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北京市2006年HIV-1流行毒株的gag和env基因序列测定及亚型分析 被引量：9
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作者 叶景荣 邢辉 +9 位作者 刘海林 黑发欣 赵月娟 刘胜牙 孙伟东 张启云 张琴 卢红艳 贺雄 邵一鸣 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期586-588,共3页
目的监测2006年北京市北京户籍HIV感染者中HIV-1型流行病毒株的亚型分布特点和变化规律。方法采集北京市2006年新确认北京户籍HIV-1感染者的抗凝全血样品32份，分离血浆，提取病毒RNA，用巢式聚合酶链反应方法扩增病毒gag和env基因，并... 目的监测2006年北京市北京户籍HIV感染者中HIV-1型流行病毒株的亚型分布特点和变化规律。方法采集北京市2006年新确认北京户籍HIV-1感染者的抗凝全血样品32份，分离血浆，提取病毒RNA，用巢式聚合酶链反应方法扩增病毒gag和env基因，并进行序列测定和亚型分析。结果系统进化分析表明北京户籍HIV-1感染者样品分别属于5个亚型，分别为B亚型9份，泰国B亚型2份、C亚型2份，流行重组型CRF07BC亚型5份，流行重组型CRF01_AE亚型4份。结论北京市居民中已存在多种HIV-1亚型和流行重组型，应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测，及时调整防治策略。 展开更多
关键词 人类免疫缺陷病毒1型 亚型 巢式聚合酶链反应
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我国部分地区HIV-1流行毒株亚型分布及gag基因变异特征研究 被引量：5
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作者 陈立力 刘永健 +7 位作者 李韩平 鲍作义 庄道民 刘思扬 王铮 赖章丽 李林 李敬云 《军事医学科学院院刊》 CSCD 北大核心 2009年第6期505-508,共4页
目的:分析我国4个地区的人免疫缺陷病毒1型(HIV-1)主要流行毒株的亚型分布,以及在宿主免疫压力下的基因变异和抗原表位的变化情况,初步探讨这些地区HIV-1gag基因的分子进化特征。方法:从来自河南、广东、四川、北京的HIV-1感染者血浆样... 目的:分析我国4个地区的人免疫缺陷病毒1型(HIV-1)主要流行毒株的亚型分布,以及在宿主免疫压力下的基因变异和抗原表位的变化情况,初步探讨这些地区HIV-1gag基因的分子进化特征。方法:从来自河南、广东、四川、北京的HIV-1感染者血浆样本中提取基因组RNA,经逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增部分gag基因,用扩增产物直接进行测序;使用Genotyping Tool软件进行亚型分析,使用MEGA4.1软件绘制系统进化树;用Distance工具计算各个亚型序列的基因离散率;用SNAP程序分析同义替换率与非同义替换率的比值(Ks/Ka),并对各亚型中我国人群中较常见的HLA-Ⅰ型限制的CTL抗原表位的突变情况进行分析。结果:这些地区HIV-1主要流行毒株gag基因亚型主要是B′、CRF07_BC、CRF01_AE、B、CRF08_BC和CRF02_AG。各亚型内的基因离散率不同,由大到小排列为CRF01_AE>B>CRF08_BC>CRF07_BC>B′,Ks/Ka为CRF01_AE>B>CRF08_BC>B′>CRF07_BC。p17区段的CTL抗原表位变异远大于p24区段。各个亚型共享序列中存在的突变位点由多到少排列为CRF01_AE>B>B′>CRF07_BC。结论:我国HIV-1流行毒株的gag基因序列中,CRF01_AE亚型受到的选择压力最大,基因离散率也最大,且CTL抗原表位的变异亦最大,其次是B和B′亚型,CRF07_BC亚型变异最小。各亚型间CTL抗原表位变异的差异明显。 展开更多
关键词 人类免疫缺陷病毒1型 GAG基因 基因型 遗传变异
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