种稻年限对苏打盐碱土理化性质及真菌群落的影响 被引量：8

1

作者 陆水凤 王呈玉 +3 位作者 杜燕 吴阳生 高云航 刘淑霞 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期15-22,共8页

【目的】研究不同种稻年限对苏打盐碱土理化性质及真菌群落的影响,为盐碱地改良提供理论依据。【方法】以分别种植水稻1年、3年、5年、15年、20年和50年的苏打盐碱地土壤为研究对象,通过常规分析和IlluminaMiSeq平台测序分析,对不同种... 【目的】研究不同种稻年限对苏打盐碱土理化性质及真菌群落的影响,为盐碱地改良提供理论依据。【方法】以分别种植水稻1年、3年、5年、15年、20年和50年的苏打盐碱地土壤为研究对象,通过常规分析和IlluminaMiSeq平台测序分析,对不同种稻年限苏打盐碱土基本理化性质及真菌在ITS1+ITS2区域的丰度和多样性进行研究。【结果】随种稻年限增加,苏打盐碱土的pH、电导率、总碱度以及水溶性盐分总量均显著下降;有机质和微生物量碳含量显著增加;全氮、铵态氮和硝态氮含量随种稻年限增加呈升高趋势;速效磷含量先显著增加,在种稻20年时达最大值,之后略有下降;速效钾含量没有明显变化规律。种稻1年、3年、5年、15年、20年和50年的土壤中获得的真菌有效序列数量分别为56 942、42 482、45 987、92 214、64 665与68 515,包括5门12纲25目26科45属59种,其中枝孢菌属Cladosporium、霍特曼尼菌属Holtermanniella和马氏链球菌属Massariosphaeria为优势菌属,相对丰度均大于2%。α多样性指数随种稻年限增加先增大后逐渐减小,种稻5年时最大。土壤pH、电导率、总碱度、水溶性盐分总量和速效钾含量是影响种稻后苏打盐碱土真菌群落结构的主要环境因素。【结论】种植水稻可以明显改变苏打盐碱土基本理化性质和真菌群落结构,促进苏打盐碱土的改良。 展开更多

关键词 种稻年限 苏打盐碱土 理化性质 illuminamiseq测序 真菌群落 多样性

下载PDF 职称材料

碱度对水产养殖絮体生物学特性及氨氮转化的影响 被引量：8

2

作者 马涛 罗国芝 +1 位作者 谭洪新 陈伟 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期421-428,共8页

在异位式生物絮凝反应器中,添加鳗鲡循环水养殖系统中收集的残饵粪便进行生物絮体培养,用碳酸氢钠和1mol/L HCl控制反应器中的碱度水平(以CaCO3计)为:a组≥250mg/L、b组150~200mg/L、c组75~100mg/L,研究碱度对絮体形成过程中3种形态氮... 在异位式生物絮凝反应器中,添加鳗鲡循环水养殖系统中收集的残饵粪便进行生物絮体培养,用碳酸氢钠和1mol/L HCl控制反应器中的碱度水平(以CaCO3计)为:a组≥250mg/L、b组150~200mg/L、c组75~100mg/L,研究碱度对絮体形成过程中3种形态氮含量、絮体的氮素转化及粗蛋白、粗脂肪和胞外聚合物含量的影响,用IlluminaMiseq测序技术检测了絮体微生物群落的多样性。试验结果表明,碱度150~200mg/L试验组絮体氮素转化率[(70.84±7.67)%]、粗蛋白含量[(36.74±0.59)%]、疏松结合胞外聚合物和紧密结合胞外聚合物中蛋白质与多糖比和絮体原核、真核微生物群落Shannon多样性指数均优于其他试验组。将碱度提高至逾150mg/L,可促使反应器中的硝化作用。3组絮体中具有显著性差异的原核微生物优势菌群为变形菌门和Saccharibacteria门,3个试验组中变形菌门的比例分别为45.96%、27.81%、80.07%;絮体真核微生物具有显著性差异的优势菌群为子囊菌门和纤毛虫门,3个试验组中纤毛虫门的比例分别为7.24%、0.43%、14.85%。异位式生物絮体培养过程中碱度应控制在150mg/L以上时,絮体微生物多样性增加,氮素转化效率增高。 展开更多

