中国六个白灵菇(Pleurotus nebrodensis)商业菌株的DNA指纹图谱分析 被引量：7

1

作者 谭琦 ROMAINE CP +4 位作者 SCHLAGNHAUFER C 陈明杰 郭倩 GEML J GARZON C 《食用菌学报》 2006年第1期13-23,共11页

在中国的6个白灵菇商业菌株中,ITS区域的621bpDNA片段和蛋白转录延长因子的519bpDNA片段的序列完全相同,表明该6个菌株属同一个种。RAPD分析结果表明,其中5个白灵菇菌株的亲缘关系较近,用PAUP4.0软件中的UPGMA方法进行聚类分析,遗传差... 在中国的6个白灵菇商业菌株中,ITS区域的621bpDNA片段和蛋白转录延长因子的519bpDNA片段的序列完全相同,表明该6个菌株属同一个种。RAPD分析结果表明,其中5个白灵菇菌株的亲缘关系较近,用PAUP4.0软件中的UPGMA方法进行聚类分析,遗传差异小于3.4%,但这5个菌株与6号菌株的差异较大,达到了16.9%。在此基础上构建了6号菌株的特异性标记引物。 展开更多

关键词 白灵菇 its 蛋白转录延长因子-1d(EF-1α) RAPD 特异引物

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基于rDNA ITS序列的苹果异胫小卷蛾的分子鉴定 被引量：5

2

作者 徐淼锋 权永兵 +4 位作者 黄永辉 迟远丽 林伟 廖力 张卫东 《植物检疫》 北大核心 2018年第1期36-40,共5页

本文首次测定了苹果异胫小卷蛾(Thaumatotibia leucotreta)、坚果异胫小卷蛾(Thaumatotibia batrachopa)、苹果蠹蛾(Cydia pomonella)、梨小食心虫(Grapholita molesta)等8种卷蛾的r DNA ITS的序列,以探索苹果异胫小卷蛾的分子鉴定方法... 本文首次测定了苹果异胫小卷蛾(Thaumatotibia leucotreta)、坚果异胫小卷蛾(Thaumatotibia batrachopa)、苹果蠹蛾(Cydia pomonella)、梨小食心虫(Grapholita molesta)等8种卷蛾的r DNA ITS的序列,以探索苹果异胫小卷蛾的分子鉴定方法。8种卷蛾的ITS1和ITS2区序列变异较大,其中ITS1区所分析307个位点中可变位点达到212个,ITS2区则在分析的203个位点中可变位点达到151个。根据8种卷蛾ITS区序列差异,设计了针对苹果异胫小卷蛾的特异性引物,应用特异性引物对样品进行PCR扩增,扩增产物经凝胶电泳分析,结果表明只有苹果异胫小卷蛾的样品有目的 DNA扩增条带,其余卷蛾无扩增条带。灵敏度试验结果显示,最低检测限量可达0.01 ng/μL。因此,采用本文设计的ITS区特异性引物可以对苹果异胫小卷蛾进行快速分子鉴定。 展开更多

