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真菌DNA条形码研究进展 被引量:47
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作者 张宇 郭良栋 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期809-820,共12页
DNA条形码(DNA barcode)是通过一段短的标准DNA片段实现物种的快速、准确和标准化鉴定。线粒体细胞色素C氧化酶亚基(ICOI)基因作为动物的DNA条形码已广泛应用于物种鉴定中,在植物上已选定叶绿体rbcL和matK基因作为基本的DNA条形码。目... DNA条形码(DNA barcode)是通过一段短的标准DNA片段实现物种的快速、准确和标准化鉴定。线粒体细胞色素C氧化酶亚基(ICOI)基因作为动物的DNA条形码已广泛应用于物种鉴定中,在植物上已选定叶绿体rbcL和matK基因作为基本的DNA条形码。目前世界各国真菌学家正对不同的真菌类群进行不同基因片段的筛选与评价,并在第四届国际生命条形码大会上正式推荐了ITS作为真菌的首选DNA条形码。对国内外真菌DNA条形码的研究进展进行总结与分析,并展望真菌DNA条形码的应用前景。 展开更多
关键词 真菌鉴定 DNA条形码 基因 评价 its
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中日产川芎的matK、ITS基因序列及其物种间的亲缘关系 被引量:32
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作者 刘玉萍 曹晖 +2 位作者 韩桂茹 伏见裕利 小松かつ子 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期63-68,共6页
目的 分析中国产川芎LigusticumchuanxiongHort.及日本产川芎CnidiumofficinaleMakino的核基因组ITS和叶绿体基因组matK序列 ,为探讨中日产川芎物种间的亲缘关系提供分子依据。方法 采用PCR直接测序技术测定川芎和日本川芎的ITS基因和... 目的 分析中国产川芎LigusticumchuanxiongHort.及日本产川芎CnidiumofficinaleMakino的核基因组ITS和叶绿体基因组matK序列 ,为探讨中日产川芎物种间的亲缘关系提供分子依据。方法 采用PCR直接测序技术测定川芎和日本川芎的ITS基因和matK基因核苷酸序列并作序列变异分析。结果 川芎和日本川芎的matK序列长度均为 12 68bp ,编码 4 2 2个氨基酸。ITS1 5 8S ITS2序列长度均为 699bp ,其中 18SrRNA基因 3′端序列 5 4bp ,ITS1序列 2 15bp ,5 8SrRNA基因序列 162bp ,ITS2序列 2 2 2bp ,2 6SrRNA基因 5′端序列 4 6bp。根据排序比较 ,川芎原植物与其商品药材间的matK基因和ITS基因序列完全相同 ,而川芎与日本川芎间matK基因则仅有 1个变异位点 ,即在上游 95 9nt处 1个转换替代 (T→C) ,反映在氨基酸序列则发生一个非同义取代V(GTG)→A(GCG) ;ITS基因也仅有 1个变异位点 ,即在ITS1上游 5 4nt处 1个转换替代 (T→C)。结论 通过进化速率较快的基因序列同源性分析 ,基本可以认为中日所产川芎基原一致 ,日本川芎学名似应改为LigusticumchuanxiongHort. 展开更多
关键词 川芎 日本川芎 MATK基因 its基因 核苷酸测序
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棕囊藻渤海株核糖体18SrDNA和ITS基因结构序列分析 被引量:22
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作者 曲凌云 吕颂辉 +3 位作者 高春蕾 李艳 孙萍 孙修勤 《海洋科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期200-206,共7页
