目的利用孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)分析肠道菌群与系统性硬皮病(systemic sclerosis,SSc)之间的因果关系。方法获取肠道菌群和SSc的全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)数据,筛选出强工具变量(instru...目的利用孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)分析肠道菌群与系统性硬皮病(systemic sclerosis,SSc)之间的因果关系。方法获取肠道菌群和SSc的全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)数据,筛选出强工具变量(instrumental variable,IV),以逆方差加权法(inverse-variance weighting,IVW)为主,MR-Egger、加权中位数法(weighted median estimate,WME)作为补充,评价因果效应。再使用Cochran Q检验、MR-PRESSO检验、MR-Egger截距检验和留一法分析评估结果的稳健性。最后,绘制工具变量相关的森林图、散点图及漏斗图等。结果MR分析共鉴定出4种肠道菌群(Collinsella属、RuminococcaceaeUCG003属、Subdoligranulum属和NB1n目),均与SSc的关联效应值差异具有统计学意义(P<0.05)。IVW:Collinsella属(OR:7.260;95%CI:1.595~33.057);RuminococcaceaeUCG003属(OR:5.046;95%CI:1.463~17.400);Subdoligranulum属(OR:0.150;95%CI:0.038~0.588);NB1n目(OR:0.389;95%CI:0.184~0.819);其余2种方法跟IVW法结果一致。Cochran Q检验显示不存在异质性,MR-PRESSO检验没有发现离群值,MR-Egger截距检验表明结果不存在水平多效性,留一法分析支持结果的稳健性。结论MR分析结果支持肠道菌群和SSc存在潜在的因果关系,Collinsella属和RuminococcaceaeUCG003属与SSc发病风险呈正相关,Subdoligranulum属和NB1n目与SSc发病风险呈负相关,需要更多的研究来揭示肠道菌群如何影响SSc发病。展开更多
背景:近期观察性研究发现局部脂肪量对于椎间盘退变评估有重要意义,而肥胖长期被认为是椎间盘退变的危险因素之一,作为肥胖核心因素的脂肪量在既往研究中与椎间盘退变的因果关系尚不明确。目的:探讨不同分布的脂肪量与椎间盘退变的因果...背景:近期观察性研究发现局部脂肪量对于椎间盘退变评估有重要意义,而肥胖长期被认为是椎间盘退变的危险因素之一,作为肥胖核心因素的脂肪量在既往研究中与椎间盘退变的因果关系尚不明确。目的:探讨不同分布的脂肪量与椎间盘退变的因果关系,以帮助增加对椎间盘退变发病机制的认知及制定预防、治疗及预后的策略。方法:从公开发表的IEU Open GWAS中以强相关性及满足连锁不平衡为条件提取躯干及下肢脂肪量的遗传位点作为工具变量,结合Finn Gen最新第9版数据库中选取椎间盘退变作为结局进行孟德尔随机化分析,通过逆方差加权法、MR-Egger回归、简单中位数法、加权中位数法和加权中值法等回归模型的OR值和95%CI评估躯干及下肢脂肪量与椎间盘退变间的因果关系。使用Cochran’s Q检验评估遗传工具变量的异质性,使用MR-Egger截距检验评估多效性,使用留一法评估作为工具变量的单核苷酸多态性对暴露和结局因果关系影响的敏感性。结果与结论:(1)逆方差加权法检测结果显示,躯干脂肪量与椎间盘退变发病风险呈正向因果关联(OR=1.25,95%CI:1.15-1.35,P<0.001),双下肢脂肪量与椎间盘退变发病风险呈反向因果关联(OR=0.7,95%CI:0.63-0.78,P<0.001;OR=0.69,95%CI:0.62-0.76,P<0.001);(2)MR-Egger截距分析未检测到潜在的水平多效性;(3)MR-PRESSO未检测到偏倚单核苷酸多态性,异质性检验存在,留一法敏感性分析提示分析结果可靠;(4)上述结果证实,躯干脂肪量与椎间盘退变有正向因果关系,随着躯干脂肪量增加,椎间盘退变的风险升高;双下肢脂肪量与椎间盘退变有反向因果关系,即随着双下肢脂肪量增加,椎间盘退变风险降低;脂肪的含量及分布会影响椎间盘退变的发病风险,应给予更多的关注。展开更多
