羌活药材ITS/ITS2条形码鉴定及其稳定性与准确性研究 被引量：110

1

作者 辛天怡 姚辉 +6 位作者 罗焜 向丽 马晓冲 韩建萍 林余霖 宋经元 陈士林 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期1098-1105,共8页

为验证DNA条形码鉴定的稳定性与准确性,本文选用羌活药材作为研究对象,对31份样本提取基因组DNA,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列并进行双向测序,所得序列... 为验证DNA条形码鉴定的稳定性与准确性,本文选用羌活药材作为研究对象,对31份样本提取基因组DNA,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列并进行双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,采用MEGA5.0软件与其混伪品进行序列比对,计算种内和种间距离,构建邻接树(neighbor-joining tree,NJ Tree)。ITS2序列采用基于隐马尔可夫模型(hidden Markov model,HMMer)的注释方法获得。结果表明,羌活药材ITS序列长度为603～604 bp,ITS2序列长度均为228 bp,羌活药材ITS/ITS2序列单倍型与其基原植物叶片序列一致。两种基原植物ITS/ITS2序列种内平均kimura 2-parameter(K2P)遗传距离均远远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离;NJ树结果显示羌活、宽叶羌活与其混伪品均可明显区分,表现出良好单系性。因此ITS/ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确鉴别羌活药材,为保障临床安全用药提供了新的技术手段。 展开更多

关键词 羌活 its/its2 物种鉴定 稳定性 准确性

原文传递

党参药材及其混伪品的ITS/ITS2条形码鉴定研究 被引量：24

2

作者 赵莎 辛天怡 +3 位作者 侯典云 庞晓慧 程睿旸 高建平 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2013年第3期421-428,共8页

为简便有效地鉴定党参药材及其混伪品并验证ITS/ITS2序列作为DNA条形码鉴定药材的稳定性和准确性,本研究选用党参药材及其混伪品作为研究对象,对33份药材样本提取基因组DNA,通过PCR扩增ITS序列,采用比对法、最小距离法对序列鉴定能力进... 为简便有效地鉴定党参药材及其混伪品并验证ITS/ITS2序列作为DNA条形码鉴定药材的稳定性和准确性,本研究选用党参药材及其混伪品作为研究对象,对33份药材样本提取基因组DNA,通过PCR扩增ITS序列,采用比对法、最小距离法对序列鉴定能力进行评估。通过序列比对,分析变异位点信息确定不同的单倍型并计算种内和种间K2P距离。ITS2序列采用基于隐马尔可夫模型的HMMer(Hidden Markov Model)注释方法获得。结果表明,党参药材3个基原物种ITS序列长度为654-655 bp,ITS2序列长度均为239 bp,ITS/ITS2序列种内平均K2P遗传距离均远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离,因此ITS/ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确鉴别党参药材及其混伪品,为其鉴定提供新的技术手段。 展开更多

关键词 党参 its its2 分子鉴定 DNA 条形码

下载PDF 职称材料

ITS／ITS2条形码序列在花椒药材鉴定中的应用 被引量：22

3

作者 侯典云 宋经元 +2 位作者 杨培 周红 姚辉 《中国药学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期534-538,共5页

目的评价ITS／ITS2条形码序列在花椒药材鉴定中的准确性与稳定性。方法以多基原药材花椒为研究对象，采用改良的试剂盒法提取药材基因组DNA，PCR扩增ITS序列，利用基于隐马尔可夫模型的HMMer注释方法获得ITS2序列。通过分析花椒药材及... 目的评价ITS／ITS2条形码序列在花椒药材鉴定中的准确性与稳定性。方法以多基原药材花椒为研究对象，采用改良的试剂盒法提取药材基因组DNA，PCR扩增ITS序列，利用基于隐马尔可夫模型的HMMer注释方法获得ITS2序列。通过分析花椒药材及其同属混伪品的种内、种间变异，利用中药材DNA条形码鉴定系统和NJ系统聚类树对花椒药材进行鉴定分析。结果花椒药材的ITS序列长度为618～620bp，ITS2序列长度为224bp，两种基原物种花椒和青椒的ITS／ITS2序列种内平均K2P遗传距离均远小于其与混伪品的种间K2P遗传距离；中药材DNA条形码鉴定系统和NJ树均可以准确区分花椒药材及其同属混伪品。结论ITS／ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确鉴别花椒药材。 展开更多

