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柞蚕肠道菌群分析及产酶菌的筛选与鉴定 被引量:18
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作者 邹昌瑞 魏国清 +3 位作者 刘朝良 朱保建 王在贵 杨文静 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期2575-2581,共7页
【目的】研究柞蚕肠道菌群结构及产酶菌,探寻具有新的生理功能的微生物,用于研制微生态制剂,以提高柞蚕生产的叶丝转化率及抗病能力。【方法】采用培养法分离柞树叶饲喂的5龄柞蚕幼虫肠道细菌,通过生理生化特性结合16S rDNA系统发育分析... 【目的】研究柞蚕肠道菌群结构及产酶菌,探寻具有新的生理功能的微生物,用于研制微生态制剂,以提高柞蚕生产的叶丝转化率及抗病能力。【方法】采用培养法分离柞树叶饲喂的5龄柞蚕幼虫肠道细菌,通过生理生化特性结合16S rDNA系统发育分析,对其肠道细菌群落类型进行鉴定,采用筛选培养基筛选产纤维素酶、蛋白酶、脂肪酶的菌株。【结果】获得的柞蚕肠道菌有芽孢杆菌、葡萄球菌、肠杆菌,其中以芽孢杆菌为主要菌群。芽孢杆菌是肠道菌中产纤维素酶、蛋白酶的主要菌群;葡萄球菌产蛋白酶能力较弱;肠杆菌不产酶。【结论】柞蚕肠道菌与家蚕肠道菌群结构相似,筛选出的产酶菌活性较高,可以制备微生态制剂用于蚕业生产。 展开更多
关键词 柞蚕 肠道菌 菌群结构 产酶菌
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宁波地区人群肠道菌群的特点及对结直肠癌与癌前病变发生和发展的影响 被引量:14
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作者 秦文燕 曹群奋 +1 位作者 林琪 许春芳 《中华全科医学》 2017年第11期1962-1966,共5页
目的探讨肠道细菌在健康人类、大肠肿瘤患者和大肠息肉患者之间的差异,分析微生物对大肠息肉及大肠肿瘤的发生、进展的影响。方法样本来源于常规做肠镜检查患者的粪便以及术前愿意参加实验的患者,分为3大组:肠镜检查健康组、息肉组和大... 目的探讨肠道细菌在健康人类、大肠肿瘤患者和大肠息肉患者之间的差异,分析微生物对大肠息肉及大肠肿瘤的发生、进展的影响。方法样本来源于常规做肠镜检查患者的粪便以及术前愿意参加实验的患者,分为3大组:肠镜检查健康组、息肉组和大肠腺癌组,同时以高血压为独立的考察因素,健康组和息肉组又各分为高血压和非高血压2个亚组,样本经过DNA提取后,16Sr RNA基因全长扩增和V3、V4区PCR扩增,采用DGGE预评判提取DNA质量,采用高通量测序技术分析各样本中细菌的种类和丰度,并通过主成分分析探讨不同分组患者肠道细菌的多样性和群落结构差异。结果不同分组患者的肠道细菌具有较高的多样性,在获得的所有OTUs中,厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、梭杆菌门分别占44.9%、28.4%、18.6%和5.5%,这4门的OTUs累计占97.4%。这些构成了大多数样本中的优势菌,但不同样本中优势细菌的组成有显著的区别。各分组的多样性指数统计分析发现,不同组之间的多样性指数差异不显著。健康人肠道细菌群落结构与肿瘤患者有着显著差异,结肠息肉患者的肠道细菌群落结构与健康人群的肠道细菌群落结构差异显著。健康组中非高血压和高血压组的肠道细菌群落结构差异无统计学意义,结肠息肉组中非高血压和高血压组的肠道细菌群落结构差异无统计学意义。结论肠道菌群的变化可能影响或导致结肠息肉和结肠肿瘤的发生、发展,观察肠道菌群的变化有助于研究结肠癌发展的微环境及机制,而高血压对健康人和肠道息肉患者的肠道菌群变化的无显著影响。 展开更多
关键词 肠道细菌 细菌群落结构 肿瘤 腺瘤 高通量测序
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松墨天牛成虫室内外种群肠道细菌的多样性及功能分析 被引量:8
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作者 陈宏健 周杨 +4 位作者 夏小洪 赵欣怡 乔恒 谈家金 郝德君 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期683-694,共12页
