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山羊胰岛素样生长因子结合蛋白1基因的生物信息学分析 被引量：3
1
作者 曹家雪 董恩妮 +5 位作者 李利 李秋 张红平 王永 邓中宝 龚华斌 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第5期20-26,共7页
为进一步研究山羊胰岛素样生长因子结合蛋白1(insulin-like growth factor-binding proteins 1,IGFBP-1)基因的蛋白表达及生理功能,根据已测定出的山羊肝脏组织的IGFBP-1基因全编码区序列,并结合从NCBI获取的19个物种相应序列,利用ExPas... 为进一步研究山羊胰岛素样生长因子结合蛋白1(insulin-like growth factor-binding proteins 1,IGFBP-1)基因的蛋白表达及生理功能,根据已测定出的山羊肝脏组织的IGFBP-1基因全编码区序列,并结合从NCBI获取的19个物种相应序列,利用ExPasy、NetPhos、NetOGlyc、SignalP等生物软件分析IGFBP-1基因CDS区及其氨基酸的理化性质、结构特点。结果显示,山羊IGFBP-1基因的CDS全长编码的多肽含有263个氨基酸残基,理论pI=6.33,分子质量为28.5758ku,非稳定系数为53.15,非球形且定位于细胞外。IGFBF-1起始25个氨基酸残基构成信号肽,成熟肽具有2个疏水区、4个亲水区,无跨膜区;二级结构以无规卷曲为主,α-螺旋和延伸片段很少。预测存在磷酸化(17个)和O-糖基化(8个)两种翻译后修饰,但后者分值较低。山羊IGFBP-1核苷酸、氨基酸序列相似性与绵羊和牛的分别为99%和98%,与其他哺乳动物间的相似性也较高。进一步分析发现,IGFBP-1N-端(26-110)和C-端(204-263)的保守性均在50%以上;信号肽(1-25)和中间连接区(111-203)则变异很大,山羊和绵羊的中间区序列完全一致,但与人的相似性只有9%。除RGD和YF在斑马鱼和鸡中不一致外,其他基序包括新片段(FYLPNC)在物种中高度保守。山羊IGFBP-1是一种稳定性较差、弱亲水性且具有信号肽的分泌蛋白,在物种间高度保守,磷酸化是调控其功能的主要因素。 展开更多
关键词 山羊 igfbp-1基因 生物信息学分析
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山羊IGFBP-1基因的克隆及其mRNA丰度在多种组织中的发育性变化 被引量：2
2
作者 李利 李秋 +2 位作者 王林杰 张红平 杜立新 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期899-904,共6页
本研究旨在探讨胰岛素样生长因子结合蛋白1(Insulin-like growth factor-binding protein 1,IGFBP-1)基因在山羊出生后不同组织的发育性表达模式。在出生后0、15、30、60、90和120d共屠宰36只南江黄羊羔羊(公、母羔羊各18只),取心脏、... 本研究旨在探讨胰岛素样生长因子结合蛋白1(Insulin-like growth factor-binding protein 1,IGFBP-1)基因在山羊出生后不同组织的发育性表达模式。在出生后0、15、30、60、90和120d共屠宰36只南江黄羊羔羊(公、母羔羊各18只),取心脏、肝脏、脾脏、肺脏、背最长肌、半膜肌、臂三头肌和股二头肌样品以抽提RNA,进行克隆及荧光定量PCR分析。山羊IGFBP-1基因的ORF(Open reading frame)长792bp,共编码263个氨基酸,其核苷酸和氨基酸序列相似性在反刍动物(牛、绵羊)之间远大于其它物种。羔羊肝脏IGFBP-1mRNA表达量最高(P<0.01);肺脏、脾脏、心脏表达水平中等;肌肉中最低且在4种肌肉间表达差异不显著(P>0.05)。出生后尤其是60d内羔羊IGFBP-1mRNA丰度变化很大,且明显呈现持续下降(肝脏)、先升后降(心脏)以及下降-上升-下降(脾脏、肺脏和肌肉)3种模式的变化。结果提示,IGFBP-1基因CDS区在物种间保守性较强,肝脏是山羊合成IGFBP-1mRNA的主要部位,IGFBP-1基因在出生后羔羊的早期生长中发挥着重要的作用且其mRNA发育性表达模式具有组织器官特异性。 展开更多
关键词 山羊 igfbp-1基因 分子克隆 实时荧光定量RT-PCR 表达
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京海黄鸡IGFBP-1基因遗传多态性及其与生长性状的关联分析 被引量：2
3
作者 赵秀华 王金玉 +4 位作者 张跟喜 金崇富 顾玉萍 俞亚波 施会强 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第3期124-128,共5页
以京海黄鸡、AA鸡、尤溪麻鸡、边鸡等4个鸡品种为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测胰岛素样生长因子结合蛋白1(insulin-like growth factor-binding protein-1,IGFBP-1)第4外显子的多态性,并分析其对京海黄鸡生长性能的遗传效应。结果显示... 以京海黄鸡、AA鸡、尤溪麻鸡、边鸡等4个鸡品种为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测胰岛素样生长因子结合蛋白1(insulin-like growth factor-binding protein-1,IGFBP-1)第4外显子的多态性,并分析其对京海黄鸡生长性能的遗传效应。结果显示,在IGFBP-1第4外显子区检测到2处变异(5550T→C、5692AAT插入)。对于P3扩增片段,在尤溪麻鸡群体中检测到AA、AB、BB 3种基因型,在AA鸡和边鸡品种中检测到AA和AB 2种基因型,京海黄鸡中只检测到AA基因型;对于P4扩增片段,在4个鸡品种中均检测到CC、CD、DD 3种基因型。最小二乘分析结果表明,京海黄鸡3种基因型个体的初生重存在显著差异(P<0.05)。 展开更多
关键词 京海黄鸡 igfbp-1基因 遗传多态性 生长性状
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绵羊IGFBP-1基因的克隆及序列分析
4
作者 周明亮 杨平贵 +1 位作者 吴登俊 张翔宇 《湖北农业科学》 2015年第5期1139-1143,共5页
试验以凉山半细毛羊为研究对象,采用RT-PCR方法克隆了IGFBP-1基因的CDS全序列,生物信息学方法深入分析其序列。结果表明,IGFBP-1基因的CDS序列为792 bp,编码263个氨基酸,与牛、人、鼠的CDS同源性分别为97%、76%和74%,氨基酸序列同源性... 试验以凉山半细毛羊为研究对象,采用RT-PCR方法克隆了IGFBP-1基因的CDS全序列,生物信息学方法深入分析其序列。结果表明,IGFBP-1基因的CDS序列为792 bp,编码263个氨基酸,与牛、人、鼠的CDS同源性分别为97%、76%和74%,氨基酸序列同源性分别为97%、69%和71%,Gen Bank登录号为FJ589639.1;IGFBP-1基因的氨基酸分子量为27.8 k D,理论等电点(p I)为5.99;进化分析显示与牛、山羊等哺乳动物关系较近,与鸡、鱼类等亲缘关系较远;IGFBP-1基因存在明显的疏水性区域和亲水性区域,有一个信号肽、一个跨膜区、16个磷酸化位点、6个N-糖基化位点和8个O-糖基化位点;二级结构分析显示无规卷曲、α-螺旋和β-折叠区域分别为61.98%、24.33%、13.69%;三级结构分析显示存在IGFBP_N和甲状腺球蛋白-Ⅰ型功能域。为进一步研究绵羊IGFBP-1基因的功能奠定基础。 展开更多
关键词 igfbp-1基因 克隆 绵羊
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