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不同落叶果树根际微生物群落代谢与组成的差异性研究 被引量:14
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作者 邵微 于会丽 +6 位作者 张培基 徐国益 乔宪生 高登涛 王志强 田鹏 司鹏 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期1371-1383,共13页
【目的】从根际微生物群落代谢与组成方面探讨不同落叶果树根际差异性。【方法】利用Biolog ECO板方法与Illumina Miseq sequencing技术,以未种植果树区域土壤为对照,研究苹果、梨及葡萄等8种落叶果树根际微生物群落的代谢与组成。【结... 【目的】从根际微生物群落代谢与组成方面探讨不同落叶果树根际差异性。【方法】利用Biolog ECO板方法与Illumina Miseq sequencing技术,以未种植果树区域土壤为对照,研究苹果、梨及葡萄等8种落叶果树根际微生物群落的代谢与组成。【结果】8种果树根际微生物的代谢活性与功能多样性指数(除Pielou均匀度指数E外)均显著高于对照。比较8种果树根际微生物群落的碳源利用特征情况发现,杏树根际微生物群落对酚酸类物质(PC,phenolic compounds)的利用比率显著下降,对碳水化合物(CH,carbohydrate)的利用比率显著上升,而对照土壤微生物群落对氨基酸类(AA,amino acids)碳源利用比率最高。细菌与真菌群落纲水平相对丰度表明,8种果树根际细菌与真菌群落相对丰度存在明显差异,其中苹果与核桃γ-变形菌纲相对丰度较其他果树显著上升;而与细菌群落相比,8种果树根际真菌群落在纲水平上差异更为明显。基于纲水平优势菌与微生物群落代谢之间的相关性分析表明,微生物群落代谢与Betaproteobacteria、Alphaproteobacteria及Sphingobacteriia呈显著正相关,而与Gemmatimonadetes、Sordariomycetes、Glomeromycetes及Chytridiomycetes均呈显著负相关。另外,RDA分析表明,微生物功能多样性(除E外)与细菌α多样性呈正相关,而与真菌α多样性呈负相关。【结论】8种果树微生物群落碳代谢存在显著差异。8种果树根际细菌与真菌群落均存在显著差异,而真菌群落较细菌差异更为显著。根际微生物群落代谢与细菌群落呈正相关,而与真菌群落呈负相关。 展开更多
关键词 落叶果树 根际土壤微生物群落 Biolog Eco-板 illumina miseq sequencing技术 相关分析
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采用Illumina MiSeq测序技术分析葡萄籽原花青素对奶牛体外瘤胃发酵产甲烷菌区系的影响 被引量:9
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作者 童津津 张华 +4 位作者 孙铭维 杨德莲 张婕 熊本海 蒋林树 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期314-323,共10页
本研究旨在基于Illumina MiSeq测序技术分析葡萄籽原花青素对奶牛体外瘤胃发酵产甲烷菌区系的影响。试验分为6组,以500 g精粗比为40∶60的全混合日粮为发酵底物,分别添加0(对照)、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5 g/kg的葡萄籽原花青素。体外发... 本研究旨在基于Illumina MiSeq测序技术分析葡萄籽原花青素对奶牛体外瘤胃发酵产甲烷菌区系的影响。试验分为6组,以500 g精粗比为40∶60的全混合日粮为发酵底物,分别添加0(对照)、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5 g/kg的葡萄籽原花青素。体外发酵24 h后提取各发酵液总DNA,采用Illumina MiSeq PE300高通量测序平台进行测序。结果表明:1)与对照组相比,添加0.1、0.2 g/kg葡萄籽原花青素降低了产甲烷菌的分类操作单元(OTUs)数量,添加0.3、0.4、0.5 g/kg葡萄籽原花青素增加了产甲烷菌的OTUs数量,但差异并不显著(P>0.05);葡萄籽原花青素添加量对Chao1指数和Shannon指数均无显著影响(P>0.05),即对产甲烷菌的多样性没有显著影响。2)在门水平上,与对照组相比,添加0.3、0.4、0.5 g/kg葡萄籽原花青素显著降低了广古菌门的丰度(P<0.05)。