关键词 苹果异胫小卷蛾 分子鉴定 特异性引物 RDNA its

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湖北日本落叶松中松材线虫的分离与鉴定 被引量：4

3

作者 潘龙 理永霞 +4 位作者 崔嵘 洪承昊 张伟 荣贵纯 张星耀 《温带林业研究》 2020年第4期52-56,共5页

日本落叶松是落叶松属下的一个物种,是我国引种栽培的造林优良树种之一,不仅对中国的森林木材的供应,城市绿化等方面有重大影响,而且具有较高的生态价值。【目的】近年来松材线虫在我国逐渐向北方扩张的同时,在南方地区不断危害新的寄... 日本落叶松是落叶松属下的一个物种,是我国引种栽培的造林优良树种之一,不仅对中国的森林木材的供应,城市绿化等方面有重大影响,而且具有较高的生态价值。【目的】近年来松材线虫在我国逐渐向北方扩张的同时,在南方地区不断危害新的寄主。由于日本落叶松在我国湖北地区有较广的栽植面积,并且是松材线虫病的感病寄主之一,目前材线虫病疫情已扩散我国16个省(区、市)和316个县级行政区。至今松材线虫病发生已造成面积高达已超过8万hm^2的松木的死亡,对我国森林森态系统造成极大的威胁,由于日本落叶松在我国湖北地区有较广的栽植面积,并且是松材线虫病的感病寄主之一,因此对于湖北地区日本落叶松材线虫病的研究迫在眉睫。【方法】本研究在湖北省恩施州建始县长岭岗地区采集枯死的日本落叶松样本,利用显微镜形态观察和分子测序的方法对病原线虫进行综合鉴定。【结果】结果发现建始县长岭岗地区枯死的日本落叶松体内存在松材线虫,形态鉴定结果符合松材线虫形态特征,分子鉴定结果与NCBI数据库中松材线虫的ITS和28S多个序列基本相同。【结论】综合判断枯死日本落叶松中的病原线虫为松材线虫,由此确定松材线虫在我国湖北省恩施州建始县长岭岗地区自然条件下可侵染日本落叶松。为湖北地区日本落叶松的病虫害防控提供了新的参考。 展开更多

关键词 松材线虫 日本落叶松 its引物 28S引物

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地衣芽孢杆菌16S-ITS标记及其特异性分析 被引量：4

4

作者 陈冲 佟建明 张潞生 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第14期8206-8207,共2页

[目的]建立地衣芽孢杆菌的分子鉴定方法。[方法]通过对地衣芽孢杆菌TS-01的16S和ITS序列进行克隆测序和差异性分析,以该区序列为靶序列设计地衣芽孢杆菌TS-01的特异性引物,并用该引物扩增全部受试菌种。[结果]从ITS和16S rDNA区间设计... [目的]建立地衣芽孢杆菌的分子鉴定方法。[方法]通过对地衣芽孢杆菌TS-01的16S和ITS序列进行克隆测序和差异性分析,以该区序列为靶序列设计地衣芽孢杆菌TS-01的特异性引物,并用该引物扩增全部受试菌种。[结果]从ITS和16S rDNA区间设计了地衣芽孢杆菌种特异性引物,特异性引物PCR的最佳退火温度为67.2℃,循环数为24个;地衣芽孢杆菌TS-01可扩增出1条905 bp的标记片段,其他受试菌株均为阴性,从而证明试验得到了在种水平上对该菌种进行准确鉴定的特异16S-ITS标记。[结论]地衣芽孢杆菌TS-01分子鉴定方法的建立,为地衣芽孢杆菌的分子诊断奠定了基础。 展开更多

关键词 地衣芽孢杆菌 特异引物 16S its

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葡萄灰霉病菌(Botrytis cinerea)的快速分子检测 被引量：4

5

作者 马仲文 《江西农业学报》 CAS 2017年第2期67-70,共4页

为建立快速检测葡萄灰霉病菌的方法,根据ITS序列的差异,设计了1对葡萄灰霉病菌PCR检测的特异性引物TBCF/TBCR,并利用该引物通过常规和巢式PCR对葡萄灰霉病菌进行检测。结果显示,在优化的反应体系与扩增条件下,只有以葡萄灰霉病菌基因组... 为建立快速检测葡萄灰霉病菌的方法,根据ITS序列的差异,设计了1对葡萄灰霉病菌PCR检测的特异性引物TBCF/TBCR,并利用该引物通过常规和巢式PCR对葡萄灰霉病菌进行检测。结果显示,在优化的反应体系与扩增条件下,只有以葡萄灰霉病菌基因组DNA为模板的扩增体系中具有1条386 bp的条带,而其它病菌不产生扩增反应;其常规PCR对葡萄灰霉病菌基因组DNA的检测灵敏度为100 pg/25μL,而利用引物ITS1/ITS4和TBCF/TBCR通过巢式PCR扩增,其灵敏度可达10 fg/25μL。研究表明建立的PCR检测方法具有特异性强、灵敏度高、检测准确而操作简单快速等特点,可用于带菌土壤及发病组织中葡萄灰霉病菌的检测。 展开更多

