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枸杞基因组微卫星特征分析 被引量：10
1
作者 党少飞 王占林 +1 位作者 张得芳 樊光辉 《西北林学院学报》 CSCD 北大核心 2016年第1期97-102,共6页
利用Illumina HiSeq2500高通量测序技术对枸杞大麻叶品种进行简化基因组测序,对得到的序列利用生物信息学手段进行拼接后查找SSR。结果表明：共获得14 733个重复单元长度为2~6碱基的微卫星重复序列。其中3碱基重复的微卫星单元最为丰富,... 利用Illumina HiSeq2500高通量测序技术对枸杞大麻叶品种进行简化基因组测序,对得到的序列利用生物信息学手段进行拼接后查找SSR。结果表明：共获得14 733个重复单元长度为2~6碱基的微卫星重复序列。其中3碱基重复的微卫星单元最为丰富,共9 799个,占66.5%;其次是2碱基重复类型（4 042个）和4碱基重复类型（519个）,分别占重复序列总数的27.4%和3.5%;另外5碱基重复281个,6碱基重复92个,分别占重复序列总数的1.9%和0.6%。通过分析发现3碱基重复类型丰度最高,优势序列为GTT/CAA、ACA、ATC;而6碱基重复丰度最低,其优势序列为TGTGTA、CATATA、AGCACC;在枸杞基因组微卫星序列中,A和T碱基含量相对较丰富。分析还发现,当枸杞基因组重复次数增加时,微卫星的丰度呈现出下降的趋势,随着基序长度的增加,下降的趋势越快,这意味着枸杞基因组中重复单元较短的微卫星变异速率比重复单元较长的微卫星变异速率快。 展开更多
关键词 枸杞 基因组 hiseq2500 微卫星 RAD标记
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河南鲁山五大温泉古细菌多样性分析 被引量：3
2
作者 张科 刘丽 +3 位作者 郑新华 王瑜 张俊峰 李冰洁 《信阳师范学院学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2019年第2期221-227,共7页
河南省平顶山市鲁山县有上汤、中汤、下汤、温汤和碱汤等五大温泉,采用Illumina Hisiq2500PE250技术对鲁山五大温泉(上汤、中汤、下汤、温汤和碱汤)古细菌的16S r DNA基因V4-5变异区序列进行测序,应用Uparse、Mothur、SILVA、MUSCLE和Qi... 河南省平顶山市鲁山县有上汤、中汤、下汤、温汤和碱汤等五大温泉,采用Illumina Hisiq2500PE250技术对鲁山五大温泉(上汤、中汤、下汤、温汤和碱汤)古细菌的16S r DNA基因V4-5变异区序列进行测序,应用Uparse、Mothur、SILVA、MUSCLE和Qiime等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)数量,分析物种的丰度和多样性.上汤、中汤、温汤、下汤和碱汤分别获得87 993、67 326、44400、48 611、48 495条有效reads,聚类为520、280、678、451、437个OUTs.古细菌分类分析表明,河南鲁山五大温泉的古细菌可以归入11个门,其中奇古菌门(Thaumarchaeota)占95.25%,是优势菌群;在属分类阶元上,上汤、中汤和温汤的优势菌属为Candidatus-Nitrosocaldus; unidentified-Thaumarchaeota是下汤和碱汤的优势菌属.对河南鲁山五大温泉开展古细菌多样性的研究发现,温泉水中含有较高的参与氨氧化过程的奇古菌门,为后续深入研究和利用河南鲁山五大温泉水中的古细菌资源提供了基础资料. 展开更多
关键词 温泉 古细菌 16S RDNA基因 hiseq2500 PE250
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基于高通量测序的青叶胆转录组研究 被引量：8
3
作者 吴昕怡 严媛 刘小莉 《中国现代应用药学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期363-369,共7页
目的探讨青叶胆中獐牙菜苦苷生物合成的遗传基础。方法采用Illumina Hiseq 2500高通量测序技术,对青叶胆全草进行转录组测序。结果共获得68 643个unigene,平均长度901 bp,共有42 954条unigene注释到NR,Swiss Prot,COG,KOG,GO,Pfam数据库... 目的探讨青叶胆中獐牙菜苦苷生物合成的遗传基础。方法采用Illumina Hiseq 2500高通量测序技术,对青叶胆全草进行转录组测序。结果共获得68 643个unigene,平均长度901 bp,共有42 954条unigene注释到NR,Swiss Prot,COG,KOG,GO,Pfam数据库中,獐牙菜苦苷生物合成的3个阶段中,有43条unigene参与中间体的生成,3条unigene参与萜类骨架合成,25条unigene可能参与萜类最后的修饰。结论首次对青叶胆转录组进行测序分析,获得了可能参与獐牙菜苦苷生物合成的候选基因,为后续功能基因的挖掘奠定了基础。 展开更多
