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文冠果基因组无内含子基因生物信息学分析
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作者 刘欢龙 陈玉琴 《种业导刊》 2024年第3期7-13,共7页
对文冠果无内含子基因在不同染色体上的分布特征进行分析,并且研究了复制关系、KEGG富集及环境响应相关基因启动子区域中的顺式作用元件。结果表明,从文冠果基因组中鉴定出1858个无内含子基因,占基因总数的7.40%。每条染色体上无内含子... 对文冠果无内含子基因在不同染色体上的分布特征进行分析,并且研究了复制关系、KEGG富集及环境响应相关基因启动子区域中的顺式作用元件。结果表明,从文冠果基因组中鉴定出1858个无内含子基因,占基因总数的7.40%。每条染色体上无内含子基因数量占染色体上基因总数的5.64%~9.07%,并且与该染色体长度及基因总数均存在正相关关系。基因染色体定位分析表明,无内含子基因更偏向分布于染色体的两端,而且超过90%的旁系同源对的K_(a)/K_(s)值小于1,说明文冠果无内含子基因在进化过程中主要经历纯化选择。无内含子基因的长度主要集中在201~1400 bp,而且平均长度明显短于总基因平均长度。KEGG富集分析表明,文冠果无内含子基因主要参与环境信息处理过程,并且在与环境胁迫响应相关基因的启动子区域发现大量与植物激素响应及胁迫响应相关的顺式作用元件。 展开更多
关键词 文冠果 无内含子基因 生物信息学 信号通路 启动子
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葡萄基因组无内含子基因生物信息学及其表达分析 被引量：3
2
作者 李傲 崔梦杰 +4 位作者 刘众杰 陈立德 贾海峰 上官凌飞 房经贵 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期655-661,共7页
[目的]本文旨在研究葡萄(Vitis vinifera)无内含子基因的结构特征、功能以及表达特点。[方法]对葡萄19条染色体上4 906个(占整个基因组的13.8%)无内含子基因情况进行分析,并研究了无内含子基因的亚细胞结构、GO功能类型以及基因在不同... [目的]本文旨在研究葡萄(Vitis vinifera)无内含子基因的结构特征、功能以及表达特点。[方法]对葡萄19条染色体上4 906个(占整个基因组的13.8%)无内含子基因情况进行分析,并研究了无内含子基因的亚细胞结构、GO功能类型以及基因在不同组织的表达情况。[结果]葡萄无内含子基因数与每条染色体长度和染色体的基因总数存在正相关关系,每条染色体上无内含子基因占染色体上基因总数的1.2%~1.5%,同时无内含子基因在同一条染色体上的分布是不均匀的,更偏向富集于染色体的两端。葡萄无内含子基因的平均长度为997 bp,比总基因的平均长度短,是总基因长度的1/5。葡萄无内含子基因的亚细胞定位表明,基因产物分布在叶绿体上的数最多,线粒体上几乎没有。基因功能预测结果表明,葡萄无内含子基因主要为生长因子、转录调控、电压门控离子通道以及结构蛋白4种,其中更多参与生长调节。葡萄无内含子基因在不同组织中的表达水平低于有内含子的基因。[结论]葡萄无内含子基因与有内含子基因相比长度较短,表达水平较低。 展开更多
关键词 葡萄 无内含子基因 生物信息学 亚细胞定位预测 功能预测 基因表达
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