关键词 葡萄灰霉病菌 its分析 特异引物 分子检测

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寄生隐丛赤壳菌ITS分子检测技术研究 被引量：3

6

作者 麻文建 朱天辉 韩珊 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期125-130,共6页

寄生隐丛赤壳菌是引起板栗疫病的致病菌。为建立该菌的分子检测技术,本研究首先采用通用引物ITS1/ITS4对分离自四川雅安、泸州及重庆的寄生隐丛赤壳菌及其他参试菌株的ITS区进行PCR扩增和测序比对。根据该片段与GenBank中隐丛赤壳属其... 寄生隐丛赤壳菌是引起板栗疫病的致病菌。为建立该菌的分子检测技术,本研究首先采用通用引物ITS1/ITS4对分离自四川雅安、泸州及重庆的寄生隐丛赤壳菌及其他参试菌株的ITS区进行PCR扩增和测序比对。根据该片段与GenBank中隐丛赤壳属其他种的ITS序列差异,设计了寄生隐丛赤壳菌的特异性引物ITSP1/ITSP2,片段扩增大小为462bp。利用该引物对菌株基因组DNA进行扩增,可以将寄生隐丛赤壳菌与其他参试菌区分开,检测灵敏度达30pg。而以引物ITS1/ITS4和ITSP1/ITSP2进行的巢氏PCR,可检测到30fg基因组DNA,其灵敏度较常规PCR提高了1 000倍。利用巢氏PCR检测体系对发病程度不同的组织和携菌组织进行检测,均能快速稳定地检测出寄生隐丛赤壳菌。 展开更多

关键词 寄生隐丛赤壳菌 分子检测 its 特异引物 巢氏PCR

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苹果黑星病菌的分子检测 被引量：3

7

作者 商蓓 付洁 +2 位作者 罗泽青 胡小平 杨家荣 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2010年第8期104-110,共7页

【目的】建立苹果黑星病菌(Venturia inaequalis(Cooke)Wint)的分子检测方法,以提高检测精确度,缩短检测时间。【方法】根据苹果黑星病菌与其他苹果病原真菌核糖体基因转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS)序列间的差异,设计了... 【目的】建立苹果黑星病菌(Venturia inaequalis(Cooke)Wint)的分子检测方法,以提高检测精确度,缩短检测时间。【方法】根据苹果黑星病菌与其他苹果病原真菌核糖体基因转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS)序列间的差异,设计了1对特异性引物320A/320B,用于苹果黑星病菌的分子检测,对特异性引物扩增条件进行了优化,并验证和检验了引物的特异性和灵敏度。【结果】特异性引物的扩增条带约为320bp,优化的反应体系为:2μL MgCl2(25mmol/L),2.5μL 10×buffer,3μL dNTP(2.5mmol/L),1.2 μL引物320A/320B(10μmol/L),0.5μL聚合酶(5U/μL),1μL模版DNA(30ng/μL),加ddH2O至总体积25μL;反应程序为:94℃3min;94℃变性30s,60℃退火30s,72℃延伸30s,35个循环;72℃延伸10min。利用该对特异性引物对包括苹果黑星病菌在内的26个苹果病原菌菌株基因组DNA进行的PCR扩增表明,只有苹果黑星病菌能扩增到1条约320bp的特异性条带,其他菌株及阴性对照的扩增产物均未检测到特异性条带。对接种苹果黑星病菌的苹果组织的检测表明,该对引物能特异性地检测到苹果黑星病菌的存在,其对苹果黑星病菌基因组DNA检测的灵敏度为100fp/μL。【结论】利用设计的特异性引物320A/320B,参考正交试验优化的体系和程序,结合简单的SDS法提取苹果黑星病菌基因组DNA,在1个工作日内即可完成对该病原菌的分子检测。 展开更多