在科水平上,与对照组相比,甲烷杆菌科的丰度随着葡萄籽原花青素添加量的增加有降低的趋势,且在添加量为0.4 g/kg时丰度显著降低(P<0.05); Methanomassiliicoccaceae的丰度随着葡萄籽原花青素添加量的增加而增加,且当添加量为0.3、0.4 g/kg时显著增加(P<0.05)。在属水平上,与对照组相比,甲烷短杆菌属的丰度随着葡萄籽原花青素添加量的增加而降低,且当添加量为0.4 g/kg时显著降低(P<0.05),当添加量为0.5 g/kg时有回升的趋势,但是仍低于对照组;甲烷杆菌属的丰度随着葡萄籽原花青素添加量的增加而降低,且当添加量为0.4、0.5 g/kg时显著降低了该属的丰度(P<0.05); Candidatus_Methanoplasma的丰度随着葡萄籽原花青素添加量的增加有上升趋势,且当添加量为0.3、0.4 g/kg时显著增加了该属的丰度(P<0.05);甲烷球形菌属的丰度随着葡萄籽原花青素添加量的增加而降低,且当添加量为0.3、0.4、0.5 g/kg时显著降低了该属的丰度(P<0.05)。由此可知,添加葡萄籽原花青素在门、科、属水平上均对奶牛体外瘤� 展开更多
关键词 葡萄籽原花青素 奶牛 产甲烷菌 illumina miseq测序技术
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咸丰和当阳地区鲊广椒细菌群落结构差异性研究 被引量:5
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作者 李娜 张苗苗 +2 位作者 舒娜 张振东 侯强川 《中国酿造》 CAS 北大核心 2020年第10期48-53,共6页
采用Illumina Mi Seq高通量测序技术对咸丰地区鲊广椒细菌群落结构进行解析,同时结合之前研究报道的当阳地区鲊广椒样品分析数据,探究不同地区鲊广椒菌群结构的异同。结果表明,咸丰地区鲊广椒优势细菌门为硬壁菌门(Firmicutes)、变形菌... 采用Illumina Mi Seq高通量测序技术对咸丰地区鲊广椒细菌群落结构进行解析,同时结合之前研究报道的当阳地区鲊广椒样品分析数据,探究不同地区鲊广椒菌群结构的异同。结果表明,咸丰地区鲊广椒优势细菌门为硬壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria),优势细菌属为乳酸杆菌属(Lactobacillus)、片球菌属(Pediococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、棒状杆菌属(Corynebacterium)、盐单胞菌属(Halomonas)和明串珠菌属(Leukonostoc)。其细菌的丰度和多样性均极显著高于当阳地区(P<0.01),同时,一些低丰度的菌群在两个地区的样品中存在显著差异(P<0.05),乳杆菌属和片球菌属为主要优势菌属和核心菌属。此外,两地区鲊广椒中均广泛分布有肠杆菌属(Enterobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)和芽孢杆菌属(Bacillus)等致病共栖菌。相关性分析结果表明,鲊广椒发酵菌群彼此间存在密切的相关关系,其制作和生产需要多种微生物的协调作用。 展开更多
关键词 鲊广椒 illumina miseq测序技术 细菌群落结构 咸丰 当阳
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利用Illumina Miseq测序技术分析浏阳霉豆腐制作过程中微生物变化 被引量:5
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作者 胡旺 陈梦娟 +2 位作者 尹含靓 李孝仁 蒋立文 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2021年第24期265-270,共6页
浏阳霉豆腐是湖南的一种地方特色发酵豆腐制品,具有细菌自然发酵为主、周期短、易控制的特点。该文对采取结合常规方法和Illumina Miseq测序技术对豆腐、发酵24 h、发酵48 h、酒水浸泡、豆腐拌料后半成品5个步骤的微生物群落变化进行了... 浏阳霉豆腐是湖南的一种地方特色发酵豆腐制品,具有细菌自然发酵为主、周期短、易控制的特点。该文对采取结合常规方法和Illumina Miseq测序技术对豆腐、发酵24 h、发酵48 h、酒水浸泡、豆腐拌料后半成品5个步骤的微生物群落变化进行了分析,研究发现,豆腐细菌数量均在10^(7) CFU/g以上,发酵48 h数量在10^(9) CFU/g以上,5个阶段共有的可操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)数量为113个,不同阶段OTU数具有较大差异,微生物种类及多样性在发酵48 h达到最高值,变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)在样品中占绝对优势,确定的微生物属主要以泛菌属(Pantoea)、肠杆菌属(Enterobacter)、明串珠菌属(Leuconostoc)、假单胞菌属(Pseudomonas)为优势菌属。不同阶段微生物结构在消长变化,这可为传统产业发展提供科学基础。 展开更多
