCA分析显示,Illumina MiSeq测序相较于IonS5 XL测序具有更好的生物学重复性,在测序稳定性方面具有优势。后期如能加大平行样本的统计,针对重复性进行改进,IonS5 XL测序也将在乳品微生物多样性研究中具有很大的应用空间。
关键词
16S
rRNA
原料乳
Illumina
MiSeq测序
ions
5
xl
测序
Keywords
16S
rRNA
raw
milk
Illumina
MiSeq
sequencing
ions
5
xl
sequencing
分类号
TS201.1 [轻工技术与工程—食品科学]
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职称材料
题名
感赤星病烟叶的真菌群落结构分析
被引量：
14
2
作者
刘畅
汪汉成
谢红炼
陈乾丽
余知和
孙光军
机构
长江大学生命科学学院
贵州省烟草科学研究院
长江大学农学院
贵州大学农学院
贵州省烟草专卖局
出处
《贵州农业科学》
CAS
2019年第7期54-59,共6页
基金
国家自然科学基金项目“基于表型组学的嘧菌酯对烟草赤星病菌的作用机理及其抗性机理研究”（31360448）
贵州省科技厅优秀青年人才培养计划项目“集约化育苗下烟草立枯病的流行规律及其防控技术研究”[黔科合平台人才（2017）5619]
中国烟草总公司贵州省公司科技项目“‘’互联网+烟草植保’的研究与应用”（201714），“贵州烟草叶斑类病害成灾规律与绿色防控关键技术研究示范”（2019020）
文摘
为了解田间感赤星病烟叶的叶际真菌群落结构,提取感病烟叶样品DNA,扩增子测序法扩增样品的ITS区,采用IonS5XL高通量测序技术对扩增片段进行高通量测序,并对其真菌群落结构进行分析。结果表明:田间感赤星病烟叶叶际真菌群落结构较为典型;门水平包括子囊菌门(Ascomycota 86.49%)、担子菌门(Basidiomycota 0.61%)及壶菌门(Chytridiomycota 0.01%);属水平包括链格孢属(Alternaria 83%)、茎点霉属(Phoma 1.43%)、镰刀霉属(Fusarium 0.79%、Symmetrospora 0.45%)、赤霉菌属(Gibberella 0.33%)、Hannaell 0.11%)、粉红螺旋聚孢霉(Clonostachys 0.09%)、枝孢霉属(Cladosporium 0.15%、Stagonosporopsis 0.07%、Plectosphaerella 0.07%)。
关键词
烟草赤星病
叶际真菌
群落结构
ions
5
xl
高通量测序
Keywords
tobacco
brown
spot
phyllosphere
community
structure
ions
5
xl
high-throughput
sequencing
分类号
S435.72 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于Illumina MiSeq和IonS5 XL测序对原料乳中微生物多样性的比较分析
苟萌
胡婕
张彤彤
剧柠
《食品与生物技术学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
下载PDF
职称材料
2
感赤星病烟叶的真菌群落结构分析
刘畅
汪汉成
谢红炼
陈乾丽
余知和
孙光军
《贵州农业科学》
CAS
2019
14
下载PDF
职称材料
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