关键词 苹果黑星病菌 转录间隔区 特异性引物 正交优化

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绵枣儿核核糖体DNA ITS序列扩增的研究 被引量：2

8

作者 尚彩玲 丁开宇 《山西中医学院学报》 2009年第4期52-54,共3页

采用通用引物扩增绵枣儿核核糖体DNA ITS序列,未得到目的条带。根据引物设计原则自行设计12个引物,其中只有使用引物对PA3、D(ITS3),PA4、D(ITS3),PA4、DO2扩增得到绵枣儿核核糖体DNA ITS序列。

关键词 核核糖体 its序列 引物设计

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养殖水体三种大型爆发性海洋藻类孢子/配子实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用初探 被引量：2

9

作者 缪栋 苏蕾 +2 位作者 张倩倩 包卫洋 龚骏 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期68-76,共9页

一些大型海洋藻类在近海养殖环境中快速生长且容易形成青苔,严重威胁到养殖生物的安全并可能带来巨大的经济损失。检测青苔孢子的数量与动态,理解青苔爆发的环境生态学机制是防控与预警的基础。使用PCR方法,利用特异性引物对非爆发期的... 一些大型海洋藻类在近海养殖环境中快速生长且容易形成青苔,严重威胁到养殖生物的安全并可能带来巨大的经济损失。检测青苔孢子的数量与动态,理解青苔爆发的环境生态学机制是防控与预警的基础。使用PCR方法,利用特异性引物对非爆发期的生物量进行检测,是监控有害藻类的有效方法。本工作针对海参养殖池塘三种常见的青苔藻(两种石莼Ulva cf.linza,Ulva sp.和萱藻Scytosiphon lomentaria)设计了以核糖体转录间隔区(ITS)为靶区域的种类特异性PCR引物,通过藻类和环境水样DNA对照实验检验其特异性和适用性。本工作建立了实时荧光定量PCR(qPCR)方法检测养殖水体中藻类孢子/配子体含量,并实验得出该方法在三种藻类中的最低检出量,可最低检出200~400ITS rDNA拷贝。使用qPCR方法对烟台海参养殖水体2014年12月—2016年3月6个季度环境水样中的萱藻孢子/配子进行了定量检测,发现样品中萱藻孢子/配子ITS拷贝数的季节变化与青苔爆发规律呈现较高的吻合度,萱藻爆发前期伴随水体中孢子/配子量的增高,初步显示藻类爆发可用qPCR方法预测。 展开更多

关键词 藻类爆发 石莼 萱藻 特异性引物 孢子 配子 its RDNA 实时荧光定量PCR

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裸子植物DNA条形码ITS2高通用性引物的筛选(英文) 被引量：2

10

作者 李燕 吴丁 高连明 《植物分类与资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期751-760,共10页

DNA条形码技术是利用标准DNA片段进行准确快速鉴定物种的一种方法,理想的DNA条形码片段应具有高通用性。虽然核糖体DNA内部转录间隔区II(ITS2)被建议作为种子植物有效的DNA条形码,但目前裸子植物还没有通用性高的引物可用。为获得高通... DNA条形码技术是利用标准DNA片段进行准确快速鉴定物种的一种方法,理想的DNA条形码片段应具有高通用性。虽然核糖体DNA内部转录间隔区II(ITS2)被建议作为种子植物有效的DNA条形码,但目前裸子植物还没有通用性高的引物可用。为获得高通用性的ITS2引物,本研究基于裸子植物55个属的5.8S基因的保守序列区设计了3个正向引物,与已有的ITS反向引物组合,组成了7对ITS2引物进行通用性的评价。选取了裸子植物8目、12科和40属的56个种用于本文的研究。引物组合5.8SR/ITS4、5.8SRa/ITS4和5.8SF2/S3R因为在科水平评价中通用性低或者产生的PCR产物有双带,因而排除在全部物种水平上进一步评价。其余4对引物(GYM_5.8SF1/ITS4、GYM_5.8SF1/S3R、GYM_5.8SF2/ITS4和S2F/S3R)在56个物种的PCR检测中,均有100%的扩增率。基于PCR产物的亮度、序列质量和正反向引物覆盖率的综合评价,建议引物GYM_5.8SF2/ITS4作为裸子植物条形码片段ITS2最好的通用引物。 展开更多