关键词 花椒药材 its its2 DNA条形码 分子鉴定

原文传递

基于分子标记和代谢组学技术的黄芪与红芪比较研究 被引量：17

4

作者 焦美丽 李震宇 +1 位作者 张福生 秦雪梅 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期1625-1631,共7页

黄芪和红芪虽然为不同属植物,但在中医理论中具有相似的功效,而且红芪曾经作为黄芪的法定药材使用。本文以多序岩黄芪和蒙古黄芪为研究对象,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增内部转录间隔区(internal transcribed... 黄芪和红芪虽然为不同属植物,但在中医理论中具有相似的功效,而且红芪曾经作为黄芪的法定药材使用。本文以多序岩黄芪和蒙古黄芪为研究对象,通过聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列再进行双向测序,获得二者的ITS/ITS2片段并分析其位点信息的异同。黄芪和红芪的ITS碱基序列对齐长度为616,其中508个位点保持一致,占总ITS碱基长度的82.47%;有103个位点存在差异,占总ITS碱基长度的16.72%。基因型决定表现型,采用1H NMR代谢组学技术对黄芪和红芪进行化学分析,找出二者所含化学成分的异同。根据核磁图谱共指认出代谢产物34个,黄芪与红芪共有代谢产物为27个,氨基酸、糖类等初级代谢产物较为相似,黄酮类、皂苷类物质差异较大。本研究从分子和化学角度证明黄芪和红芪既具有相似性,又具有一定差异性,为阐明其具有相似功效的物质基础和资源利用奠定了基础。 展开更多

关键词 黄芪 红芪 its/its2 代谢组学

原文传递

紫芝栽培新品种武芝2号基于rDNA-ITS和ITS2的分子鉴定与分析 被引量：3

5

作者 钟礼义 应正河 +1 位作者 刘新锐 陈体强 《广东农业科学》 CAS 2022年第2期9-15,共7页

【目的】探讨利用rDNA-ITS及其ITS2二级结构进行紫芝栽培新品种武芝2号(原名紫芝S2)的分子鉴定。【方法】通过第一代和第三代测序技术分别获得武芝2号的ITS序列,针对灵芝属(Ganoderma spp.)相关种类的ITS序列构建系统进化树进行分子分... 【目的】探讨利用rDNA-ITS及其ITS2二级结构进行紫芝栽培新品种武芝2号(原名紫芝S2)的分子鉴定。【方法】通过第一代和第三代测序技术分别获得武芝2号的ITS序列,针对灵芝属(Ganoderma spp.)相关种类的ITS序列构建系统进化树进行分子分类鉴定,采用rDNA-ITS及相关引物序列进行BLAST比对分析,在线预测ITS2二级结构。【结果】Sanger法测序得到的武芝2号ITS序列(MG282563.1,649 bp),与GenBank中5个紫芝ITS序列具有高相似度(99.53%~100%),并且与已知4个紫芝菌株或实物标本在灵芝属系统进化树上聚为一个分支,同属一个种群。已知2个紫芝特异性引物短序列(GS1_22bp、GS2_22bp)出现在武芝2号ITS序列的119~140 bp正向和588~567 bp反向位置;在武芝2号基因组Scaffold No.49上rDNA中找到4个串联重复的ITS区域,与Sanger法测序得到的单个ITS序列高度一致;在ITS2序列二级结构上,武芝2号与ITS2数据库中紫芝Ganoderma sinense的3个螺旋区结构相同,仅螺旋IV区间夹角不同。【结论】基于ITS和ITS2分子鉴定,确认了武芝2号与已知紫芝G.sinense同属一个种群,在ITS2二级结构螺旋IV区存在夹角差异;此外,验证了2个已知紫芝特异性扩增引物的有效性。 展开更多