背景:膝骨关节炎是一种常见的关节软骨及周围组织损伤的慢性炎症性疾病,而免疫细胞在膝骨关节炎免疫炎症反应中起到重要作用,但其中的具体机制仍有待深入研究。目的:采用孟德尔随机化方法来评估731种免疫细胞表型与膝骨关节炎风险之间...背景:膝骨关节炎是一种常见的关节软骨及周围组织损伤的慢性炎症性疾病,而免疫细胞在膝骨关节炎免疫炎症反应中起到重要作用,但其中的具体机制仍有待深入研究。目的:采用孟德尔随机化方法来评估731种免疫细胞表型与膝骨关节炎风险之间的潜在因果关系。方法:使用全基因组关联分析(GWAS)目录中公开获取731种免疫细胞表型的全基因组关联分析统计数据(从GCST0001391到GCST0002121)和IEUGWAS数据库中膝骨关节炎的全基因组关联分析数据(ebi-a-GCST007090)。采用逆方差加权法、MR-Egger回归法、加权中位数法、加权模型法和简单模型法来研究免疫细胞与膝骨关节炎之间的因果关系。敏感性分析用于检验孟德尔随机化分析结果是否可靠,然后以同样方法进行反向孟德尔随机化分析。结果与结论:①正向分析结果表明,共有4种免疫细胞表型与膝骨关节炎有显著的因果关系(FDR<0.20),其中B细胞中的CD27 on CD24+CD27+(OR=1.026,P=0.00026,Pfdr=0.18)、髓系细胞中的CD33 on CD33dim HLA DR-(OR=1.014,P=0.00050,Pfdr=0.18)以及Treg细胞中的CD45RA+CD28-CD8br%CD8br(OR=1.001,P=0.00078,Pfdr=0.18)与膝骨关节炎风险呈直接的正向因果关联;单核细胞中PDL-1 on monocyte(OR=0.952,P=0.00098,Pfdr=0.18)与膝骨关节炎风险呈直接的负向因果关联。②反向分析结果表明,当膝骨关节炎作为暴露数据时,与731种免疫细胞表型均不具有显著因果关系(FDR<0.20)。③敏感性分析结果显示:双向孟德尔随机化的Cochran’s Q检验和MR-Egger回归法结果P值均大于0.05,表明免疫细胞表型与膝骨关节炎之间的因果效应分析不存在显著的异质性和多效性。④上述结果证实,CD27 on CD24+CD27+,CD33 on CD33dim HLA DR-,CD45RA+CD28-CD8br%CD8br以及PDL-1 on monocyte免疫细胞表型与膝骨关节炎之间可能具有较为显著的潜在因果关系,这为研究膝骨关节炎的生物学机制及探索膝骨关节炎的早期�展开更多
文摘背景:近期观察性研究发现局部脂肪量对于椎间盘退变评估有重要意义,而肥胖长期被认为是椎间盘退变的危险因素之一,作为肥胖核心因素的脂肪量在既往研究中与椎间盘退变的因果关系尚不明确。目的:探讨不同分布的脂肪量与椎间盘退变的因果关系,以帮助增加对椎间盘退变发病机制的认知及制定预防、治疗及预后的策略。方法:从公开发表的IEU Open GWAS中以强相关性及满足连锁不平衡为条件提取躯干及下肢脂肪量的遗传位点作为工具变量,结合Finn Gen最新第9版数据库中选取椎间盘退变作为结局进行孟德尔随机化分析,通过逆方差加权法、MR-Egger回归、简单中位数法、加权中位数法和加权中值法等回归模型的OR值和95%CI评估躯干及下肢脂肪量与椎间盘退变间的因果关系。使用Cochran’s Q检验评估遗传工具变量的异质性,使用MR-Egger截距检验评估多效性,使用留一法评估作为工具变量的单核苷酸多态性对暴露和结局因果关系影响的敏感性。