-
题名厚朴转录组特征分析及EST-SSR标记的开发
被引量：14
- 1
-
-
作者
杨旭
杨志玲
谭美
程小燕
-
机构
中国林业科学研究院亚热带林业研究所/浙江省林木育种技术研究重点实验室
-
出处
《核农学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第7期1318-1329,共12页
-
基金
国家自然科学基金(31270585)
-
文摘
为探明厚朴的基因组信息,开发合适的生物学工具以促进厚朴的遗传育种,本研究利用Illumina-Solexa测序技术对厚朴根、茎皮、叶不同组织的9个样本进行转录组分析,获得大量的序列信息,并以转录组序列为基础进行厚朴SSR分子标记的大规模发掘。结果表明,共获得了109 526条厚朴转录组序列,平均序列长度为1 023 bp,通过与蛋白数据库NR、Swiss-Prot、GO、KOG和KEGG五个数据库比对,分别有6 0361、39 942、65 535、51 351和27 310条厚朴转录组的Unigene被注释;厚朴转录组表达信息进行大通量SSR位点的发掘,发现了含SSR位点的序列25 925条,共27 721个SSR位点,SSR出现的频率为23.67%。厚朴转录组共发现了374种碱基重复模式,且CT/GA和AG/TC是主要的双碱基重复序列,AGA/TCT和AAG/TTC是主要的三碱基重复序列;随机挑选的180对SSR引物中有104对产生清晰可重复的条带,21对引物具有多态性,厚朴SSR引物多态性较高。本研究结果为厚朴及近缘种的遗传多样性分析、遗传图谱构建及比较基因组研究奠定了一定的理论基础。
-
关键词
厚朴
转录组
illumina-Solexa测序技术
EST-SSR
-
Keywords
Houpoea officinalis
transcriptome
illumina paired-end sequencing
EST-SSR
-
分类号
S567.11
[农业科学—中草药栽培]
-