关键词 紫芝 武芝2号 紫芝S2 RDNA its/its2 序列分析

下载PDF 职称材料

山茱萸药材及其混伪品的ITS/ITS2序列鉴定研究(英文) 被引量：3

6

作者 侯典云 宋经元 +5 位作者 姚辉 韩建萍 庞晓慧 石林春 王笑尘 陈士林 《中国天然药物》 SCIE CAS CSCD 2013年第2期121-127,共7页

利用DNA条形码技术准确快速鉴定山茱萸药材及其混伪品。方法:提取山茱萸及其混伪品的基因组DNA,利用PCR技术扩增它们的ITS序列。所得序列经双向测序后用CodonCode Aligner V3.5.4软件进行拼接和质量评估,用MEGAV5.0计算种内、种间的遗... 利用DNA条形码技术准确快速鉴定山茱萸药材及其混伪品。方法:提取山茱萸及其混伪品的基因组DNA,利用PCR技术扩增它们的ITS序列。所得序列经双向测序后用CodonCode Aligner V3.5.4软件进行拼接和质量评估,用MEGAV5.0计算种内、种间的遗传距离,构建NJ(邻接)树鉴定山茱萸药材及其混伪品。结果:山茱萸药材的ITS序列长度均为659bp,种内变异较小,平均K2P遗传距离为0.005,远小于其与混伪品的种间平均K2P遗传距离0.357。不同来源的山茱萸药材ITS2序列无变异,长度均为250bp,其与混伪品的种间平均K2P遗传距离为0.571。ITS/ITS2序列的NJ系统聚类树和BLAST比对结果均可明显区分山茱萸药材及其混伪品,表现出良好的单系性。结论:ITS/ITS2序列可准确有效鉴定山茱萸药材,为临床安全用药奠定了基础,也为其它药材的分子鉴定提供了新的思路。 展开更多

关键词 山茱萸 its its2 DNA条形码 分子鉴定

原文传递

木麻黄属的DNA条形码鉴定研究 被引量：2

7

作者 唐历波 李栎 +2 位作者 秦明艳 林维健 欧武英 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2013年第3期397-403,共7页

为验证DNA条形码序列在物种鉴定方面及物种的系统发育方面的广适性,本研究以黎药植物木麻黄为研究对象,收集木麻黄及其近缘种和混伪品22份样本,采用4对引物(ITS,ITS2,trnH-psbA,rbcL)分别进行PCR扩增,产物进行双向测序。利用CodonCode A... 为验证DNA条形码序列在物种鉴定方面及物种的系统发育方面的广适性,本研究以黎药植物木麻黄为研究对象,收集木麻黄及其近缘种和混伪品22份样本,采用4对引物(ITS,ITS2,trnH-psbA,rbcL)分别进行PCR扩增,产物进行双向测序。利用CodonCode Aligner软件进行序列的拼接,采用MEGA5.1进行数据的处理。结果表明,利用ITS/ITS2可以区分木麻黄与其近缘种以及混伪品,样品的psbA-trnH,rbcL和ITS/ITS2 4个序列中,ITS/ITS2序列具有明显的DNA gap。基于ITS/ITS2序列构建的NJ树结果表明,木麻黄属所有样品聚为一类,呈现明显的单系性,与其亲缘关系较近的是藤黄科。因此,ITS/ITS2序列可以准确鉴定黎药的基原植物。并能从分子水平揭示木麻黄的系统演化规律。 展开更多