关键词 浏阳霉豆腐 微生物变化 illumina miseq测序技术 细菌发酵 优势菌属
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基于Illumina Miseq测序技术分析剁辣椒产地预加工过程中菌群变化 被引量:3
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作者 陈梦娟 蒋立文 +4 位作者 刘洋 王蓉蓉 周辉 赵玲艳 覃业优 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2022年第16期140-147,共8页
基于Illumina Miseq测序技术,对山东、山西的朝天椒(Capsicum annuum L.)和线椒(Capsicum frutescens L.)产地加工过程中细菌16S rDNA和真菌ITS进行测序,解析其细菌及真菌群落结构多样性变化,并探讨不同产地加工工艺的合理性和科学性。... 基于Illumina Miseq测序技术,对山东、山西的朝天椒(Capsicum annuum L.)和线椒(Capsicum frutescens L.)产地加工过程中细菌16S rDNA和真菌ITS进行测序,解析其细菌及真菌群落结构多样性变化,并探讨不同产地加工工艺的合理性和科学性。结果表明:两种辣椒产地原料上附着的细菌和真菌菌群差异显著,经盐渍加工后,两种辣椒中细菌菌群仍存在显著差异(P<0.05),而真菌菌群差异性则随着加工的进行逐步减小。根据可培养微生物计数结果发现,经两次清洗后,线椒样品中可培养细菌和真菌数量分别增至2.6×10^(6)和1.6×10^(6) CFU/g,而朝天椒的可培养细菌和真菌数量分别降至9.0×10^(4)和6.6×10^(3) CFU/g,说明相同设备用于清洗线椒时的适用性低,导致清洗过程中微生物积累。拌盐后的朝天椒和线椒样品中,可培养细菌和真菌数量降至10^(2)~10^(4) CFU/g。该研究揭示了盐渍辣椒加工中微生物的群落结构和多样性变化规律,为提升产地加工水平、设备优化及品质安全与控制提供科学依据。 展开更多
关键词 剁辣椒 预加工 illumina miseq 测序技术 细菌多样性 真菌多样性
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不同地区青檀根际土壤肥力和真菌多样性及其相关性分析 被引量:12
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作者 常强强 范佳佳 +2 位作者 刘慧君 李晓红 张小平 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期27-34,共8页
为了探明不同地区青檀(Pteroceltis tatarinowii Maxim.)根际土壤真菌多样性及其与土壤肥力的关系,对国内7省(广西、安徽、河南、陕西、四川、山东和辽宁)1市(北京)8个样地野生青檀根际土壤的肥力指标(包括pH值、速效磷含量和速效钾含量... 为了探明不同地区青檀(Pteroceltis tatarinowii Maxim.)根际土壤真菌多样性及其与土壤肥力的关系,对国内7省(广西、安徽、河南、陕西、四川、山东和辽宁)1市(北京)8个样地野生青檀根际土壤的肥力指标(包括pH值、速效磷含量和速效钾含量)进行比较,并采用Illumina MiSeq高通量测序技术对其根际土壤的真菌多样性进行了分析;在此基础上,对土壤真菌多样性指数与土壤肥力指标的相关性以及土壤真菌科水平相对丰度前20位的操作分类单元(OTUs)与土壤肥力指标的相关性进行分析。结果表明:供试8个样地青檀根际土壤的pH值为pH 6.06~pH 7.61,速效磷含量为0.49~3.27μg·g^(-1),速效钾含量为150.24~636.89μg·g^(-1)。