关键词 碱度 残饵粪便 生物絮体 illuminamiseq测序 微生物群落

下载PDF 职称材料

利用Illumina Miseq测序技术研究鲍内脏多肽对小鼠肠道微生物的影响 被引量：2

3

作者 张莎莎 吴振聪 +2 位作者 杨转 马英 熊何健 《安徽农业科学》 CAS 2019年第8期93-97,共5页

[目的]研究鲍内脏活性物质对小鼠肠道微生物的影响。[方法]从鲍内脏中制备多肽并灌胃小鼠,利用Illumina Miseq测序技术分析小鼠肠道微生物的群落结构及动态变化。[结果]门水平上,小鼠肠道微生物最优势菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes),占... [目的]研究鲍内脏活性物质对小鼠肠道微生物的影响。[方法]从鲍内脏中制备多肽并灌胃小鼠,利用Illumina Miseq测序技术分析小鼠肠道微生物的群落结构及动态变化。[结果]门水平上,小鼠肠道微生物最优势菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes),占总序列的69.10%;其次为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),分别占总序列的23.50%和5.00%,变形菌门又以δ-变形菌纲居多。属水平上,最优势类群为拟杆菌目(Bacteroidales)的一个未知分类属,占30.33%;其次为拟普雷沃菌属(Alloprevotella)和拟杆菌属(Bacteroides),分别占12.47%和9.80%。灌胃鲍内脏多肽后,小鼠肠道中丰度前30位的菌属中有4个属的丰度上调,其中副拟杆菌属(Parabacteroides)的丰度显著上调。丰度下调的属有7个,其中毛螺菌科(Lachnospiraceae)一个未分类属和厌氧支原体属(Anaeroplasma)丰度显著下调。[结论]灌胃鲍内脏多肽后小鼠肠道微生物多样性呈增加的趋势,且在小鼠肠道中检测到一些与宿主健康相关的差异细菌类群。 展开更多

关键词 鲍内脏多肽 肠道微生物 illuminamiseq测序

下载PDF 职称材料

利用Illumina MiSeq高通量测序技术分析原料乳的菌群分布 被引量：19

4

作者 于国萍 陈媛 +3 位作者 姚宇秀 范美婧 刘鹏 董良伟 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2018年第16期186-191,共6页

为测定原料乳中的菌群分布情况,应用Illumina MiSeq高通量测序方法,主要对14个奶牛场的原料乳进行采集,通过DNA测序确定菌群的多样性及致病菌的分布情况,进行操作分类单元聚类分析、Alpha多样性分析、物种分类分析3方面的测定。结果表... 为测定原料乳中的菌群分布情况,应用Illumina MiSeq高通量测序方法,主要对14个奶牛场的原料乳进行采集,通过DNA测序确定菌群的多样性及致病菌的分布情况,进行操作分类单元聚类分析、Alpha多样性分析、物种分类分析3方面的测定。结果表明不同牧场的菌群存在多样性,位于前列的分别是肠球菌属(Enterococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、不动杆菌属(Acinetobacter)、乳球菌属(Lactococcus),同时表明,个别牛场原料乳中有金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)和志贺菌(Shigella)的存在。 展开更多

关键词 illuminamiseq高通量测序 原料乳 菌群分布情况

下载PDF 职称材料

武夷山常绿阔叶林土壤微生物多样性的季节动态 被引量：12

5

作者 李巍 刘洋 +4 位作者 罗钦 徐辉 刘文静 罗土炎 涂杰峰 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期115-126,共12页

为了解武夷山自然保护区常绿阔叶林土壤微生物群落特征和季节变化,采用Illumina Miseq高通量测序技术分析了土壤微生物多样性的季节响应。结果表明,武夷山常绿阔叶林土壤为典型的南方酸性土壤,有效钾、土壤温度四季内存在显著差异,其他... 为了解武夷山自然保护区常绿阔叶林土壤微生物群落特征和季节变化,采用Illumina Miseq高通量测序技术分析了土壤微生物多样性的季节响应。结果表明,武夷山常绿阔叶林土壤为典型的南方酸性土壤,有效钾、土壤温度四季内存在显著差异,其他理化指标均无显著差异。土壤中的微生物多样性比较丰富,已鉴定出23门206属细菌和2门17属的古菌。夏季反映细菌总数的Chao指数最高,但反映细菌多样性的Shannon指数比春季低0.21,夏季古菌的Chao指数和Shannon指数分别比冬季高21.7%和0.27%。4个季节共有的细菌和古菌分别占总数的83.1%和70.0%,说明武夷山常绿阔叶林土壤不同季节的核心微生物组成具有很好的稳定性。在门和属水平的聚类树分析表明,春季和冬季的细菌和古菌群落组成最为接近,而夏季与其他3个季节的差异最大。冗余分析和热图分析结果表明,土壤p H是决定和影响细菌和古菌多样性的主要环境因子,有效钾、有效碳和总氮对微生物群落组成均有很大的影响。因此,随季节变化武夷山常绿阔叶林土壤微生物多样性呈现出规律性变化。 展开更多