关键词 青叶胆 转录组 ILLUMINA hiseq 2500 獐牙菜苦苷
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河南鲁山五大温泉水细菌多样性分析 被引量：8
4
作者 刘丽 张科 +5 位作者 李冰洁 李明灿 陈秋 郑新华 王福安 周云霞 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第6期1219-1227,共9页
【背景】位于河南中部的平顶山市含有丰富的温泉资源,对温泉水中的微生物多样性和群落结构进行研究有助于更好地开发利用温泉资源。【目的】探究河南鲁山五大温泉水中(上汤、中汤、下汤、温汤和神汤)细菌多样性。【方法】采用Illumina H... 【背景】位于河南中部的平顶山市含有丰富的温泉资源,对温泉水中的微生物多样性和群落结构进行研究有助于更好地开发利用温泉资源。【目的】探究河南鲁山五大温泉水中(上汤、中汤、下汤、温汤和神汤)细菌多样性。【方法】采用Illumina Hi Seq2500 PE250技术对鲁山五大温泉水细菌的16S r RNA基因V3-V4变异区序列进行测序,应用UPARSE、Mothur、Silva、MUSCLE和QIIME等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(Operational taxonomic unit,OTU)数量,最后分析五大温泉水中细菌的丰度和多样性。【结果】上汤、中汤、下汤、温汤和神汤分别获得56 017、68 319、65 247、59 340、68 825条有效Tags,聚类为670、287、337、598、381个OTU。细菌分类分析表明,五大温泉水的细菌超过40个门,变形菌门(Proteobacteria)占84.12%,是优势菌;在属分类阶元上,五大温泉水的细菌超过239个属,上汤的优势菌是不动杆菌属(Acinetobacter),中汤的优势菌是Tepidimonas,下汤的优势菌是Vogesella和不动杆菌属(Acinetobacter),温汤的优势菌是Sphingopyxis和新鞘脂菌属(Novosphingobium),神汤的优势菌是Aquabacterium。【结论】鲁山五大温泉水中含有丰富的微生物资源,为后续五大温泉水中的微生物资源开发奠定了基础。 展开更多
关键词 五大温泉 细菌多样性 16S RRNA基因 HI Seq2500 PE250
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基于Illumina HiSeq 2500测序技术对高温胁迫下苦瓜叶片转录组特性分析 被引量：6
5
作者 杜文丽 陈中钐 +2 位作者 许端祥 高山 温庆放 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期377-387,共11页
高温胁迫时影响苦瓜作物产量及地域分布的重要限制因子,但由于其在非生物胁迫逆境方面的生物学信息研究进展较慢,这在一定程度上制约了苦瓜分子育种及品种改良工作。利用Illumina HiSeqTM2500高通量测序平台对高温胁迫处理前后的苦瓜叶... 高温胁迫时影响苦瓜作物产量及地域分布的重要限制因子,但由于其在非生物胁迫逆境方面的生物学信息研究进展较慢,这在一定程度上制约了苦瓜分子育种及品种改良工作。利用Illumina HiSeqTM2500高通量测序平台对高温胁迫处理前后的苦瓜叶片进行转录组测序,结果组装获得平均长度为700.75 bp共89 757条有效Unigene,N50长度达到1 239 bp;有48 662条Unigene获得注释信息,占全部Unigene的54.2%,与未处理的对照相比,共有2 254差异表达基因,其中672个上调,1 582下调表达。有27 116条Unigene能够注释到GO数据库,获得包含于细胞组分、分子功能和生物学过程三大类内共135 967个GO的功能注释,并且差异表达基因的GO功能注释分类情况大致与之相似。进一步筛选到可能与高温胁迫相关的基因,包括HSP,HSF等家族基因。本研究是首次对高温胁迫下的苦瓜叶片转录组进行分析,为进一步开展苦瓜耐高温分子生物学层面研究提供大量参考信息。 展开更多
关键词 苦瓜 高温胁迫 ILLUMINA hiseq 2500测序 差异表达基因
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纳米碳增效剂对柑橘产量及土壤细菌种群结构的影响 被引量：5
6
作者 史妍君 钟建 +3 位作者 黄占斌 马筠 张世伟 柯超 《中国土壤与肥料》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期40-47,共8页