关键词 木麻黄 its its2 物种鉴定 系统发育

下载PDF 职称材料

蒙古黄芪与膜荚黄芪特异性分子标记鉴别研究 被引量：12

8

作者 郑司浩 尚兴朴 +1 位作者 曾燕 王继永 《中国现代中药》 CAS 2019年第3期307-311,共5页

目的:通过分析不同基原中药黄芪样本DNA序列,研究特异性鉴别蒙古黄芪与膜荚黄芪的方法。方法:通过筛选5条常用DNA条形码序列(ITS,ITS2,psbA-trnH,rbcL,matK),运用MEGA软件进行序列比对,分析可特异性鉴别蒙古黄芪与膜荚黄芪的序列及SNP位... 目的:通过分析不同基原中药黄芪样本DNA序列,研究特异性鉴别蒙古黄芪与膜荚黄芪的方法。方法:通过筛选5条常用DNA条形码序列(ITS,ITS2,psbA-trnH,rbcL,matK),运用MEGA软件进行序列比对,分析可特异性鉴别蒙古黄芪与膜荚黄芪的序列及SNP位点,并设计特异性引物。结果:ITS及ITS2序列可准确区分蒙古黄芪与膜荚黄芪,发现稳定的SNP位点,蒙古黄芪在ITS序列第476位点(位于ITS2序列上游)为碱基C,而膜荚黄芪为碱基T,并设计三对特异性鉴别蒙古黄芪的引物对。结论:ITS/ITS2序列以及特异性引物可准确鉴别蒙古黄芪与膜荚黄芪,为黄芪药材的基原鉴定提供科学依据。 展开更多

关键词 黄芪 分子标记 鉴别 its/its2序列 SNP

下载PDF 职称材料

2种分子标记应用于澄黄滨珊瑚群体遗传多样性研究中的可行性 被引量：2

9

作者 田鹏 牛文涛 +2 位作者 林荣澄 陈彬 Suharsono 《应用海洋学学报》 CAS CSCD 2014年第1期46-52,共7页

利用PCR技术对澄黄滨珊瑚的2种分子标记(线粒体细胞色素氧化酶亚基1基因COI和核糖体RNA内转录间隔区基因ITS)进行测序,探讨COI序列和ITS序列在澄黄滨珊瑚(Porites lutea)群体研究中的适用性,并从中选出最适合研究澄黄滨珊瑚群体遗传多... 利用PCR技术对澄黄滨珊瑚的2种分子标记(线粒体细胞色素氧化酶亚基1基因COI和核糖体RNA内转录间隔区基因ITS)进行测序,探讨COI序列和ITS序列在澄黄滨珊瑚(Porites lutea)群体研究中的适用性,并从中选出最适合研究澄黄滨珊瑚群体遗传多样性的分子标记.结果显示COI序列变异位点少,成对序列差异在群体内、群体间都很小,不适于澄黄滨珊瑚的群体研究;而ITS区序列个体内成对的序列差异仅为0.35%,可以作为研究澄黄滨珊瑚群体遗传多样性的分子标记;通过对ITS1、ITS2、5.8S rRNA、ITS1+ITS2及ITS区序列的比较,认为ITS1+ITS2序列是最适合研究澄黄滨珊瑚群体遗传多样性的分子标记.本研究为以后研究我国沿岸造礁石珊瑚澄黄滨珊瑚的群体遗传结构提供方法依据,从而为保护管理和恢复受损珊瑚礁生态系统提供遗传学数据支持. 展开更多

关键词 保护生物学 澄黄滨珊瑚 群体遗传 分子标记 COI its1+its2

下载PDF 职称材料

海峡两岸荒川库蠓亲缘地理学研究

10

作者 王崇财 陈敏 +3 位作者 郑爱萍 潘林奇 云小云 黄恩炯 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2018年第1期28-36,共9页

以COⅠ、16S r DNA和ITS基因为标记,选用环斑库蠓Culicoides circumscriptus(N267)作为外群,对海峡两岸10个群体77个荒川库蠓标本的遗传距离、基因分化、系统发育和种群结构进行分析。基于COⅠ、16S r DNA基因数据集及ITS基因数据集的AM... 以COⅠ、16S r DNA和ITS基因为标记,选用环斑库蠓Culicoides circumscriptus(N267)作为外群,对海峡两岸10个群体77个荒川库蠓标本的遗传距离、基因分化、系统发育和种群结构进行分析。基于COⅠ、16S r DNA基因数据集及ITS基因数据集的AMOVA分析均显示,大的遗传变异主要来自种群内的遗传变异,在线粒体数据集及核糖体数据集的比例分别为96.75%和91.44%。不同基因的分子数据显示,不同种群间的荒川库蠓遗传分化程度低、基因交流频繁,各个地理种群没有按照地理区划形成独特的遗传结构。气流及人为因素可能是造成其远距离扩散的主要原因。 展开更多