关键词 常绿阔叶林 illuminamiseq高通量测序 土壤 细菌 古菌 季节

下载PDF 职称材料

不同地区青檀根际土壤肥力和真菌多样性及其相关性分析 被引量：12

6

作者 常强强 范佳佳 +2 位作者 刘慧君 李晓红 张小平 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期27-34,共8页

为了探明不同地区青檀(Pteroceltis tatarinowii Maxim.)根际土壤真菌多样性及其与土壤肥力的关系,对国内7省(广西、安徽、河南、陕西、四川、山东和辽宁)1市(北京)8个样地野生青檀根际土壤的肥力指标(包括pH值、速效磷含量和速效钾含量... 为了探明不同地区青檀(Pteroceltis tatarinowii Maxim.)根际土壤真菌多样性及其与土壤肥力的关系,对国内7省(广西、安徽、河南、陕西、四川、山东和辽宁)1市(北京)8个样地野生青檀根际土壤的肥力指标(包括pH值、速效磷含量和速效钾含量)进行比较,并采用Illumina MiSeq高通量测序技术对其根际土壤的真菌多样性进行了分析;在此基础上,对土壤真菌多样性指数与土壤肥力指标的相关性以及土壤真菌科水平相对丰度前20位的操作分类单元(OTUs)与土壤肥力指标的相关性进行分析。结果表明:供试8个样地青檀根际土壤的pH值为pH 6.06~pH 7.61,速效磷含量为0.49~3.27μg·g^(-1),速效钾含量为150.24~636.89μg·g^(-1)。基于土壤真菌DNA测序结果,以有效序列相似度97%为阈值获得7 143个OTUs,鉴定出6门32纲106目254科,其中,包括子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)和接合菌门(Zygomycota)3个优势门以及Incertae sedis(GenBank数据库中存在,但未准确分类的科)、被孢霉科(Mortierellaceae)、发菌科(Trichocomaceae)、丛赤壳科(Nectriaceae)和Archaeorhizomycetaceae 5个共有优势科;不同样地的土壤真菌多样性差异明显,Chao1指数、Shannon-Wiener指数和Simpson指数分别为1 041.37~1 793.19、5.39~6.14和0.007~0.020,盖度为98.90%~99.84%。相关性分析结果表明:土壤真菌Chao1指数与土壤速效钾含量呈显著(P<0.05)负相关,其余土壤真菌多样性指数与土壤肥力指标的相关性均不显著;在相对丰度前20位的OTUs中,55%OTUs与土壤pH值呈负相关,并且,多数OTUs与土壤的速效磷含量和速效钾含量呈正相关,其中,OTU0(被孢霉科)与土壤pH值呈显著负相关,OTU1(丛赤壳科)和OTU4(伞型束梗孔菌科)(Agaricostilbaceae)与土壤速效钾含量呈显著正相关。研究结果显示:野生青檀根际土壤呈弱酸性至弱碱性,并具有富钾少磷的特点;青檀根际土壤真菌多样性与土壤肥力有一定相关性,并� 展开更多