基于土壤真菌DNA测序结果,以有效序列相似度97%为阈值获得7 143个OTUs,鉴定出6门32纲106目254科,其中,包括子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)和接合菌门(Zygomycota)3个优势门以及Incertae sedis(GenBank数据库中存在,但未准确分类的科)、被孢霉科(Mortierellaceae)、发菌科(Trichocomaceae)、丛赤壳科(Nectriaceae)和Archaeorhizomycetaceae 5个共有优势科;不同样地的土壤真菌多样性差异明显,Chao1指数、Shannon-Wiener指数和Simpson指数分别为1 041.37~1 793.19、5.39~6.14和0.007~0.020,盖度为98.90%~99.84%。相关性分析结果表明:土壤真菌Chao1指数与土壤速效钾含量呈显著(P<0.05)负相关,其余土壤真菌多样性指数与土壤肥力指标的相关性均不显著;在相对丰度前20位的OTUs中,55%OTUs与土壤pH值呈负相关,并且,多数OTUs与土壤的速效磷含量和速效钾含量呈正相关,其中,OTU0(被孢霉科)与土壤pH值呈显著负相关,OTU1(丛赤壳科)和OTU4(伞型束梗孔菌科)(Agaricostilbaceae)与土壤速效钾含量呈显著正相关。研究结果显示:野生青檀根际土壤呈弱酸性至弱碱性,并具有富钾少磷的特点;青檀根际土壤真菌多样性与土壤肥力有一定相关性,并� 展开更多
关键词 青檀 土壤肥力 土壤真菌多样性 illuminamiseq高通量测序技术 操作分类单元(OTUs) 相关性分析
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遂宁榨菜发酵过程中细菌群落多样性和基因功能预测分析 被引量:6
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作者 郝卓莉 《中国酿造》 CAS 北大核心 2021年第5期59-64,共6页
利用Illumina Miseq高通量测序技术解析遂宁榨菜发酵过程中细菌的多样性,并结合功能预测软件PICRUSt分析微生物群落功能。结果表明,不同发酵时间(10个)样品测序共获得495681条有效序列,318个可操作分类单元(OTU)。门水平上,优势菌门为... 利用Illumina Miseq高通量测序技术解析遂宁榨菜发酵过程中细菌的多样性,并结合功能预测软件PICRUSt分析微生物群落功能。结果表明,不同发酵时间(10个)样品测序共获得495681条有效序列,318个可操作分类单元(OTU)。门水平上,优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),其两者相对丰度之和>93%;属水平上,乳杆菌属(Lactobacillus)成为发酵后期的绝对优势菌属,其相对丰度从0.77%增加至78.63%。PICRUSt软件预测结果显示,遂宁榨菜发酵过程中细菌群落的基因功能主要与新陈代谢类功能有关,包括氨基酸代谢、碳水化合物代谢、能量代谢等。该研究提高了对遂宁榨菜发酵过程中微生物演替模式的了解,为筛选潜在价值的乳酸菌提供数据参考。 展开更多
关键词 遂宁榨菜 illumina miseq高通量测序技术 细菌多样性 功能预测
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基于Illumina MiSeq高通量测序技术解析利川酱豆真菌多样性 被引量:1
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作者 董蕴 张苗苗 +3 位作者 邓子文 剧柠 郭壮 赵慧君 《中国酿造》 CAS 北大核心 2022年第4期137-141,共5页
该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对湖北省恩施土家族苗族自治州利川市酱豆样品的真菌多样性和群落结构进行解析。结果表明,利川酱豆样品中的真菌菌群隶属于3个门、15个纲、27个目、34个科、45个属,核心真菌门为子囊菌门(Ascomyc... 该研究利用Illumina MiSeq高通量测序技术对湖北省恩施土家族苗族自治州利川市酱豆样品的真菌多样性和群落结构进行解析。结果表明,利川酱豆样品中的真菌菌群隶属于3个门、15个纲、27个目、34个科、45个属,核心真菌门为子囊菌门(Ascomycota)(96.79%)和担子菌门(Basidiomycota)(2.63%);核心真菌属为毕赤酵母属(Pichia)(37.46%)、曲霉属(Aspergillus)(29.48%)、德巴利氏酵母属(Debaryomyces)(3.92%)、假丝酵母属(Candida)(2.86%)、Starmerella(2.62%)、节担菌属(Wallemia)(2.19%)和镰刀菌属(Fusarium)(1.03%),且核心真菌之间的相关性均不显著(P>0.05)。 展开更多