关键词 荒川库蠓 CO I 16S RDNA its1-its2 亲缘地理学

下载PDF 职称材料

魁蚶4个地理群体ITS序列变异及系统发生分析 被引量：4

11

作者 周丽青 杨爱国 +2 位作者 王清印 吴彪 于涛 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2012年第5期78-84,共7页

为充分了解我国魁蚶种质资源状况,准确定位魁蚶的养殖育种模式,本研究采用聚合酶链式反应(PCR)对采自山东蓬莱(PL)、山东黄岛(HD)、江苏前三岛(QSD)及韩国统营(KTY)4个地理群体魁蚶样本的核糖体RNA两个内转录间隔区域(ITS-1和ITS-2)进... 为充分了解我国魁蚶种质资源状况,准确定位魁蚶的养殖育种模式,本研究采用聚合酶链式反应(PCR)对采自山东蓬莱(PL)、山东黄岛(HD)、江苏前三岛(QSD)及韩国统营(KTY)4个地理群体魁蚶样本的核糖体RNA两个内转录间隔区域(ITS-1和ITS-2)进行扩增,经测序比对后分别获得长度为468bp和541bp(包含引物、插入/缺失位点)的序列。序列比对结果表明,ITS区序列变异相对较高,但4个群体的碱基组成基本一致;4个群体的ITS区序列均表现出丰富的遗传多样性,HD群体最为丰富,该群体在ITS区序列上的变异位点数也最多,HD和QSD群体共同变异位点多且集中。对不同个体间的遗传距离和分子系统树分析结果表明,ITS序列在魁蚶不同地理群体间甚至个体间存在差异,且ITS-1和ITS-2的变异频率是不一样的,4个群体合计55个个体基于ITS-1序列没有发生明显聚类现象,这4个群体合计56个个体基于ITS-2序列明显聚为PL/KTY、HD/QSD两大类,基于ITS-2序列进行系统发生分析的结果同于课题组之前基于形态度量学分析和分子标记分析的结果;HD群体遗传多样性丰富,而KTY群体遗传变异相对较少,各群体之间存在一定的遗传差异,综合考虑不同群体相对优良的生物学特征,可开展选择或杂交培育良种的研究。 展开更多

关键词 魁蚶 地理群体 its—1 its-2 遗传变异

下载PDF 职称材料

粗鳞蜡螟(Trachylepidia fructicassiella)DNA条形码研究

12

作者 陈光辉 杨燕 +2 位作者 张京宣 李焱 胡红英 《中国植保导刊》 北大核心 2020年第12期15-22,共8页

对腊肠树果实中的重要潜在外来有害生物粗鳞蜡螟(Trachylepidia fructicassiella Ragonot)的幼虫和成虫进行了DNA条形码研究.通过提取粗鳞蜡螟幼虫和成虫样品的基因组DNA,设计ITS1、ITS2、16S rRNA、CYT-B、COⅠ、COⅡ基因引物,PCR扩增... 对腊肠树果实中的重要潜在外来有害生物粗鳞蜡螟(Trachylepidia fructicassiella Ragonot)的幼虫和成虫进行了DNA条形码研究.通过提取粗鳞蜡螟幼虫和成虫样品的基因组DNA,设计ITS1、ITS2、16S rRNA、CYT-B、COⅠ、COⅡ基因引物,PCR扩增并测序,结合Genbank中相关数据,借助生物信息学分析软件对比分析目的基因序列相似性,构建NJ系统进化树,分析遗传进化关系,获取该虫DNA条形码。结果表明,从粗鳞蜡螟幼虫和成虫的快速准确鉴定,获得了其幼虫和成虫多个基因的DNA序列,共计16条。其中,14条为新序列,分析表明这些序列可作为粗鳞蜡螟新的DNA条形码序列,为该虫的识别鉴定和幼虫的早期防治提供基础数据。 展开更多

关键词 粗鳞蜡螟 DNA条形码 快速鉴定 its1、its2、CYT-B、COⅠ基因

原文传递