关键词 青檀 土壤肥力 土壤真菌多样性 illuminamiseq高通量测序技术 操作分类单元(OTUs) 相关性分析

下载PDF 职称材料

高通量测序解析微生物肥料对红壤有机农田土壤微生物群落的影响 被引量：10

7

作者 王超 陈刘军 +3 位作者 田伟 黄思杰 王磊 席运官 《江苏农业科学》 2019年第2期272-277,共6页

高通量测序技术可用于精确分析土壤微生物群落,从微生物群落结构和多样性的角度阐释微生物肥料对有机农田根区土壤微生物群落的影响。在红壤有机农田轮作种植条件下,施用微生物肥料后利用Illumina MiSeq高通量测序技术结合相关生物信息... 高通量测序技术可用于精确分析土壤微生物群落,从微生物群落结构和多样性的角度阐释微生物肥料对有机农田根区土壤微生物群落的影响。在红壤有机农田轮作种植条件下,施用微生物肥料后利用Illumina MiSeq高通量测序技术结合相关生物信息学分析土壤细菌和真菌的多样性指数及群落结构。结果表明,从6个有机农田根区土壤样本中获得7 729个细菌分类操作单元(operational taxonomic units,简称OTU)和3 271个真菌OTU,细菌和真菌文库测序覆盖率均在99%以上。微生物肥料会显著降低土壤细菌和真菌种群多样性,且可在一定程度上降低细菌群落丰富度,显著降低真菌群落丰富度;并减少根区土壤特有细菌和真菌物种数量。放线菌门、变形菌门和酸杆菌门是优势细菌,子囊菌门是优势真菌;微生物肥料会提高放线菌门、变形菌门、厚壁菌门和担子菌门的相对丰度,分别比对照组提高29. 46%、9. 17%、129. 33%、165. 73%;但会降低酸杆菌门、绿弯菌门、子囊菌门、接合菌门的相对丰度,分别比对照组降低30. 14%、33. 50%、17. 27%、86. 33%。因此,施用微生物肥料可改变红壤有机农田根区土壤细菌和真菌的丰富度和多样性,有助于控制作物病害发生。 展开更多

关键词 微生物肥料 根区土壤 illuminamiseq高通量测序 微生物群落 种群多样性 相对丰度

下载PDF 职称材料

C/N对SBR生物脱氮硝化过程微生物结构的动态影响 被引量：9

8

作者 宁高阳 牛永健 +2 位作者 李维维 杨浩 孙洪伟 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第5期2053-2061,共9页

为揭示碳氮比(C/N)对硝化过程影响的机理本质,试验以人工模拟废水为研究对象,采用4组平行的SBR(R0、R5、R10、R15)反应器,基于16S rRNA基因-Illumina MiSeq高通量测序技术,考察了4种C/N(0、5、10、15)对硝化过程功能微生物组成和结构特... 为揭示碳氮比(C/N)对硝化过程影响的机理本质,试验以人工模拟废水为研究对象,采用4组平行的SBR(R0、R5、R10、R15)反应器,基于16S rRNA基因-Illumina MiSeq高通量测序技术,考察了4种C/N(0、5、10、15)对硝化过程功能微生物组成和结构特征的影响.结果表明:4种C/N条件下,系统均获得了较好的去除氨氮(去除率>95%)和COD(去除率>90%)效果,TN也有不同程度的降低.此外,C/N会显著影响系统内微生物的多样性、种群结构和功能.R0系统Chao1指数(922)、ACE指数(1232.4)、Shannon指数(6.76)和Simpson指数(0.96)均最大,故微生物多样性最丰富,而R5的物种丰富度最低.在微生物门水平上,变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)等9个相对丰度较高的门是重要的微生物门,其中变形菌门(Proteobacteria)约全部微生物的40.7%~65.2%,是4个系统中最优势的菌门.硝化过程的关键菌群亚硝化单胞菌科(Nitrosomonadaceae)及硝化螺旋菌属(Nitrospira)的相对丰度表现出随着C/N升高而急剧降低的趋势.基于LEfSe分析共获得了34组具有显著差异的微生物,从而得到了每种C/N条件下在微生物学分类水平上的菌群关键生物标记物. 展开更多

关键词 C/N illuminamiseq高通量测序 硝化过程 微生物多样性 LEfSe组间差异

下载PDF 职称材料

江淮地区不同品种光敏型高丹草对土壤微生态环境的影响 被引量：3

9

作者 李争艳 徐智明 +1 位作者 师尚礼 贺春贵 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期326-335,共10页

为了研究江淮地区不同品种光敏型高丹草(Sorghum-sudangrass hybrid)对土壤微生态环境的影响,本研究选取海牛Monster(HN)、帕卡Pa Kahuna(PK)、大卡Big Kahuna(DK)和高丹草BJ0603(GDC)4个品种,利用传统法测定不同土层土壤理化性质、使... 为了研究江淮地区不同品种光敏型高丹草(Sorghum-sudangrass hybrid)对土壤微生态环境的影响,本研究选取海牛Monster(HN)、帕卡Pa Kahuna(PK)、大卡Big Kahuna(DK)和高丹草BJ0603(GDC)4个品种,利用传统法测定不同土层土壤理化性质、使用试剂盒测定根际土壤酶活性,通过高通量测序法对根际土壤细菌群落多样性进行了分析。结果表明:各品种根部土壤理化性质、酶活性及微生物多样性具有显著的品种差异;PK根际土壤细菌多样性显著高于其他3个品种;根际土壤细菌群落多样性变化与土壤总氮(Total nitrogen,TN)及有机质(Organic matter,OM)含量变化关系较大。综上,不同品种土壤微生态环境差异显著,因此,根据不同品种特性制定引种及管理方案可以在提高产量和品质的基础上改良土壤,提高土地生产力。 展开更多