【目的】为明确松墨天牛Monochamus alternatus成虫中、后肠细菌群落结构,探索肠道细菌的潜在功能。【方法】分别提取室外和室内饲养的松墨天牛成虫各15头(室内和室外各15个中肠、15个后肠)的肠道DNA,利用二代测序技术对松墨天牛成虫肠... 【目的】为明确松墨天牛Monochamus alternatus成虫中、后肠细菌群落结构,探索肠道细菌的潜在功能。【方法】分别提取室外和室内饲养的松墨天牛成虫各15头(室内和室外各15个中肠、15个后肠)的肠道DNA,利用二代测序技术对松墨天牛成虫肠道细菌的16S rDNA V3–V4区序列进行测序,统计操作分类单元(OTUs)数量,分析物种组成、Alpha多样性和Beta多样性;采用PICRUSt软件预测肠道细菌的功能。【结果】共获得544180条高质量序列,在97%相似度下将其聚类为615个OTUs,总共注释到22个门、48个纲、112个目、172个科、285个属和408个种。室内种群的OTUs数量多于室外种群,室内外种群的OTUs种类存在差异性。同一种群的中、后肠之间差异不明显。变形菌门Proteobacteria为室内外松墨天牛肠道细菌的最优势门;肠杆菌属Enterobacter为室外种群肠道细菌和室内种群后肠细菌的最优势属,沙雷氏菌属Serratia为室内种群中肠的最优势属。Alpha多样性结果表明松墨天牛成虫室内种群肠道菌群的丰度显著高于室外种群;Beta多样性结果显示室外种群肠道菌群均一性和稳定性比室内种群好。室外和室内种群的中肠与后肠之间在菌群丰度和多样性上均无显著差异。功能预测结果表明,室内外松墨天牛成虫肠道菌群中代谢通路的丰度最高,其中以糖类代谢和氨基酸代谢为主,还有降解外源化学物质、萜类和聚酮类化合物及其他次生代谢物质的能力。不同种群、不同肠段之间的功能丰度均无显著差异。【结论】明确了取食不同食料的松墨天牛成虫中、后肠的细菌群落结构及差异,了解了肠道细菌的潜在作用,为进一步探究松墨天牛肠道共生菌的功能提供了理论基础。 展开更多
关键词 松墨天牛 成虫 肠道细菌 群落结构 功能预测
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肝硬化患者肠道细菌群落结构及其影响因素的研究 被引量:7
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作者 张磊 吴永娜 +3 位作者 张静 陈拓 李汛 刘光琇 《中华消化内镜杂志》 CSCD 北大核心 2019年第4期277-282,共6页
目的探讨肝硬化患者肠道细菌群落结构及其影响因素。方法2016—2017年兰州大学第一医院普外科、肝病科24名肝硬化患者(LC组)及同期陪床家属23名(HC组),运用16S rRNA基因高通量测序方法,对肝硬化患者(LC)和健康人(HC)肠道细菌群落结构进... 目的探讨肝硬化患者肠道细菌群落结构及其影响因素。方法2016—2017年兰州大学第一医院普外科、肝病科24名肝硬化患者(LC组)及同期陪床家属23名(HC组),运用16S rRNA基因高通量测序方法,对肝硬化患者(LC)和健康人(HC)肠道细菌群落结构进行了比较研究。结合LEfSe分析和NMDS分析,筛选差异标记物,探究肝硬化肠道细菌群落结构影响因素。结果在门水平上LC和HC肠道细菌优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroides)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、梭菌门(Fusobacteria)和软壁菌门(Tenericutes)等6个菌门。其中,厚壁菌门在LC显著降低,拟杆菌门在LC显著升高。LC肠道细菌多样性降低,厚壁菌门/拟杆菌门比显著下降,肝硬化患者肠道细菌群落结构发生了改变。LEfSe分析表明肠球菌属(Enterococcus)、乳酸菌目(Lactobacillales)、芽孢杆菌纲(Bacilli)和拟杆菌门(Bacteroidetes)的丰度在LC组呈现出显著差异,可作为潜在的标记细菌类群。NMDS分析表明LC组中镉与铅元素浓度与肠道细菌丰度呈正相关。结论肝硬化患者肠道细菌群落结构发生了改变。肠球菌属、乳酸菌目、芽孢杆菌纲和拟杆菌门作为潜在的标记细菌类群。LC组肠道镉和铅浓度可能与细菌丰度与结构发生相互作用,进而影响肝硬化的发生与发展。 展开更多
关键词 肝硬化 肠道细菌 细菌群落结构 影响因素
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不同农田生境对通俗腔蚓肠道菌群结构的影响 被引量:1
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作者 张玉峰 刘宏毅 +4 位作者 刘敏 董润玉 樊双虎 杨益沣 毕艳孟 《土壤通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期695-702,共8页