对分离自渤海赤潮发生区的1株棕囊藻进行核糖体18S rDNA及ITS序列克隆测定,获得了长度为1 648bp的18S rDNA序列和长度为890 bp的ITS序列。对获得的基因序列进行同源性分析,结果表明,该棕囊藻的核糖体18S rDNA及ITS序列均与NCBI数据库中... 对分离自渤海赤潮发生区的1株棕囊藻进行核糖体18S rDNA及ITS序列克隆测定,获得了长度为1 648bp的18S rDNA序列和长度为890 bp的ITS序列。对获得的基因序列进行同源性分析,结果表明,该棕囊藻的核糖体18S rDNA及ITS序列均与NCBI数据库中登录的球形棕囊藻的相应序列同源性最高;从GenBank中获取不同地理来源的19种棕囊藻的18S rDNA序列及6种棕囊藻的ITS序列,分别以棕囊藻核糖体18S rDNA和ITS为对象构建了棕囊藻属的系统发育树,从分子生物学角度确定了棕囊藻渤海株为球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)。 展开更多
关键词 棕囊藻 18S RDNA基因 its基因 系统发育分析
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基于核糖体rDNAITS序列变异探讨巴戟天道地性 被引量:11
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作者 丁平 刘瑾 +1 位作者 邱金英 赖小平 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期535-540,共6页
本文应用PCR测序技术,对不同产地巴戟天(Morinda officinalis How)的rDNA ITS区片段进行检测,ITS全序列为567 bp,G/C含量为64.5%。本研究共获得17个单倍型,各单倍型呈高水平的树状演化,来自广东群体的单倍型显示是扩张的源头。分子变异... 本文应用PCR测序技术,对不同产地巴戟天(Morinda officinalis How)的rDNA ITS区片段进行检测,ITS全序列为567 bp,G/C含量为64.5%。本研究共获得17个单倍型,各单倍型呈高水平的树状演化,来自广东群体的单倍型显示是扩张的源头。分子变异等级分析(AMOVA)的计算结果显示,群体间变异占变异的比例(56.65%)大于群体内变异(43.35%),FST值为0.566 5,各群体间出现遗传分化。Mantel检验结果也显示基因流水平与地理距离呈正相关关系(R2=0.721 1),表明巴戟天群体间的亲缘关系与地理分布有较好的相关性。本研究为探讨巴戟天道地药材形成的分子机制以及谱系地理学的研究奠定基础。 展开更多
关键词 巴戟天 种质资源 its序YfJ 道地性探讨
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基于ITS序列的灵芝遗传多样性与群体遗传分化研究 被引量:10
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作者 刘雪莹 韩玉立 +2 位作者 司静 李春道 崔宝凯 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期565-575,共11页
本研究基于ITS序列对中国8个不同地理群体的168份灵芝样本的分子变异、遗传多样性、群体遗传分化程度进行了分析。结果表明:168个样品中共检测到39个单倍型(H1-H39),表现出较低的遗传多样性水平(Hd=0.867±0.018,Pi=0.00304±0.... 本研究基于ITS序列对中国8个不同地理群体的168份灵芝样本的分子变异、遗传多样性、群体遗传分化程度进行了分析。结果表明:168个样品中共检测到39个单倍型(H1-H39),表现出较低的遗传多样性水平(Hd=0.867±0.018,Pi=0.00304±0.00024),各群体的遗传多样性水平相差不大;TCS单倍型网络图和基于ML、NJ法构建的单倍型系统发育树显示,各地理群体的遗传距离与地理距离之间没有形成对应关系,二者没有明显的相关性;AMOVA分析结果显示不同地理群体间的遗传变异占4.33%,群体内的变异占95.67%,遗传分化主要来自于群体内部。总体和各地理群体的中性检验结果显示,群体扩张遵循中性进化,群体大小保持相对稳定。整体的遗传分化指数Fst为0.04331,基因流Nm为2.99,表明各地理群体间存在频繁的基因交流,群体遗传分化较小。推测原因可能为种群扩张历史较短,分布范围较窄,造成遗传多样性偏低,各群体间遗传分化不大。 展开更多
关键词 its序列 分子标记 单倍型 基因流 药用菌
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6份狼尾草属菌草的ITS和叶绿体matK序列分析 被引量:9