关键词 DNA条形码 裸子植物 its2 引物通用性 物种鉴定

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不同引物扩增对东海陆架沉积物真核微型生物多样性的影响 被引量：1

11

作者 俞凯成 王健鑫 +4 位作者 陶诗 刘明华 蒋然 刘雪珠 黄备 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期806-816,共11页

采用三对通用引物(ITS1/ITS4,EF3/EF4,NS1/NS4)检测其对东海陆架DH-13站点表层沉积物真核微型生物的扩增特异性和多样性差异。对323个有效克隆子进行OTU分型和多样性分析,结果表明,NS1/NS4引物扩增所获得的文库多样性最高,EF3/EF4其次,I... 采用三对通用引物(ITS1/ITS4,EF3/EF4,NS1/NS4)检测其对东海陆架DH-13站点表层沉积物真核微型生物的扩增特异性和多样性差异。对323个有效克隆子进行OTU分型和多样性分析,结果表明,NS1/NS4引物扩增所获得的文库多样性最高,EF3/EF4其次,ITS1/ITS4最后。通过NCBI比对和分类学研究,发现优势种群主要为原生生物界,包括丝足虫门(Cercozoa,占所有OTU的36.4%)、横裂甲藻纲(Dinophyceae,占14.2%)、不等鞭毛门(Stramenopiles,占7.4%)和纤毛虫门(Ciliophora,占6.3%);另含部分真菌界如子囊菌门(Ascomycota,占7.4%)和壶菌门(Chytridiomycota,占6.3%)。原生生物方面,NS1/NS4引物表现的多样性最高,适合于扩增丝足虫门、横裂甲藻纲和不等鞭毛门,并扩增到独有的眼虫门(Euglenozoa)、隐藻门(Cryptophyta)和顶复门(Apicomplexa);ITS1/ITS4适合于扩增甲藻和纤毛虫门;EF3/EF4则适合于丝足虫门。真菌方面,ITS1/ITS4适合于扩增子囊菌门;EF3/EF4适合于子囊菌门和壶菌门,而NS1/NS4适合于壶菌门。系统发育分析表明,三对引物的原生生物系统树中的相似序列多来自海洋环境样品,真菌序列则分别来自陆地土壤真菌和海洋真菌,说明三对引物更适合于海洋沉积环境微型原生生物的分子生态分析。 展开更多

关键词 真核微型生物 多样性 引物 18S RDNA its

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甘肃党参中花生茎线虫的鉴定与记述

12

作者 倪春辉 李惠霞 +5 位作者 刘永刚 韩变 石明明 魏雪娟 李文豪 徐雪芬 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期99-105,共7页

【目的】明确甘肃省渭源县党参Codonopsis pilosula病样中的茎线虫种类。【方法】采用形态学特征、ITSrDNA与28S-rDNA序列系统发育分析、特异性引物PCR扩增、PCR-ITS-RFLP相结合的方法进行种类鉴定。【结果】甘肃省党参茎线虫群体形态... 【目的】明确甘肃省渭源县党参Codonopsis pilosula病样中的茎线虫种类。【方法】采用形态学特征、ITSrDNA与28S-rDNA序列系统发育分析、特异性引物PCR扩增、PCR-ITS-RFLP相结合的方法进行种类鉴定。【结果】甘肃省党参茎线虫群体形态特征与花生茎线虫Ditylenchus arachis相似,形态测量均值虽存在差异,但是范围值基本一致;系统发育分析显示,该线虫与花生茎线虫聚为一支,特异性引物PCR扩增片段、PCR-ITSRFLP图谱均与花生茎线虫相同。【结论】结合形态特征与分子特征分析,将甘肃党参茎线虫群体鉴定为花生茎线虫,表明该线虫已在甘肃发生分布。 展开更多

关键词 花生茎线虫 形态特征 系统发育 特异性引物 its-RFLP

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香蕉炭疽菌rDNA ITS区的分子鉴定与检测 被引量：40