【目的】蚯蚓肠道微生物种类繁多,其中细菌群落对蚯蚓适应不同的生境具有重要作用,而关于蚯蚓肠道菌群的研究多集中于养殖型蚯蚓,野生蚯蚓的研究相对缺乏。【方法】为解析不同生境野生蚯蚓肠道的菌群差异,本研究采集河北省沧州市农林科... 【目的】蚯蚓肠道微生物种类繁多,其中细菌群落对蚯蚓适应不同的生境具有重要作用,而关于蚯蚓肠道菌群的研究多集中于养殖型蚯蚓,野生蚯蚓的研究相对缺乏。【方法】为解析不同生境野生蚯蚓肠道的菌群差异,本研究采集河北省沧州市农林科学院试验田中的黄瓜地和辣椒地的通俗腔蚓(Metaphire vulgaris),并通过高通量测序对其肠道细菌群落进行了分析。提取蚯蚓肠道微生物总DNA,特异性扩增16S rRNA基因的V3-V4区,利用Illumina Hiseq 2500测序平台进行双端测序,然后对OTU(operational taxonomic unit)归类,并进行物种组成分析、Alpha和Beta多样性分析、样品组间统计分析。【结果】蚯蚓肠道分离土样中CZM(采自辣椒地的蚯蚓)和CZH(采自黄瓜地的蚯蚓)相对丰度大于1%的优势菌属分别为12和13个,肠道细菌中门水平相对丰度最高的是变形菌(Proteobacteria)。同时,还发现一些未分类的细菌,CZH肠道菌群中未分类的细菌较多,且CZH肠道细菌多样性指数也高于CZM。此外,CZH和CZM肠道细菌中丰富度位于前30且有属类分析的OTU代表性序列在系统发育树中位置不同。【结论】在种植不同蔬菜的土壤环境中生存的同种蚯蚓肠道微生物存在差异,取自黄瓜地的蚯蚓肠道细菌多样性指数均显著高于取自辣椒地的样品,表明黄瓜地土壤更有利于蚯蚓形成丰富且稳定的肠道微生物菌群。 展开更多
关键词 通俗腔蚓 肠道菌群结构 16S rRNA基因 农田
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室内饲养松墨天牛幼虫不同肠段细菌的群落结构及功能分析 被引量:4
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作者 陈宏健 郝德君 +5 位作者 田敏 周杨 夏小洪 赵欣怡 乔恒 谈家金 《南京林业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期143-151,共9页
【目的】了解室内饲养松墨天牛(Monochamus alternatus)幼虫前、中、后肠段细菌的群落结构,比较不同肠段之间菌群多样性和优势菌群的差异,为揭示肠道细菌在松墨天牛获取营养、克服寄主植物化学防御的机理提供参考。【方法】分别提取室... 【目的】了解室内饲养松墨天牛(Monochamus alternatus)幼虫前、中、后肠段细菌的群落结构,比较不同肠段之间菌群多样性和优势菌群的差异,为揭示肠道细菌在松墨天牛获取营养、克服寄主植物化学防御的机理提供参考。【方法】分别提取室内饲养的松墨天牛4龄幼虫前、中、后肠各3组样本(每组5个前肠、5个中肠、5个后肠)的肠道DNA。利用Illumina HiSeq技术对松墨天牛幼虫肠道细菌的16S rDNA V3-V4区序列进行文库构建和高通量测序。原始序列使用Trimmomatic软件和FLASH软件分别进行质控和拼接。利用USEARCH软件对序列进行操作分类单元(OTUs)聚类,统计OTUs数量并绘制Venn图。在门和属分类水平上统计各样本的群落组成及物种丰度情况。通过Alpha多样性和Beta多样性分析反映不同样本的菌群多样性和相似性。采用PICRUSt软件预测松墨天牛幼虫肠道细菌映射到KEGG数据库上的功能,探究不同肠段细菌群落发挥的潜在功能。【结果】共获得643404条高质量序列,在97%相似度下将其聚类为1614个操作分类单元(OTUs),共注释到35门、63纲、137目、250科、554属和844种。前肠OTUs最少,后肠OTUs最多,每个肠段的OTUs组成上既有相似性,也存在差异性。变形菌门(Proteobacteria)为3个肠段中最优势门;葡糖杆菌属(Gluconobacter)为前肠中最优势属,沙雷氏菌属(Serratia)为中肠的最优势属,葡糖杆菌属和沙雷氏菌属同为后肠的最优势属。Alpha多样性显示中、后肠群落多样性更丰富;Beta多样性分析表明,3个肠段的细菌群落组成存在差异,但中肠与后肠的群落组成较相近。功能预测表明,整个肠道菌群中代谢功能丰度最高,其中以糖类代谢和氨基酸代谢为主,这些功能集中在中、后肠。【结论】本实验中菌群功能是基于PICRUSt软件预测的结果,松墨天牛幼虫室内种群的前、中、后肠的细菌群落结构及不同肠段细菌的潜� 展开更多
关键词 松墨天牛 肠道细菌 16S rDNA 群落结构 功能预测