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作者 林雄杰 范国成 +4 位作者 林冬梅 林辉 胡菡青 鲁国东 林占熺 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2015年第2期174-180,共7页
对来自福建农林大学、闽清、闽侯和南平等地的6份狼尾草属菌草的ITS片段和叶绿体matK基因序列进行测定,并用Clustal X 2.0和MEGA 4.1软件对其进行比对分析,构建系统发育树.结果表明,6份菌草的ITS序列长度均为585 bp,其中变异位点0-3个,... 对来自福建农林大学、闽清、闽侯和南平等地的6份狼尾草属菌草的ITS片段和叶绿体matK基因序列进行测定,并用Clustal X 2.0和MEGA 4.1软件对其进行比对分析,构建系统发育树.结果表明,6份菌草的ITS序列长度均为585 bp,其中变异位点0-3个,信息位点2个,遗传距离为0-0.089,平均遗传距离为0.022;mat K序列长度为880-881 bp,其中变异位点(信息位点)1个,遗传距离为0-0.016,平均遗传距离为0.010.ITS系统树结果显示6份共菌草聚成四类,其中杂交狼尾草和象草(MQ)聚类在第I类的同一分支,巨菌草和象草聚在第Ⅱ类的不同分支,表明其亲缘关系比较近;mat K序列系统树结果除了象草(MQ)外其余5份菌草均聚在了同一分支上,表明叶绿体mat K序列无法将供试的6份菌草区分开. 展开更多
关键词 its序列 MATK基因 菌草 序列分析
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ITS序列同源性在苏云金芽孢杆菌分型中的应用研究 被引量:5
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作者 辛玉华 东秀珠 吴明强 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第3期178-181,共4页
PCR扩增了苏云金芽孢杆菌9个亚种的16S-235rRNA基因转录间隔(ITS)片段,它们的长度均为144碱基;序列同源性分析结果指出这9个亚种及其它亚种的ITS序列高度相似,说明16S-235 rRNA基因的ITS... PCR扩增了苏云金芽孢杆菌9个亚种的16S-235rRNA基因转录间隔(ITS)片段,它们的长度均为144碱基;序列同源性分析结果指出这9个亚种及其它亚种的ITS序列高度相似,说明16S-235 rRNA基因的ITS序列不适于苏云金芽抱杆菌亚种的分型。 展开更多
关键词 RRNA基因 its序列 苏云金芽孢杆菌 分型
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一株不产生孢子的盐生海芦笋内生真菌鉴定 被引量:7
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作者 王晓敏 王惠 +1 位作者 刘天行 辛志宏 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第17期146-149,共4页
对分离自盐生海芦笋的一株代号为Sal54的内生嗜盐真菌进行核糖体18S rDNA及ITS序列克隆测定,获得长度为1715bp的18SrDNA序列和长度为544bp的ITS序列,其ITS序列在GenBank的登录号为JX292134。获得的基因序列在NCBI数据库上进行同源性比对... 对分离自盐生海芦笋的一株代号为Sal54的内生嗜盐真菌进行核糖体18S rDNA及ITS序列克隆测定,获得长度为1715bp的18SrDNA序列和长度为544bp的ITS序列,其ITS序列在GenBank的登录号为JX292134。获得的基因序列在NCBI数据库上进行同源性比对,构建18S rDNA和ITS系统发育树,并进行系统发育分析,将该菌鉴定为甜菜蛇眼茎点菌Phoma betae。 展开更多
关键词 不产孢真菌 鉴定 18S RDNA基因 its基因 系统发育分析
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Expression of Acyl-lipid 12-desaturase Gene in Prokaryotic and Eukaryotic Cells and Its Effect on Cold Stress Tolerance of Potato 被引量:6