为揭示新型纳米碳增效剂对柑橘产量的影响及其机理和研究对土壤微生物种群结构影响,本研究以三峡库区万州柑橘园为对象,以常规施肥为对照(ZJ1),采用正交优化实验确定柑橘产量的最佳施用量,同时基于Hiseq 2500高通量测序方法,分析不同施... 为揭示新型纳米碳增效剂对柑橘产量的影响及其机理和研究对土壤微生物种群结构影响,本研究以三峡库区万州柑橘园为对象,以常规施肥为对照(ZJ1),采用正交优化实验确定柑橘产量的最佳施用量,同时基于Hiseq 2500高通量测序方法,分析不同施肥处理条件下的土壤细菌种群多样性。研究结果发现,柑橘产量的最佳施肥组合为ZJ5(A_2B_1C_2);微生物多样性受复合肥用量影响最大,纳米碳次之,腐植酸保水剂影响最小。最佳施肥组合(ZJ5)放线菌门(Actinbacteria)丰度最高,疣微菌门(Verrucomicrobia)丰度最低;通过对环境因子的分析发现,影响微生物种群多样性变化的环境因素顺序为p H>有机质>水解性氮。 展开更多
关键词 纳米碳增效剂 hiseq 2500高通量测序 正交实验 柑橘产量 微生物种群多样性
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SPF鸡不同生长阶段粪便菌群组成及多样性研究 被引量：2
7
作者 周妍 刁晨曦 +4 位作者 张圆圆 于海波 陆涛峰 赵丽丽 陈洪岩 《实验动物与比较医学》 CAS 2017年第3期231-239,共9页
目的提供SPF鸡不同生长阶段肠道菌群的组成及多样性数据。方法采集10日龄、12周龄、23周龄和52周龄SPF鸡粪便,利用Illumina HiSeq 2500高通量测序方法,对样品16S rRNA的两个高变区(V3-V4)进行测序分析,并进行了α-多样性指数、β-多样... 目的提供SPF鸡不同生长阶段肠道菌群的组成及多样性数据。方法采集10日龄、12周龄、23周龄和52周龄SPF鸡粪便,利用Illumina HiSeq 2500高通量测序方法,对样品16S rRNA的两个高变区(V3-V4)进行测序分析,并进行了α-多样性指数、β-多样性指数和粪便群落特征分析。结果四个生长阶段粪便样品菌群具有相似的较高的丰富度和良好的均匀度,物种多样性无显著差异(P>0.05);厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度占95%以上;乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)、拟杆菌属(Bacteroides)、肠球菌属(Enterococcus)为优势菌属,不同时期丰度差异达显著水平(P<0.05)。结论四个生长阶段菌群组成多样,且优势菌群主要为有益菌。该实验结果能够为SPF鸡品质评定、健康监测和安全性评价提供依据。 展开更多
关键词 SPF鸡 不同生长阶段 粪便菌群 16s RRNA ILLUMINA hiseq 2500高通量测序
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基于联合测序分析技术挖掘红苞凤梨lncRNA信息 被引量：1
8
作者 胡豪 蔺珍 +5 位作者 薛彦斌 毛美琴 向奕璇 刘加文 周徐子鑫 马均 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期1237-1250,共14页
为了揭示lncRNA在红苞凤梨嵌合叶片形成和生长发育过程中的调控作用机制,该文以金边红苞凤梨为材料,采用Hiseq2500测序和SMRT三代全长转录组测序联合测序分析技术,分析挖掘红苞凤梨lncRNA信息。结果表明:(1)鉴定得到6018条lncRNA,包含3... 为了揭示lncRNA在红苞凤梨嵌合叶片形成和生长发育过程中的调控作用机制,该文以金边红苞凤梨为材料,采用Hiseq2500测序和SMRT三代全长转录组测序联合测序分析技术,分析挖掘红苞凤梨lncRNA信息。结果表明:(1)鉴定得到6018条lncRNA,包含3298个基因间lncRNA,870个反义lncRNA,717个内含子lncRNA和1109个正义lncRNA,数据量较二代测序有了极大的提高。(2)结构分析表明,红苞凤梨lncRNA的总体表达丰度低于mRNA;序列长度在400~1200 nt区间比例高于mRNA,而在>1600 nt区间,lncRNA分布的比例显著小于mRNA;lncRNA中的外显子数量总体少于mRNA,开放阅读框长度总体上也短于mRNA。(3)差异表达分析表明,在全绿、全白叶片发育过程中鉴定到1710个差异表达lncRNA。(4)靶基因预测结果表明,5441个lncRNA通过cis作用方式预测到靶基因,1544个lncRNA通过trans方式预测到靶基因。(5)靶基因的功能注释和富集分析显示,差异表达lncRNA的靶基因主要作为酶蛋白参与调节叶片代谢活动和信号转导等方面,与叶片的颜色形成、光合作用和生长发育密切相关。该文鉴定出的lncRNA信息以及对其结构和功能的分析,为红苞凤梨以及凤梨科其他植物的lncRNA表观遗传调控机理研究提供了数据基础,筛选出的差异表达lncRNA在金边红苞凤梨叶片嵌合性状的形成和生长发育中具有重要的调控作用。 展开更多
关键词 红苞凤梨 hiseq2500测序 SMRT全长转录组测序 lncRNA鉴定
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