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金龟子绿僵菌对斜纹夜蛾幼虫的生防效果、抗氧化酶活性和肠道细菌群落的影响 被引量:4
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作者 谭格 李天铭 +3 位作者 周志成 李江舟 张立猛 黄智华 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期1171-1183,共13页
【目的】测定金龟子绿僵菌(Metarhizium anisopliae)对斜纹夜蛾(Spodoptera litura)2龄幼虫的毒力,研究金龟子绿僵菌侵染后寄主体内抗氧化酶活性和肠道内细菌群落的变化,探讨斜纹夜蛾对金龟子绿僵菌侵染的防御机制。【方法】采用浸渍法... 【目的】测定金龟子绿僵菌(Metarhizium anisopliae)对斜纹夜蛾(Spodoptera litura)2龄幼虫的毒力,研究金龟子绿僵菌侵染后寄主体内抗氧化酶活性和肠道内细菌群落的变化,探讨斜纹夜蛾对金龟子绿僵菌侵染的防御机制。【方法】采用浸渍法测定不同浓度金龟子绿僵菌对斜纹夜蛾2龄幼虫的毒力;应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定肠道细菌群落。【结果】不同浓度的孢悬液对斜纹夜蛾2龄幼虫均有一定的毒力,处理7 d时半致死浓度(LC_(50))为3.944×10^(7)个孢子/mL;浓度为1.0×10^(9)个孢子/mL时,半致死时间最短(LT_(50))为4.6 d,校正后的死亡率为81.03%。处理后未致死的斜纹夜蛾幼虫体内抗氧化酶活性显著高于对照组。处理后致死的斜纹夜蛾幼虫肠道细菌群落多样性显著高于对照组;且处理后致死的斜纹夜蛾幼虫肠道细菌群落组成与对照组差异显著。【结论】金龟子绿僵菌对斜纹夜蛾幼虫的致死率和致死效率与金龟子绿僵菌的浓度呈正相关;斜纹夜蛾幼虫体内的抗氧化酶可能在抵抗金龟子绿僵菌侵染的过程中起重要作用。金龟子绿僵菌的侵染会导致斜纹夜蛾幼虫肠道细菌群落多样性升高和组成发生变化,Enterococcus、Escherichia和Pseudomonas等属可能是影响斜纹夜蛾幼虫抵抗金龟子绿僵菌侵染致死的重要因素。 展开更多
关键词 金龟子绿僵菌 斜纹夜蛾幼虫 抗氧化酶活性 肠道细菌 群落结构
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桑叶叶际和家蚕肠道细菌群落结构及功能分析 被引量:1
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作者 刘桂伽 陈永静 +1 位作者 孙庆业 张明珠 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 2022年第4期603-610,共8页
家蚕是我国重要的经济昆虫,主要以桑叶为食,了解家蚕肠道及所食桑叶叶际微生物对减少家蚕病害具有重要意义。以5龄第3天的家蚕幼虫和所食桑叶为研究对象,利用高通量测序技术对家蚕肠道和叶际细菌的16S rDNA V3–V4区序列进行测序分析。... 家蚕是我国重要的经济昆虫,主要以桑叶为食,了解家蚕肠道及所食桑叶叶际微生物对减少家蚕病害具有重要意义。以5龄第3天的家蚕幼虫和所食桑叶为研究对象,利用高通量测序技术对家蚕肠道和叶际细菌的16S rDNA V3–V4区序列进行测序分析。结果表明:桑叶叶际和家蚕肠道各部位细菌的多样性指数(Shannon指数和Simpson指数)无显著差异(P>0.05);NMDS分析显示桑叶叶际细菌与家蚕肠道细菌各自聚类,家蚕肠道各部分的细菌菌群无显著差异。桑叶叶际和家蚕肠道中共注释到的主要分类阶元有29个门、268个属:前4个优势门为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria);芽孢杆菌属Bacillus为桑叶叶际细菌的最优势属,泛菌属Pantoea为家蚕前肠细菌的最优势属,鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas为家蚕中肠和后肠细菌的最优势属。通过功能预测可知,消化系统、免疫系统、能量代谢、代谢性疾病和传染性疾病在家蚕的前肠、中肠中占比较高,氨基酸代谢、碳水化合物代谢、神经退行性疾病、免疫系统疾病、脂类代谢、其他氨基酸代谢、心血管疾病和核苷酸代谢在家蚕的后肠中占比较高。家蚕肠道细菌群落与叶际细菌群落前4个优势菌门一致;家蚕肠道的前肠和中肠功能菌群相似,与后肠差异较大。 展开更多
关键词 家蚕 叶际微生物 肠道细菌 群落结构 功能预测
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