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作者 Reza Maali Amiri Natalia O. Yur'eva +8 位作者 Khristina R. Shimshilashvili Irina V. Goldenkova-Pavlova Vasiliy P. Pchelkin Elmira I. Kuznitsova Vladimir D. Tsydendambaev Tamara I. Trunova Dmitry A. Los Gholamreza Salehi Jouzani Alexander M. Nosov 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2010年第3期289-297,共9页
We report the expression profile of acyl-lipid △12-desaturase (desA) gene from Synechocystis sp. PCC6803 and its effect on cell membrane lipid composition and cold tolerance in prokaryotic (Escherichia coil) and ... We report the expression profile of acyl-lipid △12-desaturase (desA) gene from Synechocystis sp. PCC6803 and its effect on cell membrane lipid composition and cold tolerance in prokaryotic (Escherichia coil) and eukaryotic (Solanum tuberosum) cells. For this purpose, a hybrid of desA and reporter gene encoding thermostable lichenase (licBM3) was constructed and used to transform these cells. The expression of this hybrid gene was measured using qualitative (Petri dish test, electrophoregram and zymogram) and quantitative methods (spectrometry and gas liquid chromatography assays). The maximum level of linoleic acid in the bacterial cells containing hybrid gene was 1.9% of total fatty acids. Cold stress tolerance assays using plant damage index and growth parameters showed that cold tolerance was enhanced in primary transgenic lines because of increased unsaturated fatty acid concentration in their lipids. The greatest content of 18:2 and 18:3 fatty acids in primary transgenic plants was observed for lines 2 (73%) and 3 (41%). Finally, our results showed that desaturase could enhance tolerance to cold stress in potato, and desaturase and lichenase retain their functionality in the structure of the hybrid protein where the enzymatic activity of target gene product was higher than in the case of reporter lichenase gene absence in the construction. 展开更多
关键词 Expression of Acyl-lipid 12-desaturase gene in Prokaryotic and Eukaryotic Cells and its Effect on Cold Stress Tolerance of Potato gene