关键词 光敏型高丹草 江淮地区 土壤酶活性 土壤细菌群落多样性 illuminamiseq高通量测序

下载PDF 职称材料

利用高通量测序法分析中国北方葡萄园土壤细菌的多样性 被引量：3

10

作者 宋雪洁 刘波 刘天明 《江苏农业科学》 2018年第5期48-52,共5页

采用Illumina Miseq高通量测序技术对葡萄园土壤中细菌16S r DNA(V4)区进行测序,分析不同生态区、不同品种、园区不同土层深度土壤微生物群落的多样性,比较不同生态区、不同品种和农家肥对土壤微生物群落结构的影响。结果表明,随土层深... 采用Illumina Miseq高通量测序技术对葡萄园土壤中细菌16S r DNA(V4)区进行测序,分析不同生态区、不同品种、园区不同土层深度土壤微生物群落的多样性,比较不同生态区、不同品种和农家肥对土壤微生物群落结构的影响。结果表明,随土层深度增加,10~70 cm深度的土壤微生物种类数由多到少依次递减,处于0~10 cm地表的微生物种类相对较少,与40~50 cm土层的微生物种类数相近;河北省怀来县5个不同土层深度中,基于"门"分类单元共测得23 382个分类单元,其中1 384个分类单元是5层土样中共有的;5个不同深度土层的土样在门分类水平上占优势的物种有9个门,分别为变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、浮霉菌门(Planctomycetes)、放线菌门(Actinobacteria)、绿屈挠菌门(Chloroflexi)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes),占比分别为34.9%、20.1%、13.6%、8.6%、6.5%、3.7%、2.8%、2.7%、2.5%;同一施农家肥条件下,品种对微生物种类数量的影响相对较小,不同生态地域间物种的数量差异相对稍大;施用农家肥可以明显改变生态地域对微生物种群的影响,土壤中微生物在属分类水平上有相似的群落组成。 展开更多

关键词 illuminamiseq高通量测序 土壤 细菌 群落多样性 葡萄园

下载PDF 职称材料

吉林省四平地区粉黏壤土微生物群落结构与环境因子的关系 被引量：2

11

作者 黄冠南 丁美月 +2 位作者 马金才 朱立月 李慧儒 《江苏农业科学》 2019年第14期306-310,共5页

微生物作为土壤中的重要组成部分,对土壤生态系统中的物质循环和能量流动有着至关重要的作用.吉林四平地区是东北地区三大粮仓之一,该地区粉黏壤土的微生物群落结构情况虽然重要,却鲜有人进行研究.在该地区的农业土地区域采集6个土壤样... 微生物作为土壤中的重要组成部分,对土壤生态系统中的物质循环和能量流动有着至关重要的作用.吉林四平地区是东北地区三大粮仓之一,该地区粉黏壤土的微生物群落结构情况虽然重要,却鲜有人进行研究.在该地区的农业土地区域采集6个土壤样品点,应用二代高通量测序技术进行分析,并利用样品中的优势类群与土壤理化性质的Pearson相关性分析、典范对应分析(CCA)以及方差分解分析(VPA),以确定该地区微生物群落结构与环境因子的关系.分析结果显示,共同影响细菌、真菌优势类群的环境因素是pH值和铵态氮含量.方差分解分析(VPA)结果则又进一步指出,铵态氮含量、土壤pH值及土壤黏粒程度分别解释了15.73%、22.84%、16.81%的细菌群落结构组成变化原因;铵态氮含量、土壤pH值、溶解性有机碳含量分别解释了24.32%、20.74%、22.37%的真菌群落结构组成变化原因.通过二代高通量测序技术以及统计学研究,可以为东北地区粉黏壤土中的微生物群落结构与环境因子的关系研究提供一些新的理论依据. 展开更多

关键词 illuminamiseq高通量测序 粉黏壤土 细菌 真菌 优势类群

下载PDF 职称材料