13

作者 杨腊英 黄华平 +3 位作者 唐复润 胡美娇 张世清 黄俊生 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期219-225,共7页

香蕉炭疽病菌(Colletotrichum musae)是一种引起香蕉采后病害的最重要病原,本研究用真菌18S^28S间的内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)通用引物18SF和28SR扩增香蕉炭疽菌和其它外群真菌的基因组DNA,扩增出约510 bp的片段;... 香蕉炭疽病菌(Colletotrichum musae)是一种引起香蕉采后病害的最重要病原,本研究用真菌18S^28S间的内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)通用引物18SF和28SR扩增香蕉炭疽菌和其它外群真菌的基因组DNA,扩增出约510 bp的片段;通过克隆测序香蕉炭疽菌的ITS全序列并与GenBank中炭疽菌属其它种的ITS序列比对,设计出香蕉炭疽菌的特异性引物ColM1和ColM2。用此特异引物可以从香蕉炭疽菌株中扩增出382 bp的特异性片段,而其余20个参试菌株和香蕉组织的PCR反应结果为阴性,灵敏度实验证明可以检测到目标DNA的浓度为0.1 pg。该方法可用于快速、准确和灵敏地检测香蕉炭疽菌,为快速监测组织中有无香蕉炭疽病菌潜伏侵染与及早采取防治措施提供积极的指导意义。 展开更多

关键词 香蕉炭疽菌 内转录间隔区(its) 特异性引物 PCR检测

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16S/18S/ITS扩增子高通量测序引物的生物信息学评估和改进 被引量：27

14

作者 吴悦妮 冯凯 +3 位作者 厉舒祯 王朱珺 张照婧 邓晔 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期2897-2912,共16页

【背景】在过去的十几年里,基于核糖体RNA基因的扩增子测序技术被广泛用于各种生态系统中微生物群落的多样性检测。扩增子测序的使用极大地促进了土壤、水体、空气等环境中微生物生态的相关研究。【目的】随着高通量测序技术的不断发展... 【背景】在过去的十几年里,基于核糖体RNA基因的扩增子测序技术被广泛用于各种生态系统中微生物群落的多样性检测。扩增子测序的使用极大地促进了土壤、水体、空气等环境中微生物生态的相关研究。【目的】随着高通量测序技术的不断发展和参考数据库的不断更新,针对不同的环境样本的引物选择和改进仍然需要更深入的校验。【方法】本文收集了目前在微生物群落研究中被广泛采用的标记基因扩增通用引物,包括16S rRNA基因扩增常用的8对通用引物和2对古菌引物、9对真菌转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)基因扩增引物,以及18S rRNA基因扩增的4对真核微生物通用引物和1对真菌特异性引物。这些引物中包括了地球微生物组计划(Earth Microbiome Project,EMP)推荐的2对16S rRNA基因扩增引物、1对ITS1基因扩增引物和1对18S rRNA基因扩增引物。采用最近更新的标准数据库对这些引物进行了覆盖度和特异性评价。【结果】EMP推荐的引物依然具有较高的覆盖度,而其他引物在覆盖度及对特定环境或类群的特异性上也各有特点。此外,最近有研究对这些通用引物进行了一些改进,而我们也发现,一个碱基的变化都可能会导致评价结果或扩增产物发生明显变化,简并碱基的引入既可以覆盖更多的物种,但同时也会在一定程度上降低关注物种的特异性。【结论】研究结果为微生态研究中标记基因的引物选择提供了一个广泛的指导,但在关注具体科学问题时,引物的选择仍需数据指导与实验尝试。 展开更多

关键词 扩增子测序 16S rRNA基因 its基因 18S rRNA基因 PCR扩增 引物 引物覆盖度 引物特异性 扩增产物片段长度

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赤眼蜂rDNA-ITS2克隆测序及蜂种特异引物设计 被引量：6