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基于ITS基因分析黑斑蛙裂头蚴种系发育关系 被引量:6
10
作者 谭磊 王爱兵 +3 位作者 周湘 刘雪松 孔小鲜 刘伟 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第10期1924-1927,共4页
为了研究黑斑蛙裂头蚴种系发育关系,本研究利用聚合酶链式反应(PCR)对黑斑蛙裂头蚴湖南株核糖体DNA内转录间隔区(ITS)进行扩增与测序,应用ClustalX 2.0程序对序列进行比对,再利用Mega4.0程序进行NJ法绘制种系发育树,研究黑斑蛙裂头蚴与... 为了研究黑斑蛙裂头蚴种系发育关系,本研究利用聚合酶链式反应(PCR)对黑斑蛙裂头蚴湖南株核糖体DNA内转录间隔区(ITS)进行扩增与测序,应用ClustalX 2.0程序对序列进行比对,再利用Mega4.0程序进行NJ法绘制种系发育树,研究黑斑蛙裂头蚴与其他带科绦虫的种群遗传关系。结果显示,湖南省不同地区10个黑斑蛙裂头蚴分离株ITS序列基本一致,为1 362~1 382bp,各分离株之间ITS-1和ITS-2序列的同源性均高于95.4%和94.6%;与基因库中其他带科绦虫ITS-1和ITS-2序列的同源性均低于59.5%和56.9%。通过建立NJ系统发育树,湖南省黑斑蛙裂头蚴分离株与欧猬迭宫绦虫位于同一大分支,得到了很好的鉴定。黑斑蛙ITS序列在种内相对保守,而种间差异较大,因此ITS序列可以作为分子标记研究黑斑蛙裂头蚴种系遗传变异,从而为黑斑蛙裂头蚴的分子流行病学和群体遗传研究奠定基础。 展开更多
关键词 黑斑蛙裂头蚴 核糖体DNA its基因 序列分析 种系发育关系
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仰口线虫PCR检测方法的建立及应用
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作者 周璐露 要慧中 +5 位作者 刘天缘 张佳琳 马丽 任洪英 杨钰莹 林青 《动物医学进展》 北大核心 2024年第6期15-19,共5页
为特异性检测羊感染仰口线虫的情况,基于仰口线虫ITS基因序列设计特异性引物,进行退火温度及反应条件的优化,建立其属特异性PCR检测方法。应用该方法对仰口线虫、食道口线虫、毛尾线虫、捻转血矛线虫、细颈线虫、奥斯特线虫、夏伯特线... 为特异性检测羊感染仰口线虫的情况,基于仰口线虫ITS基因序列设计特异性引物,进行退火温度及反应条件的优化,建立其属特异性PCR检测方法。应用该方法对仰口线虫、食道口线虫、毛尾线虫、捻转血矛线虫、细颈线虫、奥斯特线虫、夏伯特线虫、筒线虫、毛圆线虫的DNA样本进行扩增,仅能特异性扩增出仰口线虫的目的条带;该方法成功从仰口线虫中扩增出约500 bp的特异性片段,最低检测浓度为3.6×10^(3)copies/μL;该PCR检测方法对临床奶山羊粪便样品的检测结果显示,羊粪便样品中仰口线虫卵的阳性率为10%,且与显微镜镜检所得的结果一致。结果表明,建立的仰口线虫PCR检测方法敏感性较高且特异性良好,可以应用于临床羊粪便样品中仰口线虫的虫卵检测,为羊仰口线虫病的诊断与防治提供了一种技术支持。 展开更多
关键词 山羊 仰口线虫 聚合酶链反应 its基因 虫卵检测
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犬弓首蛔虫衡阳分离株的核糖体DNA ITS序列分析 被引量:6
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作者 文贵辉 刘振湘 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2019年第5期101-104,共4页
为在初步了解衡阳市犬弓首蛔虫病的流行,并分析其遗传变异情况。应用饱和盐水漂浮法对衡阳市453份犬粪便进行犬弓首蛔虫分离,同时应用PCR技术对部分犬弓首蛔虫衡阳株核糖体ITS序列进行扩增、测序与分析。结果显示,衡阳市犬弓首蛔虫感染... 为在初步了解衡阳市犬弓首蛔虫病的流行,并分析其遗传变异情况。应用饱和盐水漂浮法对衡阳市453份犬粪便进行犬弓首蛔虫分离,同时应用PCR技术对部分犬弓首蛔虫衡阳株核糖体ITS序列进行扩增、测序与分析。结果显示,衡阳市犬弓首蛔虫感染率为17.07%,5株犬弓首蛔虫分离株ITS序列基本一致,种内遗传差异为98.3%~99.0%,与基因库中其他蛔虫的同源性均低于41.0%。本研究通过建立NJ系统发育树,发现所获得的分离株与已知犬弓首蛔虫分离株聚为同一大分支,与其他蛔虫所属分支距离较远。研究结果表明,衡阳市犬弓首蛔虫感染情况较为严重,对人类健康造成一定的潜在威胁,需要引起相关部门的重视。本研究可为该地区犬弓首蛔虫病的防控提供依据,并为犬弓首蛔虫进一步的分类、鉴定和遗传变异研究提供参考。 展开更多
关键词 犬弓首蛔虫 核糖体DNA its序列 种系发育关系
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山东兔场皮肤真菌病病原rDNA-ITS区序列测定及分析 被引量:6
13
作者 崔丽娜 高淑霞 +3 位作者 姜文学 杨丽萍 张振杰 牛钟相 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期1749-1754,1768,共7页
利用皮肤真菌核糖体内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS)序列通用引物,对采自山东地区主要兔场的皮肤真菌病的16株分离菌进行了PCR扩增,ITS区的克隆、测序、序列变异及遗传进化关系分析。经与Gen-Bank核酸序列数据库数据比... 利用皮肤真菌核糖体内转录间隔区(Internal transcribed spacer,ITS)序列通用引物,对采自山东地区主要兔场的皮肤真菌病的16株分离菌进行了PCR扩增,ITS区的克隆、测序、序列变异及遗传进化关系分析。经与Gen-Bank核酸序列数据库数据比对结果表明:16株病菌分别为须癣毛癣菌(12/16,75%)、犬小孢子菌(2/16,12.5%)、石膏样小孢子菌(2/16,12.5%);不同病原菌的5.8SrDNA序列高度保守,而ITS区的变异性则较高;对该区序列的聚类分析表明,不同种菌株ITS1比ITS2在碱基构成和序列长度上有更大变异;而种内各菌株的ITS1和ITS2在长度上均没有变异,碱基构成上存在微小的变异,可基于该区进行兔皮肤真菌的分类鉴定。该研究确定了兔皮肤病原PCR检测特异引物的靶序列,为兔皮肤真菌病病原的特异性分子鉴定提供了可靠的靶标,为兔皮肤真菌的科学分类提供了分子依据。 展开更多
关键词 家兔皮肤病 核糖体基因 its 序列分析
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基于ITS基因、Actin基因和EF-1α基因序列的新疆向日葵黑茎病菌亲缘关系分析 被引量:5
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作者 刘启鹏 赵思峰 +3 位作者 吴品珊 杜洪忠 张海燕 王志霞 《植物检疫》 北大核心 2013年第5期50-56,共7页
对不同地理来源的向日葵黑茎病菌的ITS基因、Actin基因和EF基因进行测序,结合GenBank中的同源序列,对这3种基因的序列进行比对分析和系统进化分析,探讨ITS、Actin以及EF基因用于向日葵黑茎病菌的种内鉴定以及其系统进化的可行性。结果表... 对不同地理来源的向日葵黑茎病菌的ITS基因、Actin基因和EF基因进行测序,结合GenBank中的同源序列,对这3种基因的序列进行比对分析和系统进化分析,探讨ITS、Actin以及EF基因用于向日葵黑茎病菌的种内鉴定以及其系统进化的可行性。结果表明:ITS序列和Actin序列比较保守,无法作为种内鉴定的依据。EF基因序列其变异几率比较高,不同地理来源的菌株在EF-1α基因序列上表现出了比较大的差异,可以用于种内亲缘关系的研究。 展开更多
关键词 向日葵黑茎病 基因序列 亲缘关系 its基因 ACTIN基因 EF-1α基因
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牛瑟氏泰勒虫ITS基因PCR诊断方法的建立 被引量:4
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作者 王轶男 贾立军 +3 位作者 薛书江 张影 钱年超 张守发 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第8期80-82,共3页
本试验根据GenBank上登录的牛瑟氏泰勒虫ITS基因序列(AY661522.1),应用Primer Premier 5.0和Oligo 6.31软件设计合成1对特异性引物,以牛瑟氏泰勒虫DNA为模板,建立了牛瑟氏泰勒虫ITS基因PCR诊断方法。该方法扩增片段大小为1020 bp,与参... 本试验根据GenBank上登录的牛瑟氏泰勒虫ITS基因序列(AY661522.1),应用Primer Premier 5.0和Oligo 6.31软件设计合成1对特异性引物,以牛瑟氏泰勒虫DNA为模板,建立了牛瑟氏泰勒虫ITS基因PCR诊断方法。该方法扩增片段大小为1020 bp,与参考序列的同源性为98%;建立的PCR方法与猪附红细胞体、犬新孢子虫和弓形虫均无交叉反应,最低DNA检出量为1.5 pg/μL;通过对60份临床样品的检测,并与血涂片方法进行比较,结果显示PCR方法具有特异、敏感等特点,适用于牛瑟氏泰勒虫的检测。 展开更多