关键词 利川酱豆 illumina miseq高通量测序技术 真菌多样性 群落结构
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糖脂代谢紊乱大鼠模型肠道菌群结构变化 被引量:2
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作者 魏晓艺 车念聪 +4 位作者 张哲滔 田甜 彭思扬 刘柯 郑亚琳 《医学研究杂志》 2020年第6期33-39,46,共8页
目的阐明糖脂代谢异常大鼠肠道菌群结构变化。方法将雄性SD大鼠分为正常组、模型组各8只,正常组大鼠普通饮食饲养,为对照组;模型组大鼠采用STZ联合高糖高脂饮食制备糖脂代谢紊乱大鼠模型,于实验第14周末处死取材。采用全自动生化仪检测T... 目的阐明糖脂代谢异常大鼠肠道菌群结构变化。方法将雄性SD大鼠分为正常组、模型组各8只,正常组大鼠普通饮食饲养,为对照组;模型组大鼠采用STZ联合高糖高脂饮食制备糖脂代谢紊乱大鼠模型,于实验第14周末处死取材。采用全自动生化仪检测TC、TG、HDL-C、LDL-C;罗氏血糖仪检测大鼠空腹血糖;放免法检测胰岛素;Illumina Miseq高通量测序技术检测大鼠粪便菌群结构。结果血糖血脂指标证实糖脂代谢紊乱大鼠模型成功。在第14周末取材检测,模型组的TC、TG、GLU、HOMA-IR显著高于正常组(P<0.01);模型组LDL-C和INS高于正常组(P<0.05),两组间HDL-C比较,差异无统计学意义。模型组的菌群结构发生变化,其多样性显著低于正常组(P<0.01),两组间差异的菌种以梭菌、放线菌最为显著。结论糖脂代谢紊乱大鼠肠道菌群多样性降低,且菌群结构发生改变。与糖脂代谢相关的菌门主要为脱铁杆菌门、变形菌门、Saccharibacteria菌门、蓝藻菌门和柔膜菌门,而其中作用机制有待于进一步研究。 展开更多
关键词 糖脂代谢紊乱 illumina miseq测序 肠道菌群
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不同生物过滤系统铵态氮转化速率及生物膜特性分析 被引量:10
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作者 周洪玉 韩梅琳 +3 位作者 仇天雷 高敏 孙兴滨 王旭明 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第6期2444-2452,共9页
实验模拟循环水养殖系统,运行了移动床生物膜反应器(moving bed biofilm reactor,MBBR)和挂帘式生物滴滤池两类生物过滤系统的6种不同填料反应器,对比分析了各反应器的填料挂膜效果、铵态氮转化速率和生物膜微生物群落结构等特征.结果表... 实验模拟循环水养殖系统,运行了移动床生物膜反应器(moving bed biofilm reactor,MBBR)和挂帘式生物滴滤池两类生物过滤系统的6种不同填料反应器,对比分析了各反应器的填料挂膜效果、铵态氮转化速率和生物膜微生物群落结构等特征.结果表明,与MBBR相比,挂帘式生物滴滤池挂膜速度快且生物量较多,其中碳纤维挂帘式生物滴滤池的脱膜后生物膜重最大,为45.97 g·m-2,8 h NH+4-N去除率(86.76%)高于其他反应器(61.96%~78.76%),并且NO-2-N累积少,16 h时NO-2-N浓度在0.5 mg·L^(-1)以下.通过Illumina高通量测序技术对生物过滤系统中生物膜微生物群落结构进行解析,结果表明,不同类型反应器的生物膜内的细菌、真核微生物群落构成有明显区别,无论是细菌还是真核微生物,挂帘式生物滴滤池的物种丰度和多样性均高于MBBR,但MBBR的细菌群落物种集中度更高.硝化螺菌属(Nitrospira)及放线菌中的Nakamurella属在两类反应器的生物膜中均占优势,腐螺旋菌科(Saprospiraceae)在挂帘式生物滴滤池更多,而丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)更倾向于在MBBR中富集.在真核微生物属水平相对丰度上,挂帘式生物滴滤池中小杆目中的Rhabditida norank占明显优势,而MBBR中绿藻纲中的Chlorophyceae norank占明显优势.以上研究结果为挂帘式生物滴滤池在循环水养殖水质净化中的应用奠定了实验基础. 展开更多
关键词 循环水养殖 移动床生物膜反应器 挂帘式生物滴滤池 铵态氮转化速率 高通量测序
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