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题名肠道病毒71型感染相关调控枢纽基因筛选
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作者
朱祥
尧晨光
胡康洪
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机构
湖北工业大学中德生物医学中心
发酵工程教育部重点实验室(湖北工业大学)
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出处
《生物信息学》
2017年第4期242-248,共7页
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基金
湖北省自然科学基金重点项目(2014CFA075)
武汉市科技局应用基础研究计划项目(2015060101010033)
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文摘
肠道病毒71型(enterovirus 71)是引起婴幼儿手足口病的重要病原体,目前尚无特效抗病毒药物,并且宿主对病毒感染的应答研究有限。为深入研究病毒感染后宿主调控机制,分析了EV71感染RD细胞的基因表达芯片数据,筛选到与感染时间相关的6 642个差异基因;同时使用加权基因共表达网络分析方法(WGCNA)构建基因调控网络,得到和病毒感染时间呈强正负关联的pink模块和darkgreen模块。结果表明:GO分析发现目标模块分别富集于前剪切体的反式组装与翻译起始,KEGG Pathway富集分析发现pink模块没有显著的通路富集,darkgreen模块通路富集于核糖体相关通路;Visant展示目标模块的调控网络并筛选出pink模块枢纽基因RPS4X、HSPA13、CXCL9、CD55与darkgreen模块枢纽基因ABLIM1、MPDU1、SUPT7L、CTSS。q PCR验证的3个持续上调的基因TXNIP、EGR1、c-FOS和8个枢纽基因的转录水平与芯片数据一致,其中TXNIP、EGR1、c-FOS表达上调超过2.5倍,CXCL9下调4.5倍。这些关键基因的发现可能为EV71感染机理的研究和药物研发提供参考。
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关键词
肠道病毒71型(EV71)
加权基因共表达网络分析
GO分析
枢纽基因
感染关联模块
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Keywords
Enterovirus 71
Weighted gene coexpression network analysis
Gene ontology analysis
Hub gene
infection associated modules
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分类号
R373.2
[医药卫生—病原生物学]
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