关键词 牛瑟氏泰勒虫 its基因 PCR
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孔雀球虫的分子鉴定及其ITS rRNA基因序列分析
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作者 张誉方 刘永张 +2 位作者 贺君君 邹丰才 杨建发 《动物医学进展》 北大核心 2023年第6期139-142,共4页
为了解云南省昆明市孔雀感染球虫的种类及种属关系,采集昆明市2个动物园孔雀粪便样品及肠道内容物样本进行球虫卵囊的收集,进行形态学鉴定,PCR扩增球虫ITS rRNA基因,测序和序列分析,并利用MEGA6.0软件构建遗传系统进化树。结果显示,扩增... 为了解云南省昆明市孔雀感染球虫的种类及种属关系,采集昆明市2个动物园孔雀粪便样品及肠道内容物样本进行球虫卵囊的收集,进行形态学鉴定,PCR扩增球虫ITS rRNA基因,测序和序列分析,并利用MEGA6.0软件构建遗传系统进化树。结果显示,扩增的ITS rRNA基因序列长度为492 bp和493 bp,共鉴定出2种球虫,分别为和缓艾美耳球虫(Eimeria mitis)和火鸡和缓艾美耳球虫(E.meleagrimitis),相似度均为100%;进化分析结果表明,孔雀和火鸡之间可能存在球虫的交叉感染风险。该研究结果丰富了野生雉类寄生虫病的资料。 展开更多
关键词 孔雀 球虫 its基因 基因序列分析
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泉州湾桐花树和老鼠簕根际土壤细菌和真菌群落特征比较
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作者 郑智胜 黄卫红 +4 位作者 陈小尘 黄兆斌 薛喜枚 陈锦江 张秋芳 《应用海洋学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期686-697,共12页
红树植物根际土壤微生物对近海生物地球化学循环及其生物多样性等起着重要作用,受地上部和土壤性质影响,两种不同药用红树植物桐花树(Aegiceras corniculatum)和老鼠簕(Acanthus ilicifolius)根际土壤微生物群落组成可能存在独特性。本... 红树植物根际土壤微生物对近海生物地球化学循环及其生物多样性等起着重要作用,受地上部和土壤性质影响,两种不同药用红树植物桐花树(Aegiceras corniculatum)和老鼠簕(Acanthus ilicifolius)根际土壤微生物群落组成可能存在独特性。本研究分别以细菌16S rRNA基因和真菌ITS基因为分子标记,采用高通量测序技术分析比较了桐花树和老鼠簕根际土壤微生物多样性特征及其与土壤理化性质之间的关系。结果表明:①老鼠簕根际土壤细菌和真菌多样性与丰富度均显著高于桐花树,且两者之间的细菌和真菌组成皆存在明显差异(P<0.05);②两者根际土壤细菌和真菌门和属的优势(大于1%)物种组成皆相似;在门水平,桐花树根际土壤主要优势物种变形菌门(Proteobacteria)和未分类门(unclassified_k_Fungi)的相对丰度显著高于老鼠簕,而拟杆菌门(Bacteroidota)、脱硫杆菌门(Desulfobacterota)、子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota)则相反;在属水平,桐花树的主要优势物种硝化螺菌属(Nitrospira)和Denitromonas属的相对丰度显著高于老鼠簕,而枝孢菌属(Cladosporium)和囊状担子菌属(Cystofilobasidium)则相反;③桐花树根际土壤pH、总碳和总酚含量皆显著高于老鼠簕,pH和总酚显著影响细菌群落组成,而总碳和总硫则显著影响真菌群落组成;此外,pH、总碳和总氮是影响细菌物种的主要因素,而总酚、pH和总碳是影响真菌物种的主要因素。本研究揭示了桐花树和老鼠簕根际土壤细菌和真菌多样性存在明显差异并与土壤理化性质密切相关,可为今后从不同红树物种所具备的独特功能根际微生物菌群来开发相关资源及保护近海的生态环境提供新的视角。 展开更多