结果与结论:(1)逆方差加权法检测结果显示,躯干脂肪量与椎间盘退变发病风险呈正向因果关联(OR=1.25,95%CI:1.15-1.35,P<0.001),双下肢脂肪量与椎间盘退变发病风险呈反向因果关联(OR=0.7,95%CI:0.63-0.78,P<0.001;OR=0.69,95%CI:0.62-0.76,P<0.001);(2)MR-Egger截距分析未检测到潜在的水平多效性;(3)MR-PRESSO未检测到偏倚单核苷酸多态性,异质性检验存在,留一法敏感性分析提示分析结果可靠;(4)上述结果证实,躯干脂肪量与椎间盘退变有正向因果关系,随着躯干脂肪量增加,椎间盘退变的风险升高;双下肢脂肪量与椎间盘退变有反向因果关系,即随着双下肢脂肪量增加,椎间盘退变风险降低;脂肪的含量及分布会影响椎间盘退变的发病风险,应给予更多的关注。
文摘气溶胶光学厚度(Aerosol Optical Depth,AOD)受高湿、多云等气候特征的影响而造成非随机缺失,为了最大限度地扩大AOD的覆盖范围,本文以华中三省为研究区,首先基于武汉大学自测的地面AOD数据,对华中地区C 6.1中等分辨率成像光谱仪(Moderate Resolution Imaging Spectroradiometer,MODIS)反演的2010—2017年10 km DT、10 km DB以及3 km DT AOD数据的精度进行验证,然后利用逆方差加权(Inverse Variance Weighting,IVW)方法,将10 km分辨率深蓝算法反演的AOD分别和10 km、3 km分辨率暗目标算法反演的AOD融合。结果表明,融合后10 km和3 km AOD与地面实测AOD的皮尔森相关系数分别为0.83和0.86;相对于MODIS标准10 km和3 km DT数据,IVW融合后的10 km和3 km AOD的平均覆盖率分别提高55.17%和48.00%。
文摘背景:膝骨关节炎是一种常见的关节软骨及周围组织损伤的慢性炎症性疾病,而免疫细胞在膝骨关节炎免疫炎症反应中起到重要作用,但其中的具体机制仍有待深入研究。目的:采用孟德尔随机化方法来评估731种免疫细胞表型与膝骨关节炎风险之间的潜在因果关系。方法:使用全基因组关联分析(GWAS)目录中公开获取731种免疫细胞表型的全基因组关联分析统计数据(从GCST0001391到GCST0002121)和IEUGWAS数据库中膝骨关节炎的全基因组关联分析数据(ebi-a-GCST007090)。采用逆方差加权法、MR-Egger回归法、加权中位数法、加权模型法和简单模型法来研究免疫细胞与膝骨关节炎之间的因果关系。敏感性分析用于检验孟德尔随机化分析结果是否可靠,然后以同样方法进行反向孟德尔随机化分析。结果与结论:①正向分析结果表明,共有4种免疫细胞表型与膝骨关节炎有显著的因果关系(FDR<0.20),其中B细胞中的CD27 on CD24+CD27+(OR=1.026,P=0.00026,Pfdr=0.18)、髓系细胞中的CD33 on CD33dim HLA DR-(OR=1.014,P=0.00050,Pfdr=0.18)以及Treg细胞中的CD45RA+CD28-CD8br%CD8br(OR=1.001,P=0.00078,Pfdr=0.18)与膝骨关节炎风险呈直接的正向因果关联;单核细胞中PDL-1 on monocyte(OR=0.952,P=0.00098,Pfdr=0.18)与膝骨关节炎风险呈直接的负向因果关联。②反向分析结果表明,当膝骨关节炎作为暴露数据时,与731种免疫细胞表型均不具有显著因果关系(FDR<0.20)。③敏感性分析结果显示:双向孟德尔随机化的Cochran’s Q检验和MR-Egger回归法结果P值均大于0.05,表明免疫细胞表型与膝骨关节炎之间的因果效应分析不存在显著的异质性和多效性。④上述结果证实,CD27 on CD24+CD27+,CD33 on CD33dim HLA DR-,CD45RA+CD28-CD8br%CD8br以及PDL-1 on monocyte免疫细胞表型与膝骨关节炎之间可能具有较为显著的潜在因果关系,这为研究膝骨关节炎的生物学机制及探索膝骨关节炎的早期�
