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3个地区西施舌的ITS-1基因片段序列分析 被引量:12
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作者 林昕 梁君荣 +3 位作者 高亚辉 王鹏 杜琦 李振华 《生命科学研究》 CAS CSCD 2008年第1期14-19,共6页
首次检测了西施舌的ITS-1基因序列片段.并利用ITS-1序列作为遗传标记分析了来自3个不同地区(江苏、福建长乐、福建深沪湾)的西施舌的遗传变异情况.地理位置较近的福建长乐和福建深沪湾的西施舌遗传距离较小,江苏和福建(长乐漳港和深沪)... 首次检测了西施舌的ITS-1基因序列片段.并利用ITS-1序列作为遗传标记分析了来自3个不同地区(江苏、福建长乐、福建深沪湾)的西施舌的遗传变异情况.地理位置较近的福建长乐和福建深沪湾的西施舌遗传距离较小,江苏和福建(长乐漳港和深沪)西施舌的遗传距离较大.基于ITS-1序列分析,作为品质突出的福建长乐西施舌和其他地区的西施舌相比,并未形成一个区别于其他地区西施舌的一个独特的种.还基于ITS-1序列分析了西施舌在蛤蜊科和双壳贝类中的分子系统进化地位. 展开更多
关键词 西施舌 its-1序列 基因差异 分子系统进化
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基于rDNA ITS-1序列酿酒酵母的系统分类学研究 被引量:6
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作者 冯光惠 余华顺 +3 位作者 姚娟 陈明利 张执欣 郭蔼光 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2007年第11期191-195,共5页
为了准确快速地为酵母生产提供优良菌株,采用核糖体DNA ITS-1(Internal transcribed spacer 1)序列分析法,对27株酵母菌(其中24株为酿酒酵母属中的酿酒酵母(S.cerevisiae),其他3株分别为汉逊酵母属中的多形酵母(H.polymorph)、克鲁维酵... 为了准确快速地为酵母生产提供优良菌株,采用核糖体DNA ITS-1(Internal transcribed spacer 1)序列分析法,对27株酵母菌(其中24株为酿酒酵母属中的酿酒酵母(S.cerevisiae),其他3株分别为汉逊酵母属中的多形酵母(H.polymorph)、克鲁维酵母属中的乳清酵母(K.marxianus)和红酵母属中的粘质酵母(R.mucilaginosa))进行了系统分类学研究,提取这27株酵母菌的基因组DNA并进行PCR扩增,采用琼脂糖和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,能将酵母菌株鉴定到属的水平;对PCR扩增序列进行克隆和测序,结果表明大多数酿酒酵母菌株之间的ITS-1序列有差异,主要表现在序列中的一段Ploy-T上,最少的有7个T,最多的有13个T。研究还用Phylip 3.6等DNA序列分析软件对不同ITS-1序列的菌株进行了系统发育分析,确定出不同菌株之间的亲缘关系,并纠正了长期认为是酿酒酵母的两株酵母菌。 展开更多
关键词 its-1序列 酿酒酵母菌 系统发育分析
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福建沿海不同养殖区泥蚶的ITS-1基因片段序列分析 被引量:7
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作者 林昕 王鹏 +2 位作者 杜琦 李振华 方民杰 《福建水产》 2008年第1期61-65,共5页
泥蚶是福建省重要的经济海水养殖贝类,不同地区的泥蚶品质相差较大,其中以生长在宁德飞鸾铁基湾和东山湾竹塔的泥蚶品质较佳。本实验克隆了福建沿海六个养殖区的六个泥蚶的ITS-1序列,测序后,进行序列分析,并构建了ME、NJ和UPGMA系... 泥蚶是福建省重要的经济海水养殖贝类,不同地区的泥蚶品质相差较大,其中以生长在宁德飞鸾铁基湾和东山湾竹塔的泥蚶品质较佳。本实验克隆了福建沿海六个养殖区的六个泥蚶的ITS-1序列,测序后,进行序列分析,并构建了ME、NJ和UPGMA系统树。结果表明:不同养殖区的泥蚶在DNA水平上的差鼻不大,遗传相似度为97.01~99.76%;所分析的六个群体未形成明显的地理隔离;福建泥蚶在品质上的差异没有体现在基于ITS基因序列分析的遗传差异中。 展开更多
关键词 泥蚶 its-1序列 基因多样性
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叶尔羌河土著鱼类寄生对盲囊线虫的分子鉴定和群体遗传结构分析
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作者 王瑾璞 石彩霞 +4 位作者 刘彦君 张丽 魏念文 岳城 郝翠兰 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2024年第4期49-56,共8页
为探明叶尔羌河5种土著鱼寄生对盲囊线虫(Contracaecum sp.)的群体遗传结构,基于其核糖体ITS-1基因进行分子鉴定,并利用线粒体COⅡ基因进行遗传结构分析。结果显示,5个对盲囊线虫群体均为鲁道夫对盲囊线虫B种(Contracaecum rudolphii B)... 为探明叶尔羌河5种土著鱼寄生对盲囊线虫(Contracaecum sp.)的群体遗传结构,基于其核糖体ITS-1基因进行分子鉴定,并利用线粒体COⅡ基因进行遗传结构分析。结果显示,5个对盲囊线虫群体均为鲁道夫对盲囊线虫B种(Contracaecum rudolphii B),共检测出71个单倍型,5个群体的单倍型多样性为0.714~0.978,核苷酸多样性为0.00540~0.01091。系统发育树和网络图显示,5个群体间未形成与宿主相对应谱系。遗传分化指数为-0.0013~0.1086,AMOVA分析显示,群体间变异和群体内变异分别占4.33%和95.67%,5个群体遗传变异主要来自群体内部。综上,叶尔羌河5种土著鱼体内寄生鲁道夫对盲囊线虫B种群体均属高遗传多样性群体,各群体间分化程度较低,群体间基因交流频繁。 展开更多
关键词 鲁道夫对盲囊线虫(Contracaecum rudolphii) its-1序列 COⅡ基因 遗传结构
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天麻ITS-1测序及单核苷酸多态性变异位点分析 被引量:6
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作者 王德信 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期48-51,共4页
目的:选取天麻3种变型,测定ITS-1序列并进行对比分析,找出变异信息位点,对不同变异类型亲缘关系作出判定。方法:采用改良的CTAB法提取DNA,利用合成的特异引物对ITS区进行扩增,并对目的片段测序分析。结果:ITS-1共计209bp,序列片段上有2... 目的:选取天麻3种变型,测定ITS-1序列并进行对比分析,找出变异信息位点,对不同变异类型亲缘关系作出判定。方法:采用改良的CTAB法提取DNA,利用合成的特异引物对ITS区进行扩增,并对目的片段测序分析。结果:ITS-1共计209bp,序列片段上有27个单核苷酸变异位点,ITS-1单核苷酸多态性以碱基转换为主,绿天麻最高达80.8%,乌天麻最低也达70%;黄天麻居中达71.4%。在多态性位点数及多态性频率上,绿天麻均表现为最高分别为26、8.04;黄天麻表现居中为21、9.95;乌天麻表现最低为20、10.45。结论:乌天麻是古老类型,绿天麻是较为进化的类型,黄、绿天麻是由乌天麻进化而来。 展开更多
关键词 天麻 its-1序列 测序 单核苷酸多态性 变异位点分析
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帘蛤科两种经济贝类种群的ITS-1序列遗传多样性分析 被引量:6
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作者 吴琪 潘鹤婷 潘宝平 《天津师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2007年第1期20-23,共4页
利用核糖体DNA转录间隔区ITS-1序列对硬壳蛤(Mercenaria mercenaria)的养殖群体和青蛤(Cyclinasinensis)的野生种群遗传多样性进行了分析.经过PCR扩增、连接与测序后,得到硬壳蛤ITS-1的长度为718~724 bp,青蛤的为665~683 bp,序列用Clu... 利用核糖体DNA转录间隔区ITS-1序列对硬壳蛤(Mercenaria mercenaria)的养殖群体和青蛤(Cyclinasinensis)的野生种群遗传多样性进行了分析.经过PCR扩增、连接与测序后,得到硬壳蛤ITS-1的长度为718~724 bp,青蛤的为665~683 bp,序列用ClustalX1.83多重比对后,在725 bp组成的同源片段中有714个碱基序列为保守位点,通过DNAsp软件分析,该种群的核酸多态性指数Pi为0.00302,每位点Eta为0.00304,并检测出4个单倍型(Haplotype)序列.青蛤在由695 bp组成的同源片段中有644个碱基序列为保守位点,该种群的Pi为0.03071,每位点Eta为0.0378,共测出6个单倍型(Haplotype)序列.利用PAUP4.10软件计算出每个种群内单倍型序列间的相对遗传距离,其中,硬壳蛤的遗传距离仅为0.0014~0.0056,说明其DNA遗传多样性的丰度较低;而野生青蛤种群的遗传距离为0.0036~0.0105,说明其遗传多样性比较丰富.文章还初步讨论了双壳类遗传多样性变动的因素及种质保护等问题. 展开更多
关键词 帘蛤科 硬壳蛤 青蛤 its-1序列 遗传多样性 单倍型基因
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肠艾美尔球虫单卵囊分离及ITS-1序列测定 被引量:3
7
作者 方素芳 顾小龙 崔平 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第1期307-308,312,共3页
[目的]建立一种有效的鉴定球虫种类分子生物学方法。[方法]采用单卵囊分离技术,分离肠艾美尔球虫,提取卵囊基因组DNA。根据GenBank中发表的艾美尔属球虫18SrDNA和5.8SrDNA序列,设计特异性引物,扩增内转录间隔区1(ITS-1),PCR产物直接测序... [目的]建立一种有效的鉴定球虫种类分子生物学方法。[方法]采用单卵囊分离技术,分离肠艾美尔球虫,提取卵囊基因组DNA。根据GenBank中发表的艾美尔属球虫18SrDNA和5.8SrDNA序列,设计特异性引物,扩增内转录间隔区1(ITS-1),PCR产物直接测序。[结果]成功分离出肠艾美尔球虫,PCR扩增出434bp清晰条带,且最低能检测出27个孢子化卵囊。[结论]该研究结果为球虫虫种及虫株的准确鉴定奠定了基础。 展开更多
关键词 肠艾美尔球虫 单卵囊分离 its-1序列 PCR 测定
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基于ITS-1基因的菜粉蝶地理种群遗传分化研究 被引量:3
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作者 毛增辉 郝家胜 +4 位作者 王晨 于芳 司曼曼 夏靖 朱朝东 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1144-1152,共9页
为了探讨我国不同地区菜粉蝶种群之间的遗传分化情况,本研究运用克隆测序法,对我国16个地区79只菜粉蝶Pieris rapaerDNA的ITS-1基因序列进行测定并分析;同时,以东方菜粉蝶Pieris canidia为外群,重建了它们的系统发生树,初步探讨了它们... 为了探讨我国不同地区菜粉蝶种群之间的遗传分化情况,本研究运用克隆测序法,对我国16个地区79只菜粉蝶Pieris rapaerDNA的ITS-1基因序列进行测定并分析;同时,以东方菜粉蝶Pieris canidia为外群,重建了它们的系统发生树,初步探讨了它们的生物地理学分化格局。序列分析结果显示:所测菜粉蝶的ITS-1序列长度介于337~458bp之间。经序列比对后,在347个位点中共有281个保守位点,63个变异位点,16个简约信息位点和47个单突变位点;AMOVA软件分析其核苷酸多态性指数(nucleotide diversity)Pi为0.014,每位点Theta(per site)Eta为0.041,遗传分化指数(FST)为0.351(P<0.05);DnaSP软件共检测出48个单倍型(haplotype)序列,单倍型多样性(haplotype diversity)的频率为0.989。系统发生分析结果表明:现存的菜粉蝶各地理种群与其地理分布没有直接的对应关系根据系统发生树结果推测,该蝶种在我国的最早建群可能发生于辽宁、内蒙古及北京一带,其后,通过幼虫寄主植物的水陆运输以及成虫的迁飞向我国的不同地区扩散。 展开更多
关键词 菜粉蝶 地理种群 遗传分化 系统地理发生 its-1序列
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光肩星天牛和星天牛的分子快速鉴定 被引量:3
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作者 覃海文 黄梦伊 石娟 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期709-710,共2页
光肩星天牛Anoplophora glabripennis和星天牛A. chinensis同属鞘翅目天牛科星天牛属,均为世界性林业蛀干害虫。前者主要为害杨树、柳树、榆树等阔叶树,后者主要为害柑橘、苦楝、木麻黄、柳树等林果植物。2种天牛常以卵或幼虫虫态在港... 光肩星天牛Anoplophora glabripennis和星天牛A. chinensis同属鞘翅目天牛科星天牛属,均为世界性林业蛀干害虫。前者主要为害杨树、柳树、榆树等阔叶树,后者主要为害柑橘、苦楝、木麻黄、柳树等林果植物。2种天牛常以卵或幼虫虫态在港口被截获,从形态上难以区分。在分子标记技术上,随机扩增多态性 DNA 标记(random amplified polymorphicDNA,RAPD)具有简单、灵敏、对材料要求低等优点;ITS-1序列在种内较保守,便于设计引物,目前多用于近缘种鉴定和种群分化的研究。 展开更多
关键词 分子标记技术 光肩星天牛 快速鉴定 随机扩增多态性 its-1序列 星天牛属 蛀干害虫 材料要求
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Isolation of the Single Oocyst and Sequencing of ITS-1 of Eimeria intestinalis
10
作者 方素芳 顾小龙 崔平 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2010年第9期91-93,共3页
[Objective] The aim was to establish a molecular biological method for identifying coccidium species.[Method]First,the pure species of Eimeria intestinalis was isolated by using single-oocyst isolation technique.Then,... [Objective] The aim was to establish a molecular biological method for identifying coccidium species.[Method]First,the pure species of Eimeria intestinalis was isolated by using single-oocyst isolation technique.Then,according to the 18s rDNA and 5.8s rDNA sequences of Eimeria coccidia published in GenBank,a pair of specific primers was designed and synthesized to amplify the internal transcribed spacer 1(ITS-1).Finally,the PCR products were sent for sequencing.[Result]The pure species of E.intestinalis was isolated and the result of agarose gel electrophoresis showed that the PCR product was 434 bp,and at least 27-sporulated oocysts could be detected.[Conclusion]The research will provide a basis for accurate identification of coccidium species and strains. 展开更多
关键词 E.intestinalis Single-oocyst isolation its-1 PCR Sequence
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松材线虫和拟松材线虫的PCR快速检测 被引量:16
11
作者 赵立荣 廖金铃 钟国强 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期59-61,共3页
利用PCR技术对松材线虫Bursaphelenchusxylophilus与拟松材线虫B .mucronatus的rDNA的ITS1区和5 8S区核甘酸序列扩增.根据松材线虫与拟松材线虫的ITS1序列区别,分别设计出松材线虫和拟松材线虫的特异性引物,实现了单条活的或FG(φ为4 ... 利用PCR技术对松材线虫Bursaphelenchusxylophilus与拟松材线虫B .mucronatus的rDNA的ITS1区和5 8S区核甘酸序列扩增.根据松材线虫与拟松材线虫的ITS1序列区别,分别设计出松材线虫和拟松材线虫的特异性引物,实现了单条活的或FG(φ为4 %的甲醛)固定的松材线虫和拟松材线虫的快速检测. 展开更多
关键词 松材线虫 拟松材线虫 PCR 快速检测 its1序列 松材线虫病
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普通小麦基因组最可能的4个供体的ITS1和ITS2序列及其亲缘关系 被引量:10
12
作者 张文驹 瞿礼嘉 +3 位作者 高巍 顾红雅 陈家宽 陈章良 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 1998年第11期994-1000,共7页
对普通小麦(TriticumaestivumL.)基因组(AABBDD)最可能的供体———T.urartuThum.(AA)、T.monococumvar.boeoticum(Bois.)MK(AA)、Aegilop... 对普通小麦(TriticumaestivumL.)基因组(AABBDD)最可能的供体———T.urartuThum.(AA)、T.monococumvar.boeoticum(Bois.)MK(AA)、AegilopsspeltoidesTausch.和Ae.tauschiCos.(DD)的核糖体RNA基因ITS区进行了PCR扩增和克隆,并测定了ITS1和ITS2的DNA序列,讨论和纠正了前人的结论。四个种中,ITS1长221~223bp,ITS2长216~217bp。ITS1序列的种间分化距离范围为0.0290~0.0640,ITS2的为0.0093~0.0580。根据ITS1、ITS2以及ITS1+ITS2序列都得出相同的一个最大简约树,所揭示的亲缘关系与这些种的形态学和细胞学特征相一致。在每一个分支树中,T.urartu和T.monococumvar.boeoticum构成一个单系类群,Ae.speltoides和Ae.tauschi构成另一个单系类群,前一分支的bootstrap值高于后一分支。 展开更多
关键词 二倍体 小麦 基因组 its1序列 its2序列
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轮虫同域性物种形成:来自萼花臂尾轮虫克隆间的分子系统发育关系和生殖隔离的证据 被引量:10
13
作者 李化炳 席贻龙 +3 位作者 程新峰 项贤领 胡存兵 陶李祥 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第2期256-264,共9页
对采自芜湖市三个不同水体中的萼花臂尾轮虫(Brachionus calyciflorus)17个克隆的线粒体COⅠ基因和rDNAITS1序列进行的分析结果表明:萼花臂尾轮虫不同克隆间COⅠ基因序列差异百分比为0-14.0%,平均为5.1%;ITS1序列差异百分比为0-7.4%,平... 对采自芜湖市三个不同水体中的萼花臂尾轮虫(Brachionus calyciflorus)17个克隆的线粒体COⅠ基因和rDNAITS1序列进行的分析结果表明:萼花臂尾轮虫不同克隆间COⅠ基因序列差异百分比为0-14.0%,平均为5.1%;ITS1序列差异百分比为0-7.4%,平均为2.2%。基于COⅠ基因序列构建的分子系统树(NJ树、MP树、ML树和贝叶斯树)均支持将17个克隆划分为三个姐妹种,各姐妹种间的序列差异百分比为7.2%-14.0%。基于ITS1序列构建的同样四种分子系统树也支持将17个克隆划分为三个姐妹种,但其中的克隆HE5在姐妹种中的归属与基于COⅠ基因序列构建的分子系统树所得出的结果不同,各姐妹种间的序列差异百分比为1.9%-7.4%。混交雌体和雄体间的交配实验结果表明,轮虫各姐妹种间存在着明显的生殖隔离,克隆HE5在姐妹种中的归属应与基于COⅠ基因序列构建的分子系统树所得出的结果一致;ITS1序列进化速率较低,不宜用于轮虫姐妹种的准确甄别。COⅠ基因进化钟计算结果显示,三个姐妹种间,克隆LE9所属的姐妹种早在8百万年前便分化形成出来,HE1、HE2、HE4-7所属的姐妹种于5百万年前分化产生。 展开更多
关键词 萼花臂尾轮虫 姐妹种 COⅠ基因序列 rDNA its1序列 生殖隔离
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川贝母的本草考证与DNA条形码鉴定研究 被引量:8
14
作者 安秋菊 黄斌翰 +4 位作者 田春尧 姬彧 黄诗琪 周嘉裕 廖海 《华西药学杂志》 CAS CSCD 2022年第2期218-222,共5页
通过分析GenBank数据库下载序列的种内与种间变异与遗传距离,构建系统发育树,评价序列的鉴定能力。土贝母、老鸭瓣、浙贝母、湖北贝母与川贝母分别代表了不同时期的贝母药材主流品种;贝母道地产区经历了中国北方向南方的迁移过程;不同... 通过分析GenBank数据库下载序列的种内与种间变异与遗传距离,构建系统发育树,评价序列的鉴定能力。土贝母、老鸭瓣、浙贝母、湖北贝母与川贝母分别代表了不同时期的贝母药材主流品种;贝母道地产区经历了中国北方向南方的迁移过程;不同贝母药材品种存在药效性味的差异获得历史验证。结合基于ITS1与ITS2的分子系统发育关系分析,证实仅从形态学特征无法准确鉴定川贝母与其易混淆品,但能从DNA水平进行有效鉴定。为川贝母药材的质量控制、资源保护及临床用药提供依据,确保了中医临床疗效。 展开更多
关键词 川贝母 基原物种 本草考证 its1序列 its2序列 系统发育树 道地产区 DNA条形码鉴定
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凤鲚ITS1与Cyt b基因序列的比较研究 被引量:6
15
作者 孙超 刘洪波 +1 位作者 姜涛 杨健 《水产科学》 CAS 北大核心 2013年第9期536-540,共5页
比较分析了分子标记核DNA ITS1序列和Cyt b基因序列在凤鲚遗传多样性分析和凤鲚与其他鲚属鱼类(以刀鲚为例)间亲缘关系研究中的特征。研究发现凤鲚其ITS1序列的GC含量(71.19%)显著高于Cyt b基因序列(42.96%),ITS1序列的单倍型多样性(0.9... 比较分析了分子标记核DNA ITS1序列和Cyt b基因序列在凤鲚遗传多样性分析和凤鲚与其他鲚属鱼类(以刀鲚为例)间亲缘关系研究中的特征。研究发现凤鲚其ITS1序列的GC含量(71.19%)显著高于Cyt b基因序列(42.96%),ITS1序列的单倍型多样性(0.900)和核苷酸多样性(0.00997±0.01116)也显著高于Cyt b基因序列(0.400/0.000369±0.000469)。基于ITS1序列所得的凤鲚与刀鲚间的MCL和K2P遗传距离可明确区两种鲚属鱼类,与Cyt b基因序列的结果相一致。通过ML和UPGMA系统树的构建发现,凤鲚和刀鲚分别形成独立的分支。本研究显示ITS1序列与Cyt b基因序列所得结果一致性较好,可考虑将ITS1序列作为凤鲚的遗传多样性分析及其与其他鲚属鱼类间亲缘关系研究中有效的分子标记。 展开更多
关键词 its1序列 CYT B基因序列 遗传多样性 凤鲚 亲缘关系
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基于ITS-1序列的部分鳚亚目鱼类的分子系统进化关系研究 被引量:6
16
作者 张源真 王伟 姜志强 《现代农业科技》 2012年第8期318-320,共3页
通过PCR扩增获得了3种中国黄渤海海域的鳚亚目鱼类的线粒体ITS-1基因,并以条斑马鲛为外群,生成供系统发育分析的序列矩阵,利用MEGA 4.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比、转换/颠换值等,应用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建系统... 通过PCR扩增获得了3种中国黄渤海海域的鳚亚目鱼类的线粒体ITS-1基因,并以条斑马鲛为外群,生成供系统发育分析的序列矩阵,利用MEGA 4.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比、转换/颠换值等,应用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建系统发育树。结果表明:在鳚亚目鱼类的ITS-1片段生成的序列矩阵中发现有碱基的插入缺失现象,共有49 bp变异位点,转换/颠换值为1.0;3种鱼ITS-1长度为375~562 bp,其中方氏云鳚的最长,为532~562 bp,六线鳚的最短,为375 bp;锦鳚科的方氏云鳚和云鳚聚为一支;方氏云鳚和云鳚种间遗传距离只有0.02,亲缘关系最近。 展开更多
关键词 鳚亚目 线粒体DNA its-1基因序列 系统发育
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6种累枝虫(Epistylis)rRNA基因18S-ITS1序列及其分子系统发育关系 被引量:2
17
作者 缪炜 余育和 +1 位作者 沈韫芬 张锡元 《中国科学(C辑)》 CSCD 北大核心 2002年第2期138-145,共8页
建立了由采自自然界中的样品、不经实验室培养而直接用于大核DNA提取和PCR反应的原位(in situ)方法;在此基础上,测定并比较了6种累枝虫(Epistylis wenrichi,E.urceolata,E.chrysemydis,E.plicatilis,E.hentscheli,E.galea)的18S-ITS... 建立了由采自自然界中的样品、不经实验室培养而直接用于大核DNA提取和PCR反应的原位(in situ)方法;在此基础上,测定并比较了6种累枝虫(Epistylis wenrichi,E.urceolata,E.chrysemydis,E.plicatilis,E.hentscheli,E.galea)的18S-ITS1序列,结果显示:E.wenrichi,E.urceolata,E.chrysemydis,E.plicatilis和E.hentscheli间18S和ITS1区序列的碱基相似性很高,而它们与E.galea间碱基变异位点在18S区和ITS1区均高达33个以上,遗传变异度分别大于15%和23%.以多态喇叭虫(Stentor polymorphus)为外类群,利用最大简约法、最大似然法和邻接法构建了它们的系统发育树.分析指出:E.galea和其他5种累枝虫分属为两个类群,与其他5种累枝虫相比,E.galea可能较早从祖先种中分化出来;相比其他特征,大核和口围区可能与累枝虫进化的关系更为密切,是重要的系统发育特征. 展开更多
关键词 累枝虫 RRNA基因 18S-its1序列 分子系统发育关系 原位方法 原生动物 分子标记 分子生物学
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不同叶稻瘟抗性水稻品种对根际真菌的影响 被引量:4
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作者 马继琼 孙一丁 +1 位作者 杨奕 许明辉 《江苏农业科学》 北大核心 2021年第12期75-80,共6页
为了解水稻稻瘟病抗性与土壤根际真菌之间的关系,利用ITS高通量测序技术对7个不同抗稻瘟病水稻品种土壤根际真菌ITS1序列进行分析。结果表明,共检测到根际真菌ITS1有效片段486250个,以97%的相似度聚为1178分类操作单位(operational taxo... 为了解水稻稻瘟病抗性与土壤根际真菌之间的关系,利用ITS高通量测序技术对7个不同抗稻瘟病水稻品种土壤根际真菌ITS1序列进行分析。结果表明,共检测到根际真菌ITS1有效片段486250个,以97%的相似度聚为1178分类操作单位(operational taxonomic unit,简称OTU);物种查询显示,归为12个门(含1个未分类的真菌群),35个纲(含8个未分类的菌群),82个目(含12个未分类的菌群),146个科(含34个未分类的菌群),248个属(含63个分类地位未定或未分类的菌群)和362个种(含63个未分类种)。7个土样真菌门类相似,子囊菌门(Ascomycota)是最大的优势菌门,相对丰度为67.04%。抗和感稻瘟病品种群土样在稻绿核菌属(Ustilaginoidea)和稻绿核菌(Ustilaginoidea sp.)上存在显著性差异(P<0.05),其相对丰度平均数分别为5.09%、7.31%,即在稻瘟病病菌侵染条件下抗稻瘟病品种对稻曲病病原菌稻绿核菌具有抑制作用。结果可为探寻水稻抗稻瘟病机制提供土壤微生物的线索。 展开更多
关键词 稻瘟病 根际真菌 its1序列 测序
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柱花草核rDNA的ITS1序列分析 被引量:4
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作者 蒋昌顺 张新申 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期73-77,共5页
首次对42个柱花草种质的ITS1序列进行了比较分析。结果表明:42个炭疽病敏感与抗病柱花草种质的ITS1序列长度变化范围为302~314bp,G+C含量的变化范围为44%~45%;在它们的ITS1序列中,有8个插入位点,13个缺失位点,68个变异位点... 首次对42个柱花草种质的ITS1序列进行了比较分析。结果表明:42个炭疽病敏感与抗病柱花草种质的ITS1序列长度变化范围为302~314bp,G+C含量的变化范围为44%~45%;在它们的ITS1序列中,有8个插入位点,13个缺失位点,68个变异位点;并在15个限制性酶切位点上也存在差异;种质间的遗传分化距离变异范围为0.006~0.053,平均值为0.021。呆用非加权成对平均数法(UPGMA)构建了聚类树系图,42个柱花草种质可分为两大类、15个小类。该结果较好地反映了这些种质的差异。 展开更多
关键词 柱花草 its1序列分析 聚类分析 限制性酶切位点
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三叶草斑潜蝇DNA条形码鉴定和ELISA检测的方法学比较 被引量:3
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作者 郭伟 赵伟春 +2 位作者 徐阳 金艳婷 祝丽欣 《浙江中医药大学学报》 CAS 2013年第1期74-78,共5页
[目的]探讨以COI和ITS1序列为条形码和间接ELISA方法鉴定三叶草斑潜蝇的可行性。[方法]①提取实验室饲养的三叶草斑潜蝇基因组DNA,扩增了三叶草斑潜蝇细胞色素C氧化酶亚基(ICOI)和内转录第一间隔区(ITS1)序列,经测序、拼接后,与Genbank... [目的]探讨以COI和ITS1序列为条形码和间接ELISA方法鉴定三叶草斑潜蝇的可行性。[方法]①提取实验室饲养的三叶草斑潜蝇基因组DNA,扩增了三叶草斑潜蝇细胞色素C氧化酶亚基(ICOI)和内转录第一间隔区(ITS1)序列,经测序、拼接后,与Genbank中三叶草斑潜蝇、美洲斑潜蝇、南美斑潜蝇及豌豆彩潜蝇的COI及ITS1序列进行比对,并进行遗传分析。②基于本实验室建立的ELISA检测方法,分别检测了三叶草斑潜蝇单克隆抗体与南美斑潜蝇及豌豆彩潜蝇的幼虫、蛹和成虫的交叉反应情况。[结果]①COI和ITS1序列均可以将三叶草斑潜蝇同其它3种近缘种区分开。对于COI序列,三叶草斑潜蝇与南美斑潜蝇相似度为68%,亲缘关系最近;对于ITS1序列,三叶草斑潜蝇与美洲斑潜蝇相似度为88.5%,亲缘关系最近。②间接ELISA检测只有三叶草斑潜蝇呈阳性反应,与南美斑潜蝇及豌豆彩潜蝇幼虫、蛹和成虫均不发生交叉反应。[结论]以COI或ITS1序列为条形码的DNA鉴定法和以单克隆抗体为基础的ELISA检测均可区分三叶草斑潜蝇与其它3种近缘种。其中COI序列作为条形码鉴定可信度优于ITS1序列,ELISA方法操作简单,成本低,更适于田间大量样品的鉴定。 展开更多
关键词 三叶草斑潜蝇 DNA条形码 ELISA its1序列 COI序列
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