关键词 海洋生物学 桐花树 老鼠簕 16S rRNA基因 its基因 根际土壤 土壤理化性质
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食源性阪崎肠杆菌的双重PCR检测方法研究 被引量:4
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作者 黎明 阮佳 李永新 《中国卫生检验杂志》 CAS 北大核心 2013年第6期1473-1476,共4页
目的:建立食品中阪崎肠杆菌双重PCR检测方法。方法:以食品中污染的阪崎肠杆菌为研究对象,以其基因组16 S rRNA-23 S rRNA的内部转录间隔区(ITS)基因和外膜蛋白A(OmpA)基因为靶标选择引物,进行双重PCR扩增,产物用琼脂糖凝胶电泳检测。结... 目的:建立食品中阪崎肠杆菌双重PCR检测方法。方法:以食品中污染的阪崎肠杆菌为研究对象,以其基因组16 S rRNA-23 S rRNA的内部转录间隔区(ITS)基因和外膜蛋白A(OmpA)基因为靶标选择引物,进行双重PCR扩增,产物用琼脂糖凝胶电泳检测。结果:在优化的双重PCR条件下,阪崎肠杆菌的ITS基因和OmpA基因均可得到有效扩增,方法的灵敏度为1.6×102cfu/mL。所建立的方法用于实际食品样品检测,结果稳定。结论:本研究所建立的方法特异好、灵敏较高、分析周期短、结果准确,可用于食品中阪崎肠杆菌的日常检测。 展开更多
关键词 阪崎肠杆菌 双重PCR its基因 OmpA基因 琼脂糖凝胶电泳
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油茶白朽病菌ITS基因的克隆及序列分析 被引量:4
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作者 李河 郝艳 +3 位作者 宋光桃 赵胜利 何末军 周国英 《西南林学院学报》 2009年第2期40-43,共4页
分离油茶白朽病的病原菌,并对该菌的ITS基因进行克隆和测序;将所得序列在Genbank中经B lastn搜索,构建分子系统发育树。结果表明:病原菌ITS序列与Genbank数据库中已有的序列同源性较低,最高仅为94%,系统发育树也显示该菌不与其他菌株聚... 分离油茶白朽病的病原菌,并对该菌的ITS基因进行克隆和测序;将所得序列在Genbank中经B lastn搜索,构建分子系统发育树。结果表明:病原菌ITS序列与Genbank数据库中已有的序列同源性较低,最高仅为94%,系统发育树也显示该菌不与其他菌株聚类而是单独聚为1支。由于Genbank数据库有限,难以根据同源性来确定其属种关系。 展开更多
关键词 油茶 白朽病 病原菌 转录间隔区基因 克隆 测序
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基于rDNAITS 1序列探讨臂尾轮属轮虫的系统发生关系(英文) 被引量:4
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作者 项贤领 席贻龙 胡好远 《动物学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第6期1067-1074,共8页
本文通过对剪形臂尾轮虫、矩形臂尾轮虫、十指臂尾轮虫、红臂尾轮虫、角突臂尾轮虫、双棘臂尾轮虫、裂足臂尾轮虫和萼花臂尾轮虫等八种臂尾轮虫rDNAITS 1序列分析,并以西氏晶囊轮虫为外群,使用PAUP和贝叶斯软件分别构建臂尾轮属轮虫系... 本文通过对剪形臂尾轮虫、矩形臂尾轮虫、十指臂尾轮虫、红臂尾轮虫、角突臂尾轮虫、双棘臂尾轮虫、裂足臂尾轮虫和萼花臂尾轮虫等八种臂尾轮虫rDNAITS 1序列分析,并以西氏晶囊轮虫为外群,使用PAUP和贝叶斯软件分别构建臂尾轮属轮虫系统发生树( MP树、NJ树、ML树和贝叶斯树) ,以探讨臂尾轮属的系统发生关系,并解决其中的一些分类问题。结果表明:本研究所涉及的轮虫rDNAITS 1平均序列差异百分比较高,为29 %;海水和淡水臂尾轮虫被明显分为不同的进化枝;除双棘臂尾轮虫外,在淡水臂尾轮虫中具有三对前棘刺且营附着生活的种类与前棘刺少于三对且营浮游生活的种类聚在不同支系中,这与以形态特征为主所进行的系统发生研究结果基本一致;所有的系统树均支持将十指臂尾轮虫作为一个独立的支系分离出来,裂足臂尾轮虫应归入臂尾轮属。 展开更多
关键词 臂尾轮属 RDNA its 1 基因序列 系统发生
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