15

作者 李正西 沈佐锐 《中国生物防治》 CSCD 北大核心 2001年第2期75-80,共6页

通过对松毛虫赤眼蜂和玉米螟赤眼蜂 ITS2基因 (内部可转录间隔区 )的克隆测序 ,并联机检索 Gen Bank核酸序列库中其它相关序列 ,我们利用引物设计软件 Primer Premier 5 .0设计出蜂种的特异引物 ,对赤眼蜂各个发育期 ,包括卵期、幼期和... 通过对松毛虫赤眼蜂和玉米螟赤眼蜂 ITS2基因 (内部可转录间隔区 )的克隆测序 ,并联机检索 Gen Bank核酸序列库中其它相关序列 ,我们利用引物设计软件 Primer Premier 5 .0设计出蜂种的特异引物 ,对赤眼蜂各个发育期 ,包括卵期、幼期和成熟期进行检测 ,实现了松毛虫赤眼蜂和玉米螟赤眼蜂快速、可靠的分子鉴定和检测。该技术可用于赤眼蜂的田间种群监测。 展开更多

关键词 RDNA-its2 种特异引物 设计 分子鉴定 赤眼蜂 生物防治 测序

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橡胶树多主棒孢菌rDNA-ITS区的分子鉴定及检测 被引量：8

16

作者 刘先宝 蔡吉苗 +3 位作者 潘羡心 高宏华 彭建华 黄贵修 《热带作物学报》 CSCD 2008年第4期489-493,共5页

以来自国内外的18个多主棒孢病菌[Corynespora cassiicola(Ber.&Curt.)]菌株为研究材料,提取其基因组DNA进行rDNA–ITS区序列扩增,并进行了5.8S rDNA及其两侧ITS序列分析。序列分析结果表明,种内各菌株间ITS序列同源性高达99.9%以上... 以来自国内外的18个多主棒孢病菌[Corynespora cassiicola(Ber.&Curt.)]菌株为研究材料,提取其基因组DNA进行rDNA–ITS区序列扩增,并进行了5.8S rDNA及其两侧ITS序列分析。序列分析结果表明,种内各菌株间ITS序列同源性高达99.9%以上,部分菌株间出现个别碱基的差异。根据ITS区序列设计的一对特异引物(CorP1/CorP2)可以在供试的多主棒孢病菌中扩增出1条约277 bp的特异谱带,其余18个参试菌株和橡胶树叶片组织未能扩增出该特异谱带,检测灵敏度可达浓度为0.1 pg的目标DNA。 展开更多

关键词 橡胶树 多主棒孢菌 内转录间隔区(its) 特异性引物 PCR检测

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香菇菌株ITS序列分子检测 被引量：5

17

作者 杨永彬 林远崇 +2 位作者 兰家细 杨淑云 羿红 《中国食用菌》 2008年第2期37-38,共2页

根据真菌核糖体通用引物ITS1和ITS4扩增出13个福建袋栽香菇主要菌株的ITS、5.8s rDNA序列,将该序列提交NCBI中Genbank数据库,并根据该序列特征及ITS区的差异性,分别设计出针对菌株L9015和菌株Cr02进行PCR检测的特异引物探针,结果显示特... 根据真菌核糖体通用引物ITS1和ITS4扩增出13个福建袋栽香菇主要菌株的ITS、5.8s rDNA序列,将该序列提交NCBI中Genbank数据库,并根据该序列特征及ITS区的差异性,分别设计出针对菌株L9015和菌株Cr02进行PCR检测的特异引物探针,结果显示特异引物具有良好的特异性。 展开更多

关键词 香菇 菌株 its5.8srDNA 特异引物

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CO1在侧耳属物种快速鉴定中的应用 被引量：4

18

作者 宋驰 陈强 +3 位作者 徐璟煜 张金霞 边银丙 黄晨阳 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期663-668,共6页

以侧耳属Pleurotus15个种的15个菌株为材料,根据GenBank上侧耳属细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因(cytochrome c oxidase subunit1gene,CO1)序列信息,设计引物CO332F、CO332R,进行第一轮PCR扩增,结果显示所有菌株都能得到单一条带,根据条带大... 以侧耳属Pleurotus15个种的15个菌株为材料,根据GenBank上侧耳属细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因(cytochrome c oxidase subunit1gene,CO1)序列信息,设计引物CO332F、CO332R,进行第一轮PCR扩增,结果显示所有菌株都能得到单一条带,根据条带大小,15个菌株可分为4组。随后针对每个种设计特异性引物,进行第二轮PCR扩增,结果显示每个菌株只有在自己特异的引物中出现目的条带。通过两轮扩增,根据扩增条带的大小和有无,即可对15个种进行快速鉴定。 展开更多

关键词 内转录间隔区 两轮PCR 种特异引物

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两种常见外来入侵赤潮藻的PCR鉴定 被引量：3

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作者 郑俊斌 张凤英 +2 位作者 马凌波 陆亚男 马春艳 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2009年第3期325-329,共5页

米氏凯伦藻与环状异帽藻为日本海域流入我国的两种外来入侵赤潮藻。利用核糖体ITS区分别设计出针对该两种藻的特异性PCR引物。通过prmier5.0软件设计多对引物,经PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳检测、以筛选目标藻的特异性引物,并以链状亚历山... 米氏凯伦藻与环状异帽藻为日本海域流入我国的两种外来入侵赤潮藻。利用核糖体ITS区分别设计出针对该两种藻的特异性PCR引物。通过prmier5.0软件设计多对引物,经PCR扩增,琼脂糖凝胶电泳检测、以筛选目标藻的特异性引物,并以链状亚历山大藻、立玛原甲藻、牟氏角毛藻、赤潮异弯藻作为阴性对照,做进一步PCR验证。筛选到米氏凯伦藻最佳引物Ki1F3/Ki1B3和环状异帽藻最佳引物YiF3a/YiB3a。两对特异性引物成功鉴定了两种外来入侵藻,而对其它藻种则是阴性反应,可为赤潮的预测预报提供分子鉴定基础。 展开更多

关键词 米氏凯伦藻 环状异帽藻 核糖体its区 特异性引物 PCR鉴定

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位点特异性PCR鉴别桃仁中掺入苦杏仁的方法分析 被引量：3

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作者 卢雪蕊 史中飞 +3 位作者 滕宝霞 倪琳 杨平荣 宋平顺 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期155-161,共7页

目的:由于中药材传统真伪鉴别方法的局限性,本研究拟通过位点特异性聚合酶链式反应(PCR)建立一种能够快速鉴别桃仁中掺有苦杏仁的方法。方法:通过比对苦杏仁与桃仁的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)基因序列,寻找单核苷酸多态性(SNP)位点并... 目的:由于中药材传统真伪鉴别方法的局限性,本研究拟通过位点特异性聚合酶链式反应(PCR)建立一种能够快速鉴别桃仁中掺有苦杏仁的方法。方法:通过比对苦杏仁与桃仁的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)基因序列,寻找单核苷酸多态性(SNP)位点并设计特异性鉴别引物。利用不同的苦杏仁和桃仁样品进行PCR扩增,对影响PCR反应体系的退火温度、引物浓度、循环数等条件进行优化,并对该方法的专属性和检出限进行了考察。另外,利用建立的PCR鉴别方法对不同来源和不同产地桃仁中掺有不同比例苦杏仁的样品进行检测,以验证该方法的稳定性和准确性。结果:建立了桃仁中掺混苦杏仁的特异性PCR鉴别方法,在退火温度63℃和引物循环数30个时仅有苦杏仁能扩增得到432 bp的特异性条带,桃仁样品则无此条带。该方法对苦杏仁的最低检出限为0.2 ng,其对桃仁中掺入苦杏仁的检出限为1%,可用于日常桃仁中掺混苦杏仁的检测。结论:建立的位点特异性PCR方法能够准确地检测桃仁中是否掺有苦杏仁,可为桃仁的质量控制提供实验依据,以保障其临床用药安全。 展开更多

关键词 桃仁 苦杏仁 核糖体DNA内转录间隔区(its) 基因序列 聚合酶链式反应(PCR) 单核苷酸多态性(SNP)位点 特异性引物

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